BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344O23
Chromosome12 (Build37)
Map Location 45,957,984 - 46,111,968
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStxbp6
Upstream geneLOC100039081, LOC664854, Dnajb9, LOC100039062, Pnpla8, Nrcam, EG620025
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344O23.bB6Ng01-344O23.g
ACCGA127291GA127292
length9521,084
definitionB6Ng01-344O23.b B6Ng01-344O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,957,984 - 45,958,932)(46,110,886 - 46,111,968)
sequence
gaattccaaccataaatatttgatcacagctactgtcttggtattcattg
agctattaactttccactaaataggcttgcgccaggtcacatagccacta
atcttcaggaatgattgcactgctgctcaagctagaccctgagttatggc
cacctgtactttgcagaaatacaattgaataggacgattagctacataga
tcttattgtagtacaaatatttgtgtcttcctcaaagtcaggtgccaaaa
ccaaactgccatgagatgacattaggaggtgagcgtgggaggtgactgga
tctggaggtgcagagacctcagaatgaaggagagactcttccccttttca
ttatgataggatactctcaaaggtcaccataagtgaatcaggaaaaagac
cttcatggggcatggaatctagcatcttgatcttggacttctctgtaaga
aattaattcattgtttaatcaattaccaggtttttaaaatttgtttgtag
cttttaagtagcctggacagactaataacacctagcaaaaagtggtaata
ccctggtttataaaagtatctgggaatgaaggactttaggataaagagca
ctaaacaaaattagggaaccagattatacaattttgctactaaagccttg
ggtgcttcaacatcaatgcttccccattgttccccactcctgtaaaactg
tcggagagtaatacaagtgctggagttcctcccttaaatattccccctgg
tttatttactgaatagtttacagaaatcccctactaatgctctgtagtct
attctacataatgataatgaaaaaaaaatcattacagacactaggatgtg
ctttaagagaagagtcccttcccttttagcctaaaggctcaaactgaaca
actgcaacagaactaacaagagggagggagagagaggacgggggggaagg
gg

gaattctttctatagtctatggatttatgaaggttagagcatttctctgc
acactcgtggatacctatactcatgtatatgtaatatatgaaacatacat
acccatatgcacgtgtgcgtatttgaaacaagtaatatattactctacaa
aaaaaagggaaggggaggaaaaatccaaatgtgaaatatgtacaaatcct
gacattggcttttttaattttcatacttttaaatatttcttcactatgat
atcctagatataattttggcctcttatttaacatgataagaagaatttta
ttttgcatatttttaaagaagataactttaatggtttcttgtctaccaca
gatccatttgtttctgggctggctggaattttttttcaattttttatcat
gagaaataatgattttgacattagatattttggactttgagttgcattat
ttagctcatgctgaactcaaatttaaaatctatttgctttattccccaag
tacaatcatgaaccaccaggcctggtttgcatgcattgtttataaatgaa
taaactgggaactgtgtggatgactaataggaaatgcctacagtactaga
gggtagtagggtatgactggaactttagtcctctgttccctatgaatgtt
tgccctggatgaaaattaattgatttccaaacctttttctggggtctgaa
gagatgctcagaagtaaaagcactagctagctgctcttgtagaggttctc
aatacccacttggtggatcacaaattgagttctagggctatctggtgctc
tcttctggccaccgaagacattgcttgcacatagtgtgcatatatgcgtg
gacaaaacactcatacatgtaactgttttaaaattaagtcatccagaaat
ccctttaaagtatcatattctattcatttttgtgtatttaacaaagagtg
aacaatacttaggctatttatattctctccctttcaagtcctctttggat
aataataagatcttgaactttaggcttatgctgtaatttgattcaacacc
acataggatgtatgtatgtattgtatgcatgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr12_45957984_45958932
seq2: B6Ng01-344O23.b_50_1001

seq1  GAATTCCAACCATAAATATTTGATCACAGCTACTGTCTTGGTATTCATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACCATAAATATTTGATCACAGCTACTGTCTTGGTATTCATTG  50

seq1  AGCTATTAACTTTCCACTAAATAGGCTTGCGCCAGGTCACATAGCCACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTAACTTTCCACTAAATAGGCTTGCGCCAGGTCACATAGCCACTA  100

seq1  ATCTTCAGGAATGATTGCACTGCTGCTCAAGCTAGACCCTGAGTTATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCAGGAATGATTGCACTGCTGCTCAAGCTAGACCCTGAGTTATGGC  150

seq1  CACCTGTACTTTGCAGAAATACAATTGAATAGGACGATTAGCTACATAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTACTTTGCAGAAATACAATTGAATAGGACGATTAGCTACATAGA  200

seq1  TCTTATTGTAGTACAAATATTTGTGTCTTCCTCAAAGTCAGGTGCCAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTGTAGTACAAATATTTGTGTCTTCCTCAAAGTCAGGTGCCAAAA  250

seq1  CCAAACTGCCATGAGATGACATTAGGAGGTGAGCGTGGGAGGTGACTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTGCCATGAGATGACATTAGGAGGTGAGCGTGGGAGGTGACTGGA  300

seq1  TCTGGAGGTGCAGAGACCTCAGAATGAAGGAGAGACTCTTCCCCTTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGGTGCAGAGACCTCAGAATGAAGGAGAGACTCTTCCCCTTTTCA  350

seq1  TTATGATAGGATACTCTCAAAGGTCACCATAAGTGAATCAGGAAAAAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATAGGATACTCTCAAAGGTCACCATAAGTGAATCAGGAAAAAGAC  400

seq1  CTTCATGGGGCATGGAATCTAGCATCTTGATCTTGGACTTCTCTGTAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGGGGCATGGAATCTAGCATCTTGATCTTGGACTTCTCTGTAAGA  450

seq1  AATTAATTCATTGTTTAATCAATTACCAGGTTTTTAAAATTTGTTTGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTCATTGTTTAATCAATTACCAGGTTTTTAAAATTTGTTTGTAG  500

seq1  CTTTTAAGTAGCCTGGACAGACTAATAACACCTAGCAAAAAGTGGTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAGTAGCCTGGACAGACTAATAACACCTAGCAAAAAGTGGTAATA  550

seq1  CCCTGGTTTATAAAAGTATCTGGGAATGAAGGACTTTAGGATAAAGAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTTTATAAAAGTATCTGGGAATGAAGGACTTTAGGATAAAGAGCA  600

seq1  CTAAACAAAATTAGGGAACCAGATTATACAATTTTGCTACTAAAGCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACAAAATTAGGGAACCAGATTATACAATTTTGCTACTAAAGCCTTG  650

seq1  GGTGCTTCAACATCAATGCTTCCCCATTGTTCCCCACTCCTGTAAAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTCAACATCAATGCTTCCCCATTGTTCCCCACTCCTGTAAAACTG  700

seq1  TCGGAGAGTAATACAAGTGCTGGAGTTCCTCCCTTAAATATTCCCCCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGAGAGTAATACAAGTGCTGGAGTTCCTCCCTTAAATATTCCCCCTGG  750

seq1  TTTATTTACTGAATAGTTTACAGAAATCCCCTACTAATGCTCTGTAGTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTACTGAATAGTTTACAGAAATCCCCTACTAATGCTCTGTAGTCT  800

seq1  ATTCTACATAATGATAATG-AAAAAAAATCATTACAGACACTAGGATGTG  849
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTACATAATGATAATGAAAAAAAAATCATTACAGACACTAGGATGTG  850

seq1  CTTTAAGAGAAGAGTCCCTTCCCTTTTAGCCTAAAGGCTCAAACTGAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGAGAAGAGTCCCTTCCCTTTTAGCCTAAAGGCTCAAACTGAACA  900

seq1  ACTGCAACAGAACTAACAAGAGGGAGGGAGAGAGAGGACGGGGGG--AGG  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  ACTGCAACAGAACTAACAAGAGGGAGGGAGAGAGAGGACGGGGGGGAAGG  950

seq1  GG  949
      ||
seq2  GG  952


seq1: chr12_46110886_46111968
seq2: B6Ng01-344O23.g_66_1149 (reverse)

seq1  ATACATACATAC-ATACATACATACATCCTATGT-GTGTTGAAATCAAAT  48
      |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  ATACATGCATACAATACATACATACATCCTATGTGGTGTTG-AATCAAAT  49

seq1  TACAGCATAAGCCTTAAAGTTTCAAGGATCTTATTA-TAT-CAAAGAGGA  96
      ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||
seq2  TACAGCATAAGCC-TAAAG-TTCAA-GATCTTATTATTATCCAAAGAGGA  96

seq1  CTTG-AAGGGAGAGAATATTAAATAGCCTAAGTATTGTTCACTCTTTGTT  145
      |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGGGAGAGAATA-TAAATAGCCTAAGTATTGTTCACTCTTTGTT  145

seq1  AAATACACAAAAATGAATAGAATATGATACTTTAAAGGGA-TTCTGGATG  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAATACACAAAAATGAATAGAATATGATACTTTAAAGGGATTTCTGGATG  195

seq1  ACTTAATTTTAAAACAGTTACATGTATGAGTGTTTTGTCCACGCATATAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAATTTTAAAACAGTTACATGTATGAGTGTTTTGTCCACGCATATAT  245

seq1  GCACACTATGTGCAAGCAATGTCTTCGGTGGCCAGAAGAGAGCACCAGAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTATGTGCAAGCAATGTCTTCGGTGGCCAGAAGAGAGCACCAGAT  295

seq1  AGCCCTAGAACTCAATTTGTGATCCACCAAGTGGGTATTGAGAACCTCTA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTAGAACTCAATTTGTGATCCACCAAGTGGGTATTGAGAACCTCTA  345

seq1  CAAGAGCAGCTAGCTAGTGCTTTTACTTCTGAGCATCTCTTCAGACCCCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCAGCTAGCTAGTGCTTTTACTTCTGAGCATCTCTTCAGACCCCA  395

seq1  GAAAAAGGTTTGGAAATCAATTAATTTTCATCCAGGGCAAACATTCATAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGGTTTGGAAATCAATTAATTTTCATCCAGGGCAAACATTCATAG  445

seq1  GGAACAGAGGACTAAAGTTCCAGTCATACCCTACTACCCTCTAGTACTGT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGAGGACTAAAGTTCCAGTCATACCCTACTACCCTCTAGTACTGT  495

seq1  AGGCATTTCCTATTAGTCATCCACACAGTTCCCAGTTTATTCATTTATAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTTCCTATTAGTCATCCACACAGTTCCCAGTTTATTCATTTATAA  545

seq1  ACAATGCATGCAAACCAGGCCTGGTGGTTCATGATTGTACTTGGGGAATA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCATGCAAACCAGGCCTGGTGGTTCATGATTGTACTTGGGGAATA  595

seq1  AAGCAAATAGATTTTAAATTTGAGTTCAGCATGAGCTAAATAATGCAACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAATAGATTTTAAATTTGAGTTCAGCATGAGCTAAATAATGCAACT  645

seq1  CAAAGTCCAAAATATCTAATGTCAAAATCATTATTTCTCATGATAAAAAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCCAAAATATCTAATGTCAAAATCATTATTTCTCATGATAAAAAA  695

seq1  TTGAAAAAAAATTCCAGCCAGCCCAGAAACAAATGGATCTGTGGTAGACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAAAAATTCCAGCCAGCCCAGAAACAAATGGATCTGTGGTAGACA  745

seq1  AGAAACCATTAAAGTTATCTTCTTTAAAAATATGCAAAATAAAATTCTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCATTAAAGTTATCTTCTTTAAAAATATGCAAAATAAAATTCTTC  795

seq1  TTATCATGTTAAATAAGAGGCCAAAATTATATCTAGGATATCATAGTGAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATGTTAAATAAGAGGCCAAAATTATATCTAGGATATCATAGTGAA  845

seq1  GAAATATTTAAAAGTATGAAAATTAAAAAAGCCAATGTCAGGATTTGTAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTTAAAAGTATGAAAATTAAAAAAGCCAATGTCAGGATTTGTAC  895

seq1  ATATTTCACATTTGGATTTTTCCTCCCCTTCCCTTTTTTTTGTAGAGTAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCACATTTGGATTTTTCCTCCCCTTCCCTTTTTTTTGTAGAGTAA  945

seq1  TATATTACTTGTTTCAAATACGCACACGTGCATATGGGTATGTATGTTTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTACTTGTTTCAAATACGCACACGTGCATATGGGTATGTATGTTTC  995

seq1  ATATATTACATATACATGAGTATAGGTATCCACGAGTGTGCAGAGAAATG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTACATATACATGAGTATAGGTATCCACGAGTGTGCAGAGAAATG  1045

seq1  CTCTAACCTTCATAAATCCATAGACTATAGAAAGAATTC  1083
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACCTTCATAAATCCATAGACTATAGAAAGAATTC  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |