BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338C03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 76,300,606 - 76,423,031
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRhoj
Upstream geneSyt16, 1700086L19Rik, Dbpht2, LOC671971, Kcnh5
Downstream geneGphb5, Ppp2r5e, Wdr89, LOC665931, Sgpp1, Syne2, Esr2, LOC665957, Tex21, Mthfd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338C03.bB6Ng01-338C03.g
ACCGA122528GA122529
length1,0861,141
definitionB6Ng01-338C03.b B6Ng01-338C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,300,606 - 76,301,690)(76,421,886 - 76,423,031)
sequence
gaattcacagtctattgcttgctcactaagtagccacagacacagtcctc
atctataaaattaaaataatagcactggggggtcgggaaagtgcctcatt
cagtaaagcataaaggcagacatcccaaacccagtacacacataaaaata
tagacatggctatgtgttacatggctatgtaactctccagcccatatatg
ctccggcaatgaaaacacaactcaattaatatgaatacaacctgtacgcc
tagattgggcagatctaccactacactgccatttttcccatctatgagac
cccttagaacttgtggtttctccaggtcatgtacttctgctctgctttcc
ttccacctcctcctcctccatccactctctctcccatcctccttcttctc
tctcccactcctccttcttctctctccccctcctccttcttctctctccc
aactttcagctccaccttccctttttctgctcaaccacctgctctagcct
ttattttaccacttaaggtttgaagaaagtttacaggaaatcagctgagt
gctaattcgttccttgttcgagatccctccctggggaatagaattagcat
caaattacaaatagccccagggctagccacaacagttatgcacgcctata
atgccagcattagggaggcggagacaggacaatccttgaggctttctagc
cagatactctaggtgatttggtgagggccaaattccatgagagccccagt
ttaaaaatcaataataatagggtggagatcaattgatgaagacacctgct
ggtaacctctggcctccatactcatgcatatgtgcacatgtacaagcaga
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gatagatagataggtagatagatagataggtagataggtagataggtaga
tgtatattctgctacacacacccccccacactagccctcacctgccacca
gcggcctcttgaatctaggaattcttcatcatgatcttggaagggaagct
ggtaaccgaaggttgggtttctacatatgaaccata
gaattcattttgtttgggcgaagaagcatttaggattcttaacgtgagct
aatccaatataagcagagggagggagtcttgaggagagagagcagcctcc
tttccctgtcataactcttgctttgacaagagcagattgccctgtgattt
gagtagatgcggggctgcatcgcacaccttgcaagcacaccggctgaaaa
ctgttacactcttaccagttgaggagctgcgtgttctaaatgtcactcac
agttctcaggaggcctaccgtgctgcacttaaggagagaacttgcttgtt
atgtttcttcttaattagcctcgtgacttgaaaggaaagttatacgccac
attctttaacaaatcgctttccatccatccctttcagatatagtatcgga
aggacagagattaaaaacaaagcctgattacagctaggaaagccacctta
tgcctagttaaagcactcagaactcacaggtttgatgttggactggaaca
aaccattttccatcccctcatgtcctgcccctggaaaacgactttttttt
ctttagccattgtttttgcggtcatgatagttagggtatatcttctcagg
gtgtagagtgagaggataaagtcactatagaagattatcttgattgttca
cacagggtggtgcattgagtgcagtgcctaggttaagacgtttctcacta
agattcttgctcattcccaggctctgggaacagaagaacagagcggaaag
aacccagcctcctgcaggtctgtcttctacaaggagagactggtgataga
ataaagggaataaataatataaaaaagcccaggagtaaacatgcagggga
atacagcctcatcggggtgctgcgccttgtggaggaggtaacagtcggag
agatccgaatcctaattctgccatttcctagccacatgatgtgggacgaa
tgatttccctttgagcctccagtttcttgtccacaaactaaagacaccta
ctgcctagatataacagcagacagccaaggcaacacaggcctgacccagg
gaaagaactctgctattcagtaattgcaaattatacttcatactgactta
tggccacaagtgtctgttcatcaatgggagtcttctgcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_76300606_76301690
seq2: B6Ng01-338C03.b_47_1132

seq1  GAATTCACAGTCTATTGCTTGCTCACTAAGTAGCCACAGACACAGTCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTCTATTGCTTGCTCACTAAGTAGCCACAGACACAGTCCTC  50

seq1  ATCTATAAAATTAAAATAATAGCACTGGGGGGTCGGGAAAGTGCCTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAAAATTAAAATAATAGCACTGGGGGGTCGGGAAAGTGCCTCATT  100

seq1  CAGTAAAGCATAAAGGCAGACATCCCAAACCCAGTACACACATAAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGCATAAAGGCAGACATCCCAAACCCAGTACACACATAAAAATA  150

seq1  TAGACATGGCTATGTGTTACATGGCTATGTAACTCTCCAGCCCATATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATGGCTATGTGTTACATGGCTATGTAACTCTCCAGCCCATATATG  200

seq1  CTCCGGCAATGAAAACACAACTCAATTAATATGAATACAACCTGTACGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGGCAATGAAAACACAACTCAATTAATATGAATACAACCTGTACGCC  250

seq1  TAGATTGGGCAGATCTACCACTACACTGCCATTTTTCCCATCTATGAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGGGCAGATCTACCACTACACTGCCATTTTTCCCATCTATGAGAC  300

seq1  CCCTTAGAACTTGTGGTTTCTCCAGGTCATGTACTTCTGCTCTGCTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGAACTTGTGGTTTCTCCAGGTCATGTACTTCTGCTCTGCTTTCC  350

seq1  TTCCACCTCCTCCTCCTCCATCCACTCTCTCTCCCATCCTCCTTCTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCTCCTCCTCCTCCATCCACTCTCTCTCCCATCCTCCTTCTTCTC  400

seq1  TCTCCCACTCCTCCTTCTTCTCTCTCCCCCTCCTCCTTCTTCTCTCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACTCCTCCTTCTTCTCTCTCCCCCTCCTCCTTCTTCTCTCTCCC  450

seq1  AACTTTCAGCTCCACCTTCCCTTTTTCTGCTCAACCACCTGCTCTAGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCAGCTCCACCTTCCCTTTTTCTGCTCAACCACCTGCTCTAGCCT  500

seq1  TTATTTTACCACTTAAGGTTTGAAGAAAGTTTACAGGAAATCAGCTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTACCACTTAAGGTTTGAAGAAAGTTTACAGGAAATCAGCTGAGT  550

seq1  GCTAATTCGTTCCTTGTTCGAGATCCCTCCCTGGGGAATAGAATTAGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATTCGTTCCTTGTTCGAGATCCCTCCCTGGGGAATAGAATTAGCAT  600

seq1  CAAATTACAAATAGCCCCAGGGCTAGCCACAACAGTTATGCACGCCTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTACAAATAGCCCCAGGGCTAGCCACAACAGTTATGCACGCCTATA  650

seq1  ATGCCAGCATTAGGGAGGCGGAGACAGGACAATCCTTGAGGCTTTCTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGCATTAGGGAGGCGGAGACAGGACAATCCTTGAGGCTTTCTAGC  700

seq1  CAGATACTCTAGGTGATTTGGTGAGGGCCAAATTCCATGAGAGCCCCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACTCTAGGTGATTTGGTGAGGGCCAAATTCCATGAGAGCCCCAGT  750

seq1  TTAAAAATCAATAATAATAGGGTGGAGATCAATTGATGAAGACACCTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATCAATAATAATAGGGTGGAGATCAATTGATGAAGACACCTGCT  800

seq1  GGTAACCTCTGGCCTCCATACTCATGCATATGTGCACATGTACAAGCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACCTCTGGCCTCCATACTCATGCATATGTGCACATGTACAAGCAGA  850

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  900

seq1  GATAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGGTAGATAGGTAGATAGGTAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGGTAGATAGATAGATAGGTAGATAGGTAGATAGGTAGA  950

seq1  TGTATATATTGCATACAACACACACACACACACTAGCACTCA-CTGCCAC  999
      |||||||  ||| ||| |||||| | | ||||||||| |||| |||||||
seq2  TGTATATTCTGC-TAC-ACACACCCCCCCACACTAGCCCTCACCTGCCAC  998

seq1  CAGTGG-CTCTTGGATCTAGGGAATTCTTCATCAATGATCTTGGAA-GGA  1047
      ||| || |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CAGCGGCCTCTTGAATCTA-GGAATTCTTCATC-ATGATCTTGGAAGGGA  1046

seq1  AGCTGGAAACTGATG--TTGGTTTCTACTTATGAACCAAA  1085
      |||||| ||| || |  | ||||||||| ||||||||| |
seq2  AGCTGGTAACCGAAGGTTGGGTTTCTACATATGAACCATA  1086

seq1: chr12_76421886_76423031
seq2: B6Ng01-338C03.g_67_1207 (reverse)

seq1  CAAGCAGAAGACT-CCATGGATGAAACAGACACTTGTGGCCATAGTTCAG  49
      ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||
seq2  CAAGCAGAAGACTCCCATTGATG-AACAGACACTTGTGGCCATAAGTCAG  49

seq1  TAATGAAGTAATAATTTGGCAATACTGAATAGCAGAG-TCTTTCCTGGGG  98
      | ||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| |||||||  |||
seq2  T-ATGAAGT-ATAATTTGCAATTACTGAATAGCAGAGTTCTTTCCCTGGG  97

seq1  TCAAGCCCTGTGTTGCCTTGGCTGTCTTGGCTGTTATATCTTAGGCAGTA  148
      || || |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||
seq2  TC-AGGCCTGTGTTGCCTTGGCTGTCT--GCTGTTATATC-TAGGCAGTA  143

seq1  GGTGTCTTTAGTTTGTGGACAAGAAAACTGGAGGCTCAAAGGGAAATCAT  198
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTTTAGTTTGTGGACAAG-AAACTGGAGGCTCAAAGGGAAATCAT  192

seq1  TCGTCCCACATCATGTGGCTAGGAAATGGCAGAATTAGGATTCGGATCTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCCCACATCATGTGGCTAGGAAATGGCAGAATTAGGATTCGGATCTC  242

seq1  TCCGACTGTTACCTCCTCCACAAGGCGCAGCACCCCGATGAGGCTGTATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGACTGTTACCTCCTCCACAAGGCGCAGCACCCCGATGAGGCTGTATT  292

seq1  CCCCTGCATGTTTACTCCTGGGCTTTTTTATATTATTTATTCCC-TTATT  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCCCTGCATGTTTACTCCTGGGCTTTTTTATATTATTTATTCCCTTTATT  342

seq1  CTATCACCAGTCTCTCCTTGTAGAAGACAGACCTGCAGGAGGCTGGGTTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACCAGTCTCTCCTTGTAGAAGACAGACCTGCAGGAGGCTGGGTTC  392

seq1  TTTCCGCTCTGTTCTTCTGTTCCCAGAGCCTGGGAATGAGCAAGAATCTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCGCTCTGTTCTTCTGTTCCCAGAGCCTGGGAATGAGCAAGAATCTT  442

seq1  AGTGAGAAACGTCTTAACCTAGGCACTGCACTCAATGCACCACCCTGTGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAACGTCTTAACCTAGGCACTGCACTCAATGCACCACCCTGTGT  492

seq1  GAACAATCAAGATAATCTTCTATAGTGACTTTATCCTCTCACTCTACACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATCAAGATAATCTTCTATAGTGACTTTATCCTCTCACTCTACACC  542

seq1  CTGAGAAGATATACCCTAACTATCATGACCGCAAAAACAATGGCTAAAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGATATACCCTAACTATCATGACCGCAAAAACAATGGCTAAAGA  592

seq1  AAAAAAAGTCGTTTTCCAGGGGCAGGACATGAGGGGATGGAAAATGGTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGTCGTTTTCCAGGGGCAGGACATGAGGGGATGGAAAATGGTTT  642

seq1  GTTCCAGTCCAACATCAAACCTGTGAGTTCTGAGTGCTTTAACTAGGCAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGTCCAACATCAAACCTGTGAGTTCTGAGTGCTTTAACTAGGCAT  692

seq1  AAGGTGGCTTTCCTAGCTGTAATCAGGCTTTGTTTTTAATCTCTGTCCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGCTTTCCTAGCTGTAATCAGGCTTTGTTTTTAATCTCTGTCCTT  742

seq1  CCGATACTATATCTGAAAGGGATGGATGGAAAGCGATTTGTTAAAGAATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATACTATATCTGAAAGGGATGGATGGAAAGCGATTTGTTAAAGAATG  792

seq1  TGGCGTATAACTTTCCTTTCAAGTCACGAGGCTAATTAAGAAGAAACATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGTATAACTTTCCTTTCAAGTCACGAGGCTAATTAAGAAGAAACATA  842

seq1  ACAAGCAAGTTCTCTCCTTAAGTGCAGCACGGTAGGCCTCCTGAGAACTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAAGTTCTCTCCTTAAGTGCAGCACGGTAGGCCTCCTGAGAACTG  892

seq1  TGAGTGACATTTAGAACACGCAGCTCCTCAACTGGTAAGAGTGTAACAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGACATTTAGAACACGCAGCTCCTCAACTGGTAAGAGTGTAACAGT  942

seq1  TTTCAGCCGGTGTGCTTGCAAGGTGTGCGATGCAGCCCCGCATCTACTCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCCGGTGTGCTTGCAAGGTGTGCGATGCAGCCCCGCATCTACTCA  992

seq1  AATCACAGGGCAATCTGCTCTTGTCAAAGCAAGAGTTATGACAGGGAAAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACAGGGCAATCTGCTCTTGTCAAAGCAAGAGTTATGACAGGGAAAG  1042

seq1  GAGGCTGCTCTCTCTCCTCAAGACTCCCTCCCTCTGCTTATATTGGATTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGCTCTCTCTCCTCAAGACTCCCTCCCTCTGCTTATATTGGATTA  1092

seq1  GCTCACGTTAAGAATCCTAAATGCTTCTTCGCCCAAACAAAATGAATTC  1146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACGTTAAGAATCCTAAATGCTTCTTCGCCCAAACAAAATGAATTC  1141