BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312A18
Chromosome12 (Build37)
Map Location 67,457,525 - 67,584,901
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMdga2
Upstream geneLOC100040700, EG238217
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312A18.bB6Ng01-312A18.g
ACCGA103613GA103614
length1,1281,077
definitionB6Ng01-312A18.b B6Ng01-312A18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,583,775 - 67,584,901)(67,457,525 - 67,458,614)
sequence
gaattcttcctcagtttgtaaagtaactggaacagtccaatgatgagttt
gctttttttgttttgttttgttttgtttttgcaactcatgaaggtctaga
taggatcttcagtgaaacagttctcagcataccacagggaccagtcatcc
ttaccaaaatgctttcaattatggcaatgacacaaagtagtgtatgtgtc
cttgttggcataattacacttgaactcatccaacacaaaggcattgttgg
gcaggtgagctgagggacccttgaccttgggttcagccgccagtgctttc
tcactttaatccatctcctcctcaggagatgaggtagctagctgcctttt
tgtcctctttccactcacccccaggcttctctttctcttcctgcgaatcc
ttttctttccttggtacgtccttttttgataggcactaggcaaacttctc
agcatcaaactaggcgatcttctcatacaacttcagccctgaaatgtgtc
tggctaatgcaggtaaggaaccagtctgtattagagttttactgctgtga
acaggcaccatgaccaaggcaagtcttacaaaaaaagcaacatttaattg
gggctggcttacaggttcagaggttcagtccattatcatcaaggtgggag
catggcagtatccaggcaggcatcatgcaggaggagctgagagttctatg
tcttcatccaaaggctgctagtgcaagactgacttccaggcaactagggt
gaggatcttatacccacacccacagtgacacacccattccaaccaggtca
cacctattccaacaaggccacaccttcagatggtgccactccctggtcca
aggatatacaaaccatcatacagtctttggtactatagaaaggcctgggt
aaagaaggctctaagatctatttatagagccacagcagagtgccgactac
tgtgatatcagccattgtcactatcatgaaaattcctggtctcagagaga
gaccaacagccttacctcccctgtacatggcagtttcagtggcctgtttt
gtgtgcatgatgcccatgggtgggaacacctcagaatgctgtcaagccaa
tgacagctctgtttagcaaggctcaccc

gaattctttaatgcccattcatgagccactgggaggatagagaagaacat
gaaacacacagaaaaggttacacacaggagaaaatcaggctgtgtattaa
agaagtctgaagcacagcattcacatatatgattaaatattacaaaaaag
atgatgaatttctattgtcttacatctatgaaacctctaggctaacagac
cagagtgcctagcattgttttaatggatgtaaatgtatagatatgcaacg
caatgcaggaaataggaatatatattatagtaattcaagcatctgatatc
taatatttataaaagcagaaggaaacctaatgatgtggagaatgaaaaaa
agatgtatgcctaatactagcagacatacttattgaataatctatttgct
aatcacatatggatttatttactcaacagaatgaaaagtgaaacctactt
cttgtactatgccaactcctgcaatgaaatcatgaccaggacagaaaaaa
tccttgtaatgttcacatcttatgtaagcagtgcataaaagttgaggttg
gtagagtttattctatataatttaaataaccatatagccaagcagataaa
ttaagtccaaacttacacatgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaggattaaacctgctgttttgactctaaagctttcataattcca
gatacatgaacatcattggtttttatttgtctaaaaactgcctcacttat
ctcacttatttggggtgtaattatataactagagcatggtccattcttaa
gttttaatgcatgatgatatctaaagtgcttttatcctgtgacaatttgt
cacagagtatatttcagatcattaaaacctaatgagtaatatttgaagtt
gcattatcagcacaattctatatggtattgttctaaaagcagagtaaaat
gttacaaatttgaaatattcaatatttctttcatttcccttctcttgtaa
catatatccaatgtgaactagctgctagttatactctactgcacaaatat
gtatccatgatagattcttggttttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_67583775_67584901
seq2: B6Ng01-312A18.b_46_1173 (reverse)

seq1  GGGTGAGCTTTGCT-AACAGAGCTGTCATTGCTTTGACAGCA-TCTGA-G  47
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |
seq2  GGGTGAGCCTTGCTAAACAGAGCTGTCATTGGCTTGACAGCATTCTGAGG  50

seq1  TGTTCCCA-CCATGGGCATCATGCACAACAAAACAGGCCACTGAAACTGC  96
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCACCCATGGGCATCATGCAC-ACAAAACAGGCCACTGAAACTGC  99

seq1  CAATGTACAGGGGAGGTAAGGCTGTTGGTCTCTCTCTTGAAGACCAGGAA  146
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  C-ATGTACAGGGGAGGTAAGGCTGTTGGTCTCTCTCT--GAGACCAGGAA  146

seq1  TTTTCATGATAGTGACAATGGCTGATATCACAGTAGTCGGCACTCTGCTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGATAGTGACAATGGCTGATATCACAGTAGTCGGCACTCTGCTG  196

seq1  TGGCTCTATAAATAGATCTTAGAGCCTTCTTTACCCAGGCC-TTCTATAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGGCTCTATAAATAGATCTTAGAGCCTTCTTTACCCAGGCCTTTCTATAG  246

seq1  TACCAAAGACTGTATGATGGTTTGTATATCCTTGGACCAGGGAGTGGCAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGACTGTATGATGGTTTGTATATCCTTGGACCAGGGAGTGGCAC  296

seq1  CATCTGAAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGTGTGACCTGGTTGGAATGGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGTGTGACCTGGTTGGAATGGG  346

seq1  TGTGTCACTGTGGGTGTGGGTATAAGATCCTCACCCTAGTTGCCTGGAAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCACTGTGGGTGTGGGTATAAGATCCTCACCCTAGTTGCCTGGAAG  396

seq1  TCAGTCTTGCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACATAGAACTCTCAGCTCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTTGCACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACATAGAACTCTCAGCTCC  446

seq1  TCCTGCATGATGCCTGCCTGGATACTGCCATGCTCCCACCTTGATGATAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCATGATGCCTGCCTGGATACTGCCATGCTCCCACCTTGATGATAA  496

seq1  TGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGCTTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGCTTTT  546

seq1  TTTGTAAGACTTGCCTTGGTCATGGTGCCTGTTCACAGCAGTAAAACTCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAGACTTGCCTTGGTCATGGTGCCTGTTCACAGCAGTAAAACTCT  596

seq1  AATACAGACTGGTTCCTTACCTGCATTAGCCAGACACATTTCAGGGCTGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGACTGGTTCCTTACCTGCATTAGCCAGACACATTTCAGGGCTGA  646

seq1  AGTTGTATGAGAAGATCGCCTAGTTTGATGCTGAGAAGTTTGCCTAGTGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATGAGAAGATCGCCTAGTTTGATGCTGAGAAGTTTGCCTAGTGC  696

seq1  CTATCAAAAAAGGACGTACCAAGGAAAGAAAAGGATTCGCAGGAAGAGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAAAAAGGACGTACCAAGGAAAGAAAAGGATTCGCAGGAAGAGAA  746

seq1  AGAGAAGCCTGGGGGTGAGTGGAAAGAGGACAAAAAGGCAGCTAGCTACC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCCTGGGGGTGAGTGGAAAGAGGACAAAAAGGCAGCTAGCTACC  796

seq1  TCATCTCCTGAGGAGGAGATGGATTAAAGTGAGAAAGCACTGGCGGCTGA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCTGAGGAGGAGATGGATTAAAGTGAGAAAGCACTGGCGGCTGA  846

seq1  ACCCAAGGTCAAGGGTCCCTCAGCTCACCTGCCCAACAATGCCTTTGTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGGTCAAGGGTCCCTCAGCTCACCTGCCCAACAATGCCTTTGTGT  896

seq1  TGGATGAGTTCAAGTGTAATTATGCCAACAAGGACACATACACTACTTTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAGTTCAAGTGTAATTATGCCAACAAGGACACATACACTACTTTG  946

seq1  TGTCATTGCCATAATTGAAAGCATTTTGGTAAGGATGACTGGTCCCTGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTGCCATAATTGAAAGCATTTTGGTAAGGATGACTGGTCCCTGTG  996

seq1  GTATGCTGAGAACTGTTTCACTGAAGATCCTATCTAGACCTTCATGAGTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCTGAGAACTGTTTCACTGAAGATCCTATCTAGACCTTCATGAGTT  1046

seq1  GCAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAAAGCAAACTCATCATTGGACTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAAAGCAAACTCATCATTGGACTG  1096

seq1  TTCCAGTTACTTTACAAACTGAGGAAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTACTTTACAAACTGAGGAAGAATTC  1128


seq1: chr12_67457525_67458614
seq2: B6Ng01-312A18.g_69_1145

seq1  GAATTCTTTAATGCCCATTCATGAGCCACTGGGAGGATAGAGAAGAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAATGCCCATTCATGAGCCACTGGGAGGATAGAGAAGAACAT  50

seq1  GAAACACACAGAAAAGGTTACACACAGGAGAAAATCAGGCTGTGTATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACACAGAAAAGGTTACACACAGGAGAAAATCAGGCTGTGTATTAA  100

seq1  AGAAGTCTGAAGCACAGCATTCACATATATGATTAAATATTACAAAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTGAAGCACAGCATTCACATATATGATTAAATATTACAAAAAAG  150

seq1  ATGATGAATTTCTATTGTCTTACATCTATGAAACCTCTAGGCTAACAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAATTTCTATTGTCTTACATCTATGAAACCTCTAGGCTAACAGAC  200

seq1  CAGAGTGCCTAGCATTGTTTTAATGGATGTAAATGTATAGATATGCAACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGCCTAGCATTGTTTTAATGGATGTAAATGTATAGATATGCAACG  250

seq1  CAATGCAGGAAATAGGAATATATATTATAGTAATTCAAGCATCTGATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAGGAAATAGGAATATATATTATAGTAATTCAAGCATCTGATATC  300

seq1  TAATATTTATAAAAGCAGAAGGAAACCTAATGATGTGGAGAATGAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTATAAAAGCAGAAGGAAACCTAATGATGTGGAGAATGAAAAAA  350

seq1  AGATGTATGCCTAATACTAGCAGACATACTTATTGAATAATCTATTTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTATGCCTAATACTAGCAGACATACTTATTGAATAATCTATTTGCT  400

seq1  AATCACATATGGATTTATTTACTCAACAGAATGAAAAGTGAAACCTACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATATGGATTTATTTACTCAACAGAATGAAAAGTGAAACCTACTT  450

seq1  CTTGTACTATGCCAACTCCTGCAATGAAATCATGACCAGGACAGAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACTATGCCAACTCCTGCAATGAAATCATGACCAGGACAGAAAAAA  500

seq1  TCCTTGTAATGTTCACATCTTATGTAAGCAGTGCATAAAAGTTGAGGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTAATGTTCACATCTTATGTAAGCAGTGCATAAAAGTTGAGGTTG  550

seq1  GTAGAGTTTATTCTATATAATTTAAATAACCATATAGCCAAGCAGATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTTTATTCTATATAATTTAAATAACCATATAGCCAAGCAGATAAA  600

seq1  TTAAGTCCAAACTTACACATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  650
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCCAAACTTACACATGT-AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  649

seq1  AAAAAAAAAGATTAAACCTGCTGTTTTGACTCTAAAGCTTTCATAATTCC  700
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGGATTAAACCTGCTGTTTTGACTCTAAAGCTTTCATAATTCC  699

seq1  AGATACATGAACATCATTGGTTTTTATTTGTCTAAAAACTGCCTCACTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACATGAACATCATTGGTTTTTATTTGTCTAAAAACTGCCTCACTTA  749

seq1  TCTCACTTATTT-GGGTGTAATTATATAACTAGAGCATGGTCCATTCTTA  799
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTATTTGGGGTGTAATTATATAACTAGAGCATGGTCCATTCTTA  799

seq1  AGTTTTAATGCATGATGATATCTAAAGTGCTTTTATCCTGTGACAATTTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAATGCATGATGATATCTAAAGTGCTTTTATCCTGTGACAATTTG  849

seq1  TCACAGAGTATATTTCAGATCATTAAAACCTAATGAGTAATATTTGAAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGTATATTTCAGATCATTAAAACCTAATGAGTAATATTTGAAGT  899

seq1  TGCATTATCAGCACAATTCTATATGGTA-TGTTCTAAAAGCAGAGTAAAA  948
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTATCAGCACAATTCTATATGGTATTGTTCTAAAAGCAGAGTAAAA  949

seq1  TGTTACCAAATTTTGAAATATTCAAATATTTCTTTCATTTCCCTTCCTCC  998
      ||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |
seq2  TGTTAC--AAATTTGAAATATTC-AATATTTCTTTCATTTCCCTTC--TC  994

seq1  TTGTTAACATATATCAAATTGTGAAACTAGCTGCTAAGTTATACTCTAAC  1048
      ||| ||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  TTG-TAACATATATCCAA-TGTG-AACTAGCTGCT-AGTTATACTCT-AC  1039

seq1  TTGGCACAAATATGGTAATCATGAGTAGATTCTTGTTTTTCA  1090
      |  |||||||||| |||  ||||| |||||||||| ||||||
seq2  T--GCACAAATAT-GTATCCATGA-TAGATTCTTGGTTTTCA  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |