BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313G12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 88,273,831 - 88,441,662
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310044G17Rik, Zdhhc22, Tmem63c, Ngb
Upstream geneTtll5, Tgfb3, 1700019E19Rik, 1700020O03Rik, LOC100042112, Esrrb, LOC667191, Vash1, Angel1, EG627607, LOC100042650, 6430527G18Rik
Downstream genePomt2, Gstz1, EG625237, Tmed8, Gm263, 4933437F05Rik, AI413782, Ahsa1, Thsd3, Sptlc2, LOC667287, Nrp, 1810035L17Rik, Snw1, LOC100042747, EG544883, EG666806, EG633031, Oog1, LOC100042776, LOC100042778, LOC100042239, LOC100042786, BB287469, LOC100038964, LOC673658, LOC100038992, LOC100038982, LOC674027, LOC100039042, LOC100039052, LOC100039076, LOC100039087, LOC100039100, LOC100039191, LOC100039203, LOC627873, LOC100039162, LOC627881, LOC100039129, LOC636517, LOC544884, LOC100039226, LOC432715, EG667350, LOC546543, EG667388, LOC627971, LOC667395, LOC100039315
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313G12.bB6Ng01-313G12.g
ACCGA104630GA104631
length1,096935
definitionB6Ng01-313G12.b B6Ng01-313G12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,273,831 - 88,274,956)(88,440,735 - 88,441,662)
sequence
gaattccaggttagcctgagttacatgagcccctgtctctcaaagacaac
caaaccaaccaagtaagcaaacaaagaagagaccgggctggggagagaac
tcaatgttgtcttgcacagcacctgaacccagtgggaaaaaccaaagctg
ggtgtgtgctcagggatgcagagcgagagaccggggatccctagggtcca
cttgtcagtcagctccaggtcccagtggaagactttgtctcaaaaaacaa
ggtagatggctcctgaggagagatatggtaggttgtcctctggtctatgc
atttgagtacacacacagacacacagacattctctctgtctgtctgtctc
agatacttttatgcgcatgattgttttgcctgggtgtgtatctgaggagc
tcctaggacccctgcctcccagtgcagacagcagggactctgaatctccc
ccttgtttcagcagagtatcagttaatcatatggacaaggacagaaagac
atacatacaggagctaagcacactcactctgcatagcctggcagagaggg
ctcctaccacccctcggacctgcctcctgaaggttttaggtacttaaaat
ctttgccatcagagcacttttttttttttttttttagttttcttgggtcc
tagcatgaagaagagttccccacccccaagccccaggaaatggacttcag
gttagcttctgcaaacagcttaacaactacttaattgtgaacaagtggct
gtcagttgacttggcctgaggagcccaggagaggagcagcttggcttttc
cagggcccttatttgtcttctggagcatggtagtctgaggaacatctcag
gagtagagaagttatgtggaaccagcaaggcattagcctggaagctggtg
cttctcccaaagtcatatccacatatgactaacccagcagctaacccata
gtcccagagcagtccttgaaagtgatagggcattgggttctgaccaagat
ggcttagccctagcccgagctgttgctcgtctgcattgaggactacgagt
acatatgtgagatgaacctggcatacaaagtctgctgatgcttgat
gaattcctggaccacattaggaaggtgagggagggagagccatgaggttt
cagatctgcagatcattgtcttagcatagaaagagggacttgggattagg
caaacagcgtctacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acactgtgcccttttctctggatttgacccagcctcctccccaaccctgt
cttcgagccagctggacccagcctagtactttgctctcagccttatcctc
tggctcccactgtattggtagatcttgaccccttggggctaccatcctat
gaaaactaggctgggctcatgatcctcacagcacctcagtttacccttgt
tccacgccggcaatattgttctgcagatatatcaaagattttaagatcct
caaaagagaagggcttcatgggtgggatttcagtagtgaagccagcacat
accggacgcctactgtttacagacactggccgcctgccaccctctgatcc
tggacatcagtgctctgaaagcctcccttgttgagaagcctgggtgctag
cctgtggtagtaagcaggtaggactgtgccctctgtgtcctcgacaggtg
atgctagtgattgatgctgcagtgaccaacgtggaggacctgtcttcatt
ggaggagtacctgaccagctttgggcaggaagcatcgggcagtgggagtg
aggctcagctccttctcggtgggtagtggggtacgttctcattccagagc
tccagacctcagctgctgctctctcccagtcccaacccattgccccttac
ctcacgcctgagagaaatacagggctgtttctagttacgtgcccgctatg
gtgactgactcggacttaacctctttgagcctcagagtttccttttaaca
tggcttcctttaagatccaatgaaggccagctggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_88273831_88274956
seq2: B6Ng01-313G12.b_47_1142

seq1  GAATTCCAGGTTAGCCTGAGTTACATGAGCCCCTGTCTCTCAAAGACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTTAGCCTGAGTTACATGAGCCCCTGTCTCTCAAAGACAAC  50

seq1  CAAACCAACCAAGTAAGCAAACAAAGAAGAGACCGGGCTGGGGAGAGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCAACCAAGTAAGCAAACAAAGAAGAGACCGGGCTGGGGAGAGAAC  100

seq1  TCAATGTTGTCTTGCACAGCACCTGAACCCAGTGGGAAAAACCAAAGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTTGTCTTGCACAGCACCTGAACCCAGTGGGAAAAACCAAAGCTG  150

seq1  GGTGTGTGCTCAGGGATGCAGAGCGAGAGACCGGGGATCCCTAGGGTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTGCTCAGGGATGCAGAGCGAGAGACCGGGGATCCCTAGGGTCCA  200

seq1  CTTGTCAGTCAGCTCCAGGTCCCAGTGGAAGACTTTGTCTCAAAAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCAGTCAGCTCCAGGTCCCAGTGGAAGACTTTGTCTCAAAAAACAA  250

seq1  GGTAGATGGCTCCTGAGGAGAGATATGGTAGGTTGTCCTCTGGTCTATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATGGCTCCTGAGGAGAGATATGGTAGGTTGTCCTCTGGTCTATGC  300

seq1  ATTTGAGTACACACACAGACACACAGACATTCTCTCTGTCTGTCTGTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGTACACACACAGACACACAGACATTCTCTCTGTCTGTCTGTCTC  350

seq1  AGATACTTTTATGCGCATGATTGTTTTGCCTGGGTGTGTATCTGAGGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTTTTATGCGCATGATTGTTTTGCCTGGGTGTGTATCTGAGGAGC  400

seq1  TCCTAGGACCCCTGCCTCCCAGTGCAGACAGCAGGGACTCTGAATCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGACCCCTGCCTCCCAGTGCAGACAGCAGGGACTCTGAATCTCCC  450

seq1  CCTTGTTTCAGCAGAGTATCAGTTAATCATATGGACAAGGACAGAAAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTTCAGCAGAGTATCAGTTAATCATATGGACAAGGACAGAAAGAC  500

seq1  ATACATACAGGAGCTAAGCACACTCACTCTGCATAGCCTGGCAGAGAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACAGGAGCTAAGCACACTCACTCTGCATAGCCTGGCAGAGAGGG  550

seq1  CTCCTACCACCCCTCGGACCTGCCTCCTGAAGGTTTTAGGTACTTAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACCACCCCTCGGACCTGCCTCCTGAAGGTTTTAGGTACTTAAAAT  600

seq1  CTTTGCCATCAGAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTTTCTTGGGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCATCAGAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTTTCTTGGGTCC  650

seq1  TAGCATGAAGAAGAGTTCCCCACCCCCAAGCCCCAGGAAATGGACTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGAAGAAGAGTTCCCCACCCCCAAGCCCCAGGAAATGGACTTCAG  700

seq1  GTTAGCTTCTGCAAACAGCTTAACAACTACTTAATTGTGAACAAGTGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCTTCTGCAAACAGCTTAACAACTACTTAATTGTGAACAAGTGGCT  750

seq1  GTCAGTTGACTTGGCCTGAGGAGCCCAGGAGAGGAGCAGCTTGGCTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGACTTGGCCTGAGGAGCCCAGGAGAGGAGCAGCTTGGCTTTTC  800

seq1  CAGGGCCCTTATTTGTCTTCTGGAGCATGGTAGTCTGAGGAACATCTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCCTTATTTGTCTTCTGGAGCATGGTAGTCTGAGGAACATCTCAG  850

seq1  GAGTAGAGAAGTTATGTGGAACCAGCAAGGCATTAGCCTGGAAGCTGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGAGAAGTTATGTGGAACCAGCAAGGCATTAGCCTGGAAGCTGGTG  900

seq1  CTTCTCCCAAAGTCATATCCACATATGACTAACCCAGCAGCTAACCCATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCCAAAGTCATATCCACATATGACTAACCCAGCAGCTAACCCATA  950

seq1  GTCCCAAGAGGCAGGTCCTTTGAAAAGTGATTAGGGCATTGGGGTTCTGA  1000
      ||||| ||| ||| ||||||   ||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  GTCCC-AGA-GCA-GTCCTT--GAAAGTGA-TAGGGCATT-GGGTTCTGA  993

seq1  CCCAAGGAATGGCTTTAGGCCCTTAAGCCCGAGGCTTGTTGGCCTCGTCT  1050
       |||||  |||||||   |||||  ||||||||   |||||  |||||||
seq2  -CCAAG--ATGGCTT--AGCCCT--AGCCCGAG--CTGTTG--CTCGTCT  1032

seq1  GCATTTGAAGACCTACAGAAGGTACCATATGTGAGAAATGAAACCTTGGC  1100
      ||| |||| || |||| ||  ||| ||||||||||  |||||  | ||||
seq2  GCA-TTGAGGA-CTAC-GA--GTA-CATATGTGAG--ATGAA--CCTGGC  1072

seq1  ATACAAAAGTCTGCTGATGCCTTGAT  1126
      |||| |||||||||||||| ||||||
seq2  ATAC-AAAGTCTGCTGATG-CTTGAT  1096

seq1: chr12_88440735_88441662
seq2: B6Ng01-313G12.g_70_1004 (reverse)

seq1  CCCAGCT-GCCTTCA-TGGTTCTTAAAGG-AGCCATGTT-AAAGGGAACT  46
      ||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||
seq2  CCCAGCTGGCCTTCATTGGATCTTAAAGGAAGCCATGTTAAAAGGAAACT  50

seq1  CTGAGGCTCAAAGAGGTTAAGTCCGAGTCAGTCA-CATAGCGGGCACGTA  95
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGAGGCTCAAAGAGGTTAAGTCCGAGTCAGTCACCATAGCGGGCACGTA  100

seq1  ACTAG-AACAGCCCTGTATTTCTCTCAGGCGTGAGGTAAGGGGCAATGGG  144
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAACAGCCCTGTATTTCTCTCAGGCGTGAGGTAAGGGGCAATGGG  150

seq1  TTGGGACTGGGAGAGAGCAGCAGCTGAGGTCTGGAGCTCTGGAATGAGAA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGACTGGGAGAGAGCAGCAGCTGAGGTCTGGAGCTCTGGAATGAGAA  200

seq1  CGTACCCCACTACCCACCGAGAAGGAGCTGAGCCTCACTCCCACTGCCCG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACCCCACTACCCACCGAGAAGGAGCTGAGCCTCACTCCCACTGCCCG  250

seq1  ATGCTTCCTGCCC-AAGCTGGTCAGGTACTCCTCCAATGAAGACAGGTCC  293
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCCTGCCCAAAGCTGGTCAGGTACTCCTCCAATGAAGACAGGTCC  300

seq1  TCCACGTTGGTCACTGCAGCATCAATCACTAGCATCACCTGTCGAGGACA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGTTGGTCACTGCAGCATCAATCACTAGCATCACCTGTCGAGGACA  350

seq1  CAGAGGGCACAGTCCTACCTGCTTACTACCACAGGCTAGCACCCAGGCTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGCACAGTCCTACCTGCTTACTACCACAGGCTAGCACCCAGGCTT  400

seq1  CTCAACAAGGGAGGCTTTCAGAGCACTGATGTCCAGGATCAGAGGGTGGC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAAGGGAGGCTTTCAGAGCACTGATGTCCAGGATCAGAGGGTGGC  450

seq1  AGGCGGCCAGTGTCTGTAAACAGTAGGCGTCCGGTATGTGCTGGCTTCAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGGCCAGTGTCTGTAAACAGTAGGCGTCCGGTATGTGCTGGCTTCAC  500

seq1  TACTGAAATCCCACCCATGAAGCCCTTCTCTTTTGAGGATCTTAAAATCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAATCCCACCCATGAAGCCCTTCTCTTTTGAGGATCTTAAAATCT  550

seq1  TTGATATATCTGCAGAACAATATTGCCGGCGTGGAACAAGGGTAAACTGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATATCTGCAGAACAATATTGCCGGCGTGGAACAAGGGTAAACTGA  600

seq1  GGTGCTGTGAGGATCATGAGCCCAGCCTAGTTTTCATAGGATGGTAGCCC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGTGAGGATCATGAGCCCAGCCTAGTTTTCATAGGATGGTAGCCC  650

seq1  CAAGGGGTCAAGATCTACCAATACAGTGGGAGCCAGAGGATAAGGCTGAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGGTCAAGATCTACCAATACAGTGGGAGCCAGAGGATAAGGCTGAG  700

seq1  AGCAAAGTACTAGGCTGGGTCCAGCTGGCTCGAAGACAGGGTTGGGGAGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGTACTAGGCTGGGTCCAGCTGGCTCGAAGACAGGGTTGGGGAGG  750

seq1  AGGCTGGGTCAAATCCAGAGAAAAGGGCACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGGTCAAATCCAGAGAAAAGGGCACAGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  800

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGACGCTGTTTGCCTAATCCCAAGTCC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGACGCTGTTTGCCTAATCCCAAGTCC  850

seq1  CTCTTTCTATGCTAAGACAATGATCTGCAGATCTGAAACCTCATGGCTCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTATGCTAAGACAATGATCTGCAGATCTGAAACCTCATGGCTCT  900

seq1  CCCTCCCTCACCTTCCTAATGTGGTCCAGGAATTC  928
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCTCACCTTCCTAATGTGGTCCAGGAATTC  935