BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338J09
Chromosome12 (Build37)
Map Location 94,520,101 - 94,637,970
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream gene2610022K04Rik-ps, EG633639
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338J09.bB6Ng01-338J09.g
ACCGA122839GA122840
length1,1501,123
definitionB6Ng01-338J09.b B6Ng01-338J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,636,811 - 94,637,970)(94,520,101 - 94,521,228)
sequence
gaattccatcaaggttaaaagcacagaagaaaactcaacttgatcctccc
atgttgctggcttcagaggatttgggtgacacggtgctagcaggaatata
tttactgtcccaaaggaatatccaagtaggcaaaacctatgatcacatgg
ctcattaaaggaaatagaattgatgtactgttgccaggaagcaccaagta
cctgatatctaagaatcaaagaaaaaagaaatcacaggatgaatccacta
ggacaaggggacgcaataatagggtagtcaaatcagagggtcactagacc
aggaatctcacggaagatatcagaattaggaatctctctaaaagccatac
agaggcaacaagtgctgatctaaatgttccttcaaggagaaataggatct
gtcaaggatctgaatgtcagacagggtggaaatctacactgtggtttaca
catgaggtgacaaaatcagtggttgctcctatttaatgaagaatttttca
actgatactgccaagtttgttttttgttaggtaatatctatatatttgta
tatcaatgtacttcatggtatcaacacattaaaggagagatttgtatcac
ctcaatagcctcaggggtttatttttttaatttgatactcagtcatgatc
aattcaatgaacaactgaaattcttttttttagaaaagcatttattaaag
ttaactccctaatgccaataaaagatatccaaggaaaacaaatagaaaat
atccaacataatgaaatacttgaagtcttgccttaagattaattcacgaa
tcaaccgtttcaataaaagctatactagcaaattttactgaagttcaagg
aatttaataagcagacaaagagagcatggcccatgaagctaagtttggaa
aataaaaataatttctgagattctgaagtaaggagaacattccctccatt
gctgatgagagtgcaacttgtacactaactctgaatacctatctggtgat
tctcagaaactggaaatagtctaccccagacaacaactatactacccctg
gccatataccaagaaatgtttccactatcctacaggacactgctcactat
gttcaataaagctttgttagtaatagacattctggactagacatagacgt


gaattcacagataaatacatgccttttgtgcatatatatacatatacata
tacttatacttctcacagaacatcctctattgtgatttaatgttgagggt
caggaaaacggatgttaaatggtgagagagaattccatctgtaacctcac
aatggttctattgagcttttgggtctgactgataaggatagagaattgtg
attgctggaagaaatttatggaaattaggcagacaattctggtgtgactc
tgtgatatcaaaatgacaatttggacagatggtgactctttccagtcaac
taagcagcgaaaataaagctgctgctagttgtcactgtaccagattggag
taagaagcttgtggcattcccagtgcacatggcagttaactagtagacac
aagctagagtctggcgctgctagatatttatttcctactgtttaatagaa
taacatcaacttttttttcagagttattaattaaaacagaactccatgaa
acactgtgaaaagagaaaaaagctgtttgttttaatgatgcatccatgca
ttgatgtcaggcaacttccatggtcatacttcatacaacctctctacaaa
tatatagagatttcactgtagtttaagtgtgaatacactttctctaaggg
tctaatcattgaacaagctacaaccaaaacatacctgttgttccatgagc
ttatattttataaactatctgccattctgttaagttagttgattaataca
taagtcatttcttctacatgaacacgcatagtcactcaatggtattttcc
tgtgtatgttacaaatatctcattatttttatatttgcttcatcctatag
ctatttatctgttcttgaaagattctgcctaatgatttaattcaattagg
attaattagcaattaatatatgagactatatctgatagtgcagtctatta
tctgatagtgatacagataatattcattgtctgtttgttctttatctgtg
ctttaaaatatttttatttctttataaatttactttattttatcttatgt
gtatgctggtctggtgtctctctgtgcttgcatattcaccatatatgttg
aacttctacagagtcaaaagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_94636811_94637970
seq2: B6Ng01-338J09.b_45_1194 (reverse)

seq1  ACGTCTATTGTCTATGTTCAGATTGTCTATTACTAACAAAGCTTTTATGA  50
      ||||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||  |||
seq2  ACGTCTA-TGTCTA-GTCCAGAATGTCTATTACTAACAAAGCTTTATTGA  48

seq1  ACATAGTTGAGCAAGTGTCCTTGTAGGATAGTGG-AACATTTCTTGGGTA  99
      |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  ACATAG-TGAGC-AGTGTCC-TGTAGGATAGTGGAAACATTTCTT-GGTA  94

seq1  TATGGCCAGGGGTAGTATAGTTGTTGTCTTGGGGTAGAACTATTTCCAGT  149
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| 
seq2  TATGGCCAGGGGTAGTATAGTTGTTGTC-TGGGGTAG-ACTATTTCCAG-  141

seq1  TTTCTGAGAATCCACCAGATAGGTATTCAGAGTTAGTGTACAAGTTTGCA  199
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTCTGAGAAT-CACCAGATAGGTATTCAGAGTTAGTGTACAAG-TTGCA  189

seq1  CTCTCATCAGCAATGGA-GGAATGTTCTCCTTACTTCAGAATCTCAGAAA  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATCAGCAATGGAGGGAATGTTCTCCTTACTTCAGAATCTCAGAAA  239

seq1  TTATTTTTATTTTCCAAACCTTAGCTTCATGGGCCATGCTCTCTTTGTCT  298
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTATTTTCCAAA-CTTAGCTTCATGGGCCATGCTCTCTTTGTCT  288

seq1  GCTTATTAAATTCCTTGAACTTCAGTAAAATTTGCTAGTATAGCTTTTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTAAATTCCTTGAACTTCAGTAAAATTTGCTAGTATAGCTTTTAT  338

seq1  TGAAACGGTTGATTCGTGAATTAATCTTAAGGCAAGACTTCAAGTATTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACGGTTGATTCGTGAATTAATCTTAAGGCAAGACTTCAAGTATTTC  388

seq1  ATTATGTTGGATATTTTCTATTTGTTTTCCTTGGATATCTTTTATTGGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTTGGATATTTTCTATTTGTTTTCCTTGGATATCTTTTATTGGCA  438

seq1  TTAGGGAGTTAACTTTAATAAATGCTTTTCTAAAAAAAAGAATTTCAGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGAGTTAACTTTAATAAATGCTTTTCTAAAAAAAAGAATTTCAGTT  488

seq1  GTTCATTGAATTGATCATGACTGAGTATCAAATTAAAAAAATAAACCCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTGAATTGATCATGACTGAGTATCAAATTAAAAAAATAAACCCCT  538

seq1  GAGGCTATTGAGGTGATACAAATCTCTCCTTTAATGTGTTGATACCATGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTATTGAGGTGATACAAATCTCTCCTTTAATGTGTTGATACCATGA  588

seq1  AGTACATTGATATACAAATATATAGATATTACCTAACAAAAAACAAACTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATTGATATACAAATATATAGATATTACCTAACAAAAAACAAACTT  638

seq1  GGCAGTATCAGTTGAAAAATTCTTCATTAAATAGGAGCAACCACTGATTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTATCAGTTGAAAAATTCTTCATTAAATAGGAGCAACCACTGATTT  688

seq1  TGTCACCTCATGTGTAAACCACAGTGTAGATTTCCACCCTGTCTGACATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTCATGTGTAAACCACAGTGTAGATTTCCACCCTGTCTGACATT  738

seq1  CAGATCCTTGACAGATCCTATTTCTCCTTGAAGGAACATTTAGATCAGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCTTGACAGATCCTATTTCTCCTTGAAGGAACATTTAGATCAGCA  788

seq1  CTTGTTGCCTCTGTATGGCTTTTAGAGAGATTCCTAATTCTGATATCTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGCCTCTGTATGGCTTTTAGAGAGATTCCTAATTCTGATATCTTC  838

seq1  CGTGAGATTCCTGGTCTAGTGACCCTCTGATTTGACTACCCTATTATTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGATTCCTGGTCTAGTGACCCTCTGATTTGACTACCCTATTATTGC  888

seq1  GTCCCCTTGTCCTAGTGGATTCATCCTGTGATTTCTTTTTTCTTTGATTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCTTGTCCTAGTGGATTCATCCTGTGATTTCTTTTTTCTTTGATTC  938

seq1  TTAGATATCAGGTACTTGGTGCTTCCTGGCAACAGTACATCAATTCTATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATCAGGTACTTGGTGCTTCCTGGCAACAGTACATCAATTCTATT  988

seq1  TCCTTTAATGAGCCATGTGATCATAGGTTTTGCCTACTTGGATATTCCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAATGAGCCATGTGATCATAGGTTTTGCCTACTTGGATATTCCTT  1038

seq1  TGGGACAGTAAATATATTCCTGCTAGCACCGTGTCACCCAAATCCTCTGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAGTAAATATATTCCTGCTAGCACCGTGTCACCCAAATCCTCTGA  1088

seq1  AGCCAGCAACATGGGAGGATCAAGTTGAGTTTTCTTCTGTGCTTTTAACC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCAACATGGGAGGATCAAGTTGAGTTTTCTTCTGTGCTTTTAACC  1138

seq1  TTGATGGAATTC  1160
      ||||||||||||
seq2  TTGATGGAATTC  1150


seq1: chr12_94520101_94521228
seq2: B6Ng01-338J09.g_66_1188

seq1  GAATTCACAGATAAATACATGCCTTTTGTGCATATATATACATATACATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGATAAATACATGCCTTTTGTGCATATATATACATATACATA  50

seq1  TACTTATACTTCTCACAGAACATCCTCTATTGTGATTTAATGTTGAGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATACTTCTCACAGAACATCCTCTATTGTGATTTAATGTTGAGGGT  100

seq1  CAGGAAAACGGATGTTAAATGGTGAGAGAGAATTCCATCTGTAACCTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAACGGATGTTAAATGGTGAGAGAGAATTCCATCTGTAACCTCAC  150

seq1  AATGGTTCTATTGAGCTTTTGGGTCTGACTGATAAGGATAGAGAATTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTCTATTGAGCTTTTGGGTCTGACTGATAAGGATAGAGAATTGTG  200

seq1  ATTGCTGGAAGAAATTTATGGAAATTAGGCAGACAATTCTGGTGTGACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGGAAGAAATTTATGGAAATTAGGCAGACAATTCTGGTGTGACTC  250

seq1  TGTGATATCAAAATGACAATTTGGACAGATGGTGACTCTTTCCAGTCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATATCAAAATGACAATTTGGACAGATGGTGACTCTTTCCAGTCAAC  300

seq1  TAAGCAGCGAAAATAAAGCTGCTGCTAGTTGTCACTGTACCAGATTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGCGAAAATAAAGCTGCTGCTAGTTGTCACTGTACCAGATTGGAG  350

seq1  TAAGAAGCTTGTGGCATTCCCAGTGCACATGGCAGTTAACTAGTAGACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGCTTGTGGCATTCCCAGTGCACATGGCAGTTAACTAGTAGACAC  400

seq1  AAGCTAGAGTCTGGCGCTGCTAGATATTTATTTCCTACTGTTTAATAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGAGTCTGGCGCTGCTAGATATTTATTTCCTACTGTTTAATAGAA  450

seq1  TAACATCAACTTTTTTTTCAGAGTTATTAATTAAAACAGAACTCCATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATCAACTTTTTTTTCAGAGTTATTAATTAAAACAGAACTCCATGAA  500

seq1  ACACTGTGAAAAGAGAAAAAAGCTGTTTGTTTTAATGATGCATCCATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTGAAAAGAGAAAAAAGCTGTTTGTTTTAATGATGCATCCATGCA  550

seq1  TTGATGTCAGGCAACTTCCATGGTCATACTTCATACAACCTCTCTACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTCAGGCAACTTCCATGGTCATACTTCATACAACCTCTCTACAAA  600

seq1  TATATAGAGATTTCACTGTAGTTTAAGTGTGAATACACTTTCTCTAAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGAGATTTCACTGTAGTTTAAGTGTGAATACACTTTCTCTAAGGG  650

seq1  TCTAATCATTGAACAAGCTACAACCAAAACATACCTGTTGTTCCATGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCATTGAACAAGCTACAACCAAAACATACCTGTTGTTCCATGAGC  700

seq1  TTATATTTTATAAACTATCTGCCATTCTGTTAAGTTAGTTGATTAATACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTTATAAACTATCTGCCATTCTGTTAAGTTAGTTGATTAATACA  750

seq1  TAAGTCATTTCTTCTACATGAACACGCATAGTCACTCAATGGTATTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCATTTCTTCTACATGAACACGCATAGTCACTCAATGGTATTTTCC  800

seq1  TGTGTATGTTACAAATATCTCATTATTTTTATATTTGCTTCATCCTATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTTACAAATATCTCATTATTTTTATATTTGCTTCATCCTATAG  850

seq1  CTATTTATCTGTTCTTGAAAGATTCTGCCTAATGATTTAATTCAATTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATCTGTTCTTGAAAGATTCTGCCTAATGATTTAATTCAATTAGG  900

seq1  ATTAATTAGCAATTAATATATGAGACTATATCTGATAGTGCAGTCTA-TA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTAATTAGCAATTAATATATGAGACTATATCTGATAGTGCAGTCTATTA  950

seq1  TCTGATAGTGGATACAAGATAAATATTCATTGTCTGTTTTGTTCTTTATC  999
      ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGATAGT-GATAC-AGAT-AATATTCATTGTCTG-TTTGTTCTTTATC  996

seq1  TGTGCTTTTAAAATA-TTTTATTTCTTTATTAAAATTTACTTTATTTTTA  1048
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||  
seq2  TGTGC-TTTAAAATATTTTTATTTCTTTAT--AAATTTACTTTATTTT--  1041

seq1  TTCTTATGTGTATGCTGGTCT-GTGTCTCTCTGTGTTTGCATATTCA-CA  1096
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  ATCTTATGTGTATGCTGGTCTGGTGTCTCTCTGTGCTTGCATATTCACCA  1091

seq1  TATATG-TGAACTCCTACAGAGGCCAAAAGAGG  1128
      |||||| |||||| ||||||| | |||||||||
seq2  TATATGTTGAACTTCTACAGA-GTCAAAAGAGG  1123


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |