BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342L20
Chromosome12 (Build37)
Map Location 93,820,608 - 93,923,396
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGtf2a1, Ston2, EG666955, LOC100039631, Sel1l, LOC100039367, EG432681, LOC667589, LOC100039387, LOC100039425, LOC628116
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342L20.bB6Ng01-342L20.g
ACCGA125728GA125729
length1,0671,056
definitionB6Ng01-342L20.b B6Ng01-342L20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,820,608 - 93,821,666)(93,922,388 - 93,923,396)
sequence
gaattcttttacccattgcaggccatagaaaatggtatgccctctctaga
aaattcacttgcatgattagcctttcctagatggttcctaatagggctgg
acctaggcccccagcacatatgtaacagacgtgcagctcaggctttatgt
ggttacgccaacaactggagtggcagttattcctaaagctgatgcctgtc
tatggaatgcattcccctcaatggtctgccttatcaggcttcattgggaa
aggatgtgtctagctctgcagagacttgatatcctagggtcgggggacac
acatggggggcctccacccacttagaagagaggaggagaggaatggaaga
agggaattgtattcaggggattggaacagtggggcatctatcaagaagta
aactgaattaaaaagaaataatgaccatcaacatacacacatatttactt
gtactgtgtataatttcgatatcacaattattgtacattaagaataatat
gtcaggaaataaatagaaaaattaggctataagaaggagaaaactatact
ggttaaacatgtggaggctggtgacagacacataactccaaactacaggt
ggcttctgagctacacgacttcagcatgtttcttaaaatgatgctcttgt
tatcaatttcttcctatgattaaaatgaggatgataatattttcctttgg
aactgtcatcagggtaatacaaagattaagtataaaagtcctgtagctca
cctggcatataataaagtcaataatgttcacttactgttaattgtatctt
tatcaccatcattgacataagaataattataataaattatcagacaaaaa
tttactaatcttaatgtcagtgtgggaagctgctgggtaaaataaagagt
ggagtctctcaactggaagttagaaataatttttcaagatcatgaaaaga
aggttatattcatttacatagggaaaagaacataggaacaagttcaagtt
atctcatactattttaattgcactgttaaatacatcagagggattcttac
ttatatttgacctgtct

gaattcattagacctttgaactctggatgatattctccagtcctgccact
ttgcctgagtgaagtaacccagaccataaagaacatgcagtccccctctg
ctcctccatgacttctactagctcccccaacagggtctttcttatagaag
acttggtagaatgattgagggcccaggggataagagcttcacagaaagat
tgatctcaactaacctgcaccattggggctcttgagagactgaaccacca
acgaaagagactacatggtctggacctatgtcccctgcacatatgtagga
gacttgcagtttggtcttcatgttgtcctgaacaactgaatttcttctat
cctggctgccttgtccaacttcagtggaagagggtgtgcctacctctgta
gagacttgatgtgccaaggtgaggggtgctcagggagaactctattctct
gaggggaagtgaggagaatggagagaggcagtgtgggacagggagcagga
gaggaggtattgactgtgatgggaagatagcagataaaaaattaaaataa
aaaataggaaaaaatgaaacgttatttctaaattttcccccaaaactttc
aaaatctaaagttgtgtattttatttcttagttaaataaattctcattca
tatatccaggatcccaatccaaagcatattaattgtactgattgtaggta
ggagtgatttttttttagttgttattgtatctattcctaaatataaatgc
tatatctgctaagtctatgtaatagtacttgtatgtatataatatcagga
aggaccacacagtaatggataacctattggaaagtcttttttcctgggga
agtctgtttctcttgttctcaacattcctaggttacttatatctggtgtt
ggggctctgtgaaatctctgttttgtgttagcatacctattggcatcatc
tttcttcagttttgcataggcaaccatatggataaaaacttcatttagta
atagcttccattctgtatataggagaacaggatctcaaagcagactcagt
ttatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_93820608_93821666
seq2: B6Ng01-342L20.b_49_1115

seq1  GAATTCTTTTACCCATTGCAGGCCATAGAAAATGGTATGCCCTCTCTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTACCCATTGCAGGCCATAGAAAATGGTATGCCCTCTCTAGA  50

seq1  AAATTCACTTGCATGATTAGCCTTTCCTAGATGGTTCCTAATAGGGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCACTTGCATGATTAGCCTTTCCTAGATGGTTCCTAATAGGGCTGG  100

seq1  ACCTAGGCCCCCAGCACATATGTAACAGACGTGCAGCTCAGGCTTTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGCCCCCAGCACATATGTAACAGACGTGCAGCTCAGGCTTTATGT  150

seq1  GGTTACGCCAACAACTGGAGTGGCAGTTATTCCTAAAGCTGATGCCTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACGCCAACAACTGGAGTGGCAGTTATTCCTAAAGCTGATGCCTGTC  200

seq1  TATGGAATGCATTCCCCTCAATGGTCTGCCTTATCAGGCTTCATTGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAATGCATTCCCCTCAATGGTCTGCCTTATCAGGCTTCATTGGGAA  250

seq1  AGGATGTGTCTAGCTCTGCAGAGACTTGATATCCTAGGGTCGGGGGACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTGTCTAGCTCTGCAGAGACTTGATATCCTAGGGTCGGGGGACAC  300

seq1  ACATGGGGGGCCTCCACCCACTTAGAAGAGAGGAGGAGAGGAATGGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGGGGCCTCCACCCACTTAGAAGAGAGGAGGAGAGGAATGGAAGA  350

seq1  AGGGAATTGTATTCAGGGGATTGGAACAGTGGGGCATCTATCAAGAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATTGTATTCAGGGGATTGGAACAGTGGGGCATCTATCAAGAAGTA  400

seq1  AACTGAATTAAAAAGAAATAATGACCATCAACATACACACATATTTACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATTAAAAAGAAATAATGACCATCAACATACACACATATTTACTT  450

seq1  GTACTGTGTATAATTTCGATATCACAATTATTGTACATTAAGAATAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTGTATAATTTCGATATCACAATTATTGTACATTAAGAATAATAT  500

seq1  GTCAGGAAATAAATAGAAAAATTAGGCTATAAGAAGGAGAAAACTATACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAAATAAATAGAAAAATTAGGCTATAAGAAGGAGAAAACTATACT  550

seq1  GGTTAAACATGTGGAGGCTGGTGACAGACACATAACTCCAAACTACAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAACATGTGGAGGCTGGTGACAGACACATAACTCCAAACTACAGGT  600

seq1  GGCTTCTGAGCTACACGACTTCAGCATGTTTCTTAAAATGATGCTCTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTGAGCTACACGACTTCAGCATGTTTCTTAAAATGATGCTCTTGT  650

seq1  TATCAATTTCTTCCTATGATTAAAATGAGGATGATAATATTTTCCTTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATTTCTTCCTATGATTAAAATGAGGATGATAATATTTTCCTTTGG  700

seq1  AACTGTCATCAGGGTAATACAAAGATTAAGTATAAAAGTCCTGTAGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCATCAGGGTAATACAAAGATTAAGTATAAAAGTCCTGTAGCTCA  750

seq1  CCTGGCATATAATAAAGTCAATAATGTTCACTTACTGTTAATTGTATCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATATAATAAAGTCAATAATGTTCACTTACTGTTAATTGTATCTT  800

seq1  TATCACCATCATTGACATAAGAATAATTATAATAAATTATCAGACAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCATCATTGACATAAGAATAATTATAATAAATTATCAGACAAAAA  850

seq1  TTTACTAATCTTAATGTCAGTGTGGGAAGCTGCTGGGTAAA--TAAGAGT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  TTTACTAATCTTAATGTCAGTGTGGGAAGCTGCTGGGTAAAATAAAGAGT  900

seq1  GGAGTCTCTC-ACTGGAAGTTAGAAATAA--TTTCAAGATCATGAAAAGA  945
      |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTCTCAACTGGAAGTTAGAAATAATTTTTCAAGATCATGAAAAGA  950

seq1  A-GTTATATTCATTTACATA-GGAAAAGAACATAGGAACAAGTTCAAGTT  993
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATATTCATTTACATAGGGAAAAGAACATAGGAACAAGTTCAAGTT  1000

seq1  ATCTCATACTA-TTTAATTGCCACTGTTAAAATACATCAGA-GGATTCTT  1041
      ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  ATCTCATACTATTTTAATTG-CACTGTT-AAATACATCAGAGGGATTCTT  1048

seq1  ACTTATATTTGA-CTGTCT  1059
      |||||||||||| ||||||
seq2  ACTTATATTTGACCTGTCT  1067


seq1: chr12_93922388_93923396
seq2: B6Ng01-342L20.g_110_1122 (reverse)

seq1  AGATAAACTGAAGTCTGCTTTGAGATCCTG-TCTCCTATATACAGAATGG  49
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGATAAACTG-AGTCTGCTTTGAGATCCTGTTCTCCTATATACAGAATGG  49

seq1  AAGCTA-TACT-AATGAAG-TTTTATCCATATGGTTGCCTATGCAAAACC  96
      |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGCTATTACTAAATGAAGTTTTTATCCATATGGTTGCCTATGCAAAA-C  98

seq1  TGAAGAAAGATGATGCCAATAGGTATGCTAACACAAAACAGAGATTTCAC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAGATGATGCCAATAGGTATGCTAACACAAAACAGAGATTTCAC  148

seq1  AGAGCCCCAACACCAGATATAAGTAACCTAGGAATGTTGAGAACAAGAGA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCCAACACCAGATATAAGTAACCTAGGAATGTTGAGAACAAGAGA  198

seq1  AACAGACTTCCCCAGGAAAAAAGAC-TTCCAATAGGTTATCCATTACTGT  245
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACTTCCCCAGGAAAAAAGACTTTCCAATAGGTTATCCATTACTGT  248

seq1  GTGGTCCTTCCTGATATTATATACATACAAGTACTATTACATAGACTTAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCTTCCTGATATTATATACATACAAGTACTATTACATAGACTTAG  298

seq1  CAGATATAGCATTTATATTTAGGAATAGATACAATAACAACT-AAAAAAA  344
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGATATAGCATTTATATTTAGGAATAGATACAATAACAACTAAAAAAAA  348

seq1  ATCACTCCTACCTACAATCAGTACAATTAATATGCTTTGGATTGGGATCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTCCTACCTACAATCAGTACAATTAATATGCTTTGGATTGGGATCC  398

seq1  TGGATATATGAATGAGAATTTATTTAACTAAGAAATAAAATACACAACTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATATGAATGAGAATTTATTTAACTAAGAAATAAAATACACAACTT  448

seq1  TAGATTTTGAAAGTTTTGGGGGAAAATTTAGAAATAACGTTTCATTTTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTGAAAGTTTTGGGGGAAAATTTAGAAATAACGTTTCATTTTTT  498

seq1  CCTATTTTTTATTTTAATTTTTTATCTGCTATCTTCCCATCACAGTCAAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTTTATTTTAATTTTTTATCTGCTATCTTCCCATCACAGTCAAT  548

seq1  ACCTCCTCTCCTGCTCCCTGTCCCACACTGCCTCTCTCCATTCTCCTCAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTCTCCTGCTCCCTGTCCCACACTGCCTCTCTCCATTCTCCTCAC  598

seq1  TTCCCCTCAGAGAATAGAGTTCTCCCTGAGCACCCCTCACCTTGGCACAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTCAGAGAATAGAGTTCTCCCTGAGCACCCCTCACCTTGGCACAT  648

seq1  CAAGTCTCTACAGAGGTAGGCACACCCTCTTCCACTGAAGTTGGACAAGG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCTACAGAGGTAGGCACACCCTCTTCCACTGAAGTTGGACAAGG  698

seq1  CAGCCAGGATAGAAGAAATTCAGTTGTTCAGGACAACATGAAGACCAAAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGATAGAAGAAATTCAGTTGTTCAGGACAACATGAAGACCAAAC  748

seq1  TGCAAGTCTCCTACATATGTGCAGGGGACATAGGTCCAGACCATGTAGTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTCTCCTACATATGTGCAGGGGACATAGGTCCAGACCATGTAGTC  798

seq1  TCTTTCGTTGGTGGTTCAGTCTCTCAAGAGCCCCAATGGTGCAGGTTAGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCGTTGGTGGTTCAGTCTCTCAAGAGCCCCAATGGTGCAGGTTAGT  848

seq1  TGAGATCAATCTTTCTGTGAAGCTCTTATCCCCTGGGCCCTCAATCATTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCAATCTTTCTGTGAAGCTCTTATCCCCTGGGCCCTCAATCATTC  898

seq1  TACCAAGTCTTCTATAAGAAAGACCCTGTTGGGGGAGCTAGTAGAAGTCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGTCTTCTATAAGAAAGACCCTGTTGGGGGAGCTAGTAGAAGTCA  948

seq1  TGGAGGAGCAGAGGGGGACTGCATGTTCTTTATGGTCTGGGTTACTTCAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAGCAGAGGGGGACTGCATGTTCTTTATGGTCTGGGTTACTTCAC  998

seq1  TCAGGCAAAGTGGCA  1009
      |||||||||||||||
seq2  TCAGGCAAAGTGGCA  1013


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |