BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343M06
Chromosome12 (Build37)
Map Location 27,874,520 - 27,983,209
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRnf144, Rsad2, Tyki, LOC668731, 1700020D12Rik
Downstream geneSox11, LOC100043009, LOC669327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343M06.bB6Ng01-343M06.g
ACCGA126461GA126462
length1,1391,138
definitionB6Ng01-343M06.b B6Ng01-343M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,982,073 - 27,983,209)(27,874,520 - 27,875,661)
sequence
gaattccattcttaccatctctcatctccttgatgttctgatcttctttg
agcattgaccttatttagaggctctcttcatctaccctccatcagctgtt
ctataataaggtctcagctacatcagcctcacagcctcttcagagctcag
cttcaacacataggtggtctcctgccttgcagtgggtaccttcagggctc
aatgaagccacaggcatgggtgttgcagctagataatacatgacttccac
atccttgaaccaaggcttgggcatgccacattaccctaccaatgtgacag
ctaagagaaagataccccaaatcaaaatctccaaatccatcactgtgagg
acagctggctcagtgatatcatctacagacccttttctttcttcacatct
tgcaaatagcagataaccaaggtaaactgggacaaggacagatatcatgg
gctgctggagtgcccagtaaaggtctgtggcccctgatctgtcttgtgca
cctgggcttcacacgtttactgagcaggctttgattgttccaaatctggc
cttttccgttcaggacactgctgtacgtaacaacagaaatagattcaaat
ttagatgctgtcacagcattcggaaataggatgtgatggacgggagactc
ctttgtttctgtcattctatgtgagcatcctgtttgtgtgtgaaatttaa
agtaacgaaattgagaggtgcagggatttttctttggtaaatgtagatag
cccccctttctctttctttccttccttggtttttctttatccttttcttt
ctttgttttgtttgttttgttctgtttttgtatctcttgtagctagctat
ctttaagctatctttaaactcattgttttgctgaagatgacctcgaactt
ctgatcttcctggttccacctcccaacttctttgtgatgagattatagac
ttgcaccaccatgcccagctttatatgtgccagagagcatacctagagtc
tcatgcatgccaatcaaccctctcccagctgggctattatgaccgggtct
tttttttctcacataaaagcttctactgaatacatacacctaaagtaaat
tcactcttccctatataattcccactgtccatttagtga

gaattcagggacttatgctagcaggctgtctacctagttcccccaaaaag
taatatttgaaaataggtagaaatatgggggtgaggagcttgttttatgt
tctatcctcaacaatgataaaaatatattggggataattgtagtatatat
ggacaatgaaaacacaaaaccggaagctgatccttgatggaaagttagtg
agatgaataacctaagaccactcttatctctgatattttaaaaagtaatg
agatcccttcttctgaaagagaaaacaatattttttaaagcaagaaagcc
ccactttagactaatttaaagatgggagtgtggggatccaccagaataca
gtaaaacccattgcctattgcatcaaggacttggaagattgttaatctat
ctgtcttctttctggagtatctcacattgccactacagtggccacctctc
tgcatgtctagaactttctgcactctctgtggggtcagctagtgatggat
gcagcttccaagtcccaaggtgtgcacagaggcctggtggcagttaaatc
aacatcaccattgtgccgctcaggagaatttgccagtccttcggtataaa
gttataccgaagaaacataaatggaaataaggttttgacaaatgctctgc
ctttaataagtagctttctgatgtgtggcttgtttagttgcttatttggt
tggtttttcaagacagagcttctctatgtagctgtcagggatcaggctgg
cttcaaactcagagaccttcctgcctctgtttcctgagtgctgggataaa
gttttctgccatcaaaagcagattatggtgtgttttaaacatccgcatag
ataatcttaacaaattaatgaagcatcctagctaatctcagagcagtgca
tagaatgtaggtagcacgggatatctaaattctgtgaataaaactggaac
ttcattcctaatagaagagagcaagcagaatatctctatctctcacacat
acaggaataggattgtcagagatttactcatttaaagaatggtggtccca
agtctcagtcttgggccttcagaaataatgctatacttccctctcactgg
tgtgccttggaacttcttagccacgaggaacattagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_27982073_27983209
seq2: B6Ng01-343M06.b_47_1185 (reverse)

seq1  TCACTTAAAATGAACAGTGG--ATTATATA-GGAAGAGTGAATTTTAACT  47
      |||||  ||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||  |||
seq2  TCACT--AAATGGACAGTGGGAATTATATAGGGAAGAGTGAATTT--ACT  46

seq1  TTAGGTGTATGTATTCAGTAGAAGCTTTTATGTGAG--AAAAAAGACCCG  95
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TTAGGTGTATGTATTCAGTAGAAGCTTTTATGTGAGAAAAAAAAGACCCG  96

seq1  GTCAT-ATAGCCCAGCTGGGAGAGGGTTGATTGGCATGCATGAGACTCTA  144
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAATAGCCCAGCTGGGAGAGGGTTGATTGGCATGCATGAGACTCTA  146

seq1  GGTATGCTCTCTGGCACATATAAAGCTGGGCATGGTGGTGCAAGTCTATA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCTCTCTGGCACATATAAAGCTGGGCATGGTGGTGCAAGTCTATA  196

seq1  ATCTCATCACAAAGAAGTTGGGAGGTGGAACCAGGAAGATCAGAAGTTCG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATCACAAAGAAGTTGGGAGGTGGAACCAGGAAGATCAGAAGTTCG  246

seq1  AGGTCATCTTCAGCAAAACAATGAGTTTAAAGATAGCTTAAAGATAGCTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCTTCAGCAAAACAATGAGTTTAAAGATAGCTTAAAGATAGCTA  296

seq1  GCTACAAGAGATACAAAAACAGAACAAAACAAACAAAACAAAGAAAGAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAAGAGATACAAAAACAGAACAAAACAAACAAAACAAAGAAAGAAA  346

seq1  AGGATAAAGAAAAACCAAGGAAGGAAAGAAAGAGAAAGGGGGGCTATCTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAAAGAAAAACCAAGGAAGGAAAGAAAGAGAAAGGGGGGCTATCTA  396

seq1  CATTTACCAAAGAAAAATCCCTGCACCTCTCAATTTCGTTACTTTAAATT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACCAAAGAAAAATCCCTGCACCTCTCAATTTCGTTACTTTAAATT  446

seq1  TCACACACAAACAGGATGCTCACATAGAATGACAGAAACAAAGGAGTCTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACAAACAGGATGCTCACATAGAATGACAGAAACAAAGGAGTCTC  496

seq1  CCGTCCATCACATCCTATTTCCGAATGCTGTGACAGCATCTAAATTTGAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCCATCACATCCTATTTCCGAATGCTGTGACAGCATCTAAATTTGAA  546

seq1  TCTATTTCTGTTGTTACGTACAGCAGTGTCCTGAACGGAAAAGGCCAGAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTCTGTTGTTACGTACAGCAGTGTCCTGAACGGAAAAGGCCAGAT  596

seq1  TTGGAACAATCAAAGCCTGCTCAGTAAACGTGTGAAGCCCAGGTGCACAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACAATCAAAGCCTGCTCAGTAAACGTGTGAAGCCCAGGTGCACAA  646

seq1  GACAGATCAGGGGCCACAGACCTTTACTGGGCACTCCAGCAGCCCATGAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATCAGGGGCCACAGACCTTTACTGGGCACTCCAGCAGCCCATGAT  696

seq1  ATCTGTCCTTGTCCCAGTTTACCTTGGTTATCTGCTATTTGCAAGATGTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCCTTGTCCCAGTTTACCTTGGTTATCTGCTATTTGCAAGATGTG  746

seq1  AAGAAAGAAAAGGGTCTGTAGATGATATCACTGAGCCAGCTGTCCTCACA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAAAAGGGTCTGTAGATGATATCACTGAGCCAGCTGTCCTCACA  796

seq1  GTGATGGATTTGGAGATTTTGATTTGGGGTATCTTTCTCTTAGCTGTCAC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGATTTGGAGATTTTGATTTGGGGTATCTTTCTCTTAGCTGTCAC  846

seq1  ATTGGTAGGGTAATGTGGCATGCCCAAGCCTTGGTTCAAGGATGTGGAAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTAGGGTAATGTGGCATGCCCAAGCCTTGGTTCAAGGATGTGGAAG  896

seq1  TCATGTATTATCTAGCTGCAACACCCATGCCTGTGGCTTCATTGAGCCCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTATTATCTAGCTGCAACACCCATGCCTGTGGCTTCATTGAGCCCT  946

seq1  GAAGGTACCCACTGCAAGGCAGGAGACCACCTATGTGTTGAAGCTGAGCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTACCCACTGCAAGGCAGGAGACCACCTATGTGTTGAAGCTGAGCT  996

seq1  CTGAAGAGGCTGTGAGGCTGATGTAGCTGAGACCTTATTATAGAACAGCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAGGCTGTGAGGCTGATGTAGCTGAGACCTTATTATAGAACAGCT  1046

seq1  GATGGAGGGTAGATGAAGAGAGCCTCTAAATAAGGTCAATGCTCAAAGAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGGGTAGATGAAGAGAGCCTCTAAATAAGGTCAATGCTCAAAGAA  1096

seq1  GATCAGAACATCAAGGAGATGAGAGATGGTAAGAATGGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGAACATCAAGGAGATGAGAGATGGTAAGAATGGAATTC  1139


seq1: chr12_27874520_27875661
seq2: B6Ng01-343M06.g_67_1204

seq1  GAATTCAGGGACTTATGCTAGCAGGCTGTCTACCTAGTTCCCCCAAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGACTTATGCTAGCAGGCTGTCTACCTAGTTCCCCCAAAAAG  50

seq1  TAATATTTGAAAATAGGTAGAAATATGGGGGTGAGGAGCTTGTTTTATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTGAAAATAGGTAGAAATATGGGGGTGAGGAGCTTGTTTTATGT  100

seq1  TCTATCCTCAACAATGATAAAAATATATTGGGGATAATTGTAGTATATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCTCAACAATGATAAAAATATATTGGGGATAATTGTAGTATATAT  150

seq1  GGACAATGAAAACACAAAACCGGAAGCTGATCCTTGATGGAAAGTTAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATGAAAACACAAAACCGGAAGCTGATCCTTGATGGAAAGTTAGTG  200

seq1  AGATGAATAACCTAAGACCACTCTTATCTCTGATATTTTAAAAAGTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAATAACCTAAGACCACTCTTATCTCTGATATTTTAAAAAGTAATG  250

seq1  AGATCCCTTCTTCTGAAAGAGAAAACAATATTTTTTAAAGCAAGAAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCTTCTTCTGAAAGAGAAAACAATATTTTTTAAAGCAAGAAAGCC  300

seq1  CCACTTTAGACTAATTTAAAGATGGGAGTGTGGGGATCCACCAGAATACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTAGACTAATTTAAAGATGGGAGTGTGGGGATCCACCAGAATACA  350

seq1  GTAAAACCCATTGCCTATTGCATCAAGGACTTGGAAGATTGTTAATCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACCCATTGCCTATTGCATCAAGGACTTGGAAGATTGTTAATCTAT  400

seq1  CTGTCTTCTTTCTGGAGTATCTCACATTGCCACTACAGTGGCCACCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTCTTTCTGGAGTATCTCACATTGCCACTACAGTGGCCACCTCTC  450

seq1  TGCATGTCTAGAACTTTCTGCACTCTCTGTGGGGTCAGCTAGTGATGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTCTAGAACTTTCTGCACTCTCTGTGGGGTCAGCTAGTGATGGAT  500

seq1  GCAGCTTCCAAGTCCCAAGGTGTGCACAGAGGCCTGGTGGCAGTTAAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTCCAAGTCCCAAGGTGTGCACAGAGGCCTGGTGGCAGTTAAATC  550

seq1  AACATCACCATTGTGCCGCTCAGGAGAATTTGCCAGTCCTTCGGTATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCACCATTGTGCCGCTCAGGAGAATTTGCCAGTCCTTCGGTATAAA  600

seq1  GTTATACCGAAGAAACATAAATGGAAATAAGGTTTTGACAAATGCTCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATACCGAAGAAACATAAATGGAAATAAGGTTTTGACAAATGCTCTGC  650

seq1  CTTTAATAAGTAGCTTTCTGATGTGTGGCTTGTTTAGTTGCTTATTTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATAAGTAGCTTTCTGATGTGTGGCTTGTTTAGTTGCTTATTTGGT  700

seq1  TGGTTTTTCAAGACAGAGCTTCTCTATGTAGCTGTCAGGGATCAGGCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTTCAAGACAGAGCTTCTCTATGTAGCTGTCAGGGATCAGGCTGG  750

seq1  CTTCAAACTCAGAGACCTTCCTGCCTCTGTTTCCTGAGTGCTGGGATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACTCAGAGACCTTCCTGCCTCTGTTTCCTGAGTGCTGGGATAAA  800

seq1  GTTTTCTGCCATCAAAAGCAGATTATGGTGTGTTTTAAACATCCGCATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGCCATCAAAAGCAGATTATGGTGTGTTTTAAACATCCGCATAG  850

seq1  ATAATCTTAACAAATTAATGAAGCATCCTAGCTAATCTCAGAGCAGTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTAACAAATTAATGAAGCATCCTAGCTAATCTCAGAGCAGTGCA  900

seq1  TAGAATGTAGGTAGCACGGGATATCTAAATTCTGTGAATAAAACTGGAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGTAGGTAGCACGGGATATCTAAATTCTGTGAATAAAACTGGAAC  950

seq1  TTCATTCCTAATAGAAGAAGAGCAAAGCAGAATATCTCTATCTTCTCAAC  1000
      ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||
seq2  TTCATTCCTAATAGAAG-AGAGC-AAGCAGAATATCTCTATC-TCTC-AC  996

seq1  ACATACAGAAAATAGAATTGTCCAGAGAATTTACTCA-TTAAAGAAT-GT  1048
      ||||||||  ||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||
seq2  ACATACAG-GAATAGGATTGT-CAGAG-ATTTACTCATTTAAAGAATGGT  1043

seq1  GGTCCCCAAGTCTCAGTCT--GGCCTTCAGAA--TATGCTATAATTTCCT  1094
      ||| |||||||||||||||  |||||||||||   |||||||| || |||
seq2  GGT-CCCAAGTCTCAGTCTTGGGCCTTCAGAAATAATGCTATACTTCCCT  1092

seq1  CTCACTGTTG-CCCTTGGACATTCCTTAGCCACAGAGGACCATTTAGAG  1142
      ||||||| ||  ||||||| | | ||||||||| ||||| || ||||||
seq2  CTCACTGGTGTGCCTTGGA-ACTTCTTAGCCAC-GAGGAACA-TTAGAG  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |