BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317L05
Chromosome12 (Build37)
Map Location 5,758,888 - 5,925,174
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042095
Upstream geneA830093I24Rik, Pfn4, EG626534, 0610009D07Rik, Fkbp1b, BC068281, Gm1964, Ubxd4, Atad2b, LOC668332, Klhl29, 2810032G03Rik, LOC435292
Downstream geneLOC672098, LOC100043137, LOC238049, LOC100042118
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317L05.bB6Ng01-317L05.g
ACCGA107779GA107780
length796450
definitionB6Ng01-317L05.b B6Ng01-317L05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,758,888 - 5,759,681)(5,924,719 - 5,925,174)
sequence
gaattccaggtgggaggcaccaggaagagaagtgtcaaggatgagcctgc
atttgttacttaagcagcagcagaggacagtgccattgtgtgtgataaag
aagaatgaggaggggcgggggaaggggagtactcccttttagacatgtca
attgagatcctgcgaagcatccaaatggatgtgtcaaggaagcgattgga
taaatgagcctgcagcttacatgagatctgggtgggagataggaatttgg
agatgccaatgtatagatgacacaaagtcaggggagatggatgaggctgc
cttaggcaagagtgagatgagaaacggagtgcaaatggctcaatggaact
taacaatttagaagtagtacaataatactgtgtaactcaagtaataaatg
ataattcaaacagctagccataactggggacttacttttgtggtaggcag
cctctaaattatactgtatgcttattctttgagttttatgacagccatgt
gaaggaagctaagtggtgagagatgaaatattttgctttgctacagttag
tagatgctggtggggtatgatccaccagtctttaaagctccctcccctct
tttgtctttgggaagccaggaataccacagcctgagtgacttggtaggag
gaagactctgagtttaacattaaaggagctaagaggaaactgttcaaaat
atggaagaggtgtcaacatggtcagacgtatcatcaagattaaagatggc
attaaagaaaaaaaccattcagtagagatgtgggatgatatcagca

ctatgagaagactctattgcatgtgactcagcatgactttttttgtgtgt
gcactgctctgttcaccagatatacacagtggtcacttagggtgtagaaa
ggaaatataatactctctgattagctaattttccctagtgttactgctca
ttgagtttctgccctggagcccaaacacagctctggctttcactgctgtg
cttgattctgttttctgtgaatgatctacctgcctctgatcccagtggtc
aaaggaaagaatagattctttctaaataagagagagtactagtcaatgca
acaattcctgggattctaaagctattataaaagggggaagtttgtgagat
ctgtctaggaagcttgtatttgcaacctgcaatgacaacaagcatcagaa
aatggtatgcttgtatgaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_5758888_5759681
seq2: B6Ng01-317L05.b_45_840

seq1  GAATTCCAGGTGGGAGGCACCAGGAAGAGAAGTGTCAAGGATGAGCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTGGGAGGCACCAGGAAGAGAAGTGTCAAGGATGAGCCTGC  50

seq1  ATTTGTTACTTAAGCAGCAGCAGAGGACAGTGCCATTGTGTGTGATAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTACTTAAGCAGCAGCAGAGGACAGTGCCATTGTGTGTGATAAAG  100

seq1  AAGAATGAGGAGGGGCGGGGGAAGGGGAGTACTCCCTTTTAGACATGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGAGGAGGGGCGGGGGAAGGGGAGTACTCCCTTTTAGACATGTCA  150

seq1  ATTGAGATCCTGCGAAGCATCCAAATGGATGTGTCAAGGAAGCGATTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGATCCTGCGAAGCATCCAAATGGATGTGTCAAGGAAGCGATTGGA  200

seq1  TAAATGAGCCTGCAGCTTACATGAGATCTGGGTGGGAGATAGGAATTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGCCTGCAGCTTACATGAGATCTGGGTGGGAGATAGGAATTTGG  250

seq1  AGATGCCAATGTATAGATGACACAAAGTCAGGGGAGATGGATGAGGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCAATGTATAGATGACACAAAGTCAGGGGAGATGGATGAGGCTGC  300

seq1  CTTAGGCAAGAGTGAGATGAGAAACGGAGTGCAAATGGCTCAATGGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGCAAGAGTGAGATGAGAAACGGAGTGCAAATGGCTCAATGGAACT  350

seq1  TAACAATTTAGAAGTAGTACAATAATACTGTGTAACTCAAGTAATAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATTTAGAAGTAGTACAATAATACTGTGTAACTCAAGTAATAAATG  400

seq1  ATAATTCAAACAGCTAGCCATAACTGGGGACTTACTTTTGTGGTAGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCAAACAGCTAGCCATAACTGGGGACTTACTTTTGTGGTAGGCAG  450

seq1  CCTCTAAATTATACTGTATGCTTATTCTTTGAGTTTTATGACAGCCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAATTATACTGTATGCTTATTCTTTGAGTTTTATGACAGCCATGT  500

seq1  GAAGGAAGCTAAGTGGTGAGAGATGAAATATTTTGCTTTGCTACAGTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGCTAAGTGGTGAGAGATGAAATATTTTGCTTTGCTACAGTTAG  550

seq1  TAGATGCTGGTGGGGTATGATCCACCAGTCTTTAAAGCTCCCTCCCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCTGGTGGGGTATGATCCACCAGTCTTTAAAGCTCCCTCCCCTCT  600

seq1  TTTGTCTTTGGGAAGCCAGGAATACCACAGCCTGAGTGACTTGGTAGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTTGGGAAGCCAGGAATACCACAGCCTGAGTGACTTGGTAGGAG  650

seq1  GAAGACTCTGAGTTTAACATTAAAGGAGCTAAGAGGAAACTGTTC-AAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAGACTCTGAGTTTAACATTAAAGGAGCTAAGAGGAAACTGTTCAAAAT  700

seq1  ATGGAAGAGGTGTCAACATGGTCAGACGTATCATCAAGATTAAAGATGGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGAGGTGTCAACATGGTCAGACGTATCATCAAGATTAAAGATGGC  750

seq1  ATTAAAG-AAAAAACCATTCAGTAGAGATGTGGGATGATATCAGCA  794
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGAAAAAAACCATTCAGTAGAGATGTGGGATGATATCAGCA  796


seq1: chr12_5924719_5925174
seq2: B6Ng01-317L05.g_67_522 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACATTCATACAAGCATACCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACATTCATACAAGCATACCATT  50

seq1  TTCTGATGCTTGTTGTCATTGCAGGTTGCAAATACAAGCTTCCTAGACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATGCTTGTTGTCATTGCAGGTTGCAAATACAAGCTTCCTAGACAG  100

seq1  ATCTCACAAACTTCCCCCTTTTATAATAGCTTTAGAATCCCAGGAATTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACAAACTTCCCCCTTTTATAATAGCTTTAGAATCCCAGGAATTGT  150

seq1  TGCATTGACTAGTACTCTCTCTTATTTAGAAAGAATCTATTCTTTCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGACTAGTACTCTCTCTTATTTAGAAAGAATCTATTCTTTCCTTT  200

seq1  GACCACTGGGATCAGAGGCAGGTAGATCATTCACAGAAAACAGAATCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTGGGATCAGAGGCAGGTAGATCATTCACAGAAAACAGAATCAAG  250

seq1  CACAGCAGTGAAAGCCAGAGCTGTGTTTGGGCTCCAGGGCAGAAACTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGTGAAAGCCAGAGCTGTGTTTGGGCTCCAGGGCAGAAACTCAA  300

seq1  TGAGCAGTAACACTAGGGAAAATTAGCTAATCAGAGAGTATTATATTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGTAACACTAGGGAAAATTAGCTAATCAGAGAGTATTATATTTCC  350

seq1  TTTCTACACCCTAAGTGACCACTGTGTATATCTGGTGAACAGAGCAGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACACCCTAAGTGACCACTGTGTATATCTGGTGAACAGAGCAGTGC  400

seq1  ACACACAAAAAAAGTCATGCTGAGTCACATGCAATAGAGTCTTCTCATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAAAAAAGTCATGCTGAGTCACATGCAATAGAGTCTTCTCATAG  450

seq1  GAATTC  456
      ||||||
seq2  GAATTC  456


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |