BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338K23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 85,507,306 - 85,661,496
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC130039O16Rik, EG432676, Zadh1, Zfp410
Upstream geneDpf3, Wdr21, Zfyve1, LOC626950, Rbm25, Psen1, Papln, Numb, LOC100042325, 2410016O06Rik, Acot2, Acot1, Acot4, Acot3, Acot5, LOC666963, Acot6, Dnalc1, Pnma1
Downstream gene9830169C18Rik, Coq6, Entpd5, 2900006K08Rik, Rnf113a2, Aldh6a1, Lin52, Chx10, Abcd4, 7420416P09Rik, Tmem90a, Npc2, Isca2, Ltbp2, 1110018G07Rik, Fcf1, Ylpm1, Prox2, Dlst, Rps6kl1, LOC100042021, Pgf, Eif2b2, Mlh3, Acyp1, 2810002I04Rik, Nek9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338K23.bB6Ng01-338K23.g
ACCGA122901GA122902
length1,151993
definitionB6Ng01-338K23.b B6Ng01-338K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,507,306 - 85,508,448)(85,660,504 - 85,661,496)
sequence
gaattcttctagatggcaggaagatgttagagacggctttaaattaacgt
cctgggtgcgaacgtgttaattgagcactattgaagagaaaaaaagattt
tacacaaaaagcaagcatggcttagctgggaacagcttggtggcagaagt
gttgacaggaaaacatcaggacatgagtttggatccccagaatccacata
gaaaagccagatgtggtggcaaacatctgtaatctcaaggctagggaggt
ggcggctgggggatccctggggcccgctcaccagccagtctgtgactgaa
gcattgagagatgggttctgtgagagatcccatctgaaaaacgctggtgg
aacataactgagaaagacatctaacattctcttctggccatcacaggcgc
gcacacacacacacacacacacaagcacgcacatctgcacacatgtgcac
acatatacacgaacacacaagtgctgcggttatttatctactttcaagat
ctagtatcttgaagagaaaaaacaaacagacaaacaaacaaaaacaaaca
aaaaaaacaataacgggtctaaagaggtggctcagcagttaagagaactg
gctgctcttccagtggatccaggttcaattcccagcacccagagggtgac
tcccaactaactgtaactccggtcccaagggaactgataccctctcttcc
agcctccatgagcaccaggcccatatgtggtacatagacatccatgcagg
caaaacacccattcacatacacaataaacaagcaagcaagcaagcaaaca
aacctgagaagaggaaacagtagtagcagcagcagcagccatgcagtggt
ggcacacacctttaatccctccagaggccgaggcaggcagatctctgtga
gttcaaggccagtcctggtctttagactagatccagaagagtcgagacta
cacagagaaatcctgcctcaaaaacaaacaaaaagcaaaaagcaaaaaag
cagcagtgccattattaagagtacctttgtgttggggagctgggtgctaa
tgaactaccttccaattgcaacaatcccaactttggtctgttaaagaaag
ctgtggctgggtagaacagcctacctagtaaaagtaacttgtttctgtaa
g
gaattcacttaatttggtggaattattggtaaaattgggagtactgctat
ccataaagcgaagacagtaaaaagtttgcccaggatggagatttttccat
tagtagcaggatagactggaaagttggactaagacagatattaagaaacc
ctgtaattagggcctgtaagaggggtcaatttgtaaaggtgattgccacc
atacctgacgacttcaattcaatccccaggacccataggatataaaggaa
gaactaagtctcatcaactgtcctctgccccccacatatgtgcacacaca
aatacatctaagttttaaaagaagtactagaattaatgcttttatttctt
ttataaaacaaagaatcataaatacccaacttttcttcctatgtacattt
ttttcttcctgaagcacttaaatggtttaatattgtttatttactcatgt
tcatgaggagaagaaagcaaggttcgagaaatcaccaagttatgaagctg
cataagcaagctggcatgatgagctggctcagacagggaaggattacatc
taagtttgatcttgaacttcaagggctttggcaattcctcttcccaattc
ccgctcatataacaagccaagaaattgccagatgtttgttccggttatct
ttaaagtgcaaccacctctgtgactcctggagcgcagaatcactaagaaa
tgagacaattcactgtcgctttggtgttacccacaaaatctttctattta
gtggctttgttttaataatctttgaaaacaaataaagctattgtggaaca
actgcaatatccatatcgtaatggaatacagccatacaatcctggtacgc
aatgtatggtttgtataggtcctgaacaaacagcaggacacacgagaata
agttgacccctgtttaagagccaggtgcaatagctggcatctacagtctc
agcaatggggagattgaaccagaagacgggggtggggggggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_85507306_85508448
seq2: B6Ng01-338K23.b_46_1196

seq1  GAATTCTTCTAGATGGCAGGAAGATGTTAGAGACGGCTTTAAATTAACGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTAGATGGCAGGAAGATGTTAGAGACGGCTTTAAATTAACGT  50

seq1  CCTGGGTGCGAACGTGTTAATTGAGCACTATTGAAGAGAAAAAAAGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTGCGAACGTGTTAATTGAGCACTATTGAAGAGAAAAAAAGATTT  100

seq1  TACACAAAAAGCAAGCATGGCTTAGCTGGGAACAGCTTGGTGGCAGAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAAAAGCAAGCATGGCTTAGCTGGGAACAGCTTGGTGGCAGAAGT  150

seq1  GTTGACAGGAAAACATCAGGACATGAGTTTGGATCCCCAGAATCCACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACAGGAAAACATCAGGACATGAGTTTGGATCCCCAGAATCCACATA  200

seq1  GAAAAGCCAGATGTGGTGGCAAACATCTGTAATCTCAAGGCTAGGGAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCCAGATGTGGTGGCAAACATCTGTAATCTCAAGGCTAGGGAGGT  250

seq1  GGCGGCTGGGGGATCCCTGGGGCCCGCTCACCAGCCAGTCTGTGACTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGCTGGGGGATCCCTGGGGCCCGCTCACCAGCCAGTCTGTGACTGAA  300

seq1  GCATTGAGAGATGGGTTCTGTGAGAGATCCCATCTGAAAAACGCTGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGAGAGATGGGTTCTGTGAGAGATCCCATCTGAAAAACGCTGGTGG  350

seq1  AACATAACTGAGAAAGACATCTAACATTCTCTTCTGGCCATCACAGGCGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAACTGAGAAAGACATCTAACATTCTCTTCTGGCCATCACAGGCGC  400

seq1  GCACACACACACACACACACACAAGCACGCACATCTGCACACATGTGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACACACACACACACACAAGCACGCACATCTGCACACATGTGCAC  450

seq1  ACATATACACGAACACACAAGTGCTGCGGTTATTTATCTACTTTCAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATACACGAACACACAAGTGCTGCGGTTATTTATCTACTTTCAAGAT  500

seq1  CTAGTATCTTGAAGAGAAAAAACAAACAGACAAACAAACAAAAACAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTATCTTGAAGAGAAAAAACAAACAGACAAACAAACAAAAACAAACA  550

seq1  AAAAAAACAATAACGGGTCTAAAGAGGTGGCTCAGCAGTTAAGAGAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAATAACGGGTCTAAAGAGGTGGCTCAGCAGTTAAGAGAACTG  600

seq1  GCTGCTCTTCCAGTGGATCCAGGTTCAATTCCCAGCACCCAGAGGGTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCTTCCAGTGGATCCAGGTTCAATTCCCAGCACCCAGAGGGTGAC  650

seq1  TCCCAACTAACTGTAACTCCGGTCCCAAGGGAACTGATACCCTCTCTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACTAACTGTAACTCCGGTCCCAAGGGAACTGATACCCTCTCTTCC  700

seq1  AGCCTCCATGAGCACCAGGCCCATATGTGGTACATAGACATCCATGCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCATGAGCACCAGGCCCATATGTGGTACATAGACATCCATGCAGG  750

seq1  CAAAACACCCATTCACATACACAATAAACAAGCAAGCAAGCAAGCAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACCCATTCACATACACAATAAACAAGCAAGCAAGCAAGCAAACA  800

seq1  AACCTGAGAAGAGGAAACAGTAGTAGCAGCAGCAGCAGCCATGCAGTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGAGAAGAGGAAACAGTAGTAGCAGCAGCAGCAGCCATGCAGTGGT  850

seq1  GGCACACACCTTTAATCCCTCCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCTCTGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACACCTTTAATCCCTCCAGAGGCCGAGGCAGGCAGATCTCTGTGA  900

seq1  GTTCAAGGCCAGTCCTGGTCTTTAGACTAGATCCAGAAGAGTCGAGACTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGGCCAGTCCTGGTCTTTAGACTAGATCCAGAAGAGTCGAGACTA  950

seq1  CACAGAGAAATCCTGCCTCAAAAACAAACAAAAAGCAAAAAGCAAAAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAAATCCTGCCTCAAAAACAAACAAAAAGCAAAAAGCAAAAAAG  1000

seq1  CAGCAGTGGCCATATTAAGAGTACCTTTGTGTT-GGGAGCT-GGTGCTAA  1048
      |||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  CAGCAGTGCCATTATTAAGAGTACCTTTGTGTTGGGGAGCTGGGTGCTAA  1050

seq1  TGAACTACCTTCC-ATTGC-ACAATCCCAACCTTGGTCTGTTAAAAGAAG  1096
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||
seq2  TGAACTACCTTCCAATTGCAACAATCCCAACTTTGGTCTGTTAAAGAAAG  1100

seq1  CTGTGGCTGGGTAG-ACAGCTCAGCTAGT-AAAGT-ACTTG-TCCTGTAA  1142
      |||||||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||| | ||||||
seq2  CTGTGGCTGGGTAGAACAGCCTACCTAGTAAAAGTAACTTGTTTCTGTAA  1150

seq1  G  1143
      |
seq2  G  1151

seq1: chr12_85660504_85661496
seq2: B6Ng01-338K23.g_66_1058 (reverse)

seq1  CA-CCCCCCCACCCCCGTCCTTCTGGTTCAATCTCCCCATTGCTGAGACT  49
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCCCCACCCCCGT-CTTCTGGTTCAATCTCCCCATTGCTGAGACT  49

seq1  GTAGATGCCAGCTATTGCACCTGGCTCTTAAACAGGGGTCAACTTATTCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGCCAGCTATTGCACCTGGCTCTTAAACAGGGGTCAACTTATTCT  99

seq1  CGTGTGTCCTGCTGTTTGTTCAGGACCTATACAAACCATACATTGCGTAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGTCCTGCTGTTTGTTCAGGACCTATACAAACCATACATTGCGTAC  149

seq1  CAGGATTGTATGGCTGTATTCCATTACGATATGGATATTGCAGTTGTTCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTGTATGGCTGTATTCCATTACGATATGGATATTGCAGTTGTTCC  199

seq1  ACAATAGCCTTATTTGTTTTCAAAGATTATTAAAACAAAGCCACTAAATA  249
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGCTTTATTTGTTTTCAAAGATTATTAAAACAAAGCCACTAAATA  249

seq1  GAAAGATTTTGTGGGTAACACCAAAGCGACAGTGAATTGTCTCATTTCTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTTTGTGGGTAACACCAAAGCGACAGTGAATTGTCTCATTTCTT  299

seq1  AGTGATTCTGCGCTCCAGGAGTCACAGAGGTGGTTGCACTTTAAAGATAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTCTGCGCTCCAGGAGTCACAGAGGTGGTTGCACTTTAAAGATAA  349

seq1  CCGGAACAAACATCTGGCAATTTCTTGGCTTGTTATATGAGCGGGAATTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAACAAACATCTGGCAATTTCTTGGCTTGTTATATGAGCGGGAATTG  399

seq1  GGAAGAGGAATTGCCAAAGCCCTTGAAGTTCAAGATCAAACTTAGATGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGAATTGCCAAAGCCCTTGAAGTTCAAGATCAAACTTAGATGTA  449

seq1  ATCCTTCCCTGTCTGAGCCAGCTCATCATGCCAGCTTGCTTATGCAGCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCCTGTCTGAGCCAGCTCATCATGCCAGCTTGCTTATGCAGCTT  499

seq1  CATAACTTGGTGATTTCTCGAACCTTGCTTTCTTCTCCTCATGAACATGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTTGGTGATTTCTCGAACCTTGCTTTCTTCTCCTCATGAACATGA  549

seq1  GTAAATAAACAATATTAAACCATTTAAGTGCTTCAGGAAGAAAAAAATGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAAACAATATTAAACCATTTAAGTGCTTCAGGAAGAAAAAAATGT  599

seq1  ACATAGGAAGAAAAGTTGGGTATTTATGATTCTTTGTTTTATAAAAGAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGAAGAAAAGTTGGGTATTTATGATTCTTTGTTTTATAAAAGAAA  649

seq1  TAAAAGCATTAATTCTAGTACTTCTTTTAAAACTTAGATGTATTTGTGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCATTAATTCTAGTACTTCTTTTAAAACTTAGATGTATTTGTGTG  699

seq1  TGCACATATGTGGGGGGCAGAGGACAGTTGATGAGACTTAGTTCTTCCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATATGTGGGGGGCAGAGGACAGTTGATGAGACTTAGTTCTTCCTT  749

seq1  TATATCCTATGGGTCCTGGGGATTGAATTGAAGTCGTCAGGTATGGTGGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCTATGGGTCCTGGGGATTGAATTGAAGTCGTCAGGTATGGTGGC  799

seq1  AATCACCTTTACAAATTGACCCCTCTTACAGGCCCTAATTACAGGGTTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCTTTACAAATTGACCCCTCTTACAGGCCCTAATTACAGGGTTTC  849

seq1  TTAATATCTGTCTTAGTCCAACTTTCCAGTCTATCCTGCTACTAATGGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATCTGTCTTAGTCCAACTTTCCAGTCTATCCTGCTACTAATGGAA  899

seq1  AAATCTCCATCCTGGGCAAACTTTTTACTGTCTTCGCTTTATGGATAGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCCATCCTGGGCAAACTTTTTACTGTCTTCGCTTTATGGATAGCA  949

seq1  GTACTCCCAATTTTACCAATAATTCCACCAAATTAAGTGAATTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCCCAATTTTACCAATAATTCCACCAAATTAAGTGAATTC  993