BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340E03
Chromosome12 (Build37)
Map Location 16,060,760 - 16,222,963
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC217409, Trib2, LOC100043268, EG432636, LOC100043273
Downstream geneLpin1, Ntsr2, Greb1, E2f6, Rock2, Pqlc3, 2410004P03Rik, EG668514, Kcnf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340E03.bB6Ng01-340E03.g
ACCGA124020GA124021
length1,156316
definitionB6Ng01-340E03.b B6Ng01-340E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,060,760 - 16,061,933)(16,222,646 - 16,222,963)
sequence
gaattcctggtaaggccccttggctcaaggcctccataaaaccttggcac
cagccttcctgacttggggctttcctcattaaacccgagagacaggaggt
agttgtgtggctttcagagacctagctgagacagactagtctcctcttcc
ctgagggctcagggctgagacaggcctcttaaagtgaggttaggaggagg
agacattaggctctgtaggggagagggaggaaagtagccatgacaatggg
tatgtgcaagttagaactcaagagttccaaaactaacatgccacgcgcac
ctttgtgaccgatgaagctccctgttggaaaaatcacaccattgatatac
accgtccatcttgtacttgaacctgagctcagcctccttacatcttcttt
atcatttgggtcttcttgttgttttgtaggaataacaaggcatgatgcag
aagcagttttcagagagagaggaaaggataaaggaatgagggcccagttt
catttctgatgtgttaaaaagctgggctcagaatcctcctagagtcatag
gaatgggtaccctgaaacaaacgtgcctttgatacccaggcataacagca
gccagcagcttccctcaggtaaggtctggaccagacagtatggcttagca
tggggacaatctaaaatcaggcaacctatgtttttctctttccccaagcc
actcacagcatgggacttgctgcctgggtctcctggatcatggcttgtag
agaagtcaatgacactgaagagaatgaatagcagtcagagagtattgtgc
aggttctgatcagatatatgcaaatgaacatgcagagtcaggggtgctga
ctgcggggttcagtggttcaaaggaaaaaaagcctctagcaatggccagt
cacctctatcacaccctcaaacacagctttggtaagctctattttgaagg
ggaaatatctggaaggataaaagggtccgtgcttgtctgtggatacccta
aagggcagaacactgtagatcagtgagttgatcatacttttagatgatga
aatcgcagcagcatggtgcagcaagattctatccgctctcagtccaaaac
actgtgcatagacagagtgggttctattttatttttaaaacctgaaatgc
ctcacc

atttgatgtctttggaaatccagcatatagctgacataatcaaatatgct
ttgacctgagacatgaacttttagtcttaggaaccatatcatctaatcct
cacaaccctgaggcccccattgtgtctctgtattggattgtgccattgtc
ttagatcacagacaccatggatattttgaccttttacattatcaatagtg
tgtatgcacgttcatgtgtatgtgcatgtgtgtgcatgtgtgtgtgtgtg
tgtacattcagtatatctaacttattttttgagacagggtctttcactga
acccatagttcaccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_16060760_16061933
seq2: B6Ng01-340E03.b_47_1202

seq1  GAATTCCTGGTAAGGCCCCTTGGCTCAAGGCCTCCATAAAACCTTGGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGTAAGGCCCCTTGGCTCAAGGCCTCCATAAAACCTTGGCAC  50

seq1  CAGCCTTCCTGACTTGGGGCTTTCCTCATTAAACCCGAGAGACAGGAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTCCTGACTTGGGGCTTTCCTCATTAAACCCGAGAGACAGGAGGT  100

seq1  AGTTGTGTGGCTTTCAGAGACCTAGCTGAGACAGACTAGTCTCCTCTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGTGGCTTTCAGAGACCTAGCTGAGACAGACTAGTCTCCTCTTCC  150

seq1  CTGAGGGCTCAGGGCTGAGACAGGCCTCTTAAAGTGAGGTTAGGAGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGCTCAGGGCTGAGACAGGCCTCTTAAAGTGAGGTTAGGAGGAGG  200

seq1  AGACATTAGGCTCTGTAGGGGAGAGGGAGGAAAGTAGCCATGACAATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTAGGCTCTGTAGGGGAGAGGGAGGAAAGTAGCCATGACAATGGG  250

seq1  TATGTGCAAGTTAGAACTCAAGAGTTCCAAAACTAACATGCCACGCGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCAAGTTAGAACTCAAGAGTTCCAAAACTAACATGCCACGCGCAC  300

seq1  CTTTGTGACCGATGAAGCTCCCTGTTGGAAAAATCACACCATTGATATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGACCGATGAAGCTCCCTGTTGGAAAAATCACACCATTGATATAC  350

seq1  ACCGTCCATCTTGTACTTGAACCTGAGCTCAGCCTCCTTACATCTTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTCCATCTTGTACTTGAACCTGAGCTCAGCCTCCTTACATCTTCTTT  400

seq1  ATCATTTGGGTCTTCTTGTTGTTTTGTAGGAATAACAAGGCATGATGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTGGGTCTTCTTGTTGTTTTGTAGGAATAACAAGGCATGATGCAG  450

seq1  AAGCAGTTTTCAGAGAGAGAGGAAAGGATAAAGGAATGAGGGCCCAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTTTCAGAGAGAGAGGAAAGGATAAAGGAATGAGGGCCCAGTTT  500

seq1  CATTTCTGATGTGTTAAAAAGCTGGGCTCAGAATCCTCCTAGAGTCATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGATGTGTTAAAAAGCTGGGCTCAGAATCCTCCTAGAGTCATAG  550

seq1  GAATGGGTACCCTGAAACAAACGTGCCTTTGATACCCAGGCATAACAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGTACCCTGAAACAAACGTGCCTTTGATACCCAGGCATAACAGCA  600

seq1  GCCAGCAGCTTCCCTCAGGTAAGGTCTGGACCAGACAGTATGGCTTAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCAGCTTCCCTCAGGTAAGGTCTGGACCAGACAGTATGGCTTAGCA  650

seq1  TGGGGACAATCTAAAATCAGGCAACCTATGTTTTTCTCTTTCCCCAAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACAATCTAAAATCAGGCAACCTATGTTTTTCTCTTTCCCCAAGCC  700

seq1  ACTCACAGCATGGGACTTGCTGCCTGGGTCTCCTGGATCATGGCTTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGCATGGGACTTGCTGCCTGGGTCTCCTGGATCATGGCTTGTAG  750

seq1  AGAAGTCAATGACACTGAAGAGAATGAATAGCAGTCAGAGAGTATTGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCAATGACACTGAAGAGAATGAATAGCAGTCAGAGAGTATTGTGC  800

seq1  AGGTTCTGATCAGATATATGCAAATGAACATGCAGAGTCAGGGGTGCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTGATCAGATATATGCAAATGAACATGCAGAGTCAGGGGTGCTGA  850

seq1  CTGCGGGGTTCAGTGGTTCAAAGGAAAAAAAGCCTCTAGCAATGGCCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGGGTTCAGTGGTTCAAAGGAAAAAAAGCCTCTAGCAATGGCCAGT  900

seq1  CACCTCTATCACACCCTCAAACACCAGCTTTGGTAAGCTCTATTTTGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTATCACACCCTCAAACA-CAGCTTTGGTAAGCTCTATTTTGAAG  949

seq1  GGGAAATATCTGGAAGGATAAAAAGGGTCCGGTGCTTGTCTGTGGATACC  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATATCTGGAAGGAT-AAAAGGGTCC-GTGCTTGTCTGTGGATACC  997

seq1  CTAAAGGGCAGAAACCACTGTAAGGATCAGTGAGTTGATCATAACTTTTA  1050
      |||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTAAAGGGCAGAA--CACTGTA--GATCAGTGAGTTGATCAT-ACTTTTA  1042

seq1  GATGAATGAAATCGCAGCAGCAAGGTGCAGCAAGGATTCTATCCCGCTTC  1100
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||
seq2  GATG-ATGAAATCGCAGCAGCATGGTGCAGCAA-GATTCTAT-CCGC-TC  1088

seq1  TTCAAGTCCAAAACAACCTGTGCATTAAGGACAGAGTGGGTCCTA-TTTA  1149
      |   |||||||||||  ||||||||    |||||||||||| ||| ||||
seq2  T--CAGTCCAAAACA--CTGTGCAT---AGACAGAGTGGGTTCTATTTTA  1131

seq1  TTTTTAAAACACTGAAATG-CTCACC  1174
      |||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TTTTTAAAAC-CTGAAATGCCTCACC  1156


seq1: chr12_16222646_16222963
seq2: B6Ng01-340E03.g_70_385 (reverse)

seq1  TGGGTGAACTCTGGGTTCAGTGAAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAGTTAG  50
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAACTATGGGTTCAGTGAAAGACCCTGTCTCAAAAAATAAGTTAG  50

seq1  ATATACTGAATGTACACACACACACACACATGCACACACATGCACATACA  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  ATATACTGAATGTACACACACACACACACATGCACACACATGCACAT--A  98

seq1  CACATGAACGTGCATACACACTATTGATAATGTAAAAGGTCAAAATATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAACGTGCATACACACTATTGATAATGTAAAAGGTCAAAATATCC  148

seq1  ATGGTGTCTGTGATCTAAGACAATGGCACAATCCAATACAGAGACACAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTCTGTGATCTAAGACAATGGCACAATCCAATACAGAGACACAAT  198

seq1  GGGGGCCTCAGGGTTGTGAGGATTAGATGATATGGTTCCTAAGACTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCCTCAGGGTTGTGAGGATTAGATGATATGGTTCCTAAGACTAAAA  248

seq1  GTTCATGTCTCAGGTCAAAGCATATTTGATTATGTCAGCTATATGCTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGTCTCAGGTCAAAGCATATTTGATTATGTCAGCTATATGCTGGA  298

seq1  TTTCCAAAGACATCAAAT  318
      ||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAAGACATCAAAT  316


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |