BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318O12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,972,823 - 29,138,695
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1110015M06Rik
Upstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
Downstream geneAllc, Colec11, Rps7, Rnaseh1, Adi1, Ttc15, Tssc1, 4833405L11Rik, LOC629608
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318O12.bB6Ng01-318O12.g
ACCGA108677GA108678
length1,099955
definitionB6Ng01-318O12.b B6Ng01-318O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,972,823 - 28,973,912)(29,137,742 - 29,138,695)
sequence
gaattctgacagaatttcagttaacatcatacaaggttgtgtgtgtaaat
gttgtttatttatttaaaaggtcatttttgattgccaagtatgtgttagg
attctatgttcttggaagacaaaaagataaataggaaatcagctcaaact
taaagagtttgaattttaatgaacaagttgttaaggaaagaaaactgatc
ttcctaaaggaagtatggagaggaccctcaaattggattagtagttagtt
atcaggagagaatatatttgtgctataaacagaacttgtcctggggctta
tagagtagggaattctatctataggtacagaaaactcagagctccctgtg
ttatagaagagaggactcatccggagatgtacagatgttgtccagaaact
cgaaatattgggcagggcactgaggagtactcaggagacatggtggtacc
ttccctccatggcaagtcactgaacgttttggattctaggcagtaacatg
attggcaatgccatctggagacacagtcaagtagagaatgctttatgaaa
agccagtttagagcaagatgcttcattgaaagcagaaataattgggtcct
ggactaaggtaatgaacgtacacttcaaataagtgaaaagtccgtctagc
aatccatttcagctacctgtcatcacatgcctagaaaagtagaattaatt
atgggctcatagagtgaaatcaatgcacaccccccaccagagaacctggc
tcattacagtcctgagcacatatggacttatttgtcacttcaacaatgac
actcctgattagcacccagaagaattctaacctggacttaaaggaatatt
gaactctattatctcagaaagccactctgaccagatcaacgcagcactgg
gaaacaactggataaatatggtgaaaggcaccgggagagtacagtatgta
tctaatgaaaggcatcgtagtaattaacaggccctgtggttccattgtgg
tttccatgggtttatctgggctcagttgatataaagatgtgagaagatct
gagactggggcagggaccctatggagtcattcaccccaggttacctctg
gaattcactctttgaaggaagagatgagattctgataggccagaggcccc
tcctgcctcagaggcagcttgagaggctgggtgcaaagccactcaccact
gctgtctttgtaagcacactgggaggcaataatatctgaaattgaggctg
tgacttgggaaagaagcacaccaatcccaaattgcccagagatttgagaa
gcagaaggagagacgcaggagagcacccaccgtcttcttcatatgtcatc
tcggtagtcacaggagtgagccctgtgcagaggtctctctaaatggggca
ctcagttgtgagagtcacccctccaacagtgcagtggaagtgagtggcag
tctagctaacatgattaagaagaaagccatgacctccctagtctaatata
atctatgatccagtgagaactgagcaaaacttgtagagtcaagaggcaca
aggaaaagacttagatgttgctttgattttatctggattatcataagtcc
aagggaagatgtttaaaatgtcttgttaatgttttatattgatgacacac
tcaagtagtgtctagtattaaatatattaataaagttaatttcacatttt
tttgctttgtaagtttaactattagataatgtaaaagttctgtaatgtgg
tttacactgtattttgattagttagtaatagtttagggtacttttatagt
ttcctctaacttagaggctgcagccaaagctctctgagacaggactctct
ctgcttcctccttccttcctttgttcctgcttcctcctcttctgtgatcc
attttggatgtctgtcctcagccctgtcatccattcacagccatggagaa
ttgcggtgtggggagggagcccatctgagctcagcgtggctttaacattg
ccctgtaccttgcaaattatgagagagaaggatggacagggtggggtggg
gaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28972823_28973912
seq2: B6Ng01-318O12.b_48_1146

seq1  GAATTCTGACAGAATTTCAGTTAACATCATACAAGGATGTGTGTGTAAAT  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAATTCTGACAGAATTTCAGTTAACATCATACAAGGTTGTGTGTGTAAAT  50

seq1  GTTGTTTATTTATTTAAAAGGTCATTTTTGATTGCCAAGTATGTGTTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTATTTATTTAAAAGGTCATTTTTGATTGCCAAGTATGTGTTAGG  100

seq1  ATTCTATGTTCTTGGAAGACAAAAAGATAAATAGGAAATCAGCTCAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATGTTCTTGGAAGACAAAAAGATAAATAGGAAATCAGCTCAAACT  150

seq1  TAAAGAGTTTGAATTTTAATGAACAAGTTGTTAAGGAAAGAAAACTGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGTTTGAATTTTAATGAACAAGTTGTTAAGGAAAGAAAACTGATC  200

seq1  TTCCTAAAGGAAGTATGGAGAGGACCCTCAAATTGGATTAGTAGTTAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAAGGAAGTATGGAGAGGACCCTCAAATTGGATTAGTAGTTAGTT  250

seq1  ATCAGGAGAGAATATATTTGTGCTATAAACAGAACTTGTCCTGGGGCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAGAGAATATATTTGTGCTATAAACAGAACTTGTCCTGGGGCTTA  300

seq1  TAGAGTAGGGAATTCTATCTATAGGTACAGAAAACTCAGAGCTCCCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAGGGAATTCTATCTATAGGTACAGAAAACTCAGAGCTCCCTGTG  350

seq1  TTATAGAAGAGAGGACTCATCCGGAGATGTACAGATGTTGTCCAGAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAAGAGAGGACTCATCCGGAGATGTACAGATGTTGTCCAGAAACT  400

seq1  CGAAATATTGGGCAGGGCACTGAGGAGTACTCAGGAGACATGGTGGTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAATATTGGGCAGGGCACTGAGGAGTACTCAGGAGACATGGTGGTACC  450

seq1  TTCCCTCCATGGCAAGTCACTGAACGTTTTGGATTCTAGGCAGTAACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCATGGCAAGTCACTGAACGTTTTGGATTCTAGGCAGTAACATG  500

seq1  ATTGGCAATGCCATCTGGAGACACAGTCAAGTAGAGAATGCTTTATGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAATGCCATCTGGAGACACAGTCAAGTAGAGAATGCTTTATGAAA  550

seq1  AGCCAGTTTAGAGCAAGATGCTTCATTGAAAGCAGAAATAATTGGGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTTTAGAGCAAGATGCTTCATTGAAAGCAGAAATAATTGGGTCCT  600

seq1  GGACTAAGGTAATGAACGTACACTTCAAATAAGTGAAAAGTCCGTCTAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTAAGGTAATGAACGTACACTTCAAATAAGTGAAAAGTCCGTCTAGC  650

seq1  AATCCATTTCAGCTACCTGTCATCACATGCCTAGAAAAGTAGAATTAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATTTCAGCTACCTGTCATCACATGCCTAGAAAAGTAGAATTAATT  700

seq1  ATGGGCTCATAGAGTGAAATCAATGCACACCCCCCACCAGAGAACCTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTCATAGAGTGAAATCAATGCACACCCCCCACCAGAGAACCTGGC  750

seq1  TCATTACAGTCCTGAGCACATATGGACTTA-TTGTCACTTCAACAATGAC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCATTACAGTCCTGAGCACATATGGACTTATTTGTCACTTCAACAATGAC  800

seq1  ACTCCTGATTAGCACCCAGAAGAATTCTAACCTGGACTT-AAGGAATATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTCCTGATTAGCACCCAGAAGAATTCTAACCTGGACTTAAAGGAATATT  850

seq1  GAACTCTATTATCTCAGAAAGCCACTCTGACCAGATCAACGCAGCACT-G  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAACTCTATTATCTCAGAAAGCCACTCTGACCAGATCAACGCAGCACTGG  900

seq1  GAAACAACTGGATAAATATGGTGAAAGGCACC-GGAGAGTAACAGTATGT  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GAAACAACTGGATAAATATGGTGAAAGGCACCGGGAGAGT-ACAGTATGT  949

seq1  ATCTAATG-AAGGCATCGTAGTAATTAACAGGCCCTGTGG-TCCA-TGTG  993
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  ATCTAATGAAAGGCATCGTAGTAATTAACAGGCCCTGTGGTTCCATTGTG  999

seq1  GTTCCCATGGGTTTATCTGGGCTCAG-TGATATAAAGATGTGAGAAGATC  1042
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCATGGGTTTATCTGGGCTCAGTTGATATAAAGATGTGAGAAGATC  1049

seq1  TGAGACTGGGCAGGGGACCCTAGGGAGTCATTCACCC--AGTTACCTCTG  1090
      ||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||
seq2  TGAGACTGGGGCAGGGACCCTATGGAGTCATTCACCCCAGGTTACCTCTG  1099

seq1: chr12_29137742_29138695
seq2: B6Ng01-318O12.g_68_1022 (reverse)

seq1  CCCTCCCCA-CCCACCCTGTCCATCCTTCTCTCTCATAATTTGCAAGGTA  49
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCACCCCACCCTGTCCATCCTTCTCTCTCATAATTTGCAAGGTA  50

seq1  CAGGGCAATGTTAAAGCCACGCTGAGCTCAGATGGGCTCCCTCCCCACAC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAATGTTAAAGCCACGCTGAGCTCAGATGGGCTCCCTCCCCACAC  100

seq1  CGCAATTCTCCATGGCTGTGAATGGATGACAGGGCTGAGGACAGACATCC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAATTCTCCATGGCTGTGAATGGATGACAGGGCTGAGGACAGACATCC  150

seq1  AAAATGGATCACAGAAGAGGAGGAAGCAGGAACAAAGGAAGGAAGGAGGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGATCACAGAAGAGGAGGAAGCAGGAACAAAGGAAGGAAGGAGGA  200

seq1  AGCAGAGAGAGTCCTGTCTCAGAGAGCTTTGGCTGCAGCCTCTAAGTTAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGAGAGTCCTGTCTCAGAGAGCTTTGGCTGCAGCCTCTAAGTTAG  250

seq1  AGGAAACTATAAAAGTACCCTAAACTATTACTAACTAATCAAAATACAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACTATAAAAGTACCCTAAACTATTACTAACTAATCAAAATACAGT  300

seq1  GTAAACCACATTACAGAACTTTTACATTATCTAATAGTTAAACTTACAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCACATTACAGAACTTTTACATTATCTAATAGTTAAACTTACAAA  350

seq1  GCAAAAAAATGTGAAATTAACTTTATTAATATATTTAATACTAGACACTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAAATGTGAAATTAACTTTATTAATATATTTAATACTAGACACTA  400

seq1  CTTGAGTGTGTCATCAATATAAAACATTAACAAGACATTTTAAACATCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTGTGTCATCAATATAAAACATTAACAAGACATTTTAAACATCTT  450

seq1  CCCTTGGACTTATGATAATCCAGATAAAATCAAAGCAACATCTAAGTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGACTTATGATAATCCAGATAAAATCAAAGCAACATCTAAGTCTT  500

seq1  TTCCTTGTGCCTCTTGACTCTACAAGTTTTGCTCAGTTCTCACTGGATCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGTGCCTCTTGACTCTACAAGTTTTGCTCAGTTCTCACTGGATCA  550

seq1  TAGATTATATTAGACTAGGGAGGTCATGGCTTTCTTCTTAATCATGTTAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTATATTAGACTAGGGAGGTCATGGCTTTCTTCTTAATCATGTTAG  600

seq1  CTAGACTGCCACTCACTTCCACTGCACTGTTGGAGGGGTGACTCTCACAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTGCCACTCACTTCCACTGCACTGTTGGAGGGGTGACTCTCACAA  650

seq1  CTGAGTGCCCCATTTAGAGAGACCTCTGCACAGGGCTCACTCCTGTGACT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGCCCCATTTAGAGAGACCTCTGCACAGGGCTCACTCCTGTGACT  700

seq1  ACCGAGATGACATATGAAGAAGACGGTGGGTGCTCTCCTGCGTCTCTCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAGATGACATATGAAGAAGACGGTGGGTGCTCTCCTGCGTCTCTCCT  750

seq1  TCTGCTTCTCAAATCTCTGGGCAATTTGGGATTGGTGTGCTTCTTTCCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCTCAAATCTCTGGGCAATTTGGGATTGGTGTGCTTCTTTCCCA  800

seq1  AGTCACAGCCTCAATTTCAGATATTATTGCCTCCCAGTGTGCTTACAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACAGCCTCAATTTCAGATATTATTGCCTCCCAGTGTGCTTACAAAG  850

seq1  ACAGCAGTGGTGAGTGGCTTTGCACCCAGCCTCTCAAGCTGCCTCTGAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTGGTGAGTGGCTTTGCACCCAGCCTCTCAAGCTGCCTCTGAGG  900

seq1  CAGGAGGGGCCTCTGGCCTATCAGAATCTCATCTCTTCCTTCAAAGAGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGGGCCTCTGGCCTATCAGAATCTCATCTCTTCCTTCAAAGAGTG  950

seq1  AATTC  954
      |||||
seq2  AATTC  955