BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310E02
Chromosome12 (Build37)
Map Location 118,987,402 - 119,090,617
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef5, Cdca7l
Upstream genePtprn2, LOC432713, LOC100042461, A930023M06Rik
Downstream geneDnahc11, Sp4, LOC100042993, LOC668611, EG668615, LOC620665, Sp8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310E02.bB6Ng01-310E02.g
ACCGA102283GA102284
length1,1771,112
definitionB6Ng01-310E02.b B6Ng01-310E02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,987,402 - 118,988,542)(119,089,497 - 119,090,617)
sequence
gaattcctgagcagcttctcccaagtctcccttctaggacagtcgcagtc
ctcagtgggttcctcagaccttctgctctgtccttgagccaaaaagaagc
tgcctacagaactgagtgggaccgagtgggtgccccacagcagtgctcca
gagagacagctcagggaccagatgaaggcacctgtctgacagatgacctt
tagtgtcacagatgaaatgttacatcgtggtcagaggtgaccccagccag
cactcccctctaggaacctgacctttgagtgaccttttcaatgatgataa
tgggctatatgaactctttcgggagccatccaagctccctgtgagactca
agtcaggcttcagagaaggtcatttgaggctgaggcccctgaccatattc
tgtatggaattatttgaagaatagctcagactgaagtctccaaatggtgt
ctggtgtctgacaccttagcacttacaactctgttctagtcagtcacaag
acctccaggacacaagggcttagacccacaggaagagtagacctagctcc
cccacaacaactcagagcccagcccaaaacagacatcctccagccgctct
ctatagcagcccttagcaaccctgaagatgttggcttcatgactggttat
tctaggaagtcaagatgcagaagtgttttgttcctaaaacatttctctct
gccctgggtatctcagaatcagagctcagttgtttcccatgctattgaga
agccagcatggtcagaggtgggaatgtgagccactgtcatcttgcattgc
actactctgtgataccccaaggatcccagtatacctgttagcagccaaag
gcctcaatcactagagttgtcagtctgagcaagttcatctccagtgtgtg
ggcatctataaacaatcacagggaaaccttttggtcactatttactctgc
cttcctgttggatgagtctgtttcatatcgccagaagaccttttcagggg
catggtgtgaaggatggtgagatatttctgtatcaagcttggcatgggat
cccctcttgacggcagtgtgggggaacacaagggacagaaaactgtactc
cctttattaaacggatcggccttttttacagcagaattgaggggagttag
ggcctttaccctgaaggccaaacagtg
gaattctggcagataacctaggaagcaaccaaaccaaccacttgggaagt
gctggcttaattcccctgcccgggaggtcagcagccaggatgggaagcac
acccacggactatgaatcttgattaccaacctggtcagctgctctcagtg
acttcattaagttgctactggcgtctgaacagaacaaatgacttgcttct
aggggacactgttaaagaaacacatatgctctcataggccatcctgaccc
caggtcactcggatgactaccacagagcgcttccgaagcccatcactgaa
aaacaccggaacatcaaacacactcatacctctaccagaggctgacaata
aaaatggtttctcattcatcaccagccagctagaggctctgttgcaggcc
cctctaacaccagatcacctgacaaggcctgcaggtgccagggcagaggg
atgacgtaccatgatcacatgatggcatttaaggaatcccacctagaggg
acacatacatgatgcttcttctcatagttcactaccagaggcaaagtaaa
tatcctttgcttgtttcaaagagccagcaaagcagaatcctgaaggaaaa
agccctaaacacaagaggtgaggcctggtgccttccacactggatcagaa
aggcgagcattctggaaatagaaggcactatacacacatgagacagccag
tcagcacctgtttattaagcatctactatgtactgggaagtgtgttgaga
tttgaaaaataacaaagaagaggtcatgttggaatacggcccaagaatgc
agtcatgggagaactctgggtgcttgtgagaaaacctgagacctgagttt
cttcaaacacagaactgttcttggatgtgatttttgtgcctcttccagga
atatgggataggagtgaatttacttcagctgttgttatggctatgtctct
atataaagttggggtttttttggtttttgttgtttttgcttgtccttgtg
atggaacacttactcatgcatttctcttaccctccagccataactgtata
tgtctgataaagctggcctattggctcaccttttagccccgaccttctca
gattcatgcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_118987402_118988542
seq2: B6Ng01-310E02.b_43_1219

seq1  GAATTCCTGAGCAGCTTCTCCCAAGTCTCCCTTCTAGGACAGTCGCAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAGCAGCTTCTCCCAAGTCTCCCTTCTAGGACAGTCGCAGTC  50

seq1  CTCAGTGGGTTCCTCAGACCTTCTGCTCTGTCCTTGAGCCAAAAAGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGGGTTCCTCAGACCTTCTGCTCTGTCCTTGAGCCAAAAAGAAGC  100

seq1  TGCCTACAGAACTGAGTGGGACCGAGTGGGTGCCCCACAGCAGTGCTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACAGAACTGAGTGGGACCGAGTGGGTGCCCCACAGCAGTGCTCCA  150

seq1  GAGAGACAGCTCAGGGACCAGATGAAGGCACCTGTCTGACAGATGACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACAGCTCAGGGACCAGATGAAGGCACCTGTCTGACAGATGACCTT  200

seq1  TAGTGTCACAGATGAAATGTTACATCGTGGTCAGAGGTGACCCCAGCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTCACAGATGAAATGTTACATCGTGGTCAGAGGTGACCCCAGCCAG  250

seq1  CACTCCCCTCTAGGAACCTGACCTTTGAGTGACCTTTTCAATGATGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCCTCTAGGAACCTGACCTTTGAGTGACCTTTTCAATGATGATAA  300

seq1  TGGGCTATATGAACTCTTTCGGGAGCCATCCAAGCTCCCTGTGAGACTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTATATGAACTCTTTCGGGAGCCATCCAAGCTCCCTGTGAGACTCA  350

seq1  AGTCAGGCTTCAGAGAAGGTCATTTGAGGCTGAGGCCCCTGACCATATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGCTTCAGAGAAGGTCATTTGAGGCTGAGGCCCCTGACCATATTC  400

seq1  TGTATGGAATTATTTGAAGAATAGCTCAGACTGAAGTCTCCAAATGGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGAATTATTTGAAGAATAGCTCAGACTGAAGTCTCCAAATGGTGT  450

seq1  CTGGTGTCTGACACCTTAGCACTTACAACTCTGTTCTAGTCAGTCACAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTCTGACACCTTAGCACTTACAACTCTGTTCTAGTCAGTCACAAG  500

seq1  ACCTCCAGGACACAAGGGCTTAGACCCACAGGAAGAGTAGACCTAGCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCAGGACACAAGGGCTTAGACCCACAGGAAGAGTAGACCTAGCTCC  550

seq1  CCCACAACAACTCAGAGCCCAGCCCAAAACAGACATCCTCCAGCCGCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAACAACTCAGAGCCCAGCCCAAAACAGACATCCTCCAGCCGCTCT  600

seq1  CTATAGCAGCCCTTAGCAACCCTGAAGATGTTGGCTTCATGACTGGTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCAGCCCTTAGCAACCCTGAAGATGTTGGCTTCATGACTGGTTAT  650

seq1  TCTAGGAAGTCAAGATGCAGAAGTGTTTTGTTCCTAAAACATTTCTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAAGTCAAGATGCAGAAGTGTTTTGTTCCTAAAACATTTCTCTCT  700

seq1  GCCCTGGGTATCTCAGAATCAGAGCTCAGTTGTTTCCCATGCTATTGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGGTATCTCAGAATCAGAGCTCAGTTGTTTCCCATGCTATTGAGA  750

seq1  AGCCAGCATGGTCAGAGGTGGGAATGTGAGCCACTGTCATCTTGCATTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCATGGTCAGAGGTGGGAATGTGAGCCACTGTCATCTTGCATTGC  800

seq1  ACTACTCTGTGATACCCCAAGGATCCCAGTATACCTGTTAGCAGCCAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCTGTGATACCCCAAGGATCCCAGTATACCTGTTAGCAGCCAAAG  850

seq1  GCCTCAATCACTAGAGTTGTCAGTCTGAGCAAGTTCATCTCCAGTGTGT-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCTCAATCACTAGAGTTGTCAGTCTGAGCAAGTTCATCTCCAGTGTGTG  900

seq1  GGCATCTATAAACAATCACAGGG-AACCTTTTGGTCACTATTTACTCTGC  948
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCTATAAACAATCACAGGGAAACCTTTTGGTCACTATTTACTCTGC  950

seq1  C-TCCTGTT-GATGAGTCTGTTTCATATCGCCAGAAGACC-TTTCA-GGG  994
      | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  CTTCCTGTTGGATGAGTCTGTTTCATATCGCCAGAAGACCTTTTCAGGGG  1000

seq1  CAT-GTGTG-AGGAT-GTGAGATA-TTCTGTATC-AGCTT-GCAT-GGAT  1037
      ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||
seq2  CATGGTGTGAAGGATGGTGAGATATTTCTGTATCAAGCTTGGCATGGGAT  1050

seq1  CCCCTC-TGAC-GCAGT----GGGGACACA--GGACAG-AAACTGTACTC  1078
      |||||| |||| |||||    ||| |||||  |||||| |||||||||||
seq2  CCCCTCTTGACGGCAGTGTGGGGGAACACAAGGGACAGAAAACTGTACTC  1100

seq1  C--TTA-TAAAC-GATCG--CCTTTTACCAGCAGA--TGA--GGAGT--A  1116
      |  ||| ||||| |||||  | ||||  |||||||  |||  |||||   
seq2  CCTTTATTAAACGGATCGGCCTTTTTTACAGCAGAATTGAGGGGAGTTAG  1150

seq1  GGCCTTTACCCTGAAG--CAAACAGTG  1141
      ||||||||||||||||  |||||||||
seq2  GGCCTTTACCCTGAAGGCCAAACAGTG  1177

seq1: chr12_119089497_119090617
seq2: B6Ng01-310E02.g_66_1177 (reverse)

seq1  GCTGCATGAACCTGGGAGGGTGGGGCCTAAAA-GTGAGGCAATA-GCCAG  48
      |||||||||| ||| || ||| ||| |||||| ||||| ||||| |||||
seq2  GCTGCATGAATCTGAGAAGGTCGGGGCTAAAAGGTGAGCCAATAGGCCAG  50

seq1  CTTTATTCAGAACATTATACAGTTTATGCTTGGAGGGTTAAGAGAAATTG  98
      ||||| |||| ||| ||||||| |||||  ||||||| ||||||||| ||
seq2  CTTTA-TCAG-ACA-TATACAG-TTATGGCTGGAGGG-TAAGAGAAA-TG  94

seq1  CATGAGTAAGGTGTTCAATCACAAGGACAAGCAAAAAACAAACAAAAAAC  148
      ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| |
seq2  CATGAGTAA-GTGTTCCATCACAAGGACAAGCAAAAA--CAACAAAAACC  141

seq1  AAAAAAACCCCAAACTTTATATAGAGACATAGCCATAACAACAGCTGAAG  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCCC-AACTTTATATAGAGACATAGCCATAACAACAGCTGAAG  190

seq1  TAAATTCACTCCTATCCCATATTCCTGGAAGAGGCACAAAAATCACATCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCACTCCTATCCCATATTCCTGGAAGAGGCACAAAAATCACATCC  240

seq1  AAGAACAGTTCTGTGTTTTGAAGAAACTCAGGTCTCAGGTTTTCTCACAA  298
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAGTTCTGTG-TTTGAAGAAACTCAGGTCTCAGGTTTTCTCACAA  289

seq1  GCACCCAGAGTTCTCCCATGACTGCATTCTTGGGCCGTATTCCAACATGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCAGAGTTCTCCCATGACTGCATTCTTGGGCCGTATTCCAACATGA  339

seq1  CCTCTTCTTTGTTATTTTTCAAATCTCAACACACTTCCCAGTACATAGTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTTTGTTATTTTTCAAATCTCAACACACTTCCCAGTACATAGTA  389

seq1  GATGCTTAATAAACAGGTGCTGACTGGCTGTCTCATGTGTGTATAGTGCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTAATAAACAGGTGCTGACTGGCTGTCTCATGTGTGTATAGTGCC  439

seq1  TTCTATTTCCAGAATGCTCGCCTTTCTGATCCAGTGTGGAAGGCACCAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTCCAGAATGCTCGCCTTTCTGATCCAGTGTGGAAGGCACCAGG  489

seq1  CCTCACCTCTTGTGTTTAGGGCTTTTTCCTTCAGGATTCTGCTTTGCTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCTCTTGTGTTTAGGGCTTTTTCCTTCAGGATTCTGCTTTGCTGG  539

seq1  CTCTTTGAAACAAGCAAAGGATATTTACTTTGCCTCTGGTAGTGAACTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGAAACAAGCAAAGGATATTTACTTTGCCTCTGGTAGTGAACTAT  589

seq1  GAGAAGAAGCATCATGTATGTGTCCCTCTAGGTGGGATTCCTTAAATGCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAAGCATCATGTATGTGTCCCTCTAGGTGGGATTCCTTAAATGCC  639

seq1  ATCATGTGATCATGGTACGTCATCCCTCTGCCCTGGCACCTGCAGGCCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTGATCATGGTACGTCATCCCTCTGCCCTGGCACCTGCAGGCCTT  689

seq1  GTCAGGTGATCTGGTGTTAGAGGGGCCTGCAACAGAGCCTCTAGCTGGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGTGATCTGGTGTTAGAGGGGCCTGCAACAGAGCCTCTAGCTGGCT  739

seq1  GGTGATGAATGAGAAACCATTTTTATTGTCAGCCTCTGGTAGAGGTATGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGAATGAGAAACCATTTTTATTGTCAGCCTCTGGTAGAGGTATGA  789

seq1  GTGTGTTTGATGTTCCGGTGTTTTTCAGTGATGGGCTTCGGAAGCGCTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTGATGTTCCGGTGTTTTTCAGTGATGGGCTTCGGAAGCGCTCT  839

seq1  GTGGTAGTCATCCGAGTGACCTGGGGTCAGGATGGCCTATGAGAGCATAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGTCATCCGAGTGACCTGGGGTCAGGATGGCCTATGAGAGCATAT  889

seq1  GTGTTTCTTTAACAGTGTCCCCTAGAAGCAAGTCATTTGTTCTGTTCAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTTTAACAGTGTCCCCTAGAAGCAAGTCATTTGTTCTGTTCAGA  939

seq1  CGCCAGTAGCAACTTAATGAAGTCACTGAGAGCAGCTGACCAGGTTGGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAGTAGCAACTTAATGAAGTCACTGAGAGCAGCTGACCAGGTTGGTA  989

seq1  ATCAAGATTCATAGTCCGTGGGTGTGCTTCCCATCCTGGCTGCTGACCTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGATTCATAGTCCGTGGGTGTGCTTCCCATCCTGGCTGCTGACCTC  1039

seq1  CCGGGCAGGGGAATTAAGCCAGCACTTCCCAAGTGGTTGGTTTGGTTGCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGCAGGGGAATTAAGCCAGCACTTCCCAAGTGGTTGGTTTGGTTGCT  1089

seq1  TCCTAGGTTATCTGCCAGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGTTATCTGCCAGAATTC  1112