BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328M15
Chromosome12 (Build37)
Map Location 13,950,910 - 14,028,749
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG668473, LOC628449, Ddx1, LOC627199, LOC627189, LOC100043243, LOC100042396, LOC238091, EG633789, LOC668481
Downstream geneAW125753, LOC100043256, Map1lc3-ps7, LOC668492
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328M15.bB6Ng01-328M15.g
ACCGA115953GA115954
length1,1751,167
definitionB6Ng01-328M15.b B6Ng01-328M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,027,559 - 14,028,749)(13,950,910 - 13,952,098)
sequence
gaattcaagtcttaacccacattatgtaattttcatccagttgctttgtc
tctccaggccacatttgtcttgtctacaagtgaacaagtacttataaaac
tatctcatttttagagcataagtattagctttgagttactgaaataaact
cttgagataaagagtataataaggaaaagagttttgatttgtctgtgact
gttcggtgttgtgcagctcccatgagtgttgccagcatgcatgcagggcc
tacagtgagagaagctgctcacttcattgctgccaagaagtgggtaagag
gccatacccctatgacataactttgtccaactaaacaatacttgttaaaa
ttcccatcatctctcagtaacacagtaacaatgtccacggctttaacaca
cacatcatagggggatacatcatacataagaaaggagtgtcactcattca
agtgtttccaggagagtcgtagcactcagctctttccagaacctgctcta
atctctagaaaagctatcatctaatgtgtctttagcagcttgaatggcta
aagaatctggctaccagagggtcatggttgtccctggtgagagcaatttt
gaggactggattggaggtcacatagtgaatgtgtataactcagatgaaga
gctgagaattgtgtacagcatcacaatggttttaagtggatggagaaaga
tgagaaatgaaacagaatagagaggatggcagttagaagaaaatggcatt
gcatctgtaagtgaagataaagatgtgtgctcacttgctgagagtaaaac
tccaggagagagcttgggaacctgaagcatgaggggaaaattggtgacta
atgaagcaagatgctggagattgttggagggatgtgtaaaggtttcagat
tttctttctaggaatcagttcattgaattaatatcggtgactggatgact
taattgagcactctgatttcaaatgatgcccacaaagagaaaagcacatg
ttaaattctgtatccctgttgatttctgcattgtggttgccgaagaaata
aagcaaatgatagagattgattctggccttttctagagtttgctgcacgg
ataaagcagttgttaccgttactaatgggagtcccaagaacagagctctc
tgaacactttgggaaatctgtatag

gaattccaggagtgtgatggagcctgtgtggagactcttacagatgtggg
ggatgtctggctctgtatgggctgatgcatcctccagtctctaataactc
ttcatactggtttgctgaatgaaatacctttgggctgcaatgtattctaa
gcttcccaatcacctgttttgatctaaataaaaattttttacttggtcta
tgaaccagagaccaaatcatttgtgttttctttatacctcaaattaaaaa
gcatgagaaaatttgaggtttattgctcttcttcttaccccttctcattt
ttccttctactttttccaacaagtcattgaataaatagtaattaaataca
tttaatgtcccaagtactattggaagatttgataagcatagcgccatcct
gaccattcagaataacagaccgcaaggctaacagatactgaaaaataagc
agactgttgctatgagaattggtaagattaaaaactaaaccataacagcc
taccaagctagagtcatccatccatcctcatctggccagttaaaaaataa
ctactagtaaaaagcaaagacatgtttatttattcagtttggctacaata
gtaaaaggagtaggtaagagaagctgggaccccccaggtatatcttcagc
atcctggcatgagagtgaggtgtcagtacaaggtaatggatatctgagtc
aaggtgtgctgcttctaattccattcttgacgtgtcattatcttgagtta
tttctcttttaaggtggtctgacaagtttttgaaattgtgtgaaatctat
ttctcggagacttcctatttcagtcctttattttcttccaacatgatatt
cccaggaagaagccaatttcttggggagtcaatgtttcaatagggcatca
gccaaagagaagagtacacatatcgctatttagatgatctttgcttctgc
acggtgtttacactatactctggaagtttgtggtagattatattttggtg
tctgtgatcactgacatgtaatctctgactgcatgtgtgtcctcttgatc
atccacagtgacaatatgatacaggcatggctggaaacactagcacaatg
gtctggtcttctagatcagtcaattttaacctgtacgtcacgtctgtcag
aagctaatctaaaccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_14027559_14028749
seq2: B6Ng01-328M15.b_46_1220 (reverse)

seq1  CTATACAAGATTTCCCAACACTTGGTTCCAGAAGAGCTCTGTCTTTGGGA  50
      |||||| ||||||||||| | |  ||| ||| ||||||||||  ||||||
seq2  CTATAC-AGATTTCCCAA-AGT--GTT-CAG-AGAGCTCTGTTCTTGGGA  44

seq1  CTCCCAATGTAATTACGGTACCAACTGCTTTATCGGTGCCAGCCAAACCT  100
      ||||||   || | |||||| ||||||||||||| ||| ||||  || ||
seq2  CTCCCA--TTAGTAACGGTAACAACTGCTTTATCCGTG-CAGC--AAACT  89

seq1  CTAGAGAAGGCCAGAATCAATCTCTATCATTTTGCTTTTATTTCTTCGGC  150
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  CTAGAAAAGGCCAGAATCAATCTCTATCA-TTTGC-TTTATTTCTTCGGC  137

seq1  AACCACAAATGCAGAAATCAACAGGGGATAACAGAATTTAACATGTGCTT  200
      |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AACCAC-AATGCAGAAATCAACA-GGGAT-ACAGAATTTAACATGTGCTT  184

seq1  TTCTCTTTTGTGGGCATCATTTGAAATCAGAGTGCTCAATTAAGTCATCC  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTC-TTTGTGGGCATCATTTGAAATCAGAGTGCTCAATTAAGTCATCC  233

seq1  AGTCACCGATATTAATTCAATGAACTGATTCCTAGAAAGAAAATCTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCGATATTAATTCAATGAACTGATTCCTAGAAAGAAAATCTGAAA  283

seq1  CC-TTACACATCCCTCCAACAATCTCCAGCATCTTGCTTCATTAGTCACC  349
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACACATCCCTCCAACAATCTCCAGCATCTTGCTTCATTAGTCACC  333

seq1  AATTTTCCCCTCATGCTTCAGGTTCCCAAGCTCTCTCCTGGAGTTTTACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCCCCTCATGCTTCAGGTTCCCAAGCTCTCTCCTGGAGTTTTACT  383

seq1  CTCAGCAAGTGAGCACACATCTTTATCTTCACTTACAGATGCAATGCCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAAGTGAGCACACATCTTTATCTTCACTTACAGATGCAATGCCAT  433

seq1  TTTCTTCTAACTGCCATCCTCTCTATTCTGTTTCATTTCTCATCTTTCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTAACTGCCATCCTCTCTATTCTGTTTCATTTCTCATCTTTCTC  483

seq1  CATCCACTTAAAACCATTGTGATGCTGTACACAATTCTCAGCTCTTCATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACTTAAAACCATTGTGATGCTGTACACAATTCTCAGCTCTTCATC  533

seq1  TGAGTTATACACATTCACTATGTGACCTCCAATCCAGTCCTCAAAATTGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTATACACATTCACTATGTGACCTCCAATCCAGTCCTCAAAATTGC  583

seq1  TCTCACCAGGGACAACCATGACCCTCTGGTAGCCAGATTCTTTAGCCATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCAGGGACAACCATGACCCTCTGGTAGCCAGATTCTTTAGCCATT  633

seq1  CAAGCTGCTAAAGACACATTAGATGATAGCTTTTCTAGAGATTAGAGCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGCTAAAGACACATTAGATGATAGCTTTTCTAGAGATTAGAGCAG  683

seq1  GTTCTGGAAAGAGCTGAGTGCTACGACTCTCCTGGAAACACTTGAATGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGAAAGAGCTGAGTGCTACGACTCTCCTGGAAACACTTGAATGAG  733

seq1  TGACACTCCTTTCTTATGTATGATGTATCCCCCTATGATGTGTGTGTTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTCCTTTCTTATGTATGATGTATCCCCCTATGATGTGTGTGTTAA  783

seq1  AGCCGTGGACATTGTTACTGTGTTACTGAGAGATGATGGGAATTTTAACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGTGGACATTGTTACTGTGTTACTGAGAGATGATGGGAATTTTAACA  833

seq1  AGTATTGTTTAGTTGGACAAAGTTATGTCATAGGGGTATGGCCTCTTACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGTTTAGTTGGACAAAGTTATGTCATAGGGGTATGGCCTCTTACC  883

seq1  CACTTCTTGGCAGCAATGAAGTGAGCAGCTTCTCTCACTGTAGGCCCTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTTGGCAGCAATGAAGTGAGCAGCTTCTCTCACTGTAGGCCCTGC  933

seq1  ATGCATGCTGGCAACACTCATGGGAGCTGCACAACACCGAACAGTCACAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGCTGGCAACACTCATGGGAGCTGCACAACACCGAACAGTCACAG  983

seq1  ACAAATCAAAACTCTTTTCCTTATTATACTCTTTATCTCAAGAGTTTATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCAAAACTCTTTTCCTTATTATACTCTTTATCTCAAGAGTTTATT  1033

seq1  TCAGTAACTCAAAGCTAATACTTATGCTCTAAAAATGAGATAGTTTTATA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAACTCAAAGCTAATACTTATGCTCTAAAAATGAGATAGTTTTATA  1083

seq1  AGTACTTGTTCACTTGTAGACAAGACAAATGTGGCCTGGAGAGACAAAGC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTGTTCACTTGTAGACAAGACAAATGTGGCCTGGAGAGACAAAGC  1133

seq1  AACTGGATGAAAATTACATAATGTGGGTTAAGACTTGAATTC  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGATGAAAATTACATAATGTGGGTTAAGACTTGAATTC  1175


seq1: chr12_13950910_13952098
seq2: B6Ng01-328M15.g_65_1231

seq1  GAATTCCAGGAGTGTGATGGAGCCTGTGTGGAGACTCTTACAGATGTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAGTGTGATGGAGCCTGTGTGGAGACTCTTACAGATGTGGG  50

seq1  GGATGTCTGGCTCTGTATGGGCTGATGCATCCTCCAGTCTCTAATAACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTCTGGCTCTGTATGGGCTGATGCATCCTCCAGTCTCTAATAACTC  100

seq1  TTCATACTGGTTTGCTGAATGAAATACCTTTGGGCTGCAATGTATTCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACTGGTTTGCTGAATGAAATACCTTTGGGCTGCAATGTATTCTAA  150

seq1  GCTTCCCAATCACCTGTTTTGATCTAAATAAAAATTTTTTACTTGGTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCAATCACCTGTTTTGATCTAAATAAAAATTTTTTACTTGGTCTA  200

seq1  TGAACCAGAGACCAAATCATTTGTGTTTTCTTTATACCTCAAATTAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCAGAGACCAAATCATTTGTGTTTTCTTTATACCTCAAATTAAAAA  250

seq1  GCATGAGAAAATTTGAGGTTTATTGCTCTTCTTCTTACCCCTTCTCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGAAAATTTGAGGTTTATTGCTCTTCTTCTTACCCCTTCTCATTT  300

seq1  TTCCTTCTACTTTTTCCAACAAGTCATTGAATAAATAGTAATTAAATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCTACTTTTTCCAACAAGTCATTGAATAAATAGTAATTAAATACA  350

seq1  TTTAATGTCCCAAGTACTATTGGAAGATTTGATAAGCATAGCGCCATCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGTCCCAAGTACTATTGGAAGATTTGATAAGCATAGCGCCATCCT  400

seq1  GACCATTCAGAATAACAGACCGCAAGGCTAACAGATACTGAAAAATAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTCAGAATAACAGACCGCAAGGCTAACAGATACTGAAAAATAAGC  450

seq1  AGACTGTTGCTATGAGAATTGGTAAGATTAAAAACTAAACCATAACAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTTGCTATGAGAATTGGTAAGATTAAAAACTAAACCATAACAGCC  500

seq1  TACCAAGCTAGAGTCATCCATCCATCCTCATCTGGCCAGTTAAAAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGCTAGAGTCATCCATCCATCCTCATCTGGCCAGTTAAAAAATAA  550

seq1  CTACTAGTAAAAAGCAAAGACATGTTTATTTATTCAGTTTGGCTACAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGTAAAAAGCAAAGACATGTTTATTTATTCAGTTTGGCTACAATA  600

seq1  GTAAAAGGAGTAGGTAAGAGAAGCTGGGACCCCCCAGGTATATCTTCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGGAGTAGGTAAGAGAAGCTGGGACCCCCCAGGTATATCTTCAGC  650

seq1  ATCCTGGCATGAGAGTGAGGTGTCAGTACAAGGTAATGGATATCTGAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGCATGAGAGTGAGGTGTCAGTACAAGGTAATGGATATCTGAGTC  700

seq1  AAGGTGTGCTGCTTCTAATTCCATTCTTGACGTGTCATTATCTTGAGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTGCTGCTTCTAATTCCATTCTTGACGTGTCATTATCTTGAGTTA  750

seq1  TTTCTCTTTTAAGGTGGTCTGACAAGTTTTTGAAATTGTGTGAAATCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTTTAAGGTGGTCTGACAAGTTTTTGAAATTGTGTGAAATCTAT  800

seq1  TTCTCGGAGACTTCCTATTTCAGGTCCTTTATTTTCTTCCAACATGATAT  850
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGGAGACTTCCTATTTCA-GTCCTTTATTTTCTTCCAACATGATAT  849

seq1  TCCCAGGAAGAAGCCAATTTCTTGGGGAGTCAATGTTTCAATAGGGCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGAAGAAGCCAATTTCTTGGGGAGTCAATGTTTCAATAGGGCATC  899

seq1  AGCCAAAGAGAAGAGTACACATATCGCTATTTAGATGATCTTTGCTTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAGAGAAGAGTACACATATCGCTATTTAGATGATCTTTGCTTCTG  949

seq1  CACGGTGTTTACACTATACTCTTGGAAGTTTGTGGTAGATTATTATTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACGGTGTTTACACTATACTC-TGGAAGTTTGTGGTAGATTA-TATTTTG  997

seq1  GTGTCTTGTGATCACTTGACATGTAATCTTCTGGACTTGGCATGTGTGGC  1050
      ||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||  |||||||| | 
seq2  GTGTC-TGTGATCAC-TGACATGTAATC-TCT-GACT--GCATGTGT-GT  1040

seq1  CCTCTTTGATCCATCCCACAGTGACAATAATGATACAAGCAGTGGCCTGG  1100
      |||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||   |
seq2  CCTC-TTGAT-CAT-CCACAGTGACAAT-ATGATACAGGCA-TGGC--TG  1083

seq1  GAAACACTAGCACAATGGGTCTTGTCTTCTTAGATCAGTCAATTTTATAA  1150
      |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||  |||
seq2  GAAACACTAGCACAAT-GGTCTGGTCTTC-TAGATCAGTCAATTT--TAA  1129

seq1  CCTGGTTACGTCAC-TCTGTCAGAAAGCTAATCT-AACCAC  1189
      ||||  |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||
seq2  CCTG--TACGTCACGTCTGTCAG-AAGCTAATCTAAACCAC  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |