BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305O22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 42,901,001 - 43,009,296
singlet/doubletdoublet
Overlap geneImmp2l
Upstream geneLrrn3
Downstream geneEG638533
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305O22.bB6Ng01-305O22.g
ACCGA099098GA099099
length1,1321,122
definitionB6Ng01-305O22.b B6Ng01-305O22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,008,167 - 43,009,296)(42,901,001 - 42,902,117)
sequence
gaattcatcacacactatcctgcagatctgaattatagcactcttttatg
tagttatgctgtaaatcaccacccactatttatggcatttctgtgcttct
agccaaaatatcaagtaaatcaaattggagatgaaatatttttggcttaa
accaatccaatatgttcttgctcctgacagctgtaaaactcaagagttat
tttacatctccatgtttgaagtccaaaaatcacaattttggatgaccctg
tgcactacaactagaatcctggacatctcaggatggttgaaaaattagct
taggtgggaggtggggcaggagggagcagctccctgttactgggtaaaac
cacaggagaatcactgtacagcacattaactagaagccaaatgcaatgat
aacaaaaggtaggaatttataaaagattctcaaagttgaattgggcctgc
ctgttaacaggagttcaaatacaaagatacattgtgttgtactccacaaa
gtcagttaaaggataaagagtcaagcccccagttgagcctggtaattatt
ctaacaaaacattcatgaagaaagcaattgctcttcttcaaggctgttgt
aacaattactaaagagaacagacaagccagaggaagaataaagggtagag
ctaaaacaaggatgaaaacaataaaggaactattcacccccacgggggaa
tattgtcataattgcctgaggttcataagcaaaaataactacttcagtct
tattatcaggaaataatttaactcagccacagggtagttcataaacatac
aatgaatcaatttaacatttggaagataaaggcacaatctagtcttcaca
cgagtattagttgcccaggaatcatatggaatgtgtctcttcttctggat
tataatgcatgggacagtcagtacccacataactcttttctgtaggctta
aaaaggatttgttagtggttattacaacatgcctgaaatagcaaaaaact
cttcttgcctttagccagtcagttcttccagaataagataagaattcaat
tgttaatctttagtcacaaatactgatgatgagccgggacgtgatggtgt
tgtgctcacactttatccagcactcagtaggc
gaattccatatcccatgcattctgttctggctgcattaatgcccctgtgt
ctctgatgtaatcctttcttgttcttttaggcactaacagcaccacaact
ttgtaataaggaatgtctggatctttgctttttataaaagaaacacaatc
aaaaatatgatatgcccttcataattattttcaggatcatgttttttata
tctgaattccctctagtatattacacatataaacagagaattactgaaga
attaaatatttaaattagaagagttccagcaaatatattgtcttgagtaa
atacaccggtaaggattttgcttatagttctatcaaagtgcactatcatt
tagtctaatttactataaagcttaagagtataaggtctaaatcaaattgc
ccaaatccagatatcagccacttacacttgatttgactttaggcaagtta
tttaaccttctctgtaaatgaaaatagagtgctacctcatagatgggaag
atgggatgcgctagtgttttaaagcacactgaatgctttctgatacataa
ggaaggtctccgtgtaccctaggttgttttactgtcacttggcagcagga
gcagcgtcataataatttattatcatcaaatggtggaattttagtgcaga
atggatgttggatataatcatattggttttatagatgggcaaggggagcc
aaggagggatggaaataaaatgttcaaggatacacagttggtggaaggca
gcagtaaggcccgacacctgtcagctctaggtgcctcctgtcggtctttg
gtaaagtagctatggaattttatgagtacattaaatgaaatactttttca
gctgacaatcaccatatcttacagacaaaaaataatgggtaatctctgct
tcattgatgagtttgccaatgggccataagatttcgctttaagaatactt
tagtttaaattcagcatgaaactgttgtattacatgtatataacatccaa
tatttgtatgtatattcagaaaactgctattcatagaacttcgcagtatt
agctgcaagatgccagtatcatgggaaagaaaacactcaagatgctaaca
gttctatgttgcttgcaactta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_43008167_43009296
seq2: B6Ng01-305O22.b_51_1182 (reverse)

seq1  GCCTACTGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCGCCACCACCACCACCACGCC  50
      |||||||||||||| ||||  || ||||| ||   || ||||| |||| |
seq2  GCCTACTGAGTGCT-GGAT--AAAGTGTGAGC--ACAACACCATCACGTC  45

seq1  CCGGCTCATCATCAGTATTTGTGACTAAAGATTTACATTTGAATTC-TAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||
seq2  CCGGCTCATCATCAGTATTTGTGACTAAAGATTAACAATTGAATTCTTAT  95

seq1  C-TATTCTGGAAGAACTGACTGGCTAAAGGCAAGAAGAGTTTTTTGCTAT  148
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTTATTCTGGAAGAACTGACTGGCTAAAGGCAAGAAGAGTTTTTTGCTA-  144

seq1  TTTCAGGCATG-TGT-ATAACCACTAACAAATCC-TTTTAAGCCTACAG-  194
      ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  TTTCAGGCATGTTGTAATAACCACTAACAAATCCTTTTTAAGCCTACAGA  194

seq1  AAAGAGTTATGTGGGTACTGACTGT-CCATGCATTATAATCCAGAAGAAG  243
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTTATGTGGGTACTGACTGTCCCATGCATTATAATCCAGAAGAAG  244

seq1  AGACACATTCCATATGATTCCTGGGCAACTAATACTCGTGTGAAGACTAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATTCCATATGATTCCTGGGCAACTAATACTCGTGTGAAGACTAG  294

seq1  ATTGTGCC-TTATCTTCCAAATGTTAAATTGATTCATTGTATGTTTATGA  342
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGCCTTTATCTTCCAAATGTTAAATTGATTCATTGTATGTTTATGA  344

seq1  ACTACCCTGTGGCTGAGTTAAATTATTTCCTGATAATAAGACTGAAGTAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCCTGTGGCTGAGTTAAATTATTTCCTGATAATAAGACTGAAGTAG  394

seq1  TTATTTTTGCTTATGAACCTCAGGCAATTATGACAATATTCCCCCGTGGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTGCTTATGAACCTCAGGCAATTATGACAATATTCCCCCGTGGG  444

seq1  GGTGAATAGTTCCTTTATTGTTTTCATCCTTGTTTTAGCTCTACCCTTTA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATAGTTCCTTTATTGTTTTCATCCTTGTTTTAGCTCTACCCTTTA  494

seq1  TTCTTCCTCTGGCTTGTCTGTTCTCTTTAGTAATTGTTACAACAGCCTTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTCTGGCTTGTCTGTTCTCTTTAGTAATTGTTACAACAGCCTTG  544

seq1  AAGAAGAGCAATTGCTTTCTTCATGAATGTTTTGTTAGAATAATTACCAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAGCAATTGCTTTCTTCATGAATGTTTTGTTAGAATAATTACCAG  594

seq1  GCTCAACTGGGGGCTTGACTCTTTATCCTTTAACTGACTTTGTGGAGTAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACTGGGGGCTTGACTCTTTATCCTTTAACTGACTTTGTGGAGTAC  644

seq1  AACACAATGTATCTTTGTATTTGAACTCCTGTTAACAGGCAGGCCCAATT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAATGTATCTTTGTATTTGAACTCCTGTTAACAGGCAGGCCCAATT  694

seq1  CAACTTTGAGAATCTTTTATAAATTCCTACCTTTTGTTATCATTGCATTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTGAGAATCTTTTATAAATTCCTACCTTTTGTTATCATTGCATTT  744

seq1  GGCTTCTAGTTAATGTGCTGTACAGTGATTCTCCTGTGGTTTTACCCAGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTAGTTAATGTGCTGTACAGTGATTCTCCTGTGGTTTTACCCAGT  794

seq1  AACAGGGAGCTGCTCCCTCCTGCCCCACCTCCCACCTAAGCTAATTTTTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGAGCTGCTCCCTCCTGCCCCACCTCCCACCTAAGCTAATTTTTC  844

seq1  AACCATCCTGAGATGTCCAGGATTCTAGTTGTAGTGCACAGGGTCATCCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCCTGAGATGTCCAGGATTCTAGTTGTAGTGCACAGGGTCATCCA  894

seq1  AAATTGTGATTTTTGGACTTCAAACATGGAGATGTAAAATAACTCTTGAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTGATTTTTGGACTTCAAACATGGAGATGTAAAATAACTCTTGAG  944

seq1  TTTTACAGCTGTCAGGAGCAAGAACATATTGGATTGGTTTAAGCCAAAAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAGCTGTCAGGAGCAAGAACATATTGGATTGGTTTAAGCCAAAAA  994

seq1  TATTTCATCTCCAATTTGATTTACTTGATATTTTGGCTAGAAGCACAGAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATCTCCAATTTGATTTACTTGATATTTTGGCTAGAAGCACAGAA  1044

seq1  ATGCCATAAATAGTGGGTGGTGATTTACAGCATAACTACATAAAAGAGTG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATAAATAGTGGGTGGTGATTTACAGCATAACTACATAAAAGAGTG  1094

seq1  CTATAATTCAGATCTGCAGGATAGTGTGTGATGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATTCAGATCTGCAGGATAGTGTGTGATGAATTC  1132

seq1: chr12_42901001_42902117
seq2: B6Ng01-305O22.g_69_1190

seq1  GAATTCCATATCCCATGCATTCTGTTCTGGCTGCATTAATGCCCCTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATCCCATGCATTCTGTTCTGGCTGCATTAATGCCCCTGTGT  50

seq1  CTCTGATGTAATCCTTTCTTGTTCTTTTAGGCACTAACAGCACCACAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATGTAATCCTTTCTTGTTCTTTTAGGCACTAACAGCACCACAACT  100

seq1  TTGTAATAAGGAATGTCTGGATCTTTGCTTTTTATAAAAGAAACACAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATAAGGAATGTCTGGATCTTTGCTTTTTATAAAAGAAACACAATC  150

seq1  AAAAATATGATATGCCCTTCATAATTATTTTCAGGATCATGTTTTTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATGATATGCCCTTCATAATTATTTTCAGGATCATGTTTTTTATA  200

seq1  TCTGAATTCCCTCTAGTATATTACACATATAAACAGAGAATTACTGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATTCCCTCTAGTATATTACACATATAAACAGAGAATTACTGAAGA  250

seq1  ATTAAATATTTAAATTAGAAGAGTTCCAGCAAATATATTGTCTTGAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATATTTAAATTAGAAGAGTTCCAGCAAATATATTGTCTTGAGTAA  300

seq1  ATACACCGGTAAGGATTTTGCTTATAGTTCTATCAAAGTGCACTATCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACCGGTAAGGATTTTGCTTATAGTTCTATCAAAGTGCACTATCATT  350

seq1  TAGTCTAATTTACTATAAAGCTTAAGAGTATAAGGTCTAAATCAAATTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTAATTTACTATAAAGCTTAAGAGTATAAGGTCTAAATCAAATTGC  400

seq1  CCAAATCCAGATATCAGCCACTTACACTTGATTTGACTTTAGGCAAGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCCAGATATCAGCCACTTACACTTGATTTGACTTTAGGCAAGTTA  450

seq1  TTTAACCTTCTCTGTAAATGAAAATAGAGTGCTACCTCATAGATGGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCTTCTCTGTAAATGAAAATAGAGTGCTACCTCATAGATGGGAAG  500

seq1  ATGGGATGCGCTAGTGTTTTAAAGCACACTGAATGCTTTCTGATACATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATGCGCTAGTGTTTTAAAGCACACTGAATGCTTTCTGATACATAA  550

seq1  GGAAGGTCTCCGTGTACCCTAGGTTGTTTTACTGTCACTTGGCAGCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTCTCCGTGTACCCTAGGTTGTTTTACTGTCACTTGGCAGCAGGA  600

seq1  GCAGCGTCATAATAATTTATTATCATCAAATGGTGGAATTTTAGTGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCGTCATAATAATTTATTATCATCAAATGGTGGAATTTTAGTGCAGA  650

seq1  ATGGATGTTGGATATAATCATATTGGTTTTATAGATGGGCAAGGGGAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTTGGATATAATCATATTGGTTTTATAGATGGGCAAGGGGAGCC  700

seq1  AAGGAGGGATGGAAATAAAATGTTCAAGGATACACAGTTGGTGGAAGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGGATGGAAATAAAATGTTCAAGGATACACAGTTGGTGGAAGGCA  750

seq1  GCAGTAAGGCCCGACACCTGTCAGCTCTAGGTGCCTCCTGTCGGTCTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAGGCCCGACACCTGTCAGCTCTAGGTGCCTCCTGTCGGTCTTTG  800

seq1  GTAAAGTAGCTATGGAATTTTATGAGTACATTAAATGAAATAC-TTTTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTAAAGTAGCTATGGAATTTTATGAGTACATTAAATGAAATACTTTTTCA  850

seq1  GCTGACAATCACCATATCTTACAGACAAAAAATAATGGTAAATCTCTGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  GCTGACAATCACCATATCTTACAGACAAAAAATAATGGGTAATCTCTGCT  900

seq1  TCATTGATGAGTTTGCCAAT-GGCCATAAGATTTCGCTTTA--GATACTT  946
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  TCATTGATGAGTTTGCCAATGGGCCATAAGATTTCGCTTTAAGAATACTT  950

seq1  TAGTTTAAATTCAGCATG-AACTGTTGTA-TACATGTATTATAACATCCA  994
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TAGTTTAAATTCAGCATGAAACTGTTGTATTACATGTA-TATAACATCCA  999

seq1  TAATTTGTATGTATATTCAGAAAACTGCTATTCAATAGA--CTCGCAGTA  1042
        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||
seq2  ATATTTGTATGTATATTCAGAAAACTGCTATTC-ATAGAACTTCGCAGTA  1048

seq1  ATAGGCTGC-AGATGGCCCAGTATTCAT-GGAAAGAAAACAC-CAAGATG  1089
       || ||||| |||||  |||||| |||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TTA-GCTGCAAGATG--CCAGTA-TCATGGGAAAGAAAACACTCAAGATG  1094

seq1  CT-ACAGTTTTCTATG-TGCCTGCAACTTA  1117
      || ||||  ||||||| ||| |||||||||
seq2  CTAACAG--TTCTATGTTGCTTGCAACTTA  1122