BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326B20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 57,940,050 - 58,096,570
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc25a21
Upstream geneBrms1l, LOC100039915, LOC382600, LOC382601, Mbip, EG621837, E030019B13Rik, Titf1, LOC100039993, Nkx2-9, Pax9
Downstream geneAU021838, LOC100040044, Foxa1, 4921506M07Rik, EG217600, BC042761
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326B20.bB6Ng01-326B20.g
ACCGA114002GA114003
length1,0751,114
definitionB6Ng01-326B20.b B6Ng01-326B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,940,050 - 57,941,135)(58,095,462 - 58,096,570)
sequence
gaattctttgtttaacactgtaccccatttttaatagggttatttgattt
tctggagtccatcttcttgagttctttatatatatttgatattagtcccc
tatctgatttaggattggtaaagatcctttcccaatctgttagaagcctt
tttgtctaattgacaatgtcttttgccttatagaagctttgcaattttat
gaggtcccattcgtcaattctagatcttacagaacaagccactgctgttc
tgttcaggaattttttttaatatttgttttgatttgattctattttctat
atgaggacagcttgactgtatatgtatggttatgaaatttagcaatattt
ccactttgaatggtgacagcatcaaagtggagtaacagaaatgtggcatt
aattttctcttgtttttttttctcattttttttgttttgttttgtttttt
gagaaaagatttctctgtgtagatgtagctgtcctggaactcactctgta
gactaggctggtctcaaaatctgagatcccctggcctatgcctcccaagt
tctgggattaaaagtgcatgccatctgtctggcattgattttcattgaat
aactatcaaaaggctattttatttttacagcccaaaaggctttactctta
aaaacactttttaaaattaatttattatatactgtggtgcacatttggaa
gtcggaggacaacttgtggaagtcagttggttctcccgtaacatgtgggt
ctgagggaacaaacttaagaggtcaggtgtggcagcaagtgccagatgtg
aagagccatcttccaagtgcagaggtcctactcttaaacttcaaaatgaa
gatgatgaggacaaccactctacaagccttggtggaagcgcaggggccat
caccttggtcatggtgaaatgctatgtacatgttcttaacttgagcatgt
gctcttcactcctctaatatttcctacccaagctaatatatgtcagattg
ttctctgtgttttgatgatttattacatctcagactcatgtagaaaaggt
tctcttctctacctgtctttaaaga
gaattcaacacttagtgtttaccccagtttgatatttccaaaagaacccc
actctatgctgccatatttttataaagctcacaggtcaatgattaagaat
catcttaaagctcaagcactgttggttagtgatcacttacggggcatctt
gtcatcatcaactaaatattgtctgacattcaacctttgataaacaaagc
agcatttagacacagaccatgatataggcacctgatacttcaaaagctta
gataagtgcaggccaaagtagaatagccaaatgataagcatcaaattcca
caccaccacggaaggagccaaagaaccctgggtttccacagcttgatgac
agatgagcacccacatctcaatgttttggaaatacccaggcgagatgttt
tgaatattgctttcttcccactgaaatgtgtcaacgtggacactgtggtt
ttgggaggtgtggtccctttctttaacactatgctcctttggaccgaata
aaaataaagctcttgtatttactaatgaggcacatctttttgcttttctt
cttgttgttctaactcttaattgttgtagggtcacatttatacatcgttg
tctcctgaacgccaggattctgccaactgtggtacatatagatatggcct
tctgtttggcagtttgcttctaattgtggttcactttctctgaaaggatc
atctgccatttatttgtgcagccttcatttaataacattaagttccatta
ataacattagagttccatatttgggaaatttatccacagaaagtataaaa
acaagcaaatgtaagaacctttagcaagaacaaacaatagctatctcttc
ctttacccacattgattgtttcctgtttcactgttaagacctgaaaggga
agaatagagtcagtggtgtgtgatttgctatttgtttgaggggctaatgt
gtttgtgtctgcacaggtagaggctagaggacactttacgtgtcatcttg
agtaatgcattccatcccttgtgagacaggttcttatttggggtgtaaga
tcaccaggtcagctgaattgacttcgggacagtggagcctccaggcaccg
acattaacacataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_57940050_57941135
seq2: B6Ng01-326B20.b_49_1123

seq1  GAATTCTTTGTTTAACACTGTACCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAACACTGTACCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGATTT  50

seq1  TCTGGAGTCCATCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTTGATATTAGTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTCCATCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTTGATATTAGTCCCC  100

seq1  TATCTGATTTAGGATTGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTAGAAGCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGATTTAGGATTGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTAGAAGCCTT  150

seq1  TTTGTCTAATTGACAATGTCTTTTGCCTTATAGAAGCTTTGCAATTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTAATTGACAATGTCTTTTGCCTTATAGAAGCTTTGCAATTTTAT  200

seq1  GAGGTCCCATTCGTCAATTCTAGATCTTACAGAACAAGCCACTGCTGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCCATTCGTCAATTCTAGATCTTACAGAACAAGCCACTGCTGTTC  250

seq1  TGTTCAGGAATTTTTTTTAATATTTGTTTTGATTTGATTCTATTTTCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGGAATTTTTTTTAATATTTGTTTTGATTTGATTCTATTTTCTAT  300

seq1  ATGAGGACAGCTTGACTGTATATGTATGGTTATGAAATTTAGCAATATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGACAGCTTGACTGTATATGTATGGTTATGAAATTTAGCAATATTT  350

seq1  CCACTTTGAATGGTGACAGCATCAAAGTGGAGTAACAGAAATGTGGCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTGAATGGTGACAGCATCAAAGTGGAGTAACAGAAATGTGGCATT  400

seq1  AATTTTCTCTTGTTTTTTTTTCTCATTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTCTTGTTTTTTTTTCTCATTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTT  450

seq1  GAGAAAAGATTTCTCTGTGTAGATGTAGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGATTTCTCTGTGTAGATGTAGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTA  500

seq1  GACTAGGCTGGTCTCAAAATCTGAGATCCCCTGGCCTATGCCTCCCAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGGCTGGTCTCAAAATCTGAGATCCCCTGGCCTATGCCTCCCAAGT  550

seq1  TCTGGGATTAAAAGTGCATGCCATCTGTCTGGCATTGATTTTCATTGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGATTAAAAGTGCATGCCATCTGTCTGGCATTGATTTTCATTGAAT  600

seq1  AACTATCAAAAGGCTATTTTATTTTTACAGCCCAAAAGGCTTTACTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCAAAAGGCTATTTTATTTTTACAGCCCAAAAGGCTTTACTCTTA  650

seq1  AAAACACTTTTTAAAATTAATTTATTATATACTGTGGTGCACATTTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTTTTTAAAATTAATTTATTATATACTGTGGTGCACATTTGGAA  700

seq1  GTCGGAGGACAACTTGTGGAAGTCAGTTGGTTCTCCCGTAACATGTGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGAGGACAACTTGTGGAAGTCAGTTGGTTCTCCCGTAACATGTGGGT  750

seq1  CTGAGGGAACAAACTTAAGAGGTCAGGTGTGGCAGCAAGTGCCAGATGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGAACAAACTTAAGAGGTCAGGTGTGGCAGCAAGTGCCAGATGTG  800

seq1  AAGAGCCATCTTCCAAGTGCAGAGGTCCTACTCTTAAACTTCAAAATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCATCTTCCAAGTGCAGAGGTCCTACTCTTAAACTTCAAAATGAA  850

seq1  GATGATGAGGACAACCACTCTACAAAGCCTTGGTGGAAGCGCAGGGGCCA  900
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGAGGACAACCACTCTAC-AAGCCTTGGTGGAAGCGCAGGGGCCA  899

seq1  TCACCTTGGTCATGGTGAAATGCTATGTACATGTTCTTAACTTGAGCAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCACCTTGGTCATGGTGAAATGCTATGTACATGTTCTTAACTTGAGC-AT  948

seq1  GTGCTCTTCACTCCTCTAATAATTTCCTACCCAAGCTAAATATATGTCAG  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGCTCTTCACTCCTCTAAT-ATTTCCTACCCAAGCT-AATATATGTCAG  996

seq1  ATTGTTCTCTGTGTTTTGATGATTTATTAACATCTCAGGAACCTCATGTA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||||||||
seq2  ATTGTTCTCTGTGTTTTGATGATTTATT-ACATCTCAG---ACTCATGTA  1042

seq1  GAAAAGG-TCTCTTCTCTACCCCTGTCTTTTAAAAGA  1086
      ||||||| |||||||||||  |||||||||  |||||
seq2  GAAAAGGTTCTCTTCTCTA--CCTGTCTTT--AAAGA  1075

seq1: chr12_58095462_58096570
seq2: B6Ng01-326B20.g_66_1179 (reverse)

seq1  TTATGTG-TAATGTCGGTGCCTGGA-GCT-CACTGGTCCGGAGTCAATCC  47
      ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||  ||| ||||||| |
seq2  TTATGTGTTAATGTCGGTGCCTGGAGGCTCCACTGTCCCGAAGTCAATTC  50

seq1  AGCTTGACTGGTGATC-TACA-CCCAAATAAGACCCTGTCTCACAAGGG-  94
      ||||   ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AGCTGACCTGGTGATCTTACACCCCAAATAAGAACCTGTCTCACAAGGGA  100

seq1  TGGATGGCATTACTCAAGATGACACGTAAAGTTGTCCTCTAGCCTCTACC  144
      ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGCATTACTCAAGATGACACGTAAAG-TGTCCTCTAGCCTCTACC  149

seq1  TGTGCAGACACAAACACATTTAGCCCCTCAAACAAATAGCAAATCACACA  194
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGACACAAACACA-TTAGCCCCTCAAACAAATAGCAAATCACACA  198

seq1  CCACTGACTCTATTCTT-CCTTTCAGGTCTTAACAGTGAAACAGGAAACA  243
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGACTCTATTCTTCCCTTTCAGGTCTTAACAGTGAAACAGGAAACA  248

seq1  ATCAATGTGGGTAAAGGAAGAGATAGCTATTGTTTGTTCTTGCTAAAGGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGTGGGTAAAGGAAGAGATAGCTATTGTTTGTTCTTGCTAAAGGT  298

seq1  TCTTACATTTGCTTGTTTTTATACTTTCTGTGGATAAATTTCCCAAATAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACATTTGCTTGTTTTTATACTTTCTGTGGATAAATTTCCCAAATAT  348

seq1  GGAACTCTAATGTTATTAATGGAACTTAATGTTATTAAATGAAGGCTGCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCTAATGTTATTAATGGAACTTAATGTTATTAAATGAAGGCTGCA  398

seq1  CAAATAAATGGCAGATGATCCTTTCAGAGAAAGTGAACCACAATTAGAAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATGGCAGATGATCCTTTCAGAGAAAGTGAACCACAATTAGAAG  448

seq1  CAAACTGCCAAACAGAAGGCCATATCTATATGTACCACAGTTGGCAGAAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGCCAAACAGAAGGCCATATCTATATGTACCACAGTTGGCAGAAT  498

seq1  CCTGGCGTTCAGGAGACAACGATGTATAAATGTGACCCTACAACAATTAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCGTTCAGGAGACAACGATGTATAAATGTGACCCTACAACAATTAA  548

seq1  GAGTTAGAACAACAAGAAGAAAAGCAAAAAGATGTGCCTCATTAGTAAAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAGAACAACAAGAAGAAAAGCAAAAAGATGTGCCTCATTAGTAAAT  598

seq1  ACAAGAGCTTTATTTTTATTCGGTCCAAAGGAGCATAGTGTTAAAGAAAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGCTTTATTTTTATTCGGTCCAAAGGAGCATAGTGTTAAAGAAAG  648

seq1  GGACCACACCTCCCAAAACCACAGTGTCCACGTTGACACATTTCAGTGGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACACCTCCCAAAACCACAGTGTCCACGTTGACACATTTCAGTGGG  698

seq1  AAGAAAGCAATATTCAAAACATCTCGCCTGGGTATTTCCAAAACATTGAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCAATATTCAAAACATCTCGCCTGGGTATTTCCAAAACATTGAG  748

seq1  ATGTGGGTGCTCATCTGTCATCAAGCTGTGGAAACCCAGGGTTCTTTGGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGTGCTCATCTGTCATCAAGCTGTGGAAACCCAGGGTTCTTTGGC  798

seq1  TCCTTCCGTGGTGGTGTGGAATTTGATGCTTATCATTTGGCTATTCTACT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCGTGGTGGTGTGGAATTTGATGCTTATCATTTGGCTATTCTACT  848

seq1  TTGGCCTGCACTTATCTAAGCTTTTGAAGTATCAGGTGCCTATATCATGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTGCACTTATCTAAGCTTTTGAAGTATCAGGTGCCTATATCATGG  898

seq1  TCTGTGTCTAAATGCTGCTTTGTTTATCAAAGGTTGAATGTCAGACAATA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTCTAAATGCTGCTTTGTTTATCAAAGGTTGAATGTCAGACAATA  948

seq1  TTTAGTTGATGATGACAAGATGCCCCGTAAGTGATCACTAACCAACAGTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTGATGATGACAAGATGCCCCGTAAGTGATCACTAACCAACAGTG  998

seq1  CTTGAGCTTTAAGATGATTCTTAATCATTGACCTGTGAGCTTTATAAAAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCTTTAAGATGATTCTTAATCATTGACCTGTGAGCTTTATAAAAA  1048

seq1  TATGGCAGCATAGAGTGGGGTTCTTTTGGAAATATCAAACTGGGGTAAAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCAGCATAGAGTGGGGTTCTTTTGGAAATATCAAACTGGGGTAAAC  1098

seq1  ACTAAGTGTTGAATTC  1109
      ||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTGTTGAATTC  1114