BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325A14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 100,342,567 - 100,447,826
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChes1
Upstream geneGalc, Gpr65, Kcnk10, Spata7, Ptpn21, Zc3h14, Eml5, LOC100039845, Ttc8, EG667779
Downstream geneLOC100039892, 2610021K21Rik, Tdp1, LOC100040041, Kcnk13, Psmc1, BC002230, Calm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325A14.bB6Ng01-325A14.g
ACCGA113198GA113199
length1,0411,174
definitionB6Ng01-325A14.b B6Ng01-325A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,342,567 - 100,343,506)(100,446,640 - 100,447,826)
sequence
gaattccaatgaatgagaatgtaaaagcacggtgagaaataatgttaatg
gataggaacactcagtcttgccacaatgtcacctcttcccaattcaaacc
atctactcaatggaattccaaccaaatccccagcaagccattcctagcta
tcaacacattattctaagcattttcttggagagataaggacccagaacag
gcattaacacaatactgaagtttgaaaagagtgacatctgatgatttaca
gtaccttgttttgagacttattatagagctgtagtcattagggccatgac
agtgtccaaatcaggaaacagaaaagacctttgggagttttgatcttagt
tcaagggcccatggctgtttttagaagtactaccctttcatgatgaacta
caatatttccattcctaaaatatgaaataaatccacagatagatagctaa
ataaatcgagagcacagaataggactcccagaaactgattcaattcaata
taagcagccagtctttgacaaaggaggaacttactggagagaggacactc
ttaacaaaatggtccttgaattataagttaaacagagtctagacacagac
ctttctctctacttcatggaaattaatttaaaatgggccacagatttaag
cacaaaaatgaaaaactaatataaactcatagtatactcactagttttat
gtcacttgaaacaagctatggtcttctgtactggctagttttgtgtcaac
ttgacacaggctggagttatcacagagaaaggagcttcatttggggaaat
gcctccaccagatccagctgcaaggcattttctcaattagtgatcaaggg
aggaagtccccttgtgggtggtgccacctctgagggtagtcttggttcta
taagagagcagctgagcaagccaggggaagcaagtcagtaaggagcatcc
ctccatggctctgcatcagctcctgcttctgacctgcttgagttccagtc
ctgacttcttgtgatgaacagcagtatggaagtatagccga
gaattcactcctgatgtgtcttttttttttttctccttttgcttttctag
tttctccaggagtgatacaaaatggagcgagggttctgagtcgagggctg
tttcctggtgtccggccgttaccaatcactcccattgggatgacggcagc
cataaggtaagagaagagcttgctgggcggaacctgtctgggtagtgggg
aaaccatccctctattgcctggggttagagagcaaagggcagcacacccg
tccaaacgccccctcatcgtcctcccgggtgagcagacaggatacagcta
agggttttcttaagttaacagggcaaaatcagctagaaggcaagggtgag
cagttgttgactgggcactggaccatcccttcccatcctgtgaccctgcg
atggcgtctcatctctctggacccgccttagttccctcatctgtgagact
ttatgtctacatggagggggtgcagtaaaacatgcaaaattgcatgtgaa
atgtgatttggtaagaggtatatgaacagcgcgggtgtcgtttcccagtc
actgagcgtcaggtcaggggacactgagctcttctttgggtgatttcttt
cctccgtccttctcctcatctccatcagcaaccccaggggtccggtccac
ctctggcttagagccctcacatgcagcgagacagtctccttgttctcttc
ctcatgtatcagtcactaccttaccagtttcctaaaccaagactcccagg
agctctttccatgactccctccttccgtatcacccctcctgcctctctcc
ttgagctaagtgtgttcaagggcatcttagtttttttcatattgctgcaa
taaatatcccgaccaaagcaatgtagggggaaaggctggtggttaaggtt
aaggttacggttaaaggtccatgctgggagggcgatcagagcaataggag
ctcgaagcaactgatccacagcacagtcagatgcatgcagggaatagaga
atgcctcctgtcgtcagctcaacgttcttccgtataccacagcccacacc
ccctgcccaaagaacagtcttacctactgcggacgaccttctcctacctg
tgagatattcccagagcaggccaagggcctgctccttaggctctgatctg
ccaagtgcgacaatactgaccagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_100342567_100343506
seq2: B6Ng01-325A14.b_45_983

seq1  GAATTCCAATGAATGAGAATGTAAAAGCACGGTGAGAAATAATGTTAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATGAATGAGAATGTAAAAGCACGGTGAGAAATAATGTTAATG  50

seq1  GATAGGAACACTCAGTCTTGCCACAATGTCACCTCTTCCCAATTCAAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGAACACTCAGTCTTGCCACAATGTCACCTCTTCCCAATTCAAACC  100

seq1  ATCTACTCAATGGAATTCCAACCAAATCCCCAGCAAGCCATTCCTAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTCAATGGAATTCCAACCAAATCCCCAGCAAGCCATTCCTAGCTA  150

seq1  TCAACACATTATTCTAAGCATTTTCTTGGAGAGATAAGGACCCAGAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACATTATTCTAAGCATTTTCTTGGAGAGATAAGGACCCAGAACAG  200

seq1  GCATTAACACAATACTGAAGTTTGAAAAGAGTGACATCTGATGATTTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAACACAATACTGAAGTTTGAAAAGAGTGACATCTGATGATTTACA  250

seq1  GTACCTTGTTTTGAGACTTATTATAGAGCTGTAGTCATTAGGGCCATGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTTGTTTTGAGACTTATTATAGAGCTGTAGTCATTAGGGCCATGAC  300

seq1  AGTGTCCAAATCAGGAAACAGAAAAGACCTTTGGGAGTTTTGATCTTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCAAATCAGGAAACAGAAAAGACCTTTGGGAGTTTTGATCTTAGT  350

seq1  TCAAGGGCCCATGGCTGTTTTTAGAAGTACTACCCTTTCATGATGAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGCCCATGGCTGTTTTTAGAAGTACTACCCTTTCATGATGAACTA  400

seq1  CAATATTTCCATTCCTAAAATATGAAATAAATCCACAGATAGATAGCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTTCCATTCCTAAAATATGAAATAAATCCACAGATAGATAGCTAA  450

seq1  ATAAATCGAGAGCACAGAATAGGACTCCCAGAAACTGATTCAATTCAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCGAGAGCACAGAATAGGACTCCCAGAAACTGATTCAATTCAATA  500

seq1  TAAGCAGCCAGTCTTTGACAAAGGAGGAACTTACTGGAGAGAGGACACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGCCAGTCTTTGACAAAGGAGGAACTTACTGGAGAGAGGACACTC  550

seq1  TTAACAAAATGGTCCTTGAATTATAAGTTAAACAGAGTCTAGACACAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAAATGGTCCTTGAATTATAAGTTAAACAGAGTCTAGACACAGAC  600

seq1  CTTTCTCTCTACTTCATGGAAATTAATTTAAAATGGGCCACAGATTTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTCTACTTCATGGAAATTAATTTAAAATGGGCCACAGATTTAAG  650

seq1  CACAAAAATGAAAAACTAATATAAACTCATAGTATACTCACTAGTTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAATGAAAAACTAATATAAACTCATAGTATACTCACTAGTTTTAT  700

seq1  GTCACTTGAAACAAGCTATGGTCTTCTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTGAAACAAGCTATGGTCTTCTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAAC  750

seq1  TTGACACAGGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCATTTGGGGAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACAGGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCATTTGGGGAAAT  800

seq1  GCCTCCACCAGATCCAGCTGCAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCACCAGATCCAGCTGCAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGG  850

seq1  AGGAAGTCCCCTTGTGGGTGGTGCCACCTCTGAGGGTAGTCTTGGTTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTCCCCTTGTGGGTGGTGCCACCTCTGAGGGTAGTCTTGGTTCTA  900

seq1  TAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGTCAGT  940
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAGCA-GCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGTCAGT  939

seq1: chr12_100446640_100447826
seq2: B6Ng01-325A14.g_67_1240 (reverse)

seq1  GCTGGTCAGTATTGGCTGCCAACTTGGCAGAACCCAGAAGACCTAGGAGA  50
      |||||||||||||| | ||  ||||||||||   ||| || |  ||||| 
seq2  GCTGGTCAGTATTGTC-GC--ACTTGGCAGA--TCAG-AGCCTAAGGAG-  43

seq1  CAGGCCCTTTGGCTTGCCTCTGGGGAATATCTCACAGGGTAAGGAGAAAG  100
      ||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||   ||||| |||
seq2  CAGGCCC-TTGGCCTG-CTCT-GGGAATATCTCACAGG--TAGGAG-AAG  87

seq1  GTCGTCCGCAGTAGGTAGGACTGTTCTTTGGGCAGGGGGTGTTGGGCTGT  150
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTCGTCCGCAGTAGGTAAGACTGTTCTTTGGGCAGGGGGTG-TGGGCTGT  136

seq1  -GTATACGG-AGAACGTTGAGCTGACCGACAGGAGGCATTCTCTATTCCC  198
       |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATACGGAAGAACGTTGAGCTGA-CGACAGGAGGCATTCTCTATTCCC  185

seq1  TGCATGCATCCTGACTGTGCTGT-GATCAGTTGCTTCGAGCTCCTATTGC  247
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCAT-CTGACTGTGCTGTGGATCAGTTGCTTCGAGCTCCTATTGC  234

seq1  TCTGATCGCCCTCCCAGCATGGACC-TTAACCGTAACCTTAACCTTAACC  296
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCGCCCTCCCAGCATGGACCTTTAACCGTAACCTTAACCTTAACC  284

seq1  ACCAGCCTTTCCCCCTACATTGCTTTGGTCGGGATATTTTATTGCAGCAA  346
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCAGCCTTTCCCCCTACATTGCTTTGGTCGGGATA-TTTATTGCAGCAA  333

seq1  TATGAAAAAAACTAAGATGCCCTTGAACACACTTAGCTCAAGGAGAGAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAAAAACTAAGATGCCCTTGAACACACTTAGCTCAAGGAGAGAGG  383

seq1  CAGGAGGGGTGATACGGAAGGAGGGAGTCATGGAAAGAGCTCCTGGGAGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGGGTGATACGGAAGGAGGGAGTCATGGAAAGAGCTCCTGGGAGT  433

seq1  CTTGGTTTAGGAAACTGGTAAGGTAGTGACTGATACATGAGGAAGAGAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTTAGGAAACTGGTAAGGTAGTGACTGATACATGAGGAAGAGAAC  483

seq1  AAGGAGACTGTCTCGCTGCATGTGAGGGCTCTAAGCCAGAGGTGGACCGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGACTGTCTCGCTGCATGTGAGGGCTCTAAGCCAGAGGTGGACCGG  533

seq1  ACCCCTGGGGTTGCTGATGGAGATGAGGAGAAGGACGGAGGAAAGAAATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGGGGTTGCTGATGGAGATGAGGAGAAGGACGGAGGAAAGAAATC  583

seq1  ACCCAAAGAAGAGCTCAGTGTCCCCTGACCTGACGCTCAGTGACTGGGAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAAGAAGAGCTCAGTGTCCCCTGACCTGACGCTCAGTGACTGGGAA  633

seq1  ACGACACCCGCGCTGTTCATATACCTCTTACCAAATCACATTTCACATGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACACCCGCGCTGTTCATATACCTCTTACCAAATCACATTTCACATGC  683

seq1  AATTTTGCATGTTTTACTGCACCCCCTCCATGTAGACATAAAGTCTCACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGCATGTTTTACTGCACCCCCTCCATGTAGACATAAAGTCTCACA  733

seq1  GATGAGGGAACTAAGGCGGGTCCAGAGAGATGAGACGCCATCGCAGGGTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGGGAACTAAGGCGGGTCCAGAGAGATGAGACGCCATCGCAGGGTC  783

seq1  ACAGGATGGGAAGGGATGGTCCAGTGCCCAGTCAACAACTGCTCACCCTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGGGAAGGGATGGTCCAGTGCCCAGTCAACAACTGCTCACCCTT  833

seq1  GCCTTCTAGCTGATTTTGCCCTGTTAACTTAAGAAAACCCTTAGCTGTAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTAGCTGATTTTGCCCTGTTAACTTAAGAAAACCCTTAGCTGTAT  883

seq1  CCTGTCTGCTCACCCGGGAGGACGATGAGGGGGCGTTTGGACGGGTGTGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTGCTCACCCGGGAGGACGATGAGGGGGCGTTTGGACGGGTGTGC  933

seq1  TGCCCTTTGCTCTCTAACCCCAGGCAATAGAGGGATGGTTTCCCCACTAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTGCTCTCTAACCCCAGGCAATAGAGGGATGGTTTCCCCACTAC  983

seq1  CCAGACAGGTTCCGCCCAGCAAGCTCTTCTCTTACCTTATGGCTGCCGTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACAGGTTCCGCCCAGCAAGCTCTTCTCTTACCTTATGGCTGCCGTC  1033

seq1  ATCCCAATGGGAGTGATTGGTAACGGCCGGACACCAGGAAACAGCCCTCG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAATGGGAGTGATTGGTAACGGCCGGACACCAGGAAACAGCCCTCG  1083

seq1  ACTCAGAACCCTCGCTCCATTTTGTATCACTCCTGGAGAAACTAGAAAAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAACCCTCGCTCCATTTTGTATCACTCCTGGAGAAACTAGAAAAG  1133

seq1  CAAAAGGAGAAAAAAAAAAAAGACACATCAGGAGTGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGAGAAAAAAAAAAAAGACACATCAGGAGTGAATTC  1174