BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327P14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 28,237,942 - 28,340,667
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043009
Upstream gene1700020D12Rik, Sox11
Downstream geneLOC669327, 1110015M06Rik, Allc, Colec11, Rps7, Rnaseh1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327P14.bB6Ng01-327P14.g
ACCGA115359GA115360
length1,125912
definitionB6Ng01-327P14.b B6Ng01-327P14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,237,942 - 28,239,069)(28,339,759 - 28,340,667)
sequence
gaattcaccgtgtgcatgccagcttaaataaagtccacatatgagtgaaa
cttaacagtggggcaaattcctggatggtgactatagcctaagggacagg
tggttgctatccaagtcaggaaggtggccttttccatggaaagagctaga
acatgagagttgttctggggtctctggggatagcagaagtcattatgacg
gttacatggtgtttgcaaccatatgtgaaacattatgtcttatggagttt
ctaggactatatttcataatatcaaggttaaataatacatcatagtcctt
ttaaaaattatttgttttctacataagtgaataattcttttattctatca
ttaaaaaaacttatttgacagtgttatacttgtgtacaactccttggtga
tattcacagaacaactccctcctatccataaggtacttaaggcatctctc
ccatttcccttccttttatatcctctctttaaaaacatcatttttggtag
cctacaaagtccaattagtgtttgcaattggaatactgactgatcttagc
gtggtcttgttcaagtcttctgtagatacttacagttacaatgaattcat
ggatgaacaggccaggaaaaaacacttaaatccttctcatctccccatca
tgggaaattttggtcccaggacctgataaactgctagaatctaaaactta
ggttaggtttcatgactcttaaaatgccaattttgttaccacttccaatc
acagtggcatacacaattgttctatcaccttactgttggatagaggatag
agatacagggagttcccaggaggactaggacagccttttctctgacatgg
ctcccaacttcaacaaatggacacactgttcctagtcagcctaggctggg
accctcggctgcaagaattcagttctgtgtgcatctgaagatggctgtgt
caagatttctgcatctgatatgcaggaatacaatatgactttatacaaaa
gtcatgagaatagctaaaaatcagtggtttgtgtatgaaaatacaacatc
ttttgatttgaacattttctttttgtaagctctacctcagctgactatac
agtgccattgataaacagttggata

gaattcaattattattgtgtgtgtgtgtgtgtgatgtttgagtaagagtg
gcccccatgtgctcctttatttgaatgcttcgtcatcagagggtgtccct
acttagactgattaggaagtgtgagatcacactagaataggtgtggcctt
gttggaggaagtgtgctgcagagtaggttccttaaagacattttgtctta
ccgatccaaactaaagacttgtaaggggaagagcacagggctaacctctc
tttgcaatcttatcctctttacaacatctcttaggcctcatgagatattg
gaaatgctctgaaattgatcttcaccttggatgtgaacgcctagatgaga
cgttggaaacagatcttgtataaccttatttattacacgaggtatgtgac
agcaaaagctctgggattctggagtggccaacactaatcctgtgtcctca
tgtgaagctagagctccatttggagtaagcctgcaacaggtattgctgtt
ttagctttgttatcacagactaggtgtcctgcccccatccagagtcttca
tagtcagaaagaccaaaggaagagatgctccaagtgagaagtagctcacc
ccagcccttctagcaccttctactccaaccattcccctctcctcatacac
aggacacataagactccactacagcaagtccccagcacaaaggctggcat
ttgctttcacacatgtgggttcatagctatcctaaatataaagccaaaca
ttcaataccaattttgtctgtttctatgagttattgagtttttgggtatt
tgtttgcttgtgtttggtgttttgtttttttttgtttgtttgtttttttt
cttgattgtgtcttttttttgtttttccatttcaagtcctccaatttgtg
agaaattaatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_28237942_28239069
seq2: B6Ng01-327P14.b_47_1171

seq1  GAATTCACCGTGTGCATGCCAGCTTAAATAAAGTCCACATATGAGTGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCGTGTGCATGCCAGCTTAAATAAAGTCCACATATGAGTGAAA  50

seq1  CTTAACAGTGGGGCAAATTCCTGGATGGTGACTATAGCCTAAGGGACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACAGTGGGGCAAATTCCTGGATGGTGACTATAGCCTAAGGGACAGG  100

seq1  TGGTTGCTATCCAAGTCAGGAAGGTGGCCTTTTCCATGGAAAGAGCTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCTATCCAAGTCAGGAAGGTGGCCTTTTCCATGGAAAGAGCTAGA  150

seq1  ACATGAGAGTTGTTCTGGGGTCTCTGGGGATAGCAGAAGTCATTATGACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGAGTTGTTCTGGGGTCTCTGGGGATAGCAGAAGTCATTATGACG  200

seq1  GTTACATGGTGTTTGCAACCATATGTGAAACATTATGTCTTATGGAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATGGTGTTTGCAACCATATGTGAAACATTATGTCTTATGGAGTTT  250

seq1  CTAGGACTATATTTCATAATATCAAGGTTAAATAATACATCATAGTCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACTATATTTCATAATATCAAGGTTAAATAATACATCATAGTCCTT  300

seq1  TTAAAAATTATTTGTTTTCTACATAAGTGAATAATTCTTTTATTCTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATTATTTGTTTTCTACATAAGTGAATAATTCTTTTATTCTATCA  350

seq1  TTAAAAAAACTTATTTGACAGTGTTATACTTGTGTACAACTCCTTGGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAACTTATTTGACAGTGTTATACTTGTGTACAACTCCTTGGTGA  400

seq1  TATTCACAGAACAACTCCCTCCTATCCATAAGGTACTTAAGGCATCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACAGAACAACTCCCTCCTATCCATAAGGTACTTAAGGCATCTCTC  450

seq1  CCATTTCCCTTCCTTTTATATCCTCTCTTTAAAAACATCATTTTTGGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCCCTTCCTTTTATATCCTCTCTTTAAAAACATCATTTTTGGTAG  500

seq1  CCTACAAAGTCCAATTAGTGTTTGCAATTGGAATACTGACTGATCTTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAAGTCCAATTAGTGTTTGCAATTGGAATACTGACTGATCTTAGC  550

seq1  GTGGTCTTGTTCAAGTCTTCTGTAGATACTTACAGTTACAATGAATTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTTGTTCAAGTCTTCTGTAGATACTTACAGTTACAATGAATTCAT  600

seq1  GGATGAACAGGCCAGGAAAAAACACTTAAATCCTTCTCATCTCCCCATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAACAGGCCAGGAAAAAACACTTAAATCCTTCTCATCTCCCCATCA  650

seq1  TGGGAAATTTTGGTCCCAGGACCTGATAAACTGCTAGAATCTAAAACTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAATTTTGGTCCCAGGACCTGATAAACTGCTAGAATCTAAAACTTA  700

seq1  GGTTAGGTTTCATGACTCTTAAAATGCCAATTTTGTTACCACTTCCAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGGTTTCATGACTCTTAAAATGCCAATTTTGTTACCACTTCCAATC  750

seq1  ACAGTGGCATACACAATTGTTCTATCACCTTACTGTTGGATAGAGGATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGCATACACAATTGTTCTATCACCTTACTGTTGGATAGAGGATAG  800

seq1  AGATACAGGGAGTTCCCAGGAGGACTAGGACAGCCTTTTCTCTGACATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGGGAGTTCCCAGGAGGACTAGGACAGCCTTTTCTCTGACATGG  850

seq1  CTCCCAACTTCAACAAATGGACACACTGTTCCTAGTCAGCCTAGGCTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAACTTCAACAAATGGACACACTGTTCCTAGTCAGCCTAGGCTGGG  900

seq1  ACCCTCGGCTGCAAGAATTCAGGTTCTGTGTGCATCTGAAGATGGCTGTG  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCGGCTGCAAGAATTCA-GTTCTGTGTGCATCTGAAGATGGCTGTG  949

seq1  TCAAGATTTTCTGCATCTGATATGCAGGAATACAATATGACTTTATACAA  1000
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGA-TTTCTGCATCTGATATGCAGGAATACAATATGACTTTATACAA  998

seq1  AAGTCATGAGAATAGCTAAAAATCAGTTGGTTTGTGTATG-AAATACAAC  1049
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGTCATGAGAATAGCTAAAAATCAG-TGGTTTGTGTATGAAAATACAAC  1047

seq1  ATCTTTTGAATTTGAAACATTTTCTTTTTGTAAGCTCTA-CTCAGCTTGA  1098
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  ATCTTTTG-ATTTG-AACATTTTCTTTTTGTAAGCTCTACCTCAGC-TGA  1094

seq1  CTATACAGTGGCATTGAT-AACAGTTGGATA  1128
      |||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  CTATACAGTGCCATTGATAAACAGTTGGATA  1125


seq1: chr12_28339759_28340667
seq2: B6Ng01-327P14.g_64_975 (reverse)

seq1  CCATTAATCTCACAACAAATGGA-GACTTGAAATGAAAAAACAAAAAAAA  49
      |||||||| || ||  || |||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCATTAATTTCTCACAAATTGGAGGACTTGAAATGGAAAAACAAAAAAAA  50

seq1  GACACAATCAAG-AAAAAAACAAACAAAC-AAAAAAAACAAAACACCAAA  97
      |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GACACAATCAAGAAAAAAAACAAACAAACAAAAAAAAACAAAACACCAAA  100

seq1  CACAAGCAAACAAATACCCAAAAACTCAATAACTCATAGAAACAGACAAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCAAACAAATACCCAAAAACTCAATAACTCATAGAAACAGACAAA  150

seq1  ATTGGTATTGAATGTTTGGCTTTATATTTAGGATAGCTATGAACCCACAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTATTGAATGTTTGGCTTTATATTTAGGATAGCTATGAACCCACAT  200

seq1  GTGTGAAAGCAAATGCCAGCCTTTGTGCTGGGGACTTGCTGTAGTGGAGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAAGCAAATGCCAGCCTTTGTGCTGGGGACTTGCTGTAGTGGAGT  250

seq1  CTTATGTGTCCTGTGTATGAGGAGAGGGGAATGGTTGGAGTAGAAGGTGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTGTCCTGTGTATGAGGAGAGGGGAATGGTTGGAGTAGAAGGTGC  300

seq1  TAGAAGGGCTGGGGTGAGCTACTTCTCACTTGGAGCATCTCTTCCTTTGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGGCTGGGGTGAGCTACTTCTCACTTGGAGCATCTCTTCCTTTGG  350

seq1  TCTTTCTGACTATGAAGACTCTGGATGGGGGCAGGACACCTAGTCTGTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGACTATGAAGACTCTGGATGGGGGCAGGACACCTAGTCTGTGA  400

seq1  TAACAAAGCTAAAACAGCAATACCTGTTGCAGGCTTACTCCAAATGGAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAGCTAAAACAGCAATACCTGTTGCAGGCTTACTCCAAATGGAGC  450

seq1  TCTAGCTTCACATGAGGACACAGGATTAGTGTTGGCCACTCCAGAATCCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTTCACATGAGGACACAGGATTAGTGTTGGCCACTCCAGAATCCC  500

seq1  AGAGCTTTTGCTGTCACATACCTCGTGTAATAAATAAGGTTATACAAGAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTTTGCTGTCACATACCTCGTGTAATAAATAAGGTTATACAAGAT  550

seq1  CTGTTTCCAACGTCTCATCTAGGCGTTCACATCCAAGGTGAAGATCAATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCCAACGTCTCATCTAGGCGTTCACATCCAAGGTGAAGATCAATT  600

seq1  TCAGAGCATTTCCAATATCTCATGAGGCCTAAGAGATGTTGTAAAGAGGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCATTTCCAATATCTCATGAGGCCTAAGAGATGTTGTAAAGAGGA  650

seq1  TAAGATTGCAAAGAGAGGTTAGCCCTGTGCTCTTCCCCTTACAAGTCTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTGCAAAGAGAGGTTAGCCCTGTGCTCTTCCCCTTACAAGTCTTT  700

seq1  AGTTTGGATCGGTAAGACAAAATGTCTTTAAGGAACCTACTCTGCAGCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGATCGGTAAGACAAAATGTCTTTAAGGAACCTACTCTGCAGCAC  750

seq1  ACTTCCTCCAACAAGGCCACACCTATTCTAGTGTGATCTCACACTTCCTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTCCAACAAGGCCACACCTATTCTAGTGTGATCTCACACTTCCTA  800

seq1  ATCAGTCTAAGTAGGGACACCCTCTGATGACGAAGCATTCAAATAAAGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCTAAGTAGGGACACCCTCTGATGACGAAGCATTCAAATAAAGGA  850

seq1  GCACATGGGGGCCACTCTTACTCAAACATCACACACACACACACACAATA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGGGGGCCACTCTTACTCAAACATCACACACACACACACACAATA  900

seq1  ATAATTGAATTC  909
      ||||||||||||
seq2  ATAATTGAATTC  912


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |