BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311O23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 40,329,668 - 40,450,423
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDgkb, LOC668824, LOC100043142, Etv1, LOC100043145
Downstream geneLOC100043148, Arl4a, LOC100043606, Scin, Gm889, Ifrd1, EG629820, Zfp277, Dock4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311O23.bB6Ng01-311O23.g
ACCGA103529GA103530
length1,0531,068
definitionB6Ng01-311O23.b B6Ng01-311O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,449,358 - 40,450,423)(40,329,668 - 40,330,737)
sequence
gaattcttgcttctacttcccttcatgatgtgctatggtttagacatgta
agctgaataaatttttccctcatcaagttgtcttttcacagcattagaga
gcaaattaggacatgagctaggtcaaaatcaatctctgttatctgatttc
acctcgtttacttctcaaacaagagttttttcaacattcactggttttgc
tgaaatctaaacactttcatgtgatacatagtaaagactttgaattttga
tttattatgtatttttctatattgattgtaacctgctgttatttgaccaa
tgaaattggcctggtcgtggattcagatactgatgtcattttactaaatg
atgtctaactttctagctgtcaccccattgtccacacagcttagtgacag
atgaataatgtaactggacacacagaagaacacagtcaaacatcaagtac
ttttaaattctatctcaactattacattttgcaatatctaggttatctgt
gaaagtacttgtagttttccagtggctctggattatgtacctacctattt
tccccccctatggctctctcatgcatagagtctcactgataaattctgaa
tcatatattgtttactcaagttgagactgtcaccccatggacagcagatc
aaccatttcactaatggggttgttacttgttattattagttaaaagattg
ataagaatttggttttacttcctgtcccatcaggctctgtcttctgctaa
ggatgctgtttgttttcccagccagaccagcttaagtaaaaccagaaaga
caatggagttggaggcagggtatcaggaggcaaggcttgaccacagactc
ctgctgttactgcaacttctagcaatcaccttgtcctaacctcatgatac
acacactggtttggtcaaaccgtagaaacttgaggcaacataatgggtat
tttctatctcaatttggagtgtggggggtagtgttctaacatgagtagat
ttgctgggtcatcttttactctggaaacatgatctggaacagtttagttt
atg

gaattcttcagagcacaatgacaccatcaggcttgaaatattttgctgta
atgatggaaagggtccaagtaatcaacctacaatctgaacgtctagtttg
gttttcgtgttagttattagacatgttcacaaatattttccttccgtgtt
catggtaatttactgcactttaacaatgaggggagactatgcaaacatat
ttacctaatgaaatatgagaagtatctcatcacatattagtcagggttct
ctagagccacagaacttatggaatgtctctatatattaagggaatttact
atgatgacttatagtctgtagtccaactagcccaacaatggccagctgtg
gattggaagtccaagaatgtaccaattgctcagtcccttgagacttttga
gctggccttctgtagaagcaggttccaacagatgtgctggcaagtaatgc
aagaagttgaagaagagtgacttttcctccttccaatgttcttataaggc
ctccagcagaagattttggctcagattaatggtgtgtattaccacacctg
gatctggaatttgttttgtcccagaatgatcttgaactcagagatctgct
tatctcagtcttctgggattaaaagtcttctgggattactaccttgcctg
ggcctaatcttttcatgacaactatgcctcaagatctccatgtcaaggtc
caggacagaaatctgtatcttccagcctgaagatctggatcacaagtgta
ccccccatttctggatttttgttcattccagatgaagtcaaggtgacaac
caggaacagccatcacacatcacttctgggcaaagttccttgatcacggg
tatgggaattgtttcaaaagtccatattgaaaaaaattcttccatcgtca
acctagtcctttgatgtcttagaattaaaaaaaaaaaaattgctgctagt
tcaccactaaataccacagcatttgatagatcatctactcttgaccagaa
caaggagtgtctctgatctgaaatcctcagagtttaccaatatggatgta
caatctttgacagtgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_40449358_40450423
seq2: B6Ng01-311O23.b_49_1101 (reverse)

seq1  CATAAACCTAAAACTGTTTCAGAATCCAATGTTTCCCAGAGTAAAAGAAT  50
      |||||||   |||||||| ||| |||  |||||| |||||||||||| ||
seq2  CATAAAC--TAAACTGTTCCAG-ATC--ATGTTT-CCAGAGTAAAAG-AT  43

seq1  GAACCAGCAAATCTACTCATGTTTAGAAACACTACCCCCCAACACTCCAA  100
      || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  GACCCAGCAAATCTACTCATG-TTAG-AACACTACCCCCC-ACACTCCAA  90

seq1  ATTGAGATAGAAAATACCCATTATGTTGCCTTCAAGTTTCTACGGTTTGA  150
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGATAGAAAATACCCATTATGTTGCC-TCAAGTTTCTACGGTTTGA  139

seq1  CCAAACCAGTGTGTGTTATCATGAGGTTAGGACAAGGTGATTGCTAGAAG  200
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCAGTGTGTG-TATCATGAGGTTAGGACAAGGTGATTGCTAGAAG  188

seq1  TTGCAGTAACAGCAGGAGTCTGTGGTCAAGCCTTGCCTCCCTGATACCCT  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGCAGTAACAGCAGGAGTCTGTGGTCAAGCCTTGCCT-CCTGATACCCT  237

seq1  GCCTCCAACTCCATTGTCTTTCTGGTTTTACTTAAGCTGGTCTGGCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCAACTCCATTGTCTTTCTGGTTTTACTTAAGCTGGTCTGGCTGGG  287

seq1  AAAACAAACAGCATCCTTAGCAGAAGACAGAGCCTGATGGGACAGGAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAACAGCATCCTTAGCAGAAGACAGAGCCTGATGGGACAGGAAGT  337

seq1  AAAACCAAATTCTTATCAATCTTTTAACTAATAATAACAAGTAACAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAAATTCTTATCAATCTTTTAACTAATAATAACAAGTAACAACCC  387

seq1  CATTAGTGAAATGGTTGATCTGCTGTCCATGGGGTGACAGTCTCAACTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTGAAATGGTTGATCTGCTGTCCATGGGGTGACAGTCTCAACTTG  437

seq1  AGTAAACAATATATGATTCAGAATTTATCAGTGAGACTCTATGCATGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACAATATATGATTCAGAATTTATCAGTGAGACTCTATGCATGAGA  487

seq1  GAGCCATAGGGGGGGAAAATAGGTAGGTACATAATCCAGAGCCACTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATAGGGGGGGAAAATAGGTAGGTACATAATCCAGAGCCACTGGAA  537

seq1  AACTACAAGTACTTTCACAGATAACCTAGATATTGCAAAATGTAATAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAAGTACTTTCACAGATAACCTAGATATTGCAAAATGTAATAGTT  587

seq1  GAGATAGAATTTAAAAGTACTTGATGTTTGACTGTGTTCTTCTGTGTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGAATTTAAAAGTACTTGATGTTTGACTGTGTTCTTCTGTGTGTC  637

seq1  CAGTTACATTATTCATCTGTCACTAAGCTGTGTGGACAATGGGGTGACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACATTATTCATCTGTCACTAAGCTGTGTGGACAATGGGGTGACAG  687

seq1  CTAGAAAGTTAGACATCATTTAGTAAAATGACATCAGTATCTGAATCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAGTTAGACATCATTTAGTAAAATGACATCAGTATCTGAATCCAC  737

seq1  GACCAGGCCAATTTCATTGGTCAAATAACAGCAGGTTACAATCAATATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGCCAATTTCATTGGTCAAATAACAGCAGGTTACAATCAATATAG  787

seq1  AAAAATACATAATAAATCAAAATTCAAAGTCTTTACTATGTATCACATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATACATAATAAATCAAAATTCAAAGTCTTTACTATGTATCACATGA  837

seq1  AAGTGTTTAGATTTCAGCAAAACCAGTGAATGTTGAAAAAACTCTTGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTTAGATTTCAGCAAAACCAGTGAATGTTGAAAAAACTCTTGTTT  887

seq1  GAGAAGTAAACGAGGTGAAATCAGATAACAGAGATTGATTTTGACCTAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTAAACGAGGTGAAATCAGATAACAGAGATTGATTTTGACCTAGC  937

seq1  TCATGTCCTAATTTGCTCTCTAATGCTGTGAAAAGACAACTTGATGAGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCCTAATTTGCTCTCTAATGCTGTGAAAAGACAACTTGATGAGGG  987

seq1  AAAAATTTATTCAGCTTACATGTCTAAACCATAGCACATCATGAAGGGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTTATTCAGCTTACATGTCTAAACCATAGCACATCATGAAGGGAA  1037

seq1  GTAGAAGCAAGAATTC  1066
      ||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGCAAGAATTC  1053


seq1: chr12_40329668_40330737
seq2: B6Ng01-311O23.g_67_1134

seq1  GAATTCTTCAGAGCACAATGACACCATCAGGCTTGAAATATTTTGCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGAGCACAATGACACCATCAGGCTTGAAATATTTTGCTGTA  50

seq1  ATGATGGAAAGGGTCCAAGTAATCAACCTACAATCTGAACGTCTAGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGAAAGGGTCCAAGTAATCAACCTACAATCTGAACGTCTAGTTTG  100

seq1  GTTTTCGTGTTAGTTATTAGACATGTTCACAAATATTTTCCTTCCGTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCGTGTTAGTTATTAGACATGTTCACAAATATTTTCCTTCCGTGTT  150

seq1  CATGGTAATTTACTGCACTTTAACAATGAGGGGAGACTATGCAAACATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAATTTACTGCACTTTAACAATGAGGGGAGACTATGCAAACATAT  200

seq1  TTACCTAATGAAATATGAGAAGTATCTCATCACATATTAGTCAGGGTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTAATGAAATATGAGAAGTATCTCATCACATATTAGTCAGGGTTCT  250

seq1  CTAGAGCCACAGAACTTATGGAATGTCTCTATATATTAAGGGAATTTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGCCACAGAACTTATGGAATGTCTCTATATATTAAGGGAATTTACT  300

seq1  ATGATGACTTATAGTCTGTAGTCCAACTAGCCCAACAATGGCCAGCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGACTTATAGTCTGTAGTCCAACTAGCCCAACAATGGCCAGCTGTG  350

seq1  GATTGGAAGTCCAAGAATGTACCAATTGCTCAGTCCCTTGAGACTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGAAGTCCAAGAATGTACCAATTGCTCAGTCCCTTGAGACTTTTGA  400

seq1  GCTGGCCTTCTGTAGAAGCAGGTTCCAACAGATGTGCTGGCAAGTAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTTCTGTAGAAGCAGGTTCCAACAGATGTGCTGGCAAGTAATGC  450

seq1  AAGAAGTTGAAGAAGAGTGACTTTTCCTCCTTCCAATGTTCTTATAAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTTGAAGAAGAGTGACTTTTCCTCCTTCCAATGTTCTTATAAGGC  500

seq1  CTCCAGCAGAAGATTTTGGCTCAGATTAATGGTGTGTATTACCACACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCAGAAGATTTTGGCTCAGATTAATGGTGTGTATTACCACACCTG  550

seq1  GATCTGGAATTTGTTTTGTCCCAGAATGATCTTGAACTCAGAGATCTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGAATTTGTTTTGTCCCAGAATGATCTTGAACTCAGAGATCTGCT  600

seq1  TATCTCAGTCTTCTGGGATTAAAAGTCTTCTGGGATTACTACCTTGCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGTCTTCTGGGATTAAAAGTCTTCTGGGATTACTACCTTGCCTG  650

seq1  GGCCTAATCTTTTCATGACAACTATGCCTCAAGATCTCCATGTCAAGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAATCTTTTCATGACAACTATGCCTCAAGATCTCCATGTCAAGGTC  700

seq1  CAGGACAGAAATCTGTATCTTCCAGCCTGAAGATCTGGATCACAAGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAGAAATCTGTATCTTCCAGCCTGAAGATCTGGATCACAAGTGTA  750

seq1  CCCCCCATTTCTGGATTTTTGTTCATTCCAGATGAAGTCAAGGTGACAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCATTTCTGGATTTTTGTTCATTCCAGATGAAGTCAAGGTGACAAC  800

seq1  CAGGAACAGCCATCACACATCACTTCTGGGCAAAGTTCCTTGATCACGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACAGCCATCACACATCACTTCTGGGCAAAGTTCCTTGATCACGGG  850

seq1  TATGGGAATTGTTTCAAAAGTCCATATTGAAAAAAATTCTTCCATCGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGAATTGTTTCAAAAGTCCATATTGAAAAAAATTCTTCCATCGTCA  900

seq1  ACCTAGTCCTTTGATGTCTTAGAATTAAAAAAAAAAAAATTGCTGCTAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGTCCTTTGATGTCTTAGAATTAAAAAAAAAAAAATTGCTGCTAGT  950

seq1  TCA-CACTAAATA-CACAGCATTTGAATAAGATCATCTACTC-TGACCAG  997
      ||| ||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||| |||||||
seq2  TCACCACTAAATACCACAGCATTTGA--TAGATCATCTACTCTTGACCAG  998

seq1  -ACAA-GAGTGTTCTCTGATCTGAAATCTCCAGAGTTTACCAAATTATGG  1045
       |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  ||| |
seq2  AACAAGGAGTG-TCTCTGATCTGAAATCCTCAGAGTTTACCAA--TAT-G  1044

seq1  GATGTACAAATCTTTGACAGTGTGA  1070
      ||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATGTAC-AATCTTTGACAGTGTGA  1068


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |