BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329I14
Chromosome12 (Build37)
Map Location 118,730,538 - 118,845,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef5, A930023M06Rik
Upstream genePtprn2, LOC627375, LOC432713, LOC100042461
Downstream geneCdca7l, Dnahc11, Sp4, LOC100042993, LOC668611
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329I14.bB6Ng01-329I14.g
ACCGA116473GA116474
length1,117843
definitionB6Ng01-329I14.b B6Ng01-329I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,844,886 - 118,845,998)(118,730,538 - 118,731,383)
sequence
gaattcattagcacacaaggacctcctcaaagaacaagagccagaacttg
gaatgcaaaagcaggaaaagcctacttattgtatgccaccttgagagcaa
ttgtagccctcgggtggtagagtgtcaccggccctctgtttcacaggatg
gctgtgagactaactgagacaatgtgaaagaagcatcaagaacagcagct
tgattcagagtgtcgcttgactgtgagctatcagttacattgtaattagg
atctttgaacggaagtgcttaagccccttcttcccgctcaactgtgaagt
ccttgccagtgactactgcttctgctcactgtgaattccacatgcctggc
ccacccccactgtcatagcaaaaaaagaaaaaaaaaaaaaaaagactaaa
atgccttataaagatgcaatgagcagtattccaggtgcttctgtccccag
agtttacctcaaaaataactctgaagctttcaagtaggcacggaggacac
accagtcatagaaattcactttgcaacttcagaggtatccatcaccttaa
cttcctgtggcctggcagctctggcagtcacggggaactgttatattatg
aaccaggggattaccaggcacacactctacaaggagcatgggataagttt
atatctctgccacagtaaatcatcatggatttgactgctgaaatctgatc
ttgctgtgagttggaagttcaggtggggctcgaccagttcctctacttag
aatctcaaggggttcttcggggcaacacttcatagcgcaacctcaatgca
ttctcaagctcacagagatagatgtgggcagaatccaatgcctgaatcta
caggataggggaatctatttccttacagataatacctgaatccaatctct
gcatctgaagggcggggcatctgcttcctttcagattgtgcctgagagct
gcttttccttttcagtatttctgttgggtgttactgatagtaatatatgc
tgaatttcaatgttgaaagctatagaaggtagaagtgaggaaagcaacgc
agagtaacaagtgtctcagcagcttctctagaatgcaccacaactgaggt
ggccgcctggaacgcta

gaattcacttgacccctgtccttaagaggttcaaatccatatgaatgagc
cagcaagagccagcaagatgcaataagctctctagccccattaactcttg
acaccccaattcagtgaccttaaccccaaaaacttgaaaactaggcagtt
cttcagaggtaaggcagcttaccaatcctgctgctcatgggccgtcaaca
aaagcatagacatgatcaactttcagttctttttttgctttgcctccacc
gggtttccatcttacaaataccatgtttccttcccatcaaacagcaaatg
acactctgtatacctttacagatccaccccagacttttcttgtctccctt
ctttgcttgtccttctaagcatccccacagaatagaggcacagagcctgg
gcagtgatgaggaagaaatgaattcaggtcaggaaaggctaccttggcct
cttgagagattatcttgaatctgaacctgggagggtaggttgagatgtca
gaagggagagcagggctctggaaggaagtgtctggaggtgagcaaaggca
aagagggtttgcagtctactttaggactgagctaggggatgagttatggg
aggggtgattggcaacttccctacaggatctttcaacttaagaagtttta
agtgcactctttgttttcagattgtaaaacatggcaaaggatggagtgtc
tgtggaaatggatgtgttagatggaaacccatctaactgtgctgttttgt
tgctgtgtagtttgttatttaacacaagactaagcatctgggaataggaa
cctcattgagaaattttcttcatttttggctgtaggaagccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_118844886_118845998
seq2: B6Ng01-329I14.b_44_1160 (reverse)

seq1  TAGCG-TCCAGGCG--CA-CTCAG-TGT-GTGCA-TCTAGGAGAAGCTGC  43
      ||||| ||||||||  || ||||| ||| ||||| |||| ||||||||||
seq2  TAGCGTTCCAGGCGGCCACCTCAGTTGTGGTGCATTCTA-GAGAAGCTGC  49

seq1  TGAGACAC-TGGTACTCTGCG-TGCTTTCCTCACTTCTACCTTTCTATAG  91
      |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGAGACACTTGTTACTCTGCGTTGCTTTCCTCACTTCTACC-TTCTATAG  98

seq1  CTTTCAACATTTGAAATTCAGCATATATTACTATCAGTAAACAACCCAAC  141
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  CTTTCAACA-TTGAAATTCAGCATATATTACTATCAGTAA--CACCCAAC  145

seq1  AGAAATACTGAAAAGGAAAAGCAGCTCTCAGGCACAATCTGAAAGGAAGC  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACTGAAAAGGAAAAGCAGCTCTCAGGCACAATCTGAAAGGAAGC  195

seq1  AGATGCCCCGCCCTTCAGATGCAGAGATTGGATTCAGGTATTATCTGTAA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCCCGCCCTTCAGATGCAGAGATTGGATTCAGGTATTATCTGTAA  245

seq1  GGAAATAGATTCCCCTATCCTGTAGATTCAGGCATTGGATTCTGCCCACA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATAGATTCCCCTATCCTGTAGATTCAGGCATTGGATTCTGCCCACA  295

seq1  TCTATCTCTGTGAGCTTGAGAATGCATTGAGGTTGCGCTATGAAGTGTTG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTCTGTGAGCTTGAGAATGCATTGAGGTTGCGCTATGAAGTGTTG  345

seq1  CCCCGAAGAACCCCTTGAGATTCTAAGTAGAGGAACTGGTCGAGCCCCAC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGAAGAACCCCTTGAGATTCTAAGTAGAGGAACTGGTCGAGCCCCAC  395

seq1  CTGAACTTCCAACTCACAGCAAGATCAGATTTCAGCAGTCAAATCCATGA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTTCCAACTCACAGCAAGATCAGATTTCAGCAGTCAAATCCATGA  445

seq1  TGATTTACTGTGGCAGAGATATAAACTTATCCCATGCTCCTTGTAGAGTG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTACTGTGGCAGAGATATAAACTTATCCCATGCTCCTTGTAGAGTG  495

seq1  TGTGCCTGGTAATCCCCTGGTTCATAATATAACAGTTCCCCGTGACTGCC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTGGTAATCCCCTGGTTCATAATATAACAGTTCCCCGTGACTGCC  545

seq1  AGAGCTGCCAGGCCACAGGAAGTTAAGGTGATGGATACCTCTGAAGTTGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCCAGGCCACAGGAAGTTAAGGTGATGGATACCTCTGAAGTTGC  595

seq1  AAAGTGAATTTCTATGACTGGTGTGTCCTCCGTGCCTACTTGAAAGCTTC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAATTTCTATGACTGGTGTGTCCTCCGTGCCTACTTGAAAGCTTC  645

seq1  AGAGTTATTTTTGAGGTAAACTCTGGGGACAGAAGCACCTGGAATACTGC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTATTTTTGAGGTAAACTCTGGGGACAGAAGCACCTGGAATACTGC  695

seq1  TCATTGCATCTTTATAAGGCATTTTAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCATCTTTATAAGGCATTTTAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTT  745

seq1  TTTGCTATGACAGTGGGGGTGGGCCAGGCATGTGGAATTCACAGTGAGCA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTATGACAGTGGGGGTGGGCCAGGCATGTGGAATTCACAGTGAGCA  795

seq1  GAAGCAGTAGTCACTGGCAAGGACTTCACAGTTGAGCGGGAAGAAGGGGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGTAGTCACTGGCAAGGACTTCACAGTTGAGCGGGAAGAAGGGGC  845

seq1  TTAAGCACTTCCGTTCAAAGATCCTAATTACAATGTAACTGATAGCTCAC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCACTTCCGTTCAAAGATCCTAATTACAATGTAACTGATAGCTCAC  895

seq1  AGTCAAGCGACACTCTGAATCAAGCTGCTGTTCTTGATGCTTCTTTCACA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGCGACACTCTGAATCAAGCTGCTGTTCTTGATGCTTCTTTCACA  945

seq1  TTGTCTCAGTTAGTCTCACAGCCATCCTGTGAAACAGAGGGCCGGTGACA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCAGTTAGTCTCACAGCCATCCTGTGAAACAGAGGGCCGGTGACA  995

seq1  CTCTACCACCCGAGGGCTACAATTGCTCTCAAGGTGGCATACAATAAGTA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCACCCGAGGGCTACAATTGCTCTCAAGGTGGCATACAATAAGTA  1045

seq1  GGCTTTTCCTGCTTTTGCATTCCAAGTTCTGGCTCTTGTTCTTTGAGGAG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTCCTGCTTTTGCATTCCAAGTTCTGGCTCTTGTTCTTTGAGGAG  1095

seq1  GTCCTTGTGTGCTAATGAATTC  1113
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGTGTGCTAATGAATTC  1117


seq1: chr12_118730538_118731383
seq2: B6Ng01-329I14.g_64_906

seq1  GAATTCACTTGACCCCTGTCCTTAAGAGGTTCAAATCCATATGAATGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGACCCCTGTCCTTAAGAGGTTCAAATCCATATGAATGAGC  50

seq1  CAGCAAGAGCCAGCAAGATGCAATAAGCTCTCTAGCCCCATTAACTCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGAGCCAGCAAGATGCAATAAGCTCTCTAGCCCCATTAACTCTTG  100

seq1  ACACCCCAATTCAGTGACCTTAACCCCAAAAACTTGAAAACTAGGCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCCAATTCAGTGACCTTAACCCCAAAAACTTGAAAACTAGGCAGTT  150

seq1  CTTCAGAGGTAAGGCAGCTTACCAATCCTGCTGCTCATGGGCCGTCAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGGTAAGGCAGCTTACCAATCCTGCTGCTCATGGGCCGTCAACA  200

seq1  AAAGCATAGACATGATCAACTTTCAGTTCTTTTTTTGCTTTGCCTCCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATAGACATGATCAACTTTCAGTTCTTTTTTTGCTTTGCCTCCACC  250

seq1  GGGTTTCCATCTTACAAATACCATGTTTCCTTCCCATCAAACAGCAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCCATCTTACAAATACCATGTTTCCTTCCCATCAAACAGCAAATG  300

seq1  ACACTCTGTATACCTTTACAGATCCACCCCAGACTTTTCTTGTCTCCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTGTATACCTTTACAGATCCACCCCAGACTTTTCTTGTCTCCCTT  350

seq1  CTTTGCTTGTCCTTCTAAGCATCCCCACAGAATAGAGGCACAGAGCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTGTCCTTCTAAGCATCCCCACAGAATAGAGGCACAGAGCCTGG  400

seq1  GCAGTGATGAGGAAGAAATGAATTCAGGTCAGGAAAGGCTACCTTGGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGATGAGGAAGAAATGAATTCAGGTCAGGAAAGGCTACCTTGGCCT  450

seq1  CTTGAGAGATTATCTTGAATCTGAACCTGGGAGGGTAGGTTGAGATGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGAGATTATCTTGAATCTGAACCTGGGAGGGTAGGTTGAGATGTCA  500

seq1  GAAGGGAGAGCAGGGCTCTGGAAGGAAGTGTCTGGAGGTGAGCAAAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAGAGCAGGGCTCTGGAAGGAAGTGTCTGGAGGTGAGCAAAGGCA  550

seq1  AAGAGGGTTTGCAGTCTACTTTAGGACTGAGCTAGGGGATGAGTTATGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGTTTGCAGTCTACTTTAGGACTGAGCTAGGGGATGAGTTATGGG  600

seq1  AGGGGTGATTGGCAACTTCCCTACAGGATCTTTCAACTTAAGAAGTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGATTGGCAACTTCCCTACAGGATCTTTCAACTTAAGAAGTTTTA  650

seq1  AGTGCACTCTT--GTTTCAGATTGTAAAACATGGCAAAGGATGGAGTGTC  698
      |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACTCTTTGTTTTCAGATTGTAAAACATGGCAAAGGATGGAGTGTC  700

seq1  TGTGGAAATGGATGTGTTAGATGGAAACCCATCTAACTGTGCTGTTTTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAATGGATGTGTTAGATGGAAACCCATCTAACTGTGCTGTTTTGT  750

seq1  TGCTGTTGTTGTTTGTTAATTAGACACAAGACTAAGTCATCTGGGAAGAG  798
      ||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TGCTG-TGTAGTTTGTTATTTA-ACACAAGACTAAG-CATCTGGGAATAG  797

seq1  GAACCTCAATTGAGAAATTTTCTTCATTATTGGCTGTAGGCAAGCCTA  846
      ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  GAACCTC-ATTGAGAAATTTTCTTCATTTTTGGCTGTAGG-AAGCCTA  843


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |