BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323L01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 30,957,440 - 31,044,573
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSntg2
Upstream geneLOC629608, Myt1l, LOC100043496, Pxdn, Tpo
Downstream geneTmem18, LOC100043055, Acp1, Sh3yl1, LOC629656, 9030611O19Rik, LOC668781, LOC100043065, LOC100043514, EG629667, LOC100043068, Lamb1-1, Dld
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323L01.bB6Ng01-323L01.g
ACCGA112205GA112206
length1,1231,132
definitionB6Ng01-323L01.b B6Ng01-323L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,957,440 - 30,958,566)(31,043,412 - 31,044,573)
sequence
gaattcttttctgtcaaatgttctttctgcagtgattagacacaagcagc
agggccacagagggaaatattctggcagatgctctaaactaaacatggca
ttaccgtaggacccagcatccccttctttaggttgagtattaacaaagat
gtccaaacaaagcctgttgatgaatgtttgcagaagcgtaattcataaca
gtccagaaatagaagcaagagtccattagctgaagagtagatggagcaat
accctacatccatatatagcagggctatgcagccatagcgggtgcatgct
gcctcaccaacgacctttgaaagcaccatactgtggaaggaactgaaggc
caaggtcacatattatctgactacattgatacacatttccagaaaaggcg
aatccacagacaaagcagtgactttctgtgtccagggcaaggaaagggga
tctaactgcgagcttgtagaggacgtctatcgactgtagcacatcaagta
atgtaatcagtagtgatggtgtccggcacagtgaaatatgaaacaatatg
caaagtctacctgcatataatcattaagtgtctgagcgtctggaaaaatc
acacaggtccattcactcaatcacactgggtatttattttcccattaata
tcaatttaagaaatgctgaagtggaccttttcttgacaagtctgttggga
tttttctccatcagcaatcacctctgtgggacagatgttggtttcagaca
aacaagcaattcaacaggggctgcttaggcagaagcaatttcacctcaat
gacatggactcaccggaggccattttgtgtggatttatggaatggttatg
gcccttgtgtttaaattttatagatactatcacttaacagtcttaggttg
taaagaacaaataaaaggaaaacggacatttatagaattaatggccaagc
tcagtatgcctccctggaactctgcattgggtcctgacatggggctcaga
gtttaggtgggttacaatgctgagctctgcaacaggcccctcacaaggca
gctcacagagctcctagctaactgatgctatcggaccagcctcagattca
gtcaaggctgtggagtgccatgt
gaattctgagttacagcttcccaaggaccctccatgccagcacatctttc
ccttgatctaagttgtaggcgtagtcgcttggtttcctcaccgctgttgt
gttgtcttgaactcagtctgccttgtcttacataggagcacattcccagg
gaagcagtgtcaatcagtgatggttgtttcagagctgagctgctgtccgg
tgttggatagcagaggctgagttggacatccagctaagtgtggcagagtt
gactttccccatcccagagaagccctggctctgaggggcagggcagtggg
gacacactgctgccttgtagctatgacgtgtccatgctccacttaaccat
catctgtttaatcacaccaccttcaactgtgcatcagtggggtttgggtt
ctgacttcctggaaatggcatcagcctcagcaagagacataatcagtgga
gatgagtgtctttacctataaagcagaggctatgcctccctgtggatgga
aaggatgtgttctttaattacttataatgctatgtaatcaagccaagtaa
ggaaaataggacaattgtacaaacgagggagattggaggagccttatctt
gacttcagatctgactgggaagagatatataaattagaaaactaaaagtt
tataaaaggagagagagaaaagatagtattaactccaaatagagaataaa
cacatcttccagcaagcaggagtctggttcccacctggtcaccggcctaa
ccctcagtagctggaggtttaggaggacagatacaggtgaatattggtca
ttttagctttgaagaaaattctcattcttcttttttcatcaggaaactgg
ggtcatgcctggttcatgtcacctttttggtgatctcacaggtttagaag
ttgcaacttttaccactctgtgttttgagattttaacacccacagataga
cctcatgattggagacgtgtcagcattacatgaatctaaaatccctccaa
acaaagccacgatgaagatgaaaactgctaaacacaaatttcatagatac
ctaaggaatcattgattaatgaaaatgatgcctatctaagtatggcacgg
aactgctcacaggcaattttttattacatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_30957440_30958566
seq2: B6Ng01-323L01.b_48_1170

seq1  GAATTCTTTTCTGTCAAATGTTCTTTCTGCAGTGATTAGACACAAGCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTGTCAAATGTTCTTTCTGCAGTGATTAGACACAAGCAGC  50

seq1  AGGGCCACAGAGGGAAATATTCTGGCAGATGCTCTAAACTAAACATGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCACAGAGGGAAATATTCTGGCAGATGCTCTAAACTAAACATGGCA  100

seq1  TTACCGTAGGACCCAGCATCCCCTTCTTTAGGTTGAGTATTAACAAAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCGTAGGACCCAGCATCCCCTTCTTTAGGTTGAGTATTAACAAAGAT  150

seq1  GTCCAAACAAAGCCTGTTGATGAATGTTTGCAGAAGCGTAATTCATAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAACAAAGCCTGTTGATGAATGTTTGCAGAAGCGTAATTCATAACA  200

seq1  GTCCAGAAATAGAAGCAAGAGTCCATTAGCTGAAGAGTAGATGGAGCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAAATAGAAGCAAGAGTCCATTAGCTGAAGAGTAGATGGAGCAAT  250

seq1  ACCCTACATCCATATATAGCAGGGCTATGCAGCCATAGCGGGTGCATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTACATCCATATATAGCAGGGCTATGCAGCCATAGCGGGTGCATGCT  300

seq1  GCCTCACCAACGACCTTTGAAAGCACCATACTGTGGAAGGAACTGAAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACCAACGACCTTTGAAAGCACCATACTGTGGAAGGAACTGAAGGC  350

seq1  CAAGGTCACATATTATCTGACTACATTGATACACATTTCCAGAAAAGGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCACATATTATCTGACTACATTGATACACATTTCCAGAAAAGGCG  400

seq1  AATCCACAGACAAAGCAGTGACTTTCTGTGTCCAGGGCAAGGAAAGGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACAGACAAAGCAGTGACTTTCTGTGTCCAGGGCAAGGAAAGGGGA  450

seq1  TCTAACTGCGAGCTTGTAGAGGACGTCTATCGACTGTAGCACATCAAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTGCGAGCTTGTAGAGGACGTCTATCGACTGTAGCACATCAAGTA  500

seq1  ATGTAATCAGTAGTGATGGTGTCCGGCACAGTGAAATATGAAACAATATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATCAGTAGTGATGGTGTCCGGCACAGTGAAATATGAAACAATATG  550

seq1  CAAAGTCTACCTGCATATAATCATTAAGTGTCTGAGCGTCTGGAAAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTACCTGCATATAATCATTAAGTGTCTGAGCGTCTGGAAAAATC  600

seq1  ACACAGGTCCATTCACTCAATCACACTGGGTATTTATTTTCCCATTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGTCCATTCACTCAATCACACTGGGTATTTATTTTCCCATTAATA  650

seq1  TCAATTTAAGAAATGCTGAAGTGGACCTTTTCTTGACAAGTCTGTTGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTTAAGAAATGCTGAAGTGGACCTTTTCTTGACAAGTCTGTTGGGA  700

seq1  TTTTTCTCCATCAGCAATCACCTCTGTGGGACAGATGTTGGTTTCAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTCCATCAGCAATCACCTCTGTGGGACAGATGTTGGTTTCAGACA  750

seq1  AACAAGCAATTCAACAGGGGCTGCTTAGGCAGAAGCAATTTCACCTCAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCAATTCAACAGGGGCTGCTTAGGCAGAAGCAATTTCACCTCAAT  800

seq1  GACATGGACTCACCGGAGGCCATTTTGTGTGGATTTATGGAATGGTTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGACTCACCGGAGGCCATTTTGTGTGGATTTATGGAATGGTTATG  850

seq1  GCCCTTGTGTTTAAATTTTTATAGATACTATCACTTAACAGTCTTAGGTT  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGTGTTTAAA-TTTTATAGATACTATCACTTAACAGTCTTAGGTT  899

seq1  GTAAAGAACAAAATAAAAGGAAAACGGACATTTATAGAATTAATGG-CAA  949
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTAAAGAAC-AAATAAAAGGAAAACGGACATTTATAGAATTAATGGCCAA  948

seq1  GCTCAGTATGCCTCCCTGGAACTCTGCATT-GGTCCTGACAATGGGGCTC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  GCTCAGTATGCCTCCCTGGAACTCTGCATTGGGTCCTGAC-ATGGGGCTC  997

seq1  AGGAGTTTAAGGTGGGTTACAAAGGCTGAGCTCTGC-ACAGG-CCCTCAC  1046
      | |||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||
seq2  A-GAGTTT-AGGTGGGTTAC-AATGCTGAGCTCTGCAACAGGCCCCTCAC  1044

seq1  AAGGCAGCTCACAAGAGCTCCTAGCTAACTGAATGCTATCAGACAAGGCC  1096
      |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||
seq2  AAGGCAGCTCAC-AGAGCTCCTAGCTAACTG-ATGCTATCGGACCA-GCC  1091

seq1  TCAGATTCCAGTCAAGCCTGT-GAGTG-CATGT  1127
      ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||
seq2  TCAGATT-CAGTCAAGGCTGTGGAGTGCCATGT  1123

seq1: chr12_31043412_31044573
seq2: B6Ng01-323L01.g_65_1196 (reverse)

seq1  ATCATGTATATAAAAAAATTGCCTCTTTGGAGCATGTTCCCTTCCTAATT  50
      |||||||| || |||||||||||| |   ||||| ||||| | ||     
seq2  ATCATGTA-AT-AAAAAATTGCCTGT---GAGCA-GTTCCGTGCC----A  40

seq1  TACTTTAAGATAAGCATCTATTTTCATTTTAATACAATTTGGAATTTCCT  100
      |||||  ||||| ||||| |||||||  ||||| ||||     ||| | |
seq2  TACTT--AGATAGGCATC-ATTTTCA--TTAAT-CAAT----GATTCCTT  80

seq1  AGGTTATTCTATTTAAATTTGTGTTTAGCAGTTTTTCATCTTCAATCGTG  150
      ||||   |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  AGGT--ATCTA-TGAAATTTGTGTTTAGCAG-TTTTCATCTTC-ATCGTG  125

seq1  CTTTTGTTTTGGAGGGAATTTTAGATTCATGTAATGCTGAACACGTCTCC  200
        |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCTTTG-TTTGGAGGG-ATTTTAGATTCATGTAATGCTG-ACACGTCTCC  172

seq1  AATCATGAGGTCTATCTGTGGGTGTTTTAAAATCTCAAAACACAGAGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATGAGGTCTATCTGTGGGTG--TTAAAATCTCAAAACACAGAGTGG  220

seq1  TAAAAGTTGCAACTTCTAAACCTGTGAGATCACCAAAAAGGTGACATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTGCAACTTCTAAACCTGTGAGATCACCAAAAAGGTGACATGAA  270

seq1  CCAGGCATGACCCCAGTTTCCTGATGAAAAAAGAAGAATGAGAATTTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCATGACCCCAGTTTCCTGATGAAAAAAGAAGAATGAGAATTTTCT  320

seq1  TCAAAGCTAAAATGACCAATATTCACCTGTATCTGTCCTCCTAAACCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCTAAAATGACCAATATTCACCTGTATCTGTCCTCCTAAACCTCC  370

seq1  AGCTACTGAGGGTTAGGCCGGTGACCAGGTGGGAACCAGACTCCTGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTGAGGGTTAGGCCGGTGACCAGGTGGGAACCAGACTCCTGCTTG  420

seq1  CTGGAAGATGTGTTTATTCTCTATTTGGAGTTAATACTATCTTTTCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGATGTGTTTATTCTCTATTTGGAGTTAATACTATCTTTTCTCTC  470

seq1  TCTCCTTTTATAAACTTTTAGTTTTCTAATTTATATATCTCTTCCCAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTTATAAACTTTTAGTTTTCTAATTTATATATCTCTTCCCAGTC  520

seq1  AGATCTGAAGTCAAGATAAGGCTCCTCCAATCTCCCTCGTTTGTACAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGAAGTCAAGATAAGGCTCCTCCAATCTCCCTCGTTTGTACAATT  570

seq1  GTCCTATTTTCCTTACTTGGCTTGATTACATAGCATTATAAGTAATTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATTTTCCTTACTTGGCTTGATTACATAGCATTATAAGTAATTAAA  620

seq1  GAACACATCCTTTCCATCCACAGGGAGGCATAGCCTCTGCTTTATAGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACATCCTTTCCATCCACAGGGAGGCATAGCCTCTGCTTTATAGGTA  670

seq1  AAGACACTCATCTCCACTGATTATGTCTCTTGCTGAGGCTGATGCCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACTCATCTCCACTGATTATGTCTCTTGCTGAGGCTGATGCCATTT  720

seq1  CCAGGAAGTCAGAACCCAAACCCCACTGATGCACAGTTGAAGGTGGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGTCAGAACCCAAACCCCACTGATGCACAGTTGAAGGTGGTGTG  770

seq1  ATTAAACAGATGATGGTTAAGTGGAGCATGGACACGTCATAGCTACAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAGATGATGGTTAAGTGGAGCATGGACACGTCATAGCTACAAGG  820

seq1  CAGCAGTGTGTCCCCACTGCCCTGCCCCTCAGAGCCAGGGCTTCTCTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTGTGTCCCCACTGCCCTGCCCCTCAGAGCCAGGGCTTCTCTGGG  870

seq1  ATGGGGAAAGTCAACTCTGCCACACTTAGCTGGATGTCCAACTCAGCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGAAAGTCAACTCTGCCACACTTAGCTGGATGTCCAACTCAGCCTC  920

seq1  TGCTATCCAACACCGGACAGCAGCTCAGCTCTGAAACAACCATCACTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATCCAACACCGGACAGCAGCTCAGCTCTGAAACAACCATCACTGAT  970

seq1  TGACACTGCTTCCCTGGGAATGTGCTCCTATGTAAGACAAGGCAGACTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTGCTTCCCTGGGAATGTGCTCCTATGTAAGACAAGGCAGACTGA  1020

seq1  GTTCAAGACAACACAACAGCGGTGAGGAAACCAAGCGACTACGCCTACAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGACAACACAACAGCGGTGAGGAAACCAAGCGACTACGCCTACAA  1070

seq1  CTTAGATCAAGGGAAAGATGTGCTGGCATGGAGGGTCCTTGGGAAGCTGT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATCAAGGGAAAGATGTGCTGGCATGGAGGGTCCTTGGGAAGCTGT  1120

seq1  AACTCAGAATTC  1162
      ||||||||||||
seq2  AACTCAGAATTC  1132