BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317N21
Chromosome12 (Build37)
Map Location 29,269,310 - 29,408,712
singlet/doubletdoublet
Overlap geneColec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15
Upstream geneLOC100043009, LOC669327, 1110015M06Rik, Allc
Downstream geneTssc1, 4833405L11Rik, LOC629608, Myt1l, LOC100043496
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317N21.bB6Ng01-317N21.g
ACCGA107903GA107904
length1,094410
definitionB6Ng01-317N21.b B6Ng01-317N21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,269,310 - 29,270,404)(29,408,297 - 29,408,712)
sequence
gaattcattaagaacacaagccgcagcatctagctgtaataaactatcta
ctatgactttattctcccagtacctgtgttctaaggctttccctgctgtg
ttagtcagcttcacattgctgtgaccaaatattgggataaacaagagaga
aaagatttgcattgggtcagagcttcagaagttcttttttttttaagatt
tatttatttattttatgtatatgagtacactgtagctgtacagatggttg
tgagccttcgtgtggttgttgggaattgaatttaggacttctgctcgttc
tggtcaaccccgctcgttctggacgaccccatttgctcagtccctgctcg
ctccaacccaaagattcatttattattataaataagtacattgtagctgt
cttcagacccaccagaaaagggcatcagttctcattatgggtggttgtga
gccaccatgtggttgctgggatttgaacacaggaccttcagaagagcagt
cagtgctcttaactgctgagccatctcaccagccccagaagtgaattctt
tatgagagaaggcaccttggagcagagcagagagagcatgcctataccca
gaggtcttttgccctttcattccatctaggacctcatcccgagagatggt
gtcccccacattcagcatgggtctcccccttagtcaaccctccctggcaa
agccttcacaaacatactcacatatcgaccaccacacccagctagcagcc
tgagccctgacatgcaggaagccacagaagaatgctcaccactaggcaag
gccaccagaactccacagagcacaccagagctgatcgtataatcaaatgt
acattcaggcaatgggttgctagacaccgcagcagctgctggccggagat
cagccttggaaacaggttctagaagccattccgtggggtagctactgggc
atttaaaattgaatatctatctaaaattaaataattataaaaattataca
gttctattcaacttagaagttaacccagccctctgcctcttgagctgagt
ctcgtgtaggtggcaccatgttagccaatggccttgcgctcaac

ctcaggggcttcctatagccctttggattaggcctagaaggcctactcat
gctcggattgtctttgcctgtccctgctgacctggctcttcttcctcaag
cagccccttttggagggaccccggacattgtttgtggtgcttgctccctc
tctttgctttccctgcctgatccctaagtgtcctgttccttccttccttg
tcctttctcttctctacatcacatctgaggttcagtctggccacccagcc
gtgcacactcacctcacccacacactaaacttcttttttgggtttttttt
ttggttggttggttggtttgtttgtttgtttgtttgtttgattgttttgt
gaccaggtttctctgtatagtcctggctgtcctggaactcattctattga
ccaggctggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_29269310_29270404
seq2: B6Ng01-317N21.b_47_1140

seq1  GAATTCATTAAGAACACAAGCCGCAGCATCTAGCTGTAATAAACTATCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAAGAACACAAGCCGCAGCATCTAGCTGTAATAAACTATCTA  50

seq1  CTATGACTTTATTCTCCCAGTACCTGTGTTCTAAGGCTTTCCCTGCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACTTTATTCTCCCAGTACCTGTGTTCTAAGGCTTTCCCTGCTGTG  100

seq1  TTAGTCAGCTTCACATTGCTGTGACCAAATATTGGGATAAACAAGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCAGCTTCACATTGCTGTGACCAAATATTGGGATAAACAAGAGAGA  150

seq1  AAAGATTTGCATTGGGTCAGAGCTTCAGAAGTTCTTTTTTTTTTAAGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTTGCATTGGGTCAGAGCTTCAGAAGTTCTTTTTTTTTTAAGATT  200

seq1  TATTTATTTATTTTATGTATATGAGTACACTGTAGCTGTACAGATGGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTATTTTATGTATATGAGTACACTGTAGCTGTACAGATGGTTG  250

seq1  TGAGCCTTCGTGTGGTTGTTGGGAATTGAATTTAGGACTTCTGCTCGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTTCGTGTGGTTGTTGGGAATTGAATTTAGGACTTCTGCTCGTTC  300

seq1  TGGTCAACCCCGCTCGTTCTGGACGACCCCATTTGCTCAGTCCCTGCTCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAACCCCGCTCGTTCTGGACGACCCCATTTGCTCAGTCCCTGCTCG  350

seq1  CTCCAACCCAAAGATTCATTTATTATTATAAATAAGTACATTGTAGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACCCAAAGATTCATTTATTATTATAAATAAGTACATTGTAGCTGT  400

seq1  CTTCAGACCCACCAGAAAAGGGCATCAGTTCTCATTATGGGTGGTTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGACCCACCAGAAAAGGGCATCAGTTCTCATTATGGGTGGTTGTGA  450

seq1  GCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACACAGGACCTTCAGAAGAGCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACACAGGACCTTCAGAAGAGCAGT  500

seq1  CAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCAGAAGTGAATTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCAGAAGTGAATTCTT  550

seq1  TATGAGAGAAGGCACCTTGGAGCAGAGCAGAGAGAGCATGCCTATACCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAGAAGGCACCTTGGAGCAGAGCAGAGAGAGCATGCCTATACCCA  600

seq1  GAGGTCTTTTGCCCTTTCATTCCATCTAGGACCTCATCCCGAGAGATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTTTTGCCCTTTCATTCCATCTAGGACCTCATCCCGAGAGATGGT  650

seq1  GTCCCCCACATTCAGCATGGGTCTCCCCCTTAGTCAACCCTCCCTGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCCACATTCAGCATGGGTCTCCCCCTTAGTCAACCCTCCCTGGCAA  700

seq1  AGCCTTCACAAACATACTCACATATCGACCACCACACCCAGCTAGCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCACAAACATACTCACATATCGACCACCACACCCAGCTAGCAGCC  750

seq1  TGAGCCCTGACATGCAGGAAGCCACAGAAGAATGCTCACCACTAGGCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCTGACATGCAGGAAGCCACAGAAGAATGCTCACCACTAGGCAAG  800

seq1  GCCACCAGAACTCCACAGAGCACACCAGAGCTGATCGTATAATCAAATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAGAACTCCACAGAGCACACCAGAGCTGATCGTATAATCAAATGT  850

seq1  ACATTCAGGCAATGGGTTGCTAGACACCGCAGCAGCTGCTGGCCGGAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAGGCAATGGGTTGCTAGACACCGCAGCAGCTGCTGGCCGGAGAT  900

seq1  CAGGCCTTGG-AACAGGTTCTAGAAGCCATTCCGTGGGGTAGCTACTGGG  949
      || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-GCCTTGGAAACAGGTTCTAGAAGCCATTCCGTGGGGTAGCTACTGGG  949

seq1  CATTTAAAATTGAATATCTATCTAAAATTAAATAATTAATAAAAATTAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  CATTTAAAATTGAATATCTATCTAAAATTAAATAATT-ATAAAAATT-AT  997

seq1  ACAGTTCTATTCAACTTAG-AGTTAACCCAAGCCCTCTGCCTCCTGAGCT  1048
      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  ACAGTTCTATTCAACTTAGAAGTTAACCC-AGCCCTCTGCCTCTTGAGCT  1046

seq1  GAGTCTCGTGTAGGTGGCCACATG-TAGCCAATGGCCTTGCGCTCAAC  1095
      ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCGTGTAGGTGGCACCATGTTAGCCAATGGCCTTGCGCTCAAC  1094


seq1: chr12_29408297_29408712
seq2: B6Ng01-317N21.g_66_481 (reverse)

seq1  GCCAGCCTGGTCTATAGAATGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTATACAGAG  50
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGGTCAATAGAATGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTATACAGAG  50

seq1  AAACCTGGTCTCAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACCAACC  100
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGGTCACAAAACAATCAAACAAACAAACAAACAAACAAACCAACC  100

seq1  AACCAACCAAAAAAAAAACCCAAAAAAGAAGTTTAGTGTGTGGGTGAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACCAAAAAAAAAACCCAAAAAAGAAGTTTAGTGTGTGGGTGAGGT  150

seq1  GAGTGTGCACGGCTGGGTGGCCAGACTGAACCTCAGATGTGATGTAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGCACGGCTGGGTGGCCAGACTGAACCTCAGATGTGATGTAGAGA  200

seq1  AGAGAAAGGACAAGGAAGGAAGGAACAGGACACTTAGGGATCAGGCAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGGACAAGGAAGGAAGGAACAGGACACTTAGGGATCAGGCAGGG  250

seq1  AAAGCAAAGAGAGGGAGCAAGCACCACAAACAATGTCCGGGGTCCCTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAAGAGAGGGAGCAAGCACCACAAACAATGTCCGGGGTCCCTCCA  300

seq1  AAAGGGGCTGCTTGAGGAAGAAGAGCCAGGTCAGCAGGGACAGGCAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGCTGCTTGAGGAAGAAGAGCCAGGTCAGCAGGGACAGGCAAAGA  350

seq1  CAATCCGAGCATGAGTAGGCCTTCTAGGCCTAATCCAAAGGGCTATAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCGAGCATGAGTAGGCCTTCTAGGCCTAATCCAAAGGGCTATAGGA  400

seq1  AGCCCCTGAGGAATTC  416
      ||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTGAGGAATTC  416


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |