BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334M19
Chromosome12 (Build37)
Map Location 118,297,553 - 118,445,596
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprn2
Upstream geneZfp386, Vipr2, LOC676058, Wdr60, LOC100042963, D12Ertd551e, D430020J02Rik, Ncapg2, Rnu7-ps1, LOC627375
Downstream geneLOC432713, LOC100042461, Rapgef5, A930023M06Rik, Cdca7l, Dnahc11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334M19.bB6Ng01-334M19.g
ACCGA120216GA120217
length1,0541,080
definitionB6Ng01-334M19.b B6Ng01-334M19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,444,535 - 118,445,596)(118,297,553 - 118,298,615)
sequence
gaattctgttcttcctggcacctgggagggcttaagttttgtgtgtttgg
ttgcttttgtggttgctgtttgttttggttatctttattgctggctgcta
tagtttaggctttgaacattcacaacatgatagaattttcctgcttaaaa
caaaaagatgcccataccaggtttgctcatacaagcgggagacccgatcc
tagagaagttaaaaacctgattgggaattccccaatctccttagtctctc
tggtcccaggactcactgctgaccttgccttagggggacaagaggtccta
gaggtcaaggcctttgtgttaccacgcccactttgtacttccttcttcac
aatcagtgtgagtatttacctggggttgggggacactttccaacacccca
gttggtgcctgagtcttgcagggctctttgtatagaatgctattgtttat
aataatcctgtcataaattttgtaaattaagcccagtaagagtttaacag
tggcaacttagcaacaactcaggtcttaggaaccctaacccttgatttct
ttcttctttgagaaattttactttttcactgaaaggacgcatgtgggaga
ttctttttgacacactctagttggcagctctgctcttgtgctttgggccg
ttactaagtggaataatgcttacttgaacacggcaccatggtaccttggc
gtttgatttgatattaagaaagcggctagcaggtgggcagcatgttcaac
agggatgtcctggacaagagcatgattgccctgggagggagtgggaaggc
tggagactccatcgtaacactctgaagattgtgcatttaaaatttaccag
tgattaaatattctatataatgttctcaggcacaattgactacaggtagc
taacccttccgaaatgtgagtggatctgttgtgttgatttttttttttgt
aaagtgtaattcattttaaaccatcagagtaggctagccttggtttgttg
tggtccagcctatttcagtgggtgccatcctgggctggtatcttgggttc
ataa
gaattcccaagccactcgagatgaggcaggcttttcttgagctgttcaca
cattctgagggaacacaggaatgggttggggtagatgtcatcacctggct
gtgcataactcatgattgcctccattcactcctgtcaagaacagtgtggc
atctccttgattttatgcattcttggacactttgcctgcgcatgctcgct
cgctcgcctgcccgcttgctcgttctctctctctctctcttcatgtgtga
gtgtcaaatttctctctctatgtgtacacatgtgtgtgtatgtgtgtgtc
acatttctctgtgtgtgtgtctgtgtgtgtgcacatgtgtgtgggagtca
gatgtcattctctgtgtgtgtgtctgtttgtgtatgtacatgtgtgtggg
agtcagatgtcctgctctatcttgttctgccttattccctgaacctggag
ctaggctagcagccagtacacccctgtgatcctactgtcttctgcctcac
agttcatactacaaccatacccgactttctgtgttggtgctgatttccaa
cctcagttcccactcatcccagtttcctgcttttaattgtttagtttgag
cccatttacttgcagttcagctgttagagggccaagactcatcacctctg
aatattctttggtctagttttgcctaacgttaccatcttcattatatgca
tcgttcagatcctttggcagtgctaagggggagaggggactttacacctc
cctgcttgctgttggggaagaagggtcacggccttccctccatgatgaag
aggctcctctccttggtgaccaatcagtagctttgttgaggtgacatttt
gagactgtgagaacaccttccctttcaatgtgtgatctgaatagtagctg
agaaggaaaagatgaggagagcttcctagaatgtgctggccgggaggtct
tggctctgtcaattaccacaagcttcctgcaccagcacaccaccacatag
aggcccactagcccaggtcctggggttcgccgagtttaaaaattgataag
ccctagccattcaaccttggatttaacaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_118444535_118445596
seq2: B6Ng01-334M19.b_50_1103 (reverse)

seq1  TTATAGAACCCAGGACTACCAGCCCAGGGATGGCA-CCACTGAAAATAGG  49
      |||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| |||||||
seq2  TTAT-GAACCCAAGA-TACCAGCCCA-GGATGGCACCCACTG-AAATAGG  46

seq1  CTGGACCCACAACAAACCAAGGCTAGCCTACTCTTGATGGTTTTAAAAAT  99
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||
seq2  CTGGA-CCACAACAAACCAAGGCTAGCCTACTC-TGATGGTTT--AAAAT  92

seq1  GAATTACACTTTACAAAAAAAAAAATCAACACAACAGATCCACTCACATT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTACACTTTACAAAAAAAAAAATCAACACAACAGATCCACTCACATT  142

seq1  TCGGAAGGGTTAGCTACCTGTAGTCAATTGTGGCCTGAGAACATTATATA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCGGAAGGGTTAGCTACCTGTAGTCAATTGT-GCCTGAGAACATTATATA  191

seq1  GAATATTTAATCACTGGTAAATTTTAAATGCACAATCTTCAGAGTGTTAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTTAATCACTGGTAAATTTTAAATGCACAATCTTCAGAGTGTTAC  241

seq1  GATGGAGTCTCCAGCCTTCCCACTCCCTCCCAGGGCAATCATGCTCTTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGTCTCCAGCCTTCCCACTCCCTCCCAGGGCAATCATGCTCTTGT  291

seq1  CCAGGACATCCCTGTTGAACATGCTGCCCACCTGCTAGCCGCTTTCTTAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACATCCCTGTTGAACATGCTGCCCACCTGCTAGCCGCTTTCTTAA  341

seq1  TATCAAATCAAACGCCAAGGTACCATGGTGCCGTGTTCAAGTAAGCATTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAATCAAACGCCAAGGTACCATGGTGCCGTGTTCAAGTAAGCATTA  391

seq1  TTCCACTTAGTAACGGCCCAAAGCACAAGAGCAGAGCTGCCAACTAGAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTTAGTAACGGCCCAAAGCACAAGAGCAGAGCTGCCAACTAGAGT  441

seq1  GTGTCAAAAAGAATCTCCCACATGCGTCCTTTCAGTGAAAAAGTAAAATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAAAAAGAATCTCCCACATGCGTCCTTTCAGTGAAAAAGTAAAATT  491

seq1  TCTCAAAGAAGAAAGAAATCAAGGGTTAGGGTTCCTAAGACCTGAGTTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGAAGAAAGAAATCAAGGGTTAGGGTTCCTAAGACCTGAGTTGT  541

seq1  TGCTAAGTTGCCACTGTTAAACTCTTACTGGGCTTAATTTACAAAATTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGTTGCCACTGTTAAACTCTTACTGGGCTTAATTTACAAAATTTA  591

seq1  TGACAGGATTATTATAAACAATAGCATTCTATACAAAGAGCCCTGCAAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGATTATTATAAACAATAGCATTCTATACAAAGAGCCCTGCAAGA  641

seq1  CTCAGGCACCAACTGGGGTGTTGGAAAGTGTCCCCCAACCCCAGGTAAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCACCAACTGGGGTGTTGGAAAGTGTCCCCCAACCCCAGGTAAAT  691

seq1  ACTCACACTGATTGTGAAGAAGGAAGTACAAAGTGGGCGTGGTAACACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACTGATTGTGAAGAAGGAAGTACAAAGTGGGCGTGGTAACACAA  741

seq1  AGGCCTTGACCTCTAGGACCTCTTGTCCCCCTAAGGCAAGGTCAGCAGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTGACCTCTAGGACCTCTTGTCCCCCTAAGGCAAGGTCAGCAGTG  791

seq1  AGTCCTGGGACCAGAGAGACTAAGGAGATTGGGGAATTCCCAATCAGGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGGGACCAGAGAGACTAAGGAGATTGGGGAATTCCCAATCAGGTT  841

seq1  TTTAACTTCTCTAGGATCGGGTCTCCCGCTTGTATGAGCAAACCTGGTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTTCTCTAGGATCGGGTCTCCCGCTTGTATGAGCAAACCTGGTAT  891

seq1  GGGCATCTTTTTGTTTTAAGCAGGAAAATTCTATCATGTTGTGAATGTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCTTTTTGTTTTAAGCAGGAAAATTCTATCATGTTGTGAATGTTC  941

seq1  AAAGCCTAAACTATAGCAGCCAGCAATAAAGATAACCAAAACAAACAGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTAAACTATAGCAGCCAGCAATAAAGATAACCAAAACAAACAGCA  991

seq1  ACCACAAAAGCAACCAAACACACAAAACTTAAGCCCTCCCAGGTGCCAGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAAAGCAACCAAACACACAAAACTTAAGCCCTCCCAGGTGCCAGG  1041

seq1  AAGAACAGAATTC  1062
      |||||||||||||
seq2  AAGAACAGAATTC  1054

seq1: chr12_118297553_118298615
seq2: B6Ng01-334M19.g_68_1147

seq1  GAATTCCCAAGCCACTCGAGATGAGGCAGGCTTTTCTTGAGCTGTTCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGCCACTCGAGATGAGGCAGGCTTTTCTTGAGCTGTTCACA  50

seq1  CATTCTGAGGGAACACAGGAATGGGTTGGGGTAGATGTCATCACCTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGAGGGAACACAGGAATGGGTTGGGGTAGATGTCATCACCTGGCT  100

seq1  GTGCATAACTCATGATTGCCTCCATTCACTCCTGTCAAGAACAGTGTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATAACTCATGATTGCCTCCATTCACTCCTGTCAAGAACAGTGTGGC  150

seq1  ATCTCCTTGATTTTATGCATTCTTGGACACTTTGCCTGCGCATGCTCGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTTGATTTTATGCATTCTTGGACACTTTGCCTGCGCATGCTCGCT  200

seq1  CGCTCGCCTGCCCGCTTGCTCGTTCTCTCTCTCTCTCTCTTCATGTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCGCCTGCCCGCTTGCTCGTTCTCTCTCTCTCTCTCTTCATGTGTGA  250

seq1  GTGTCAAATTTCTCTCTCTATGTGTACACATGTGTGTGTATGTGTGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAAATTTCTCTCTCTATGTGTACACATGTGTGTGTATGTGTGTGTC  300

seq1  ACATTTCTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGCACATGTGTGTGGGAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGCACATGTGTGTGGGAGTCA  350

seq1  GATGTCATTCTCTGTGTGTGTGTCTGTTTGTGTATGTACATGTGTGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCATTCTCTGTGTGTGTGTCTGTTTGTGTATGTACATGTGTGTGGG  400

seq1  AGTCAGATGTCCTGCTCTATCTTGTTCTGCCTTATTCCCTGAACCTGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGATGTCCTGCTCTATCTTGTTCTGCCTTATTCCCTGAACCTGGAG  450

seq1  CTAGGCTAGCAGCCAGTACACCCCTGTGATCCTACTGTCTTCTGCCTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTAGCAGCCAGTACACCCCTGTGATCCTACTGTCTTCTGCCTCAC  500

seq1  AGTTCATACTACAACCATACCCGACTTTCTGTGTTGGTGCTGATTTCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATACTACAACCATACCCGACTTTCTGTGTTGGTGCTGATTTCCAA  550

seq1  CCTCAGTTCCCACTCATCCCAGTTTCCTGCTTTTAATTGTTTAGTTTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTTCCCACTCATCCCAGTTTCCTGCTTTTAATTGTTTAGTTTGAG  600

seq1  CCCATTTACTTGCAGTTCAGCTGTTAGAGGGCCAAGACTCATCACCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTACTTGCAGTTCAGCTGTTAGAGGGCCAAGACTCATCACCTCTG  650

seq1  AATATTCTTTGGTCTAGTTTTGCCTAACGTTACCATCTTCATTATATGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCTTTGGTCTAGTTTTGCCTAACGTTACCATCTTCATTATATGCA  700

seq1  TCGTTCAGATCCTTTGGCAGTGCTAAGGGGGAGAGGGGACTTTACACCT-  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCGTTCAGATCCTTTGGCAGTGCTAAGGGGGAGAGGGGACTTTACACCTC  750

seq1  CCTGCTTGCTGTTGGGGAAGAAGGGTCACGGCCTT-CCTCCATGATGAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTGCTTGCTGTTGGGGAAGAAGGGTCACGGCCTTCCCTCCATGATGAAG  800

seq1  AGGCTCCTCTCCTTGGTGACCAATCAGTAGCTT--GTGAGGTGACATTTT  846
      |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  AGGCTCCTCTCCTTGGTGACCAATCAGTAGCTTTGTTGAGGTGACATTTT  850

seq1  GAGACTGTGAGAACACCTTCCC-TTCAATGTGTGATCTGATTAGTAGCTG  895
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAGACTGTGAGAACACCTTCCCTTTCAATGTGTGATCTGAATAGTAGCTG  900

seq1  AGAAGG-AAAGATGAGGAGAGCTTCCTAG-ATGTGCGGGCCGGGAGGTCT  943
      |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  AGAAGGAAAAGATGAGGAGAGCTTCCTAGAATGTGCTGGCCGGGAGGTCT  950

seq1  TGGCTCTGCCAATTACCACAAGCTTCCAGCACCAGCACAC--ACACATAG  991
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||
seq2  TGGCTCTGTCAATTACCACAAGCTTCCTGCACCAGCACACCACCACATAG  1000

seq1  AG--CCACAAG-CCAGGTCCTGGGGTT-GGCGAGTTTAAAAAATGGAAAT  1037
      ||  |||| || ||||||||||||||| | |||||||||||| ||  || 
seq2  AGGCCCACTAGCCCAGGTCCTGGGGTTCGCCGAGTTTAAAAATTGATAAG  1050

seq1  GCCTAGCCA-TCAA-CTTG--ATTAACAGA  1063
       |||||||| |||| ||||   ||||||||
seq2  CCCTAGCCATTCAACCTTGGATTTAACAGA  1080