BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311K19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 31,721,444 - 31,859,145
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9030611O19Rik, LOC668781, LOC100043065
Upstream geneTpo, Sntg2, Tmem18, LOC100043055, Acp1, Sh3yl1, LOC629656
Downstream geneLOC100043514, EG629667, LOC100043068, Lamb1-1, Dld, LOC668786, Slc26a3, Cbll1, Slc26a4, LOC100043531, Bcap29, Dus4l, LOC100043081, Gpr22, Hbp1, Prkar2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311K19.bB6Ng01-311K19.g
ACCGA103334GA103335
length1,147995
definitionB6Ng01-311K19.b B6Ng01-311K19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,721,444 - 31,722,580)(31,858,152 - 31,859,145)
sequence
gaattcattaaatgactagatgaggctgaaaaacccaataatacaactag
aaaactcaaggcaaaggcttagaagtagaacaaaccatgcagaggataac
ctataaagactttaaggtaaagtggagtatatagataaaataagcaaagt
ctatgaaaagcatttaaagccctaaaaaggaatatatggaaaatgtggga
caccattaaagaccgaatcttctaattgcaggagtagactaaggagaaga
gtccaaggtctacggcatagactaggtcttcacagattatagaagaaagc
ttccccaaactaaggaaagacatatccatacagatacaataagcacaaag
actactaaatagacaagacatataatagttaaagaactaagtatagagaa
caaagtattagaagctagaagaggataagcacaagccacatataaaggaa
aattcataagaataacaccttatttcttaatggaaacttggtgtcccagt
gaaaactgtccaatagatggatggttggtacaaaaaatgtaagcagagaa
acatcagaattaaatgacatcatacatcaaatggacttgacagatatata
tagactgttgaacccaaacaccaaagaatatatatattctattcagtagt
gtacagaagtttctctaaagtaaactatatcctggtgatacaaaacaaat
cttaataaattcagaaagtttgaagtaattccatgtatcctatctggcca
taatgcagtaaagtttaacagcaacaacaaacaaatctctggtaagtaca
caaactcatggagataaaacaacccattattgaatgatgggtgggtcaaa
aaagaaatcacaaaagatatcaaaacattttctgtccatattctggccca
caactctggaataagacttctgctttatctgaggtcagacctgttctagg
gacccccaaatagacacagccaactgcctgctacactctttaaagtctta
caaaacattccccaacagcatctcctccttaggctcttgttatttctggg
cccacaaactttgcagagatgacttctaccttaccagaaggttcacaaac
ctctgattcctcaaggacttaggaactcgaagactatagcacccaga
gaattctccatgctaatgaggtatctagtgtttagccaatgagcttccct
tcctgggcatcccttcctgcaaaagctatttaatctctggctcaccctga
gtaagatgtatgcttcttcatccaccatgaaaaaaatggtttggacaagc
agggattgtctccatcaaggatgggggggggtgctttgtcataaagagcc
tcttagatctcctgtagaaggcttctcttccagctcctccgtactttagc
actcacttggagccaagtcagattctgccccatcctaggctcagcacagg
ccctcagacttgttctcaatttcttgcctcctgagccatgccggtgtcca
cagaagtttgaggatcatagcacccatcccagatctcactgtttctttcc
atgaagaacatggagtgggacccttatccttgactgcattctgcctttac
tgagcaacattccagcagttctccagtccccagaggcaaggcctgtggcc
cttgcatttcaccttcccggagcagcgtatcacttgcattccgacaccct
agcagcagcgaggcagaaatgcagaccaactgagaatgaccagatcagaa
cggagtgttctactaacacattagagtaagcacctccagcatcagtgaca
gggagagcatacatggatgtgatacctcaggcttcattatccaacccaga
cagagaggctcagatgtctggctgtgaagatctgcactgctccaaggtac
aatacagagattacaacaatgctatcaccacatagcaaacagcccaccac
cctggccagcctccctgcccttgtacaatggacacccctctcccatgttc
agcatttgggtaatgaggctgggagtgaatgaaacaaaatttaattattt
ccctctcgcagccccagagtttgctggagcttagtcccttaggatctccc
tgaagaagtctaccagtctacctgcacaatcaataaaacccatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_31721444_31722580
seq2: B6Ng01-311K19.b_47_1193

seq1  GAATTCATTAAATGACTAGATGAGGCTGAAAAACCCAATAATACAACTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAAATGACTAGATGAGGCTGAAAAACCCAATAATACAACTAG  50

seq1  AAAACTCAAGGCAAAGGCTTAGAAGTAGAACAAACCATGCAGAGGATAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCAAGGCAAAGGCTTAGAAGTAGAACAAACCATGCAGAGGATAAC  100

seq1  CTATAAAGACTTTAAGGTAAAGTGGAGTATATAGATAAAATAAGCAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAGACTTTAAGGTAAAGTGGAGTATATAGATAAAATAAGCAAAGT  150

seq1  CTATGAAAAGCATTTAAAGCCCTAAAAAGGAATATATGGAAAATGTGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAAAAGCATTTAAAGCCCTAAAAAGGAATATATGGAAAATGTGGGA  200

seq1  CACCATTAAAGACCGAATCTTCTAATTGCAGGAGTAGACTAAGGAGAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTAAAGACCGAATCTTCTAATTGCAGGAGTAGACTAAGGAGAAGA  250

seq1  GTCCAAGGTCTACGGCATAGACTAGGTCTTCACAGATTATAGAAGAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGGTCTACGGCATAGACTAGGTCTTCACAGATTATAGAAGAAAGC  300

seq1  TTCCCCAAACTAAGGAAAGACATATCCATACAGATACAATAAGCACAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAAACTAAGGAAAGACATATCCATACAGATACAATAAGCACAAAG  350

seq1  ACTACTAAATAGACAAGACATATAATAGTTAAAGAACTAAGTATAGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTAAATAGACAAGACATATAATAGTTAAAGAACTAAGTATAGAGAA  400

seq1  CAAAGTATTAGAAGCTAGAAGAGGATAAGCACAAGCCACATATAAAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATTAGAAGCTAGAAGAGGATAAGCACAAGCCACATATAAAGGAA  450

seq1  AATTCATAAGAATAACACCTTATTTCTTAATGGAAACTTGGTGTCCCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATAAGAATAACACCTTATTTCTTAATGGAAACTTGGTGTCCCAGT  500

seq1  GAAAACTGTCCAATAGATGGATGGTTGGTACAAAAAATGTAAGCAGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTGTCCAATAGATGGATGGTTGGTACAAAAAATGTAAGCAGAGAA  550

seq1  ACATCAGAATTAAATGACATCATACATCAAATGGACTTGACAGATATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGAATTAAATGACATCATACATCAAATGGACTTGACAGATATATA  600

seq1  TAGACTGTTGAACCCAAACACCAAAGAATATATATATTCTATTCAGTAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGTTGAACCCAAACACCAAAGAATATATATATTCTATTCAGTAGT  650

seq1  GTACAGAAGTTTCTCTAAAGTAAACTATATCCTGGTGATACAAAACAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAAGTTTCTCTAAAGTAAACTATATCCTGGTGATACAAAACAAAT  700

seq1  CTTAATAAATTCAGAAAGTTTGAAGTAATTCCATGTATCCTATCTGGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAAATTCAGAAAGTTTGAAGTAATTCCATGTATCCTATCTGGCCA  750

seq1  TAATGCAGTAAAGTTTAACAGCAACAACAAACAAATCTCTGGTAAGTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAGTAAAGTTTAACAGCAACAACAAACAAATCTCTGGTAAGTACA  800

seq1  CAAACTCATGGAGATAAAACAACCCATTATTGAATGATGGGTGGGTCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCATGGAGATAAAACAACCCATTATTGAATGATGGGTGGGTCAAA  850

seq1  AAAGAAATCACAAAAGATATCAAAACATTTTCTGTCCATATTCTGGCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATCACAAAAGATATCAAAACATTTTCTGTCCATATTCTGGCCCA  900

seq1  CAACTCTGGAATAAGACTTCTGCTTTATCTGAGGTCAGACCTGTTCTAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTGGAATAAGACTTCTGCTTTATCTGAGGTCAGACCTGTTCTAGG  950

seq1  GACCCCCAAATAAGACACAGCCAACTGCCTGCTAACACTCTTTAAAGTCT  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GACCCCCAAAT-AGACACAGCCAACTGCCTGCT-ACACTCTTTAAAGTCT  998

seq1  TAC-AAACATTCCCCAACAGCATCTCCTCCCTTAGGCTC-TGT--ATTCT  1046
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||   ||||
seq2  TACAAAACATTCCCCAACAGCATCTCCT-CCTTAGGCTCTTGTTATTTCT  1047

seq1  -GGCCCACAACTTTGGCAGAAGATGACTTCTACTTTACCAGA--GGTCAC  1093
       |||||||||  || |||| ||||||||||||| ||||||||  | ||||
seq2  GGGCCCACAAACTTTGCAG-AGATGACTTCTACCTTACCAGAAGGTTCAC  1096

seq1  A---CTCTGGTT-CTC-AGGAC-TAGGAACTCAGAGACTA-AGCACCCAG  1136
      |   ||||| || ||| ||||| |||||||||  |||||| |||||||||
seq2  AAACCTCTGATTCCTCAAGGACTTAGGAACTCGAAGACTATAGCACCCAG  1146

seq1  A  1137
      |
seq2  A  1147

seq1: chr12_31858152_31859145
seq2: B6Ng01-311K19.g_69_1063 (reverse)

seq1  GTATGGGTTTTATTGATTGTTGCAGGTAGACTGGTAGAACTTC-TCAGGG  49
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  GTATGGGTTTTATTGATTG-TGCAGGTAGACTGGTAG-ACTTCTTCAGGG  48

seq1  AGATCCTAAGGGACTAAGCTCCAGCAAACTCTGGGGCTGCGAGA-GGAAA  98
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGATCCTAAGGGACTAAGCTCCAGCAAACTCTGGGGCTGCGAGAGGGAAA  98

seq1  TAATTAAATTTTGTTTCATTCACT-CCAGCCTCATTACCCAAATGCTGAA  147
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAATTTTGTTTCATTCACTCCCAGCCTCATTACCCAAATGCTGAA  148

seq1  CATGGGAGAGGGGTGTCCATTGTACAAGGGCAGGGAGGCTGGCCAGGGTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGAGAGGGGTGTCCATTGTACAAGGGCAGGGAGGCTGGCCAGGGTG  198

seq1  GTGGGCTGTTTGCTATGTGGTGATAGCATTGTTGTAATCTCTGTATTGTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTGTTTGCTATGTGGTGATAGCATTGTTGTAATCTCTGTATTGTA  248

seq1  CCTTGGAGCAGTGCAGATCTTCACAGCCAGACATCTGAGCCTCTCTGTCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAGCAGTGCAGATCTTCACAGCCAGACATCTGAGCCTCTCTGTCT  298

seq1  GGGTTGGATAATGAAGCCTGAGGTATCACATCCATGTATGCTCTCCCTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGATAATGAAGCCTGAGGTATCACATCCATGTATGCTCTCCCTGT  348

seq1  CACTGATGCTGGAGGTGCTTACTCTAATGTGTTAGTAGAACACTCCGTTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATGCTGGAGGTGCTTACTCTAATGTGTTAGTAGAACACTCCGTTC  398

seq1  TGATCTGGTCATTCTCAGTTGGTCTGCATTTCTGCCTCGCTGCTGCTAGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGGTCATTCTCAGTTGGTCTGCATTTCTGCCTCGCTGCTGCTAGG  448

seq1  GTGTCGGAATGCAAGTGATACGCTGCTCCGGGAAGGTGAAATGCAAGGGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCGGAATGCAAGTGATACGCTGCTCCGGGAAGGTGAAATGCAAGGGC  498

seq1  CACAGGCCTTGCCTCTGGGGACTGGAGAACTGCTGGAATGTTGCTCAGTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCCTTGCCTCTGGGGACTGGAGAACTGCTGGAATGTTGCTCAGTA  548

seq1  AAGGCAGAATGCAGTCAAGGATAAGGGTCCCACTCCATGTTCTTCATGGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAATGCAGTCAAGGATAAGGGTCCCACTCCATGTTCTTCATGGA  598

seq1  AAGAAACAGTGAGATCTGGGATGGGTGCTATGATCCTCAAACTTCTGTGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAGTGAGATCTGGGATGGGTGCTATGATCCTCAAACTTCTGTGG  648

seq1  ACACCGGCATGGCTCAGGAGGCAAGAAATTGAGAACAAGTCTGAGGGCCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCGGCATGGCTCAGGAGGCAAGAAATTGAGAACAAGTCTGAGGGCCT  698

seq1  GTGCTGAGCCTAGGATGGGGCAGAATCTGACTTGGCTCCAAGTGAGTGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGCCTAGGATGGGGCAGAATCTGACTTGGCTCCAAGTGAGTGCT  748

seq1  AAAGTACGGAGGAGCTGGAAGAGAAGCCTTCTACAGGAGATCTAAGAGGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACGGAGGAGCTGGAAGAGAAGCCTTCTACAGGAGATCTAAGAGGC  798

seq1  TCTTTATGACAAAGCACCCCCCCCCATCCTTGATGGAGACAATCCCTGCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGACAAAGCACCCCCCCCCATCCTTGATGGAGACAATCCCTGCT  848

seq1  TGTCCAAACCATTTTTTTCATGGTGGATGAAGAAGCATACATCTTACTCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAAACCATTTTTTTCATGGTGGATGAAGAAGCATACATCTTACTCA  898

seq1  GGGTGAGCCAGAGATTAAATAGCTTTTGCAGGAAGGGATGCCCAGGAAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGCCAGAGATTAAATAGCTTTTGCAGGAAGGGATGCCCAGGAAGG  948

seq1  GAAGCTCATTGGCTAAACACTAGATACCTCATTAGCATGGAGAATTC  994
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCATTGGCTAAACACTAGATACCTCATTAGCATGGAGAATTC  995