BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340F12
Chromosome12 (Build37)
Map Location 63,397,787 - 63,483,278
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC622746
Upstream geneLOC665677, Nanog-ps2, Lrfn5, LOC665699, LOC665707, LOC100040403, LOC665713
Downstream geneLOC100040438, 1700047L15Rik, Tspyl-ps, EG665741, EG382606
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340F12.bB6Ng01-340F12.g
ACCGA124078GA124079
length1,1751,121
definitionB6Ng01-340F12.b B6Ng01-340F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,397,787 - 63,398,978)(63,482,158 - 63,483,278)
sequence
gaattctcttcaaaattcccgtaattgctacctttactcaagcgtgttca
ctgaggtaacattttctctcagtcattttcatgtgctgttttgtacaatg
acaacatagcagcgacgaagccacagggagtcataagacataggaagagc
aagggaggataaaaatctcacaggaaatactcttaggtaaatgttagtag
gaaaggaagtatgcaagaagtcatctaattattgtggtagtattcacaat
agctgaaacatggactgacatgaaacatttatccagagataaatcttgtc
ttttgaaggaatgaacttgtatacatcatatcaaaaaagcaaagcagatg
tagaaatacaagtagaaatagtttctcacttatgtgggaagaacaatcat
taaaatgctaaagaattgaccataaagcaaaagaaatacacttacagaaa
tgcagtaagtcacagctaggcaaaaaacgaggcaggaaagacagtggtat
ggaagatcaacttgaccctagaatgctgtggtcctaaatagaaagctaat
ggtatatttcatatttttaaaaaaacgaggataacagttgggatcattag
aatatagcttacttaaagacaactgcatcacccaaaagcttagcccagca
tgaaaaagtctcaacaaagtatctatctctcctttggatacagtgcttgg
agtcactctgggatgtccagcatttgacacacaggcgtccactttcatac
aacacagattctaataaaataaggccctcctgaatgtctggtatgataat
tgtttgccttactatcaagaagcatgggaaaacaccaaagtctgcacatg
catgcccacatggactttgagaggtagtgctatgcaacttaaagtcttta
tgaggtagtctaaaagaaaagcaactcctattatcaggagctgtgttggc
tgtgtgtgtgctaaatgcacctatgatgggagaaagctcgtttttcttgg
caagagagaaaatcactgaatagcctcttattcatagaatctgtccctga
gaccactgcagtcagaaagtcacaaacacagaaagataagtcttgccata
gaccttcagaactaggaatacctcagtgagtataacagaaaataggtgaa
tttctataacctatccaatggcact

gaattctataactcttccattagctgttattgggtctgaacacataaata
tgtgctgtcatgccattaaattatgtatttgaattttcatgagaacattt
gtttgatctagaccactgattaagtgatattgttgtaaagtgttagtata
gatttagtggaatggccaatatgtgcaaacttacctattgagacaacaca
taaacacaggtctggtaatgtcatgctgttctgggctaataacaacatgc
cacatattttcataccaaatatggaaacatgatttttattggtggccatt
ttaatttttctgcaattatataagtggacatttaatccacaaaactaaga
gtatatatttaaaaatctaatagaaccttgtgctacaggaagaaatatta
ttaattaaaagctatgttgggatggagttatcacatagtagaatagctgt
aggcagaatttctttgtttgacatacctatttttgtcaaatttggtcacc
ctcaaaagtatacttcactcaaaactcaaatgtactagtcatatagcaaa
aagcagggaacttatttgtatagagcataaaagaaggttgaatttaacat
tacatatgaaataaaatttttaaaaggcatggtatttaaacagtcctatt
taataatgtaacttgatagtataacaacttgaaagtgtatcgataataga
aaaatcaacttaagtgtattgtttaaatacagatattcttattacagaat
aaagagaaattactttaaatagtatatttcatatattccaaataatatag
gcatgctatttcttaaagaaaaataaacaatatgagtacatatgattgca
atgttttgtactatgctttacttaagttattctatgacatattactcatt
aagacattattaggaaattcatgatttcttcctcaaagaagaagtattct
tgggtacaataccacattttaaattgttgaaatataaaattttacaaagc
actctattaaagatatacgattaaatctataaaaatagtttgattcctca
gcagctcacattgtatggttactggttggacttcacttatgcaaacacat
ttctatttaattattgactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_63397787_63398978
seq2: B6Ng01-340F12.b_48_1222

seq1  GAATTCTCTTCAAAATTCCCGTAATTGCTACCTTTACTCAAGCGTGTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCAAAATTCCCGTAATTGCTACCTTTACTCAAGCGTGTTCA  50

seq1  CTGAGGTAACATTTTCTCTCAGTCATTTTCATGTGCTGTTTTGTACAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTAACATTTTCTCTCAGTCATTTTCATGTGCTGTTTTGTACAATG  100

seq1  ACAACATAGCAGCGACGAAGCCACAGGGAGTCATAAGACATAGGAAGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATAGCAGCGACGAAGCCACAGGGAGTCATAAGACATAGGAAGAGC  150

seq1  AAGGGAGGATAAAAATCTCACAGGAAATACTCTTAGGTAAATGTTAGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGGATAAAAATCTCACAGGAAATACTCTTAGGTAAATGTTAGTAG  200

seq1  GAAAGGAAGTATGCAAGAAGTCATCTAATTATTGTGGTAGTATTCACAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAGTATGCAAGAAGTCATCTAATTATTGTGGTAGTATTCACAAT  250

seq1  AGCTGAAACATGGACTGACATGAAACATTTATCCAGAGATAAATCTTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAACATGGACTGACATGAAACATTTATCCAGAGATAAATCTTGTC  300

seq1  TTTTGAAGGAATGAACTTGTATACATCATATCAAAAAAGCAAAGCAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAGGAATGAACTTGTATACATCATATCAAAAAAGCAAAGCAGATG  350

seq1  TAGAAATACAAGTAGAAATAGTTTCTCACTTATGTGGGAAGAACAATCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATACAAGTAGAAATAGTTTCTCACTTATGTGGGAAGAACAATCAT  400

seq1  TAAAATGCTAAAGAATTGACCATAAAGCAAAAGAAATACACTTACAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGCTAAAGAATTGACCATAAAGCAAAAGAAATACACTTACAGAAA  450

seq1  TGCAGTAAGTCACAGCTAGGCAAAAAACGAGGCAGGAAAGACAGTGGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTAAGTCACAGCTAGGCAAAAAACGAGGCAGGAAAGACAGTGGTAT  500

seq1  GGAAGATCAACTTGACCCTAGAATGCTGTGGTCCTAAATAGAAAGCTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATCAACTTGACCCTAGAATGCTGTGGTCCTAAATAGAAAGCTAAT  550

seq1  GGTATATTTCATATTTTTAAAAAAACGAGGATAACAGTTGGGATCATTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATTTCATATTTTTAAAAAAACGAGGATAACAGTTGGGATCATTAG  600

seq1  AATATAGCTTACTTAAAGACAACTGCATCACCCAAAAGCTTAGCCCAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGCTTACTTAAAGACAACTGCATCACCCAAAAGCTTAGCCCAGCA  650

seq1  TGAAAAAGTCTCAACAAAGTATCTATCTCTCCTTTGGATACAGTGCTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAGTCTCAACAAAGTATCTATCTCTCCTTTGGATACAGTGCTTGG  700

seq1  AGTCACTCTGGGATGTCCAGCATTTGACACACAGGCGTCCACTTTCATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTCTGGGATGTCCAGCATTTGACACACAGGCGTCCACTTTCATAC  750

seq1  AACACAGATTCTAATAAAATAAGGCCCTCCTGAATGTCTGGTATGATAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGATTCTAATAAAATAAGGCCCTCCTGAATGTCTGGTATGATAAT  800

seq1  TGTTTGCCTTACTATCAAGAAGCATGGGAAAACACCAAAGTCTGCACATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCCTTACTATCAAGAAGCATGGGAAAACACCAAAGTCTGCACATG  850

seq1  CATGCCCACATGGACTTTGAGAGGTAGTGCTATGCAACTTAAAGTCTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCACATGGACTTTGAGAGGTAGTGCTATGCAACTTAAAGTCTTTA  900

seq1  TGAGGTAGTCTAAAAGAAAAGCAACTCCTATTATCAGGAGCTGTGTTGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAGTCTAAAAGAAAAGCAACTCCTATTATCAGGAGCTGTGTTGGC  950

seq1  TGTGTGTGTGCTAAATGCACCTATGATGGGAGAAAGCTCGTTTTTCTTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGCTAAATGCACCTATGATGGGAGAAAGCTCGTTTTTCTTGG  1000

seq1  CAAGGAGGAGA-AAAATCACTGAATTAGCCTCCTTATTTCAAATAAGAAA  1049
      |||    |||| |||||||||||| |||||| ||||||    |||   ||
seq2  CAA----GAGAGAAAATCACTGAA-TAGCCT-CTTATT---CATA--GAA  1039

seq1  TCTGTCCCTGAGA-CACTGCAAGTCAGGAAAGTCACAAACACAGAAAGGA  1098
      ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTGTCCCTGAGACCACTGC-AGTCA-GAAAGTCACAAACACAGAAA-GA  1086

seq1  TAAGGTCTTTGGCATAGACCTCCAG-ACTAGG-ATACCTCAAGTGAGTAT  1146
      ||| ||| ||| ||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||
seq2  TAA-GTC-TTGCCATAGACCTTCAGAACTAGGAATACCTC-AGTGAGTAT  1133

seq1  AACAGAAAATAGTGAAATATCTAATAACACTTATTCCAATGGCACT  1192
      ||||||||||||   ||| ||| ||||| ||   ||||||||||||
seq2  AACAGAAAATAGGTGAATTTCT-ATAAC-CT--ATCCAATGGCACT  1175


seq1: chr12_63482158_63483278
seq2: B6Ng01-340F12.g_66_1186 (reverse)

seq1  ACAGTC-ATAAT--AATAGAAATGTG-TTGCATAAGTGAAGTCC-ACCAG  45
      |||||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  ACAGTCAATAATTAAATAGAAATGTGTTTGCATAAGTGAAGTCCAACCAG  50

seq1  TAACCATACAATTGTTGAGCTTGCTGA-GAATCAAACTTATTTTTATAAG  94
      ||||||||||||   ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||
seq2  TAACCATACAAT--GTGAGC-TGCTGAGGAATCAAAC-TATTTTTAT-AG  95

seq1  ATTTAATCGTATAATCTTTAATAGAGTGCTTTTGTAAAATTTTATTATTT  144
      |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  ATTTAATCGTAT-ATCTTTAATAGAGTGC-TTTGTAAAATTTTA-TATTT  142

seq1  CAACAATTTAAAATGT-GTATTGTA-CCAAGAATACTTCTTCTTTGAGGA  192
      |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATTTAAAATGTGGTATTGTACCCAAGAATACTTCTTCTTTGAGGA  192

seq1  AGAAATCATGAATTTCCTAATAATGTCTTAATGAGTAATATGTCATAGAA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCATGAATTTCCTAATAATGTCTTAATGAGTAATATGTCATAGAA  242

seq1  TAACTTAAGTAAAGCATAGTACAAAACATTGCAATCATATGTACTCATAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTAAGTAAAGCATAGTACAAAACATTGCAATCATATGTACTCATAT  292

seq1  TGTTTATTTTTCTTTAAGAAATAGCATGCCTATATTATTTGGAATATATG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTTTTCTTTAAGAAATAGCATGCCTATATTATTTGGAATATATG  342

seq1  AAATATACTATTTAAAGTAATTTCTCTTTATTCTGTAATAAGAATATCTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATACTATTTAAAGTAATTTCTCTTTATTCTGTAATAAGAATATCTG  392

seq1  TATTTAAACAATACACTTAAGTTGATTTTTCTATTATCGATACACTTTCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAACAATACACTTAAGTTGATTTTTCTATTATCGATACACTTTCA  442

seq1  AGTTGTTATACTATCAAGTTACATTATTAAATAGGACTGTTTAAATACCA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTATACTATCAAGTTACATTATTAAATAGGACTGTTTAAATACCA  492

seq1  TGCCTTTTAAAAATTTTATTTCATATGTAATGTTAAATTCAACCTTCTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTAAAAATTTTATTTCATATGTAATGTTAAATTCAACCTTCTTT  542

seq1  TATGCTCTATACAAATAAGTTCCCTGCTTTTTGCTATATGACTAGTACAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCTATACAAATAAGTTCCCTGCTTTTTGCTATATGACTAGTACAT  592

seq1  TTGAGTTTTGAGTGAAGTATACTTTTGAGGGTGACCAAATTTGACAAAAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTTTTGAGTGAAGTATACTTTTGAGGGTGACCAAATTTGACAAAAA  642

seq1  TAGGTATGTCAAACAAAGAAATTCTGCCTACAGCTATTCTACTATGTGAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATGTCAAACAAAGAAATTCTGCCTACAGCTATTCTACTATGTGAT  692

seq1  AACTCCATCCCAACATAGCTTTTAATTAATAATATTTCTTCCTGTAGCAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCATCCCAACATAGCTTTTAATTAATAATATTTCTTCCTGTAGCAC  742

seq1  AAGGTTCTATTAGATTTTTAAATATATACTCTTAGTTTTGTGGATTAAAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTCTATTAGATTTTTAAATATATACTCTTAGTTTTGTGGATTAAAT  792

seq1  GTCCACTTATATAATTGCAGAAAAATTAAAATGGCCACCAATAAAAATCA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACTTATATAATTGCAGAAAAATTAAAATGGCCACCAATAAAAATCA  842

seq1  TGTTTCCATATTTGGTATGAAAATATGTGGCATGTTGTTATTAGCCCAGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCATATTTGGTATGAAAATATGTGGCATGTTGTTATTAGCCCAGA  892

seq1  ACAGCATGACATTACCAGACCTGTGTTTATGTGTTGTCTCAATAGGTAAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATGACATTACCAGACCTGTGTTTATGTGTTGTCTCAATAGGTAAG  942

seq1  TTTGCACATATTGGCCATTCCACTAAATCTATACTAACACTTTACAACAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACATATTGGCCATTCCACTAAATCTATACTAACACTTTACAACAA  992

seq1  TATCACTTAATCAGTGGTCTAGATCAAACAAATGTTCTCATGAAAATTCA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTTAATCAGTGGTCTAGATCAAACAAATGTTCTCATGAAAATTCA  1042

seq1  AATACATAATTTAATGGCATGACAGCACATATTTATGTGTTCAGACCCAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATAATTTAATGGCATGACAGCACATATTTATGTGTTCAGACCCAA  1092

seq1  TAACAGCTAATGGAAGAGTTATAGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCTAATGGAAGAGTTATAGAATTC  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |