BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336O22
Chromosome12 (Build37)
Map Location 91,028,626 - 91,148,705
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrxn3
Upstream geneLOC100039261, EG666915
Downstream geneLOC100039498, LOC100039287, Dio2, LOC100039295
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336O22.bB6Ng01-336O22.g
ACCGA121709GA121710
length1,1621,085
definitionB6Ng01-336O22.b B6Ng01-336O22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,147,537 - 91,148,705)(91,028,626 - 91,029,706)
sequence
gaattcaactcatcctttctgatgttgctggttaaaacaggtgtcttctg
cctaagtaccttccagagaggtggagagtacagctctgctagctttcgag
gaatcatcgtgtgccttggctgaaatgatctgtgttgctaagtttcagtt
ttgaagcaagcatccccatcctctacattatattgctcagctaagacatc
ttgcaaaggattctccacaggacatgctaggagtgtcatagtattccata
atttatttaaaagaaaaatagaggagtcagatggctaccttttagtgtgg
cctcagaatgttagcagggcaagcccattccagagaaggaagcaggctat
gctgctctaacctctcctggggaatgctgcatttgtttgcactcattgaa
gatgtagccaggaggaagaatagacagctcacagagagctctgaagattg
agccacctgtcaatttagtgtctctttcttgatctaggatggtggctgat
agacattgttagagcaaacgaagagctaggagtattatgcaggagcacag
ggtcattatcgagactacgtctacaaactgaaatgtgacttgtaaatcag
cctgctgaccctttaagcaggcacagaagcttattaagcaggaggctttg
agaggctgtccaacacttcatttgcattctgtgtaaatttgcagtttgac
tggcctagctatcagcccgtgacttttagctaaagattgtctgaccactg
tcaatgtgcctcttagaagacatggagccttgtccttaatcactcacaga
cttcaaatcgtgctacacaggctcttcttacagtcctctggccactcatc
ccaaagtgctagacatatactctaggattcagccaaattcatgaagtctg
gaatttgaatactattgcgtccttcctaaataaagcaaagagagggtacc
agtggttcagtgcaaagcatatcttaagggttttactttttatacgagct
ttatatgatttagatactaaataatgtgctcaagagaaacatgataacat
ttatatgaagtatgctccaccagtaaacaaatattagactcaaagtccag
agctattattgctgattggacagtcaagctgttattcattccttcaataa
catggtgtagaa

gaattcttaaaaactgtgatagaatgatgaagctagctctctgcaattga
tggcttctagtggggtgtgggagtggaggatgactcagttctatttaaga
ggaaggccactgagagtttgaccatagtccagtgaatatacaaaggctac
agatgaccttatattttacttttcttctttaaactttaaattgtgaggtg
tgtgtgcacaacgttgggggagcagacatgggaaatgtgtgtgaccaggg
cacatggtgtggaattaccaacagatcaataaaaatgttatgttggaaca
aagaaaagaaatcgctgcaaagtgagagtgatctcaggtgacaaaaggca
tagcaactgtggcaagaactaacatacagatggattttaagcctcctgtg
aaaccaaatagtagtgctgtcttctttcttgtcccttgtacatgaggcaa
agtgggttctaccatacctctccacttccaaacgatgggaatctagggct
gaatatcatgtcaggaagctcaggaccagtgaaaaaggggaaaggagaag
gaaaagataatcttgggtttcagggttgctgaggctgactgaagtgccca
tttacattacatccatttttttaaaaagatttatttaccttatgtatact
gtagctgtatactgtatgctgtacactgtagttgtctttagacataccag
aagagggcatcagatatcactagagatggttatgagccaccgtgtggtta
ctgggatttgaactcaaggaactctggaagagcagtcagtgctcttagcc
actgagccatctctctagcccaattgcattcattattaatgtaggtttaa
tatgattttatatatttctcggaccctttctatgtctctgtatctttgtg
tctttctctctgcttcttcccacccccgtttctctatatgtatgtatatc
tgtctctgtctctctttctttcacacatatacacacaatatacaggtaca
cacccttattcagagaatttgacttccttaaaggtaaaatatagcagttt
atgagttggatcatattaaaatacccataactttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_91147537_91148705
seq2: B6Ng01-336O22.b_46_1207 (reverse)

seq1  TTCTACA-CATGTTTATTGAGGGAATGAATAAACACTTGACTGTTCAAAT  49
      ||||||| |||| ||||||| |||||||||||   |||||||| || |||
seq2  TTCTACACCATG-TTATTGAAGGAATGAATAACAGCTTGACTG-TCCAAT  48

seq1  CAGCAATAATAGCTCTGGACCTTTGAGTCTTAAATATTTGTTTACTGGTG  99
      ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATAATAGCTCTGGA-CTTTGAGTCT--AATATTTGTTTACTGGTG  95

seq1  GAGCATTACTTCATATAAATGTATTCATGTTTCTCTTGAGCACCATTATT  149
      ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGCA-TACTTCATATAAATGTTATCATGTTTCTCTTGAGCA-CATTATT  143

seq1  TAGTATCTAAATCATATAAAGCTCGTATAAAAAGTAAAACCCTTAAGATA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATCTAAATCATATAAAGCTCGTATAAAAAGTAAAACCCTTAAGATA  193

seq1  TGCTTTGCACCTGAACCACTGGTACCCTCTCTTTGCTTTATTTAGGAAGG  249
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGCA-CTGAACCACTGGTACCCTCTCTTTGCTTTATTTAGGAAGG  242

seq1  ACGCAATAGTATTCAAATTCCAGACTTCATGAATTTGGCTGAATCCTAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCAATAGTATTCAAATTCCAGACTTCATGAATTTGGCTGAATCCTAGA  292

seq1  GTATATGTCTAGCACTTTGGGATGAGTGGCCAGAGGACTGTAAGAAGAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTCTAGCACTTTGGGATGAGTGGCCAGAGGACTGTAAGAAGAGC  342

seq1  CTGTGTAGCACGATTTGAAGTCTGTGAGTGATTAAGGACAAGGCTCCATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAGCACGATTTGAAGTCTGTGAGTGATTAAGGACAAGGCTCCATG  392

seq1  TCTTCTAAGAGGCACATTGACAGTGGTCAGACAATCTTTAGCTAAAAGTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTAAGAGGCACATTGACAGTGGTCAGACAATCTTTAGCTAAAAGTC  442

seq1  ACGGGCTGATAGCTAGGCCAGTCAAACTGCAAATTTACACAGAATGCAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCTGATAGCTAGGCCAGTCAAACTGCAAATTTACACAGAATGCAAA  492

seq1  TGAAGTGTTGGACAGCCTCTCAAAGCCTCCTGCTTAATAAGCTTCTGTGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGTTGGACAGCCTCTCAAAGCCTCCTGCTTAATAAGCTTCTGTGC  542

seq1  CTGCTTAAAGGGTCAGCAGGCTGATTTACAAGTCACATTTCAGTTTGTAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTAAAGGGTCAGCAGGCTGATTTACAAGTCACATTTCAGTTTGTAG  592

seq1  ACGTAGTCTCGATAATGACCCTGTGCTCCTGCATAATACTCCTAGCTCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGTCTCGATAATGACCCTGTGCTCCTGCATAATACTCCTAGCTCTT  642

seq1  CGTTTGCTCTAACAATGTCTATCAGCCACCATCCTAGATCAAGAAAGAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGCTCTAACAATGTCTATCAGCCACCATCCTAGATCAAGAAAGAGA  692

seq1  CACTAAATTGACAGGTGGCTCAATCTTCAGAGCTCTCTGTGAGCTGTCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAATTGACAGGTGGCTCAATCTTCAGAGCTCTCTGTGAGCTGTCTA  742

seq1  TTCTTCCTCCTGGCTACATCTTCAATGAGTGCAAACAAATGCAGCATTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTCCTGGCTACATCTTCAATGAGTGCAAACAAATGCAGCATTCC  792

seq1  CCAGGAGAGGTTAGAGCAGCATAGCCTGCTTCCTTCTCTGGAATGGGCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGAGGTTAGAGCAGCATAGCCTGCTTCCTTCTCTGGAATGGGCTT  842

seq1  GCCCTGCTAACATTCTGAGGCCACACTAAAAGGTAGCCATCTGACTCCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCTAACATTCTGAGGCCACACTAAAAGGTAGCCATCTGACTCCTC  892

seq1  TATTTTTCTTTTAAATAAATTATGGAATACTATGACACTCCTAGCATGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTCTTTTAAATAAATTATGGAATACTATGACACTCCTAGCATGTC  942

seq1  CTGTGGAGAATCCTTTGCAAGATGTCTTAGCTGAGCAATATAATGTAGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAGAATCCTTTGCAAGATGTCTTAGCTGAGCAATATAATGTAGAG  992

seq1  GATGGGGATGCTTGCTTCAAAACTGAAACTTAGCAACACAGATCATTTCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGATGCTTGCTTCAAAACTGAAACTTAGCAACACAGATCATTTCA  1042

seq1  GCCAAGGCACACGATGATTCCTCGAAAGCTAGCAGAGCTGTACTCTCCAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCACACGATGATTCCTCGAAAGCTAGCAGAGCTGTACTCTCCAC  1092

seq1  CTCTCTGGAAGGTACTTAGGCAGAAGACACCTGTTTTAACCAGCAACATC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGGAAGGTACTTAGGCAGAAGACACCTGTTTTAACCAGCAACATC  1142

seq1  AGAAAGGATGAGTTGAATTC  1169
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGATGAGTTGAATTC  1162


seq1: chr12_91028626_91029706
seq2: B6Ng01-336O22.g_66_1150

seq1  GAATTCTTAAAAACTGTGATAGAATGATGAAGCTAGCTCTCTGCAATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAAAACTGTGATAGAATGATGAAGCTAGCTCTCTGCAATTGA  50

seq1  TGGCTTCTAGTGGGGTGTGGGAGTGGAGGATGACTCAGTTCTATTTAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTAGTGGGGTGTGGGAGTGGAGGATGACTCAGTTCTATTTAAGA  100

seq1  GGAAGGCCACTGAGAGTTTGACCATAGTCCAGTGAATATACAAAGGCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCCACTGAGAGTTTGACCATAGTCCAGTGAATATACAAAGGCTAC  150

seq1  AGATGACCTTATATTTTACTTTTCTTCTTTAAACTTTAAATTGTGAGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACCTTATATTTTACTTTTCTTCTTTAAACTTTAAATTGTGAGGTG  200

seq1  TGTGTGCACAACGTTGGGGGAGCAGACATGGGAAATGTGTGTGACCAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCACAACGTTGGGGGAGCAGACATGGGAAATGTGTGTGACCAGGG  250

seq1  CACATGGTGTGGAATTACCAACAGATCAATAAAAATGTTATGTTGGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTGTGGAATTACCAACAGATCAATAAAAATGTTATGTTGGAACA  300

seq1  AAGAAAAGAAATCGCTGCAAAGTGAGAGTGATCTCAGGTGACAAAAGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGAAATCGCTGCAAAGTGAGAGTGATCTCAGGTGACAAAAGGCA  350

seq1  TAGCAACTGTGGCAAGAACTAACATACAGATGGATTTTAAGCCTCCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAACTGTGGCAAGAACTAACATACAGATGGATTTTAAGCCTCCTGTG  400

seq1  AAACCAAATAGTAGTGCTGTCTTCTTTCTTGTCCCTTGTACATGAGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAATAGTAGTGCTGTCTTCTTTCTTGTCCCTTGTACATGAGGCAA  450

seq1  AGTGGGTTCTACCATACCTCTCCACTTCCAAACGATGGGAATCTAGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTTCTACCATACCTCTCCACTTCCAAACGATGGGAATCTAGGGCT  500

seq1  GAATATCATGTCAGGAAGCTCAGGACCAGTGAAAAAGGGGAAAGGAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCATGTCAGGAAGCTCAGGACCAGTGAAAAAGGGGAAAGGAGAAG  550

seq1  GAAAAGATAATCTTGGGTTTCAGGGTTGCTGAGGCTGACTGAAGTGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGATAATCTTGGGTTTCAGGGTTGCTGAGGCTGACTGAAGTGCCCA  600

seq1  TTTACATTACATCCATTTTTTTAAAAAGATTTATTTACCTTATGTATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTACATCCATTTTTTTAAAAAGATTTATTTACCTTATGTATACT  650

seq1  GTAGCTGTATACTGTATGCTGTACACTGTAGTTGTCTTTAGACATACCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGTATACTGTATGCTGTACACTGTAGTTGTCTTTAGACATACCAG  700

seq1  AAGAGGGCATCAGATATCACTAGAGATGGTTATGAGCCACCGTGTGGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGCATCAGATATCACTAGAGATGGTTATGAGCCACCGTGTGGTTA  750

seq1  CTGGGATTTGAACTC-AGGAACTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAGCC  799
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTTGAACTCAAGGAACTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAGCC  800

seq1  ACTGAGCCATCTCTCTAGCCCAATTGCATTCATTATTAATGTAGGTTTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCATCTCTCTAGCCCAATTGCATTCATTATTAATGTAGGTTTAA  850

seq1  TATGATTTTATATATTTCTCGGACCCTTTCTATGTCTCTGTATCTTTGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTTTATATATTTCTCGGACCCTTTCTATGTCTCTGTATCTTTGTG  900

seq1  TCTTTCTCTCTGCTTCTTCCCA-CCCCGTTTCTCTATATGTATGTATATC  948
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCTCTGCTTCTTCCCACCCCCGTTTCTCTATATGTATGTATATC  950

seq1  TGTCTCTGTCTCTCTTTCTTTCACACATATACACACAAATATACAAGTAC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TGTCTCTGTCTCTCTTTCTTTCACACATATACACAC-AATATACAGGTAC  999

seq1  ACACCCTTATCAGGAGAAATTGACTTCC-TAAAGGGAAAATATAGCAGTT  1047
      ||||||||||   ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  ACACCCTTATTCAGAGAATTTGACTTCCTTAAAGGTAAAATATAGCAGTT  1049

seq1  TATGAGTTTGATCATA-TAAAATA-CCATAATTTTT  1081
      |||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||
seq2  TATGAGTTGGATCATATTAAAATACCCATAACTTTT  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |