BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333L23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 10,158,694 - 10,307,174
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC382567
Upstream geneLOC633030, LOC100042238, Osr1
Downstream geneNt5c1b, Rdh14, LOC238074, LOC100042308, EG668435, Kcns3, LOC628276, Msgn1, 5830483C08Rik, Smc6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333L23.bB6Ng01-333L23.g
ACCGA119438GA119439
length1,1631,193
definitionB6Ng01-333L23.b B6Ng01-333L23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,158,694 - 10,159,854)(10,305,969 - 10,307,174)
sequence
gaattctattttattagatattagaatagctactcctgcttgcttgttgg
atccattttcttgggaaactatgattcaaggaaattatgcaaacataaaa
atgtaaaactggctccaaattcctaacttcgacatggatttaggcaacat
taacatgcctctctttagcctctattgtgataagaaacgtattatatata
aacttataatatacattttaagatattttatcattgaaaatcagattctg
gagtgttgatcaaggcctcagagggaggaggagggaaagggatcagaaaa
gttaacaatgcagatgacttccctaacctcttcagacaggttcaagctga
agttcctggatcacctatatttgtaatgagactagcaaaacaatctcgac
atctggaggtccagattctggcagatcagtatggcaatgctatttctttg
tttggtcgtgactgctctgtgcagcgcaggcatcagaagatcattgaaga
agctcctgctgcgattgctaccccagcagtatttgaacacatggaacagt
gtgcagtgaaacttgccaaaatggttggttatgtgagcgctgggactgtg
gaatacttgtacagccaggatggaagcttctactttttggaactgaaccc
tcggctacaggttgaacatccttgtacagagatggtggctgatgtcaatc
ttcctgcagcacagctccagattgccatggggatccctctatttaggatc
aaggatatccgtatgatgtatggggtatctccttggggagatgctcccat
tgattttgaaaattctgctcatgttccttgcccaaggggccacgtgattg
ctgctcggatcaccagtgaaaacccagatgaggggtttaagcccagctct
ggaacagttcaggaacttaattttcgtagcaataagaacgtttggggtta
tttcagtgttgctgctgctggaggacttcatgaattgcctgattctcagt
tcgggcactgcttttcctggggagaaacaggaggagcatctcaaatattg
tggtggcactgaagagcttgtctatccgggggtgactttcgaactacaag
tggaatacccttcatcaacttgcctgggagacagaaggctttcagcttta
acgattcgacact

gaattcctaagataactttgtaaaaacggaggtcactccagtggaaaaca
atcaatcccacgcactctaattgtcatctgaaagcaaaaagagtaaaaca
gtcggtttcctttttatcttttctgtttgtctttgttttaggaaaaacaa
tttccttatcacatctgcagacatggtgtttgctcgtgtgaagagcggat
gctattccttttaatgcattctctgaggttaagctatatggggcagcaga
gtggagctttcccactttttaaagcaaacagaacctcagtgaaatttata
ataaatctgcttggttattgcactatttcaatgctctcaatatgagcaat
tgctgttgatgttgtcttgttttgtatattgaaacactgagcataagttg
ggggaccatggaacccccagctcatttgaggtcacagctacggcagtggt
actgatggactattctgaagttgcagatcaacctttgaaggagattctgt
gccaatgttgtattaaatattcattttcaggaataaaaattttgaaatgc
aggagaacatgaaatcattacatacaaggggaactcattacttaaaaatt
tgctctgcaaacttaaaacctgtagcagctttttaattttaattttaatt
tttttaatgagattcaatcacattctgtacctcaggctagtctggaagtg
aagtctcattgtagcccagggtagcttccagttcataagcctcttgccca
tcctgagtgctggaattagaggtaaagagcactctacccaacacctttca
gtacaagtcctgccaagagtgagctgggctccagggtaccttccatgtct
aatcatccatctatatcctggacctggctcttccaggctcctttcctaga
tcctgaaacatcctgtttattctccccttcctggatttcatagtccatta
agttgccttgttatattatctgatcagcatatcttcaagccacaactgct
gtttttatttaatgttttggtcccagagatatgatgggaagggagagacg
caagcaaataatttatttataatttagagcttccgatgcataatgctgtc
aaatatctcaggcacctgagtgatacattacttgcttccattgcatgcat
acacaatgaagtagttgtataagggtgtcagatcctcaatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_10158694_10159854
seq2: B6Ng01-333L23.b_48_1210

seq1  GAATTCTATTTTATTAGATATTAGAATAGCTACTCCTGCTTGCTTGTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTTATTAGATATTAGAATAGCTACTCCTGCTTGCTTGTTGG  50

seq1  ATCCATTTTCTTGGGAAACTATGATTCAAGGAAATTATGCAAACATAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTTTCTTGGGAAACTATGATTCAAGGAAATTATGCAAACATAAAA  100

seq1  ATGTAAAACTGGCTCCAAATTCCTAACTTCGACATGGATTTAGGCAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAACTGGCTCCAAATTCCTAACTTCGACATGGATTTAGGCAACAT  150

seq1  TAACATGCCTCTCTTTAGCCTCTATTGTGATAAGAAACGTATTATATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGCCTCTCTTTAGCCTCTATTGTGATAAGAAACGTATTATATATA  200

seq1  AACTTATAATATACATTTTAAGATATTTTATCATTGAAAATCAGATTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATAATATACATTTTAAGATATTTTATCATTGAAAATCAGATTCTG  250

seq1  GAGTGTTGATCAAGGCCTCAGAGGGAGGAGGAGGGAAAGGGATCAGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTGATCAAGGCCTCAGAGGGAGGAGGAGGGAAAGGGATCAGAAAA  300

seq1  GTTAACAATGCAGATGACTTCCCTAACCTCTTCAGACAGGTTCAAGCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACAATGCAGATGACTTCCCTAACCTCTTCAGACAGGTTCAAGCTGA  350

seq1  AGTTCCTGGATCACCTATATTTGTAATGAGACTAGCAAAACAATCTCGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTGGATCACCTATATTTGTAATGAGACTAGCAAAACAATCTCGAC  400

seq1  ATCTGGAGGTCCAGATTCTGGCAGATCAGTATGGCAATGCTATTTCTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAGGTCCAGATTCTGGCAGATCAGTATGGCAATGCTATTTCTTTG  450

seq1  TTTGGTCGTGACTGCTCTGTGCAGCGCAGGCATCAGAAGATCATTGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCGTGACTGCTCTGTGCAGCGCAGGCATCAGAAGATCATTGAAGA  500

seq1  AGCTCCTGCTGCGATTGCTACCCCAGCAGTATTTGAACACATGGAACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTGCTGCGATTGCTACCCCAGCAGTATTTGAACACATGGAACAGT  550

seq1  GTGCAGTGAAACTTGCCAAAATGGTTGGTTATGTGAGCGCTGGGACTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTGAAACTTGCCAAAATGGTTGGTTATGTGAGCGCTGGGACTGTG  600

seq1  GAATACTTGTACAGCCAGGATGGAAGCTTCTACTTTTTGGAACTGAACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTTGTACAGCCAGGATGGAAGCTTCTACTTTTTGGAACTGAACCC  650

seq1  TCGGCTACAGGTTGAACATCCTTGTACAGAGATGGTGGCTGATGTCAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCTACAGGTTGAACATCCTTGTACAGAGATGGTGGCTGATGTCAATC  700

seq1  TTCCTGCAGCACAGCTCCAGATTGCCATGGGGATCCCTCTATTTAGGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCAGCACAGCTCCAGATTGCCATGGGGATCCCTCTATTTAGGATC  750

seq1  AAGGATATCCGTATGATGTATGGGGTATCTCCTTGGGGAGATGCTCCCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATATCCGTATGATGTATGGGGTATCTCCTTGGGGAGATGCTCCCAT  800

seq1  TGATTTTGAAAATTCTGCTCATGTTCCTTGCCCAAGGGGCCACGTGATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGAAAATTCTGCTCATGTTCCTTGCCCAAGGGGCCACGTGATTG  850

seq1  CTGCTCGGATCACCAGTGAAAACCCAGATGAGGGGTTTAAGCCCAGCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCGGATCACCAGTGAAAACCCAGATGAGGGGTTTAAGCCCAGCTCT  900

seq1  GGAACAGTTCAGGAACTTAATTTTCGTAGCAATAAGAACGTTTGGGGTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGTTCAGGAACTTAATTTTCGTAGCAATAAGAACGTTTGGGGTTA  950

seq1  TTTCAGTGTTGCTGCTGCTGGAGGACTTCATGAATTTGCTGATTCTCAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TTTCAGTGTTGCTGCTGCTGGAGGACTTCATGAATTGCCTGATTCTCAGT  1000

seq1  TCGGGCACTGCTTTTCCTGGGGAGAAAACAGGGAGGAAGCAATCTCAAAT  1050
      |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||
seq2  TCGGGCACTGCTTTTCCTGGGGAG-AAACA-GGAGG-AGC-ATCTCAAAT  1046

seq1  ATGGTGGTGGCACTGAAGGAGC-TGTCTATTC-GGGGTGACTTTCGAACT  1098
      || |||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGTGGCACTGAA-GAGCTTGTCTATCCGGGGGTGACTTTCGAACT  1095

seq1  AC-AGTGGAATACC--TCATCAAACTGC--TGGAGACAGAAAGCTTTCAG  1143
      || |||||||||||  |||||||  |||   |||||||||| ||||||||
seq2  ACAAGTGGAATACCCTTCATCAACTTGCCTGGGAGACAGAAGGCTTTCAG  1145

seq1  CTTAACAGAATCGACACT  1161
      ||| |  || ||||||||
seq2  CTTTAACGATTCGACACT  1163


seq1: chr12_10305969_10307174
seq2: B6Ng01-333L23.g_68_1260 (reverse)

seq1  CCCATTGAG---CTGACACCTTTTTATTACAAAACTACATTCATTTGGGT  47
      |||||||||   ||||||||      ||| | |||||| ||||||   ||
seq2  CCCATTGAGGATCTGACACC-----CTTATACAACTAC-TTCATT---GT  41

seq1  GGTATGCATGCAAAATATGAAAAAGACAAAGTAATGTAACAACTCAAGGT  97
       |||||||||||    ||| |    |  |||||||||| | |||| ||||
seq2  -GTATGCATGCA----ATGGA----AGCAAGTAATGTATC-ACTC-AGGT  80

seq1  GCTGGAGATA-TTGACAGCATTTAGCAT-GGAAACTCTAAATAAT-AATA  144
      ||  |||||| |||||||||||  |||| |||| |||||||| || ||||
seq2  GCCTGAGATATTTGACAGCATTATGCATCGGAAGCTCTAAATTATAAATA  130

seq1  AATTTTCTGCTTCC--CCCTCCCCTCAAATAATCTTCTTGGGACC-AAAC  191
      |||| | ||||| |  | ||||| ||  || || |   ||||||| ||||
seq2  AATTATTTGCTTGCGTCTCTCCCTTCCCATCATATCTCTGGGACCAAAAC  180

seq1  ATTAAAT-AAAACAGCAGTTGTGGCCTTGAAGATATTGCTGATCAGATAA  240
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTAAATAAAAACAGCAGTTGTGG-CTTGAAGATA-TGCTGATCAGATAA  228

seq1  TATAACAAGGCAACTTAATGGACTAATGAAATCCAGGAAGGGGAGAATAA  290
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAAGGCAACTTAATGGACT-ATGAAATCCAGGAAGGGGAGAATAA  277

seq1  ACAGGATGTTTCAGGATCTAGGAAAGGAGCCTGGAAGAGCCAGGTCCAGG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGTTTCAGGATCTAGGAAAGGAGCCTGGAAGAGCCAGGTCCAGG  327

seq1  ATATAGATGGATGATTAGACATGGAAGGTACCCTGGAGCCCAGCTCACTC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGATGGATGATTAGACATGGAAGGTACCCTGGAGCCCAGCTCACTC  377

seq1  TTGGCAGGACTTGTACTGAAAGGTGTTGGGTAGAGTGCTCTTTACCTCTA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGGACTTGTACTGAAAGGTGTTGGGTAGAGTGCTCTTTACCTCTA  427

seq1  ATTCCAGCACTCAGGATGGGCAAGAGGCTTATGAACTGGAAGCTACCCTG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGCACTCAGGATGGGCAAGAGGCTTATGAACTGGAAGCTACCCTG  477

seq1  GGCTACAATGAGACTTCACTTCCAGACTAGCCTGAGGTACAGAATGTGAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAATGAGACTTCACTTCCAGACTAGCCTGAGGTACAGAATGTGAT  527

seq1  TGAATCTCATTAAAAAAATTAAAATTAAAATTAAAAAGCTGCTACAGGTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTCATTAAAAAAATTAAAATTAAAATTAAAAAGCTGCTACAGGTT  577

seq1  TTAAGTTTGCAGAGCAAATTTTTAAGTAATGAGTTCCCCTTGTATGTAAT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTTGCAGAGCAAATTTTTAAGTAATGAGTTCCCCTTGTATGTAAT  627

seq1  GATTTCATGTTCTCCTGCATTTCAAAATTTTTATTCCTGAAAATGAATAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCATGTTCTCCTGCATTTCAAAATTTTTATTCCTGAAAATGAATAT  677

seq1  TTAATACAACATTGGCACAGAATCTCCTTCAAAGGTTGATCTGCAACTTC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACAACATTGGCACAGAATCTCCTTCAAAGGTTGATCTGCAACTTC  727

seq1  AGAATAGTCCATCAGTACCACTGCCGTAGCTGTGACCTCAAATGAGCTGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGTCCATCAGTACCACTGCCGTAGCTGTGACCTCAAATGAGCTGG  777

seq1  GGGTTCCATGGTCCCCCAACTTATGCTCAGTGTTTCAATATACAAAACAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCATGGTCCCCCAACTTATGCTCAGTGTTTCAATATACAAAACAA  827

seq1  GACAACATCAACAGCAATTGCTCATATTGAGAGCATTGAAATAGTGCAAT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACATCAACAGCAATTGCTCATATTGAGAGCATTGAAATAGTGCAAT  877

seq1  AACCAAGCAGATTTATTATAAATTTCACTGAGGTTCTGTTTGCTTTAAAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGCAGATTTATTATAAATTTCACTGAGGTTCTGTTTGCTTTAAAA  927

seq1  AGTGGGAAAGCTCCACTCTGCTGCCCCATATAGCTTAACCTCAGAGAATG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAAAGCTCCACTCTGCTGCCCCATATAGCTTAACCTCAGAGAATG  977

seq1  CATTAAAAGGAATAGCATCCGCTCTTCACACGAGCAAACACCATGTCTGC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAGGAATAGCATCCGCTCTTCACACGAGCAAACACCATGTCTGC  1027

seq1  AGATGTGATAAGGAAATTGTTTTTCCTAAAACAAAGACAAACAGAAAAGA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGATAAGGAAATTGTTTTTCCTAAAACAAAGACAAACAGAAAAGA  1077

seq1  TAAAAAGGAAACCGACTGTTTTACTCTTTTTGCTTTCAGATGACAATTAG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGGAAACCGACTGTTTTACTCTTTTTGCTTTCAGATGACAATTAG  1127

seq1  AGTGCGTGGGATTGATTGTTTTCCACTGGAGTGACCTCCGTTTTTACAAA  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCGTGGGATTGATTGTTTTCCACTGGAGTGACCTCCGTTTTTACAAA  1177

seq1  GTTATCTTAGGAATTC  1206
      ||||||||||||||||
seq2  GTTATCTTAGGAATTC  1193


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |