BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335K20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 30,408,054 - 30,541,426
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyt1l
Upstream geneTtc15, Tssc1, 4833405L11Rik, LOC629608, LOC100043496
Downstream genePxdn, Tpo, Sntg2, Tmem18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335K20.bB6Ng01-335K20.g
ACCGA120827GA120828
length1,135854
definitionB6Ng01-335K20.b B6Ng01-335K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,408,054 - 30,409,188)(30,540,573 - 30,541,426)
sequence
gaattcaccctgaggacacagtaaggcaggtgagttactgactgtggaag
gaaacagatacaggtgagaagcatggtctattgcaagcatggctcaccaa
ccagcagtgtcctctctattagtactctggggtgttccctagcatctaca
cgttgtccaatagggctgtgcaaggcatgggttgataggtatgctcagaa
ggtgcactctccattctctagagtagaaactaatagtaggtacagcatcc
ttagacatccatagagccacattcatttgttcaggaatttggggatagga
atggctagcacacttgaaagtctttccctctgggacctgaaaacaatgaa
aatatatattatattgtctaaaatcagtgttctgttattcattgcaatgg
gctatcagaagtcatagtttgtgcatctggtgctagactctttcaagttt
ggggactcataggagtgtgtcctgggtcccaggcagggtaagtccatcag
gtgagcagaaggaagaaaaagaatacagctcgtgctttctctctcgggtg
agagtctgtggagggctgcagcctccctccgggctcatccatctgtgaat
aatcgtgtttggcagctgatacatgctggctcctcaggagcagagcgcgc
cagcaggagcgctgagttcctggcttgggttgttgcaagaggtggtttcc
tgactgttgccatgctaacaaaggtgctaaaatagctgtttcaaagacac
ttaaaactgaatagcctagatatgtctcccactcaaacagtcttctattg
gagtggtggctcgcgtgtggctgtgactttccacggagaccaccccgcag
tgctcatgcagccactttaatgggctgtccctccgccagggaactccata
gtcagtctacagttctgatgtttctttatcacataacacataccctgatc
ctgtttaagccacagatttacaaaccacactgcccaatgtacaaatagcc
aggagccaatttaaacccagaatatctgcccatctctctgaatttcagtc
atatgctcagtgtgctgtagcagaataccgctctgtgtgcacgtgcgtgt
gaccaccccagcctcatgttatgcaggtgcacatt

gaattcctcatcaagagattcaaaggaatgctgccccatcctgatgtgct
ggccaagatccaagtgcagttggttacattttgatcatgagggaaatgtg
ggttgaagccatagcaaaaagacgcctgagcaaagtgtgctggattgttg
ctcctaagggtgttgctttgagctgctaaagctatttgtccatcaggcac
tgatttaaatgctgctagaccgtaaggcaagaggaagccctcgagctgct
cacagtttgtgaagacaacggcaaggcaagagtcctgcaattggcaggaa
ggctagttcaggacgtcaacggcaaggcaagagtcctgtgtgcgacagga
gggctagttcaggaagtcactgaacatgagcaggtggtctatggcactag
ggccctggacagggagcctgaaaaaaatgacatgggtgtcaaacagaagg
ctatgctcaggtcacccctagactatggtcatggggctgggggtggggca
gcatcttcctagccatgcagaggacagaatggtagggaaggtcagggaag
caagggttgtcatttgaagggtaactgctgtcatcacgctgtgcggtcaa
gtttggccttttgtccttatagacacctaagagtccacactgagtggagt
gggtaaggtttcaatgttctttttatcatttcactggctccttctgtagc
ctgcttgaaaatgagtggtgtacactcagttacaaaggagaacagtctca
ttctgctgctgctggctctgggctcgtacagatgccagacttatgtttcc
aagttctaacagagagcagagggaactatggctagtgtgtgtgtgtgtga
gtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_30408054_30409188
seq2: B6Ng01-335K20.b_49_1183

seq1  GAATTCACCCTGAGGACACAGTAAGGCAGGTGAGTTACTGACTGTGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCTGAGGACACAGTAAGGCAGGTGAGTTACTGACTGTGGAAG  50

seq1  GAAACAGATACAGGTGAGAAGCATGGTCTATTGCAAGCATGGCTCACCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGATACAGGTGAGAAGCATGGTCTATTGCAAGCATGGCTCACCAA  100

seq1  CCAGCAGTGTCCTCTCTATTAGTACTCTGGGGTGTTCCCTAGCATCTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGTGTCCTCTCTATTAGTACTCTGGGGTGTTCCCTAGCATCTACA  150

seq1  CGTTGTCCAATAGGGCTGTGCAAGGCATGGGTTGATAGGTATGCTCAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGTCCAATAGGGCTGTGCAAGGCATGGGTTGATAGGTATGCTCAGAA  200

seq1  GGTGCACTCTCCATTCTCTAGAGTAGAAACTAATAGTAGGTACAGCATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCACTCTCCATTCTCTAGAGTAGAAACTAATAGTAGGTACAGCATCC  250

seq1  TTAGACATCCATAGAGCCACATTCATTTGTTCAGGAATTTGGGGATAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACATCCATAGAGCCACATTCATTTGTTCAGGAATTTGGGGATAGGA  300

seq1  ATGGCTAGCACACTTGAAAGTCTTTCCCTCTGGGACCTGAAAACAATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTAGCACACTTGAAAGTCTTTCCCTCTGGGACCTGAAAACAATGAA  350

seq1  AATATATATTATATTGTCTAAAATCAGTGTTCTGTTATTCATTGCAATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATTATATTGTCTAAAATCAGTGTTCTGTTATTCATTGCAATGG  400

seq1  GCTATCAGAAGTCATAGTTTGTGCATCTGGTGCTAGACTCTTTCAAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCAGAAGTCATAGTTTGTGCATCTGGTGCTAGACTCTTTCAAGTTT  450

seq1  GGGGACTCATAGGAGTGTGTCCTGGGTCCCAGGCAGGGTAAGTCCATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTCATAGGAGTGTGTCCTGGGTCCCAGGCAGGGTAAGTCCATCAG  500

seq1  GTGAGCAGAAGGAAGAAAAAGAATACAGCTCGTGCTTTCTCTCTCGGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCAGAAGGAAGAAAAAGAATACAGCTCGTGCTTTCTCTCTCGGGTG  550

seq1  AGAGTCTGTGGAGGGCTGCAGCCTCCCTCCGGGCTCATCCATCTGTGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTGTGGAGGGCTGCAGCCTCCCTCCGGGCTCATCCATCTGTGAAT  600

seq1  AATCGTGTTTGGCAGCTGATACATGCTGGCTCCTCAGGAGCAGAGCGCGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTGTTTGGCAGCTGATACATGCTGGCTCCTCAGGAGCAGAGCGCGC  650

seq1  CAGCAGGAGCGCTGAGTTCCTGGCTTGGGTTGTTGCAAGAGGTGGTTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGAGCGCTGAGTTCCTGGCTTGGGTTGTTGCAAGAGGTGGTTTCC  700

seq1  TGACTGTTGCCATGCTAACAAAGGTGCTAAAATAGCTGTTTCAAAGACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTTGCCATGCTAACAAAGGTGCTAAAATAGCTGTTTCAAAGACAC  750

seq1  TTAAAACTGAATAGCCTAGATATGTCTCCCACTCAAACAGTCTTCTATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTGAATAGCCTAGATATGTCTCCCACTCAAACAGTCTTCTATTG  800

seq1  GAGTGGTGGCTCGCGTGTGGCTGTGACTTTCCACGGAGACCACCCCGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGTGGCTCGCGTGTGGCTGTGACTTTCCACGGAGACCACCCCGCAG  850

seq1  TGCTCATGCAGCCAC-TTAATGGGCTGTCCCTCCGCCAGGGAACTCCATA  899
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATGCAGCCACTTTAATGGGCTGTCCCTCCGCCAGGGAACTCCATA  900

seq1  GTCAGTCTACAGTTCTGATGTTTCTTTATCACATAACACATACCCTGATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTCTACAGTTCTGATGTTTCTTTATCACATAACACATACCCTGATC  950

seq1  CTGTTTAAGCCACAGATTTACAAACCACACTGCCAAATGTACAAATAGCC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGTTTAAGCCACAGATTTACAAACCACACTGCCCAATGTACAAATAGCC  1000

seq1  AGGAGCCAATTT-AACCCAGAATTATCTGCCCCATCTCTCTGAATTTCAG  1048
      |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCAATTTAAACCCAGAA-TATCTG-CCCATCTCTCTGAATTTCAG  1048

seq1  TCATATGCTCAGTGTGGCTGTTAGCAG-ATA-CGCTCTGTGTGCACGTGC  1096
      ||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  TCATATGCTCAGTGT-GCTG-TAGCAGAATACCGCTCTGTGTGCACGTGC  1096

seq1  GTGTGAGCA-CCCACGCTCATGCGTATGCAGGTGCACATT  1135
      |||||| || ||||  ||||||  ||||||||||||||||
seq2  GTGTGACCACCCCAGCCTCATG-TTATGCAGGTGCACATT  1135


seq1: chr12_30540573_30541426
seq2: B6Ng01-335K20.g_64_917 (reverse)

seq1  ACACTCACACACACACACACTAGCCATAGTTCCCTCTGCTCTCTGTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCACACACACACACACTAGCCATAGTTCCCTCTGCTCTCTGTTAGA  50

seq1  ACTTGGAAACATAAGTCTGGCATCTGTACGAGCCCAGAGCCAGCAGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAAACATAAGTCTGGCATCTGTACGAGCCCAGAGCCAGCAGCAGC  100

seq1  AGAATGAGACTGTTCTCCTTTGTAACTGAGTGTACACCACTCATTTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAGACTGTTCTCCTTTGTAACTGAGTGTACACCACTCATTTTCAA  150

seq1  GCAGGCTACAGAAGGAGCCAGTGAAATGATAAAAAGAACATTGAAACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTACAGAAGGAGCCAGTGAAATGATAAAAAGAACATTGAAACCTT  200

seq1  ACCCACTCCACTCAGTGTGGACTCTTAGGTGTCTATAAGGACAAAAGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTCCACTCAGTGTGGACTCTTAGGTGTCTATAAGGACAAAAGGCC  250

seq1  AAACTTGACCGCACAGCGTGATGACAGCAGTTACCCTTCAAATGACAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGACCGCACAGCGTGATGACAGCAGTTACCCTTCAAATGACAACC  300

seq1  CTTGCTTCCCTGACCTTCCCTACCATTCTGTCCTCTGCATGGCTAGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTCCCTGACCTTCCCTACCATTCTGTCCTCTGCATGGCTAGGAAG  350

seq1  ATGCTGCCCCACCCCCAGCCCCATGACCATAGTCTAGGGGTGACCTGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCCCCACCCCCAGCCCCATGACCATAGTCTAGGGGTGACCTGAGC  400

seq1  ATAGCCTTCTGTTTGACACCCATGTCATTTTTTTCAGGCTCCCTGTCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTTCTGTTTGACACCCATGTCATTTTTTTCAGGCTCCCTGTCCAG  450

seq1  GGCCCTAGTGCCATAGACCACCTGCTCATGTTCAGTGACTTCCTGAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTAGTGCCATAGACCACCTGCTCATGTTCAGTGACTTCCTGAACTA  500

seq1  GCCCTCCTGTCGCACACAGGACTCTTGCCTTGCCGTTGACGTCCTGAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCTGTCGCACACAGGACTCTTGCCTTGCCGTTGACGTCCTGAACT  550

seq1  AGCCTTCCTGCCAATTGCAGGACTCTTGCCTTGCCGTTGTCTTCACAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCCTGCCAATTGCAGGACTCTTGCCTTGCCGTTGTCTTCACAAAC  600

seq1  TGTGAGCAGCTCGAGGGCTTCCTCTTGCCTTACGGTCTAGCAGCATTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCAGCTCGAGGGCTTCCTCTTGCCTTACGGTCTAGCAGCATTTAA  650

seq1  ATCAGTGCCTGATGGACAAATAGCTTTAGCAGCTCAAAGCAACACCCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGCCTGATGGACAAATAGCTTTAGCAGCTCAAAGCAACACCCTTA  700

seq1  GGAGCAACAATCCAGCACACTTTGCTCAGGCGTCTTTTTGCTATGGCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAACAATCCAGCACACTTTGCTCAGGCGTCTTTTTGCTATGGCTTC  750

seq1  AACCCACATTTCCCTCATGATCAAAATGTAACCAACTGCACTTGGATCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACATTTCCCTCATGATCAAAATGTAACCAACTGCACTTGGATCTT  800

seq1  GGCCAGCACATCAGGATGGGGCAGCATTCCTTTGAATCTCTTGATGAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCACATCAGGATGGGGCAGCATTCCTTTGAATCTCTTGATGAGGA  850

seq1  ATTC  854
      ||||
seq2  ATTC  854


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |