Query= MSMg01no045_m08.b1 MSMg01no045_m08.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no045_m08.b1 PHD_FILE: MSMg01no045_m08.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 12:05:48 2005
(303 letters)
>mm_chr12_91075821_91076523
Length = 703
Score = 439 bits (227), Expect = e-127
Identities = 239/243 (98%)
Strand = Plus / Minus
Query: 6 gaattctttaggcgctggaagaacttatctagccttcagagatgttagcagacttagcac 65
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 406 gaattctttaggcgctggaagaacttatctagccttcagagatgttagcagacttagcac 347
Query: 66 agcattcctgcaagcccagtgagcagccaaatggcatacaacctaaggttatggttgata 125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 346 agcattcctgcaagcccagtgagcagccaaatggcatacaacctaaggttatggttgata 287
Query: 126 ataaaatccattcgagaaaaggagattaggaccagagaaaagaagtccaagttacaggta 185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 286 ataaaatccattcgagaaaaggagattaggaccagagaaaagaagtccaagttacaggta 227
Query: 186 agaaaacatacatagaaatgcatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 245
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
Sbjct: 226 aaaaaacatacatagaaatgcatatatatatatatatatatatatatatacatacataca 167
Query: 246 tat 248
|||
Sbjct: 166 tat 164
Score = 89.7 bits (46), Expect = 2e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 208 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 53 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 98
Score = 89.7 bits (46), Expect = 2e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 210 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 53 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 98
Score = 89.7 bits (46), Expect = 2e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 212 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 53 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 98
Score = 89.7 bits (46), Expect = 2e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 214 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 53 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 98
Score = 89.7 bits (46), Expect = 2e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 216 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 53 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 98
Score = 89.7 bits (46), Expect = 2e-22
Identities = 46/46 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 218 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 53 tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 98
Score = 87.7 bits (45), Expect = 8e-22
Identities = 45/45 (100%)
Strand = Plus / Plus
Query: 207 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 251
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 54 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata 98
Score = 60.7 bits (31), Expect = 1e-13
Identities = 40/43 (93%)
Strand = Plus / Plus
Query: 206 catatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 248
||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 163 catatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatat 205
Score = 58.7 bits (30), Expect = 4e-13
Identities = 57/76 (75%), Gaps = 18/76 (23%)
Strand = Plus / Plus
Query: 206 catatatatatatatatatat--------------ata--ta--tatatatatatatata 247
||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||
Sbjct: 129 catatatatatatatatatatacacacacacacacatatgtatgtatgtatatatatata 188
Query: 248 tatatatatatatata 263
||||||||||||||||
Sbjct: 189 tatatatatatatata 204
Score = 58.7 bits (30), Expect = 4e-13
Identities = 39/42 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 209 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 250
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 164 atatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatat 205
Score = 58.7 bits (30), Expect = 4e-13
Identities = 39/42 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 211 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 252
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 164 atatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatat 205
Score = 58.7 bits (30), Expect = 4e-13
Identities = 39/42 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 213 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 254
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 164 atatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatat 205
Score = 58.7 bits (30), Expect = 4e-13
Identities = 39/42 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 215 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 256
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 164 atatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatat 205
Score = 58.7 bits (30), Expect = 4e-13
Identities = 39/42 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 217 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 258
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 164 atatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatat 205
Score = 58.7 bits (30), Expect = 4e-13
Identities = 39/42 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 219 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 260
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 164 atatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatat 205
Score = 58.7 bits (30), Expect = 4e-13
Identities = 39/42 (92%)
Strand = Plus / Plus
Query: 221 atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat 262
|||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 164 atatgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatat 205
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 163
Number of extensions: 79
Number of successful extensions: 79
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 65
Number of HSP's successfully gapped: 27
Length of query: 303
Length of database: 703
Length adjustment: 9
Effective length of query: 294
Effective length of database: 694
Effective search space: 204036
Effective search space used: 204036
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no045_m08.g1 MSMg01no045_m08.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no045_m08.g1 PHD_FILE: MSMg01no045_m08.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 12:05:48 2005
(522 letters)
>mm_chr12_91010192_91011114
Length = 923
Score = 957 bits (495), Expect = 0.0
Identities = 517/525 (98%), Gaps = 5/525 (0%)
Strand = Plus / Plus
Query: 1 agacctatgattctattcc-attaagttggattatatgtttttattccatacaaatataa 59
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 197 agacctatgattctattcagattaagttggattatatgtttttattccatacaaatataa 256
Query: 60 tgtctgtgattttgtttaaaggcccaagagtccagcttttttttt-aaatgacttgtgac 118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct: 257 tgtctgtgattttgtttaaaggcccaagagtccagcttttttttttaaatgacttgtgac 316
Query: 119 atttccaatagctaccaaagttcagttatctgaaaatctgctgcacatatggcccactcg 178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 317 atttccaatagctaccaaagttcagttatctgaaaatctgctgcacatatggcccactcg 376
Query: 179 gaaaataaactatatattgttgacatcgtctcttgatgccatgaaaaaaatggagtctag 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 377 gaaaataaactatatattgttgacatcgtctcttgatgccatgaaaaaaatggagtctag 436
Query: 239 ctgatgcagtgaaaaatcagatgtatttataaacctaaaatgtcaattttctaaattagt 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 437 ctgatgcagtgaaaaatcagatgtatttataaacctaaaatgtcaattttctaaattagt 496
Query: 299 ttcaaatttatatctcacacacacatacacacacacacacacacacacacacacacacac 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 497 ttcaaatttatatctcacacacacatacacacacacacacacacacacacacacacacac 556
Query: 359 acacaca--tatatacagagagagaggggggg-cttgcccttacctttatactccatgag 415
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 557 acacacacatatatacagagagagaggggggggcttgcccttacctttatactccatgag 616
Query: 416 gtcatataagaaaccactccatgatttatttctaggatctaaatttataaaatagagaac 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct: 617 gtcatataagaaaccactccatgatttatttctaggaactaaatttataaaatagagaac 676
Query: 476 atatgtggctgttattcgctgacatgtatacgtattggcgactgc 520
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 677 atatgtggttgttattcgctgacatgtatacgtattggcgactgc 721
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 58
Number of extensions: 16
Number of successful extensions: 16
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 7
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 522
Length of database: 923
Length adjustment: 10
Effective length of query: 512
Effective length of database: 913
Effective search space: 467456
Effective search space used: 467456
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
|
