BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327A09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,464,352 - 27,568,443
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC668726, Rnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Downstream geneSox11, LOC100043009
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327A09.bB6Ng01-327A09.g
ACCGA114676GA114677
length1,1331,089
definitionB6Ng01-327A09.b B6Ng01-327A09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,464,352 - 27,465,480)(27,567,346 - 27,568,443)
sequence
gaattctctacagcagcttataaagcagaaaatgggtgctgtgtgttgga
ggtgggtagagagatgatttggaggaactggggacagtagggacagtgga
caacagtcaccctccaaaacacccaggggctgtctagggtggaacactaa
agtcaagaaggcactgagtccctctagagttactggaggaacagtttgct
tccttcagggcagaccattaatagtgtgagagatttttcacacactttct
taggcattatgagatagggaaatgggtagaggacttttaatatttaaggg
ttatgttttaaagcaaattgtttatttaacatgaaatgccatgtgacttt
cctaacataacagccttcttctgtgtattgccattattgggagattcttt
tgagaattatgttggctctacaattagaaattagctttctctaaataaaa
agtactacacatttgtgaaaatacttttatatatgtatgtgtttaggata
aaaacttttctaagaatatcttgttttgatggaatactaaatcccatgag
cgcatataatagggcctaagtgtacccaggaaactcccatcagaatagac
aggtattttctagaaaacctagaaccatgacaatatttaggggtgatctc
cccatgatccctgcttgaggattaagttagtctgggggtctctgaagagt
ttaggtgcagtggccacatctctccaggctttgtttgttgtgacttcctt
tcatgacctcagaggggagagagtatcttgtgacttctagagtgtaaagt
gtggatgaaggtgctatatggccctcttacacacacatgcccctgcaagc
agtctccatggtgaccttcctgaagtgtagcttgggaatgagctgtcttg
agcagaatactccctccccaccaaaccccctccctacctcactaccatcc
actctcacccttcccaccctctctccctacgcccatgcttcaatgttgta
ttgtcttccctctggactggggccttccctaacaggagaggagtcctcat
tgagaacacagaaattactagaagttgcaggcttccagcctggaaaatac
aaacttacaaagtctcggaagaatcttgaaaca

gaattccacccccaattcaggaaggtggtacacacatgtcattctagaac
cagggcggaaatggctctgtgttcacatgcatgtagatgcccttccatgt
gcttgtgcgcacacatgtacgcaatggggctagctaatgtactgaagctt
ctgaaacgggtctcaacagaatttttccttgttttgaattgattttagtt
gttatagctatgagcaactaacccatcagttaaagaaaaagtcccatttc
atgttcactgttaggtaaggccttttccccctatacaaatgtgcacgggt
tatatgaggagaatatttatacttctaaatgtctccatcattggtttgtt
gtattttttgaccattttctgggtgtggagtggaaaaaaactggttagag
aaggaacagtttttgaagagagatagaaaagcaaaatggtttagaggcag
aggaaaagacaaggacacaagttcaaatccccaacacagcatgaaacaaa
aggcagatgcagtggtgagtgtttgtgatcccagcactagaaaaacatac
gcagatacttgcctggggcccacaggccagccaacctactttgtgagttt
caggacaatgagagaccctgactcaaaaagcaaggtgcatggtgcctgtg
aaacaacacgtgagattgatatctggcctctctgtgtgcacatacaccaa
gtgagcatgccctcacacacagcaataatgtgatatgcacatgcatacat
agctacattagtaaaaggagaaaagaaagagaccttctattgaagaaagt
ttgccagtggagaatgaggctggtggcgcagtgtggtcttgggaactttc
cttggtgataagagctcagcatggctacttcttacttcttccatagattg
ggagctaaattctaagctggaaaagcacacttttagcaacatgaatcata
gacaggaattttctgaacacaaaatccagcattcatgaccatccatttga
atttcaagagaggctaatttagttcagcacattgtgcctagtgtttattt
ttttccccctaggttgaacaaccaagcaataatggaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27464352_27465480
seq2: B6Ng01-327A09.b_45_1177

seq1  GAATTCTCTACAGCAGCTTATAAAGCAGAAAATGGGTGCTGTGTGTTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTACAGCAGCTTATAAAGCAGAAAATGGGTGCTGTGTGTTGGA  50

seq1  GGTGGGTAGAGAGATGATTTGGAGGAACTGGGGACAGTAGGGACAGTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTAGAGAGATGATTTGGAGGAACTGGGGACAGTAGGGACAGTGGA  100

seq1  CAACAGTCACCCTCCAAAACACCCAGGGGCTGTCTAGGGTGGAACACTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTCACCCTCCAAAACACCCAGGGGCTGTCTAGGGTGGAACACTAA  150

seq1  AGTCAAGAAGGCACTGAGTCCCTCTAGAGTTACTGGAGGAACAGTTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGAAGGCACTGAGTCCCTCTAGAGTTACTGGAGGAACAGTTTGCT  200

seq1  TCCTTCAGGGCAGACCATTAATAGTGTGAGAGATTTTTCACACACTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAGGGCAGACCATTAATAGTGTGAGAGATTTTTCACACACTTTCT  250

seq1  TAGGCATTATGAGATAGGGAAATGGGTAGAGGACTTTTAATATTTAAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTATGAGATAGGGAAATGGGTAGAGGACTTTTAATATTTAAGGG  300

seq1  TTATGTTTTAAAGCAAATTGTTTATTTAACATGAAATGCCATGTGACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTTAAAGCAAATTGTTTATTTAACATGAAATGCCATGTGACTTT  350

seq1  CCTAACATAACAGCCTTCTTCTGTGTATTGCCATTATTGGGAGATTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACATAACAGCCTTCTTCTGTGTATTGCCATTATTGGGAGATTCTTT  400

seq1  TGAGAATTATGTTGGCTCTACAATTAGAAATTAGCTTTCTCTAAATAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTATGTTGGCTCTACAATTAGAAATTAGCTTTCTCTAAATAAAA  450

seq1  AGTACTACACATTTGTGAAAATACTTTTATATATGTATGTGTTTAGGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTACACATTTGTGAAAATACTTTTATATATGTATGTGTTTAGGATA  500

seq1  AAAACTTTTCTAAGAATATCTTGTTTTGATGGAATACTAAATCCCATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTTTCTAAGAATATCTTGTTTTGATGGAATACTAAATCCCATGAG  550

seq1  CGCATATAATAGGGCCTAAGTGTACCCAGGAAACTCCCATCAGAATAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATATAATAGGGCCTAAGTGTACCCAGGAAACTCCCATCAGAATAGAC  600

seq1  AGGTATTTTCTAGAAAACCTAGAACCATGACAATATTTAGGGGTGATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTTTCTAGAAAACCTAGAACCATGACAATATTTAGGGGTGATCTC  650

seq1  CCCATGATCCCTGCTTGAGGATTAAGTTAGTCTGGGGGTCTCTGAAGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGATCCCTGCTTGAGGATTAAGTTAGTCTGGGGGTCTCTGAAGAGT  700

seq1  TTAGGTGCAGTGGCCACATCTCTCCAGGCTTTGTTTGTTGTGACTTCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGCAGTGGCCACATCTCTCCAGGCTTTGTTTGTTGTGACTTCCTT  750

seq1  TCATGACCTCAGAGGGGAGAGAGTATCTTGTGACTTCTAGAGTGTAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCTCAGAGGGGAGAGAGTATCTTGTGACTTCTAGAGTGTAAAGT  800

seq1  GTGGATGAAGGTGCTATATGGCCCTCTTACACACACATGCCCCTGCAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGAAGGTGCTATATGGCCCTCTTACACACACATGCCCCTGCAAGC  850

seq1  AGTCTCCATGGTGACCTTCCTGAAGTGTAGCTTGGGAATGAGCTGTCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCATGGTGACCTTCCTGAAGTGTAGCTTGGGAATGAGCTGTCTTG  900

seq1  AGCAGAATACTCCCTCCCCAACCAACCCCCTCCCTACCTCACTACCATCC  950
      |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAATACTCCCTCCCCACCAAACCCCCTCCCTACCTCACTACCATCC  950

seq1  ACTCTCACCCTTCCCACCCTCTCTCCCTACGCCCATGCTTCAATGTTGTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCACCCTTCCCACCCTCTCTCCCTACGCCCATGCTTCAATGTTGTA  1000

seq1  TTGTTCTTCCTTCTGGACTGGGGCCTTCCCT-ACAGGAGA-GAG-CCTCA  1047
      ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||
seq2  TTG-TCTTCCCTCTGGACTGGGGCCTTCCCTAACAGGAGAGGAGTCCTCA  1049

seq1  TTGAG-ACACAGGAAATAAACAAGAGTTGCAAGGCTCCAGCAAAGAAAAT  1096
      ||||| ||||| ||||| |  |  ||||||| |  ||||||   ||||||
seq2  TTGAGAACACA-GAAATTACTAGAAGTTGCAGGCTTCCAGCCTGGAAAAT  1098

seq1  AC-AACTTAC-AAGTCTCGGGAAGAA-CCTGAAACA  1129
      || ||||||| ||||||| ||||||| | |||||||
seq2  ACAAACTTACAAAGTCTC-GGAAGAATCTTGAAACA  1133


seq1: chr12_27567346_27568443
seq2: B6Ng01-327A09.g_70_1158 (reverse)

seq1  GTTTCTATTATTGCTTTTGTTGTCAACCCTAGGGGGGAAAAAAAAATAAA  50
      ||||| |||||||| || |||||  | |||||||||   |||||||| ||
seq2  GTTTCCATTATTGC-TTGGTTGTTCAACCTAGGGGG---AAAAAAAT-AA  45

seq1  ACAACCTA-GCACATTGTGCTGAACTTAAATTTAGCCTTCTCCTTTGAAA  99
      |||  ||| ||||| |||||||||||  || |||||| ||||  ||||||
seq2  ACA--CTAGGCACAATGTGCTGAACT--AAATTAGCC-TCTC--TTGAAA  88

seq1  -TCAAAT-GATGGTCATGAATGCTGGAATTTTGTGTTCAGAAAATTCCTG  147
       |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGGATGGTCATGAATGCTGG-ATTTTGTGTTCAGAAAATTCCTG  137

seq1  TCTATGATTCATGTTGCTAAAAGTGTGCTTTTCCAGCTTAGAATTTAGCT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGATTCATGTTGCTAAAAGTGTGCTTTTCCAGCTTAGAATTTAGCT  187

seq1  -CCAATCTATGGAAGAAGTAAGAAGTAGCCATGCTGAGCTCTTATCACCA  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATCTATGGAAGAAGTAAGAAGTAGCCATGCTGAGCTCTTATCACCA  237

seq1  AGGAAAGTTCCCAAGACCACACTGCGCCACCAGCCTCATTCTCCACTGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTTCCCAAGACCACACTGCGCCACCAGCCTCATTCTCCACTGGC  287

seq1  AAACTTTCTTCAATAGAAGGTCTCTTTCTTTTCTCCTTTTACTAATGTAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTCTTCAATAGAAGGTCTCTTTCTTTTCTCCTTTTACTAATGTAG  337

seq1  CTATGTATGCATGTGCATATCACATTATTGCTGTGTGTGAGGGCATGCTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTATGCATGTGCATATCACATTATTGCTGTGTGTGAGGGCATGCTC  387

seq1  ACTTGGTGTATGTGCACACAGAGAGGCCAGATATCAATCTCACGTGTTGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGTGTATGTGCACACAGAGAGGCCAGATATCAATCTCACGTGTTGT  437

seq1  TTCACAGGCACCATGCACCTTGCTTTTTGAGTCAGGGTCTCTCATTGTCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGGCACCATGCACCTTGCTTTTTGAGTCAGGGTCTCTCATTGTCC  487

seq1  TGAAACTCACAAAGTAGGTTGGCTGGCCTGTGGGCCCCAGGCAAGTATCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTCACAAAGTAGGTTGGCTGGCCTGTGGGCCCCAGGCAAGTATCT  537

seq1  GCGTATGTTTTTCTAGTGCTGGGATCACAAACACTCACCACTGCATCTGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTATGTTTTTCTAGTGCTGGGATCACAAACACTCACCACTGCATCTGC  587

seq1  CTTTTGTTTCATGCTGTGTTGGGGATTTGAACTTGTGTCCTTGTCTTTTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTCATGCTGTGTTGGGGATTTGAACTTGTGTCCTTGTCTTTTC  637

seq1  CTCTGCCTCTAAACCATTTTGCTTTTCTATCTCTCTTCAAAAACTGTTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCTAAACCATTTTGCTTTTCTATCTCTCTTCAAAAACTGTTCC  687

seq1  TTCTCTAACCAGTTTTTTTCCACTCCACACCCAGAAAATGGTCAAAAAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAACCAGTTTTTTTCCACTCCACACCCAGAAAATGGTCAAAAAAT  737

seq1  ACAACAAACCAATGATGGAGACATTTAGAAGTATAAATATTCTCCTCATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAACCAATGATGGAGACATTTAGAAGTATAAATATTCTCCTCATA  787

seq1  TAACCCGTGCACATTTGTATAGGGGGAAAAGGCCTTACCTAACAGTGAAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCGTGCACATTTGTATAGGGGGAAAAGGCCTTACCTAACAGTGAAC  837

seq1  ATGAAATGGGACTTTTTCTTTAACTGATGGGTTAGTTGCTCATAGCTATA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGGGACTTTTTCTTTAACTGATGGGTTAGTTGCTCATAGCTATA  887

seq1  ACAACTAAAATCAATTCAAAACAAGGAAAAATTCTGTTGAGACCCGTTTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTAAAATCAATTCAAAACAAGGAAAAATTCTGTTGAGACCCGTTTC  937

seq1  AGAAGCTTCAGTACATTAGCTAGCCCCATTGCGTACATGTGTGCGCACAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTCAGTACATTAGCTAGCCCCATTGCGTACATGTGTGCGCACAA  987

seq1  GCACATGGAAGGGCATCTACATGCATGTGAACACAGAGCCATTTCCGCCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGGAAGGGCATCTACATGCATGTGAACACAGAGCCATTTCCGCCC  1037

seq1  TGGTTCTAGAATGACATGTGTGTACCACCTTCCTGAATTGGGGGTGGAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTAGAATGACATGTGTGTACCACCTTCCTGAATTGGGGGTGGAAT  1087

seq1  TC  1098
      ||
seq2  TC  1089


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |