BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334L01
Chromosome12 (Build37)
Map Location 8,623,067 - 8,815,155
singlet/doubletdoublet
Overlap genePum2, F730043H23, Sdc1
Upstream geneEG668388, Apob, 1110057K04Rik, Gdf7, Hs1bp3, BC106175, Rhob, Slc7a15, LOC100043154
Downstream geneLaptm4a, Matn3, Wdr35, Ttc32, LOC633030, LOC100042238, Osr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334L01.bB6Ng01-334L01.g
ACCGA120133GA120134
length1,093885
definitionB6Ng01-334L01.b B6Ng01-334L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,623,067 - 8,624,200)(8,814,273 - 8,815,155)
sequence
gaattccagaagattaaatctctgagttcaaggaacacacctttaatctg
ggctacaccttctgctggagacaatataatgacattggaagaagggagtc
tggctctggctccttcgcctgcttgctgtgtgagactgagtaactgctag
atccttggacttccattcacagctgcgactgaaccattgttgggaattgg
gctgccgactgtaagtcatcaataaattcttttactatatagggactatc
cgtaagttctgtgactctagagaaccatgactaatacaaataccatgctc
tcaggtgtgcctccctcagataccatgctctacatgtgactccctcagat
ataatgttctacagtgtgactccacagacacctaaaaaaatcctagaatc
tttaaacaaacactaaaagagccctaaaaagctaaaataaagaaacccta
aaatacttaatatacacttttttttaaaaaaatcctaaaattctaaaaaa
aaaaaaacccaagaactctaagaccctaaaaaattctaaaaccctaaaag
aaaagtcctaaaattctataaaacctcaagaaccctaaaaagaccctaaa
acccttaaaaccatttaaaaaatatcaacaacagcaaaaaaacaaaacaa
aacaaaaaacaaaaaaaaccaaacctatggccctaaaaaaatcaccataa
aaacactgagaaaaccctaaaatcatttttaagtgaaagaacccttttta
aaaaacccataaaatccttaattaaaactttttaaaaacctttaaaaaaa
ccctaaaattctaaaaaaaaaacctcaagaatttccatatttttaaaaac
ccaagattctatatttttaaagaccctaacacaacctaaaataaaaaaaa
aaaactctagatcctaaaagacactaaaacccctaaaacccttaaaaata
cctatatgctaaaaagttcttgaccctaaaaaatcataaactataaaacc
ctaagcaaaaatgctacaaaaaaaaactctagattctaaagacctaaacc
taaccctaaaatacttatgctaaaaaggtcttgaaccttaaaa
gaattctttagatagcacgcatagggctcagactacaccagaagtgccag
cgcagtactgagttaaagttgtgccaagtcctcatggactctgtcacaca
aggtatggacaacccagcagacatgatggtgttgactgggagcatgaaga
atttttgaggttcattgctgtgggtacaggtaggggagccagggttgagc
ccaccccatctactatagcatcatttattcaggagagtgatggtaaaggc
ctgagaaaccttctgggacccacccaaccctgtgcaggataccagagcag
ctccagttggaggccctttagagtttctgctttcccagttccctgaggga
gattgggcgcagaagcctttaccgggaagatctgcttcctcttgggattt
cccagtaacctccctcaggtcatcaggcagcttcacacactgctgcagtt
caaagaggctaggaaaattagagtcctgtatcccagggcccagggggagc
tagacctgtgtgggtaactctgctcagacaagcctgatttacggtcatcc
tagccatacccggaacacttttaagaaggaggtcaggggggtcatctgaa
caggaagttcttaggtcacatcaaatgttccatgtcacagtcccttcact
gaacctatttccaggaagtcatcagtctcaggatagggcctttcggtata
actgtcacaggttggggccaaccagcacttctgctattaagtgcatgtga
taaaagcccctgctgtaggcactggccactcactgaaattcccagaagtc
ctatgacagcccagctcagggaagagtatccatactaccaggacctccag
ggacaacctgaggaagcgagggggggggggggctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_8623067_8624200
seq2: B6Ng01-334L01.b_47_1139

seq1  GAATTCCAGAAGATTAAATCTCTGAGTTCAAGGAACACACCTTTAATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAGATTAAATCTCTGAGTTCAAGGAACACACCTTTAATCTG  50

seq1  GGCTACACCTTCTGCTGGAGACAATATAATGACATTGGAAGAAGGGAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACACCTTCTGCTGGAGACAATATAATGACATTGGAAGAAGGGAGTC  100

seq1  TGGCTCTGGCTCCTTCGCCTGCTTGCTGTGTGAGACTGAGTAACTGCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTGGCTCCTTCGCCTGCTTGCTGTGTGAGACTGAGTAACTGCTAG  150

seq1  ATCCTTGGACTTCCATTCACAGCTGCGACTGAACCATTGTTGGGAATTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGGACTTCCATTCACAGCTGCGACTGAACCATTGTTGGGAATTGG  200

seq1  GCTGCCGACTGTAAGTCATCAATAAATTCTTTTACTATATAGGGACTATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCGACTGTAAGTCATCAATAAATTCTTTTACTATATAGGGACTATC  250

seq1  CGTAAGTTCTGTGACTCTAGAGAACCATGACTAATACAAATACCATGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAGTTCTGTGACTCTAGAGAACCATGACTAATACAAATACCATGCTC  300

seq1  TCAGGTGTGCCTCCCTCAGATACCATGCTCTACATGTGACTCCCTCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGTGCCTCCCTCAGATACCATGCTCTACATGTGACTCCCTCAGAT  350

seq1  ATAATGTTCTACAGTGTGACTCCACAGACACCTAAAAAAATCCTAGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTTCTACAGTGTGACTCCACAGACACCTAAAAAAATCCTAGAATC  400

seq1  TTTAAACAAACACTAAAAGAGCCCTAAAAAGCTAAAATAAAGAAACCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACAAACACTAAAAGAGCCCTAAAAAGCTAAAATAAAGAAACCCTA  450

seq1  AAATACTTAATATACACTTTTTTTTAAAAAAATCCTAAAATTCTAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTAATATACACTTTTTTTTAAAAAAATCCTAAAATTCTAAAAAA  500

seq1  AAAAAAACCCAAGAACTCTAAGACCCTAAAAAATTCTAAAACCCTAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCCAAGAACTCTAAGACCCTAAAAAATTCTAAAACCCTAAAAG  550

seq1  AAAAGTCCTAAAATTCTATAAAACCTCAAGAACCCTAAAAAGACCCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCCTAAAATTCTATAAAACCTCAAGAACCCTAAAAAGACCCTAAA  600

seq1  ACCCTTAAAACCATTTAAAAAATATCAACAACAGCAAAAAAACAAAACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTAAAACCATTTAAAAAATATCAACAACAGCAAAAAAACAAAACAA  650

seq1  AACAAAAAACAAAAAAAACCAAACCTATGGCCCTAAAAAAATCACCATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAACAAAAAAAACCAAACCTATGGCCCTAAAAAAATCACCATAA  700

seq1  AAACACTGAGAAAACCCTAAAATCATTTTTAAGTGAAAGAACCCTTTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGAGAAAACCCTAAAATCATTTTTAAGTGAAAGAACCCTTTTTA  750

seq1  AAAAACCCATAAAATCCTTAATTAAAACTTTTTAAAAACCTTTAAAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCATAAAATCCTTAATTAAAACTTTTTAAAAACCTTTAAAAAAA  800

seq1  CCCTAAAATTCTAAAAAAAAAACCTCAAGAA-TTCCATATTTTTAAAAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAAATTCTAAAAAAAAAACCTCAAGAATTTCCATATTTTTAAAAAC  850

seq1  CCAAGAATTCTATATTTTTAAAAGACCCTAACACAACCTAAAATAAAAAA  899
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAG-ATTCTATATTTTT-AAAGACCCTAACACAACCTAAAATAAAAAA  898

seq1  AAAAAACTCTAGAATCCTAAAAAGACACTAAAAACCCCTAAAACCCTAAA  949
      |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  AAAAAACTCTAG-ATCCT-AAAAGACACT-AAAACCCCTAAAACCCTTAA  945

seq1  AAATAACCCTATAATGCTAAAAAAGGTTCTTGAACCCTAAAAAAAATCAT  999
      |||||  ||||| ||||||||||  ||||||| |||||  ||||||||||
seq2  AAATA--CCTAT-ATGCTAAAAA--GTTCTTG-ACCCT--AAAAAATCAT  987

seq1  AAAACTATAAAAAACCCTAAAGCCAAAAAATGCTAACAAAAAAAAAAACT  1049
       |||||||  |||||||| ||||  |||||||||   | |||||||||||
seq2  -AAACTAT--AAAACCCT-AAGC--AAAAATGCT---ACAAAAAAAAACT  1028

seq1  CTAGAATCCTAAAAAGACACTAAAAACCCCTAAAACCCTAAAAAATAACC  1099
      ||||| ||    |||||| |||||    |||  |||||||||| |     
seq2  CTAGATTC---TAAAGAC-CTAAA----CCT--AACCCTAAAATA-----  1063

seq1  CTATAATGCTAAAAAAAAGTTCTTGAACCCTAAAA  1134
         | |||||   |||||| ||||||||| |||||
seq2  --CTTATGCT---AAAAAGGTCTTGAACCTTAAAA  1093

seq1: chr12_8814273_8815155
seq2: B6Ng01-334L01.g_67_951 (reverse)

seq1  AAG--CCCCCCCCCCCTCGCTTCCTCAGGTTGTCCCTGGAGGTCCTGGTA  48
      |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCCCCCCCCCCTCGCTTCCTCAGGTTGTCCCTGGAGGTCCTGGTA  50

seq1  GTATGGATACTCTTCCCTGAGCTGGGCTGTCATAGGACTTCTGGGAATTT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGATACTCTTCCCTGAGCTGGGCTGTCATAGGACTTCTGGGAATTT  100

seq1  CAGTGAGTGGCCAGTGCCTACAGCAGGGGCTTTTATCACATGCACTTAAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGTGGCCAGTGCCTACAGCAGGGGCTTTTATCACATGCACTTAAT  150

seq1  AGCAGAAGTGCTGGTTGGCCCCAACCTGTGACAGTTATACCGAAAGGCCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGTGCTGGTTGGCCCCAACCTGTGACAGTTATACCGAAAGGCCC  200

seq1  TATCCTGAGACTGATGACTTCCTGGAAATAGGTTCAGTGAAGGGACTGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGAGACTGATGACTTCCTGGAAATAGGTTCAGTGAAGGGACTGTG  250

seq1  ACATGGAACATTTGATGTGACCTAAGAACTTCCTGTTCAGATGACCCCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAACATTTGATGTGACCTAAGAACTTCCTGTTCAGATGACCCCCC  300

seq1  TGACCTCCTTCTTAAAAGTGTTCCGGGTATGGCTAGGATGACCGTAAATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCCTTCTTAAAAGTGTTCCGGGTATGGCTAGGATGACCGTAAATC  350

seq1  AGGCTTGTCTGAGCAGAGTTACCCACACAGGTCTAGCTCCCCCTGGGCCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGTCTGAGCAGAGTTACCCACACAGGTCTAGCTCCCCCTGGGCCC  400

seq1  TGGGATACAGGACTCTAATTTTCCTAGCCTCTTTGAACTGCAGCAGTGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATACAGGACTCTAATTTTCCTAGCCTCTTTGAACTGCAGCAGTGTG  450

seq1  TGAAGCTGCCTGATGACCTGAGGGAGGTTACTGGGAAATCCCAAGAGGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTGCCTGATGACCTGAGGGAGGTTACTGGGAAATCCCAAGAGGAA  500

seq1  GCAGATCTTCCCGGTAAAGGCTTCTGCGCCCAATCTCCCTCAGGGAACTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTTCCCGGTAAAGGCTTCTGCGCCCAATCTCCCTCAGGGAACTG  550

seq1  GGAAAGCAGAAACTCTAAAGGGCCTCCAACTGGAGCTGCTCTGGTATCCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCAGAAACTCTAAAGGGCCTCCAACTGGAGCTGCTCTGGTATCCT  600

seq1  GCACAGGGTTGGGTGGGTCCCAGAAGGTTTCTCAGGCCTTTACCATCACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGGTTGGGTGGGTCCCAGAAGGTTTCTCAGGCCTTTACCATCACT  650

seq1  CTCCTGAATAAATGATGCTATAGTAGATGGGGTGGGCTCAACCCTGGCTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAATAAATGATGCTATAGTAGATGGGGTGGGCTCAACCCTGGCTC  700

seq1  CCCTACCTGTACCCACAGCAATGAACCTCAAAAATTCTTCATGCTCCCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCTGTACCCACAGCAATGAACCTCAAAAATTCTTCATGCTCCCAG  750

seq1  TCAACACCATCATGTCTGCTGGGTTGTCCATACCTTGTGTGACAGAGTCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACACCATCATGTCTGCTGGGTTGTCCATACCTTGTGTGACAGAGTCC  800

seq1  ATGAGGACTTGGCACAACTTTAACTCAGTACTGCGCTGGCACTTCTGGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGACTTGGCACAACTTTAACTCAGTACTGCGCTGGCACTTCTGGTG  850

seq1  TAGTCTGAGCCCTATGCGTGCTATCTAAAGAATTC  883
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTGAGCCCTATGCGTGCTATCTAAAGAATTC  885