BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337I24
Chromosome12 (Build37)
Map Location 97,381,675 - 97,542,761
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039664
Upstream geneLOC667688, Flrt2, 1700019M22Rik
Downstream geneEG628277
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337I24.bB6Ng01-337I24.g
ACCGA122149GA122150
length1,0231,108
definitionB6Ng01-337I24.b B6Ng01-337I24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,381,675 - 97,382,686)(97,541,653 - 97,542,761)
sequence
gaattcaggtcatcttgcttgtggagcaagcactcttacaggctgcactt
tattcaacttgtttctccttttccatgcccatctttacattgatatgagc
atctcctcaggatttgcttctccttgtgaaccagatttagatgatctgac
atagtccttatacctgggagtgtaattaagtgagactctggagattttga
agtgggatacctatattttactcatcaagaatatgaataagtttcaacca
ggacggagactgcagtgggttaagtgggccacaaatcaattattattccc
ttccacaaagaattaaggtttaattcttctcctgtttaatatggattggc
tctgtggtagcttcataatgacctggtaatgaaaatgatgagtctttcta
ttgcattcatgtgaccagccacaaaattccttgatgttaggggaagtaat
ctgtctgaggttgctccttttgggggatggggctttagtatagaggttca
catatgagaaggagagtgcttttgcctaataattttatcagatgtttact
acatatatttaaaaacatctgccaagttctgggtatttttttgtaattta
aaaattcatattctcatgctcttaattctcatatgtgatgtctgtaaact
gaaagttagaaaaggtagctaaatattcacattaacaactgagaattcac
tttattgtactaacaagaattttataatatgaatttggctcattgtataa
tcatatgtaaatacacaaaggtttatgttaaatcaagggttagagacaag
gaagggaacaccagttctttttataactactacgaaaatagcacaaatgt
ctatctcgtaatatgtaaaggaaatggttccaaacctgggtataggaaac
tattcatttgatgacttatattgtgggatgcctggttatttataaacaat
gtaaaatgcccaatagaagtccagtttctcatttgatactgaccgtagat
ccatgggtaccatggtttgcttt

gaattctgaatggaacaaaccattcaggttagcagacagaaaagtgagga
ggacagattgacatactagcccattacatgttggattaatacattaactt
aaaaaaaagccattctataaccttaaaaggctggttttccaatgttaaaa
aaatagccaaatcaaataagtagtatgagaatgtaatcctatttttcatt
tatgaccattattattagggtcatttaaaacaattttaaaattagttcat
tttcaccttagattcagaaagctttatataaccatcaataaaataatatc
acaaaaacatcaatgacaataacaataatactactaccaacaatactact
aataattctaaaatatagttagacgttttctaggctgaaaatctagctgt
gaaatctatatctctgacattaatggagatgtttatatgttcgtttgata
ggatcccctttctcccatcattttaattttgcttttctttattctccgtc
ctgtccccatacaattttgagcccctcacgagcatcatcctatcttttct
tatgacagtgtctcagctatgtcaacagcaattactactaaccaggaata
cctggttaaaggtttttaaatccctgtacaaataaacaaaatgtgacaag
gggacttctgtttcaagaagtccactcattgttttaatagccctgaaatg
caatttaacaaatgactaattcataataacaacttaaggttacctaagac
cttaaaatgtgtaaagtgctcttgtacagatgacggtgtctgatctttgt
taccatcactgaaaaccattgaaataaaagtggtttatttagacaaagac
attagaacacttaacaaaattttaaagttagtatttaaagttcaaaactg
atattttacatttatcaatttctctttttagaaaagctatgtttactaat
gtcacactctgggagaagtactttgtatgctacttttatttatctcttcc
tttgaatagctactctaatattgtaacctttctgttcattgaatatgtct
atatgtgaacataccttatggttgatggagaaattatttcttctttaaac
acactgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_97381675_97382686
seq2: B6Ng01-337I24.b_48_1070

seq1  GAATTCAGGTCATCTTGCTTGTGGAGCAAGCACTCTTACAGGCTGCACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCATCTTGCTTGTGGAGCAAGCACTCTTACAGGCTGCACTT  50

seq1  TATTCAACTTGTTTCTCCTTTTCCATGCCCATCTTTACATTGATATGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAACTTGTTTCTCCTTTTCCATGCCCATCTTTACATTGATATGAGC  100

seq1  ATCTCCTCAGGATTTGCTTCTCCTTGTGAACCAGATTTAGATGATCTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTCAGGATTTGCTTCTCCTTGTGAACCAGATTTAGATGATCTGAC  150

seq1  ATAGTCCTTATACCTGGGAGTGTAATTAAGTGAGACTCTGGAGATTTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCCTTATACCTGGGAGTGTAATTAAGTGAGACTCTGGAGATTTTGA  200

seq1  AGTGGGATACCTATATTTTACTCATCAAGAATATGAATAAGTTTCAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGATACCTATATTTTACTCATCAAGAATATGAATAAGTTTCAACCA  250

seq1  GGACGGAGACTGCAGTGGGTTAAGTGGGCCACAAATCAATTATTATTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGGAGACTGCAGTGGGTTAAGTGGGCCACAAATCAATTATTATTCCC  300

seq1  TTCCACAAAGAATTAAGGTTTAATTCTTCTCCTGTTTAATATGGATTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACAAAGAATTAAGGTTTAATTCTTCTCCTGTTTAATATGGATTGGC  350

seq1  TCTGTGGTAGCTTCATAATGACCTGGTAATGAAAATGATGAGTCTTTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTAGCTTCATAATGACCTGGTAATGAAAATGATGAGTCTTTCTA  400

seq1  TTGCATTCATGTGACCAGCCACAAAATTCCTTGATGTTAGGGGAAGTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTCATGTGACCAGCCACAAAATTCCTTGATGTTAGGGGAAGTAAT  450

seq1  CTGTCTGAGGTTGCTCCTTTTGGGGGATGGGGCTTTAGTATAGAGGTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGAGGTTGCTCCTTTTGGGGGATGGGGCTTTAGTATAGAGGTTCA  500

seq1  CATATGAGAAGGAGAGTGCTTTTGCCTAATAATTTTATCAGATGTTTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAGAAGGAGAGTGCTTTTGCCTAATAATTTTATCAGATGTTTACT  550

seq1  ACATATATTTAAAAACATCTGCCAAGTTCTGGGTATTTTTTTGTAATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATTTAAAAACATCTGCCAAGTTCTGGGTATTTTTTTGTAATTTA  600

seq1  AAAATTCATATTCTCATGCTCTTAATTCTCATATGTGATGTCTGTAAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCATATTCTCATGCTCTTAATTCTCATATGTGATGTCTGTAAACT  650

seq1  GAAAGTTAGAAAAGGTAGCTAAATATTCACATTAACAACTGAGAATTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTAGAAAAGGTAGCTAAATATTCACATTAACAACTGAGAATTCAC  700

seq1  TTTATTGTACTAACAAGAATTTTATAATATGAATTTGGCTCATTGTATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTACTAACAAGAATTTTATAATATGAATTTGGCTCATTGTATAA  750

seq1  TCATATGTAAATACACAAAGG-TTATGTTAAATCAA-GGTTAGAGACAAG  798
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCATATGTAAATACACAAAGGTTTATGTTAAATCAAGGGTTAGAGACAAG  800

seq1  GAAGGGAACACCAGTTC-TTTTATAACTACTACGAAAATAGCACAAATGT  847
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAACACCAGTTCTTTTTATAACTACTACGAAAATAGCACAAATGT  850

seq1  CTATCTCGTAATATGTAAAGGAAATGGTT-CAAACCT-GGTATAGGAAAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  CTATCTCGTAATATGTAAAGGAAATGGTTCCAAACCTGGGTATAGGAAAC  900

seq1  TATTCATTTGATGACTTATATTGTGGGATGCCTGGTTATTTATAAACAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATTTGATGACTTATATTGTGGGATGCCTGGTTATTTATAAACAAT  950

seq1  GTAAAATGCCCAACAGAAGT-CAG-TTCTCATTTGATACTGACAGTAGAT  993
      ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTAAAATGCCCAATAGAAGTCCAGTTTCTCATTTGATACTGACCGTAGAT  1000

seq1  -CAT-GGTA-CATGG-TTGCTTT  1012
       ||| |||| ||||| |||||||
seq2  CCATGGGTACCATGGTTTGCTTT  1023


seq1: chr12_97541653_97542761
seq2: B6Ng01-337I24.g_67_1174 (reverse)

seq1  CACAGT-TGTTTAAAGAAG-AATAATTTCT-CATTAAACATAAGGGTTAT  47
      |||||| |||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||  |||
seq2  CACAGTGTGTTTAAAGAAGAAATAATTTCTCCATCAACCATAAGG--TAT  48

seq1  GTTTTCACATATAGACATAATTCAAATGAACAGAAA-GTTACAAATTATA  96
      |  ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||  ||| 
seq2  G--TTCACATATAGACAT-ATTC-AATGAACAGAAAGGTTACAA--TATT  92

seq1  AGAGTAGCTATTCAAAGGAAGAGATAAAATAAAAGTAGCATTACAAAGTA  146
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  AGAGTAGCTATTCAAAGGAAGAGAT-AAATAAAAGTAGCA-TACAAAGTA  140

seq1  C-TCT-CCAGAGTGTGACATTAGTAAACATAGC-TTTCTAAAAAGAGAAA  193
      | ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCCAGAGTGTGACATTAGTAAACATAGCTTTTCTAAAAAGAGAAA  190

seq1  TTGATAAATGTAAAATATCAGTTTTGAACTTTAAATACTAACTT--AAAA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| 
seq2  TTGATAAATGTAAAATATCAGTTTTGAACTTTAAATACTAACTTTAAAAT  240

seq1  TTTGTTAAGTGTTCTAATGTCTTTGTCTAAATAAACCACTTTTATTTCAA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAAGTGTTCTAATGTCTTTGTCTAAATAAACCACTTTTATTTCAA  290

seq1  TGGTTTTCAGTGATGGTAACAAAGATCAGACACCGTCATCTGTACAAGAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTCAGTGATGGTAACAAAGATCAGACACCGTCATCTGTACAAGAG  340

seq1  CACTTTACACATTTTAAGGTCTTAGGTAACCTTAAGTTGTTATTATGAAT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTACACATTTTAAGGTCTTAGGTAACCTTAAGTTGTTATTATGAAT  390

seq1  TAGTCATTTGTTAAATTGCATTTCAGGGCTATTAAAACAATGAGTGGACT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATTTGTTAAATTGCATTTCAGGGCTATTAAAACAATGAGTGGACT  440

seq1  TCTTGAAACAGAAGTCCCCTTGTCACATTTTGTTTATTTGTACAGGGATT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAACAGAAGTCCCCTTGTCACATTTTGTTTATTTGTACAGGGATT  490

seq1  TAAAAACCTTTAACCAGGTATTCCTGGTTAGTAGTAATTGCTGTTGACAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACCTTTAACCAGGTATTCCTGGTTAGTAGTAATTGCTGTTGACAT  540

seq1  AGCTGAGACACTGTCATAAGAAAAGATAGGATGATGCTCGTGAGGGGCTC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGACACTGTCATAAGAAAAGATAGGATGATGCTCGTGAGGGGCTC  590

seq1  AAAATTGTATGGGGACAGGACGGAGAATAAAGAAAAGCAAAATTAAAATG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTATGGGGACAGGACGGAGAATAAAGAAAAGCAAAATTAAAATG  640

seq1  ATGGGAGAAAGGGGATCCTATCAAACGAACATATAAACATCTCCATTAAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGAAAGGGGATCCTATCAAACGAACATATAAACATCTCCATTAAT  690

seq1  GTCAGAGATATAGATTTCACAGCTAGATTTTCAGCCTAGAAAACGTCTAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGATATAGATTTCACAGCTAGATTTTCAGCCTAGAAAACGTCTAA  740

seq1  CTATATTTTAGAATTATTAGTAGTATTGTTGGTAGTAGTATTATTGTTAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTTTAGAATTATTAGTAGTATTGTTGGTAGTAGTATTATTGTTAT  790

seq1  TGTCATTGATGTTTTTGTGATATTATTTTATTGATGGTTATATAAAGCTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTGATGTTTTTGTGATATTATTTTATTGATGGTTATATAAAGCTT  840

seq1  TCTGAATCTAAGGTGAAAATGAACTAATTTTAAAATTGTTTTAAATGACC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATCTAAGGTGAAAATGAACTAATTTTAAAATTGTTTTAAATGACC  890

seq1  CTAATAATAATGGTCATAAATGAAAAATAGGATTACATTCTCATACTACT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAATAATGGTCATAAATGAAAAATAGGATTACATTCTCATACTACT  940

seq1  TATTTGATTTGGCTATTTTTTTAACATTGGAAAACCAGCCTTTTAAGGTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGATTTGGCTATTTTTTTAACATTGGAAAACCAGCCTTTTAAGGTT  990

seq1  ATAGAATGGCTTTTTTTTAAGTTAATGTATTAATCCAACATGTAATGGGC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATGGCTTTTTTTTAAGTTAATGTATTAATCCAACATGTAATGGGC  1040

seq1  TAGTATGTCAATCTGTCCTCCTCACTTTTCTGTCTGCTAACCTGAATGGT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGTCAATCTGTCCTCCTCACTTTTCTGTCTGCTAACCTGAATGGT  1090

seq1  TTGTTCCATTCAGAATTC  1109
      ||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCATTCAGAATTC  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |