BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305D05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 23,452,543 - 23,577,637
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG432637, LOC668656, EG629133, EG668660, EG668662, LOC668664, 2410018L13Rik, LOC77114, EG668669, EG668670, LOC668680
Downstream geneLOC100042895, LOC100043435, EG628081, LOC100042903, LOC100043440, EG668518, LOC100043445, LOC668697, LOC100042923, LOC677338, EG668701, LOC668471
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305D05.bB6Ng01-305D05.g
ACCGA098551GA098552
length2121,207
definitionB6Ng01-305D05.b B6Ng01-305D05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,452,543 - 23,452,754)(23,576,461 - 23,577,637)
sequence
gaattcattttggaaactcaattaacaagacactcgtaaaattgaagcca
cactggaacacagaagtggaggtaagaataggacaaccaacagtgggagg
gtagtacacctagtgatggttggtccaaagaatcccttagtgaagcagga
caaggcatgcaaaaagagatgtctgaggacaatccaggaatattgatggg
gaaggaagggag
gaattcatgcattgcattggttttggacattcttgctgttgtggttatag
tacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
catatacacagatggccttgttcccaggatgtactaatactaatttggag
gcagggagaactttgacatagctcacatccaagcagatcccaagtgaccc
tctgtggatgcacagaacaaggcgtaagcatcaggaggatggagaccact
cgggagccttcaatccatgtttcagggctatccctgaggtgctgggggtt
catgagatgtagaaaagggaaaaggaagggtctgatcctcaggacctggt
tctgaggagcaatggcttgaagatctgctcctgcatgcaatgtcattcaa
agaaagggtggtgacaatgggaatatgtctggccatcttaagcacctggg
accaatggcacaagcagtatgagataaggagaaagagagggtaggattga
tccttttctgaaactccagtaaagaagggctctatgtaaagaagcctcag
tcctagagggactccgtggagcatagtcctcccaccctgccatgttccac
tacacccagacgggaaaacacacctttacaatgctaagtgctgctgagac
tcttcaatatccagcagctagccctgagccataggaactctcagccactg
cagtcagtgacagtgacactattcccctccaaaggggacaaggattcagt
acagatgcttcggacagaggaccaacagtcatagagcaagctagctaaat
aaccctccaagaaggacaataaagcaggctcccagaagcagaaagccccc
catccccacctttagcctcttttcttgacagaaacaccccggtcaccctg
ggaagacctgtatcaccagagaaggctcatactttagcaagcagttcagg
acctgctcccagtgttttccagtcttcttgggttctttgaagtatagatg
cttgagttaatgctgggattgtgggtccctatctctcgagtggccctgtt
gcttacaaaatgcacattcctaggcaagggagaaactaaggtgctcttgg
gccaagagaatggaattttacagcttaaactgaaagccagatcggatgtt
tgtaaatggtagagagcctacggtgaattggtaagtccatctcgaatgcg
ctcagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_23452543_23452754
seq2: B6Ng01-305D05.b_39_250

seq1  GAATTCATTTTGGAAACTCAATTAACAAGACACTCGTAAAATTGAAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTGGAAACTCAATTAACAAGACACTCGTAAAATTGAAGCCA  50

seq1  CACTGGAACACAGAAGTGGAGGTAAGAATAGGACAACCAACAGTGGGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAACACAGAAGTGGAGGTAAGAATAGGACAACCAACAGTGGGAGG  100

seq1  GTAGTACACCTAGTGATGGTTGGTCCAAAGAATCCCTTAGTGAAGCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTACACCTAGTGATGGTTGGTCCAAAGAATCCCTTAGTGAAGCAGGA  150

seq1  CAAGGCATGCAAAAAGAGATGTCTGAGGACAATCCAGGAATATTGATGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCATGCAAAAAGAGATGTCTGAGGACAATCCAGGAATATTGATGGG  200

seq1  GAAGGAAGGGAG  212
      ||||||||||||
seq2  GAAGGAAGGGAG  212

seq1: chr12_23576461_23577637
seq2: B6Ng01-305D05.g_69_1275 (reverse)

seq1  AGCTGAGC-CATTTGAGATGG-CTTACC-ACTCACTGTAGG--CTCTATC  45
      |||||||| |||| ||||||| |||||| | |||| |||||  ||||| |
seq2  AGCTGAGCGCATTCGAGATGGACTTACCAATTCACCGTAGGCTCTCTACC  50

seq1  ATTTTCCAACATCCCATCTGGGCCTTCAGTTTTAACTGT-AAATTCCATC  94
      |||| | ||||||| |||| ||| |||||||| | |||| ||||||||| 
seq2  ATTTACAAACATCCGATCT-GGCTTTCAGTTTAAGCTGTAAAATTCCATT  99

seq1  TTCTTGGCC--AGAGCACC-TAG-TTCTCC--TGCCTAGGAATGTGCA-T  137
       ||||||||  |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||| |
seq2  CTCTTGGCCCAAGAGCACCTTAGTTTCTCCCTTGCCTAGGAATGTGCATT  149

seq1  TTGT-AGC-ACAGGG-CACTCGAGAG-TAGGGA-CCACAAT-CCAGCA-T  180
      |||| ||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||| |
seq2  TTGTAAGCAACAGGGCCACTCGAGAGATAGGGACCCACAATCCCAGCATT  199

seq1  GACTCAAGCATCTATACTTC-AAGAACCCAAG-AGACTGGAAAACACT-G  227
       ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  AACTCAAGCATCTATACTTCAAAGAACCCAAGAAGACTGGAAAACACTGG  249

seq1  GAGCAGGTCCTG-ACTGCTTGCTAAAGTATG-GGCTTCTCTGGTGATGCA  275
      |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||
seq2  GAGCAGGTCCTGAACTGCTTGCTAAAGTATGAGCCTTCTCTGGTGATACA  299

seq1  -GTC-TCCCA-GGTGA-CGGGGTGTTTCTGTCAAG-AAAGAGGCT-AAGG  319
       ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GGTCTTCCCAGGGTGACCGGGGTGTTTCTGTCAAGAAAAGAGGCTAAAGG  349

seq1  TGGGGATGGGGGGCTTTCTGCTTCTGGGAGCCTGCTTTATTGTCCTTCTT  369
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATGGGGGGCTTTCTGCTTCTGGGAGCCTGCTTTATTGTCCTTCTT  399

seq1  GGAGGGTTATTTAGCTAGCTTGCTCTATGACTGTTGGTCCTCTGTCCGAA  419
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTTATTTAGCTAGCTTGCTCTATGACTGTTGGTCCTCTGTCCGAA  449

seq1  GCATCTGTACTGAATCCTTGTCCCCTTTGGAGGGGAATAGTGTCACTGTC  469
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGTACTGAATCCTTGTCCCCTTTGGAGGGGAATAGTGTCACTGTC  499

seq1  ACTGACTGCAGTGGCTGAGAGTTCCTATGGCTCAGGGCTAGCTGCTGGAT  519
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTGCAGTGGCTGAGAGTTCCTATGGCTCAGGGCTAGCTGCTGGAT  549

seq1  ATTGAAGAGTCTCAGCAGCACTTAGCATTGTAAAGGTGTGTTTTCCCGTC  569
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGAGTCTCAGCAGCACTTAGCATTGTAAAGGTGTGTTTTCCCGTC  599

seq1  TGGGTGTAGTGGAACATGGCAGGGTGGGAGGACTATGCTCCACGGAGTCC  619
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTAGTGGAACATGGCAGGGTGGGAGGACTATGCTCCACGGAGTCC  649

seq1  CTCTAGGACTGAGGCTTCTTTACATAGAGCCCTTCTTTACTGGAGTTTCA  669
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGACTGAGGCTTCTTTACATAGAGCCCTTCTTTACTGGAGTTTCA  699

seq1  GAAAAGGATCAATCCTACCCTCTCTTTCTCCTTATCTCATACTGCTTGTG  719
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGATCAATCCTACCCTCTCTTTCTCCTTATCTCATACTGCTTGTG  749

seq1  CCATTGGTCCCAGGTGCTTAAGATGGCCAGACATATTCCCATTGTCACCA  769
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTGGTCCCAGGTGCTTAAGATGGCCAGACATATTCCCATTGTCACCA  799

seq1  CCCTTTCTTTGAATGACATTGCATGCAGGAGCAGATCTTCAAGCCATTGC  819
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTTGAATGACATTGCATGCAGGAGCAGATCTTCAAGCCATTGC  849

seq1  TCCTCAGAACCAGGTCCTGAGGATCAGACCCTTCCTTTTCCCTTTTCTAC  869
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAACCAGGTCCTGAGGATCAGACCCTTCCTTTTCCCTTTTCTAC  899

seq1  ATCTCATGAACCCCCAGCACCTCAGGGATAGCCCTGAAACATGGATTGAA  919
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATGAACCCCCAGCACCTCAGGGATAGCCCTGAAACATGGATTGAA  949

seq1  GGCTCCCGAGTGGTCTCCATCCTCCTGATGCTTACGCCTTGTTCTGTGCA  969
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCGAGTGGTCTCCATCCTCCTGATGCTTACGCCTTGTTCTGTGCA  999

seq1  TCCACAGAGGGTCACTTGGGATCTGCTTGGATGTGAGCTATGTCAAAGTT  1019
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGAGGGTCACTTGGGATCTGCTTGGATGTGAGCTATGTCAAAGTT  1049

seq1  CTCCCTGCCTCCAAATTAGTATTAGTACATCCTGGGAACAAGGCCATCTG  1069
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGCCTCCAAATTAGTATTAGTACATCCTGGGAACAAGGCCATCTG  1099

seq1  TGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1149

seq1  TGTGTGTACTATAACCACAACAGCAAGAATGTCCAAAACCAATGCAATGC  1169
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTACTATAACCACAACAGCAAGAATGTCCAAAACCAATGCAATGC  1199

seq1  ATGAATTC  1177
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1207