BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001L06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 99,811,356 - 99,960,334
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039797, Zfp366
Upstream geneRgnef, LOC667703, Utp15, Ankra2, EG667718, Btf3, Foxd1, LOC100039827, LOC100039665, LOC100039854, LOC218501, Tmem174, Tmem171, LOC669675, Fcho2, Tnpo1, EG432798, LOC100039771, 1700024P04Rik, LOC100039967
Downstream genePtcd2, Mrps27, Mtap1b, Cartpt, Mccc2, Bdp1, Serf1, Smn1, Naip2, Birc1-rs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001L06.bB6Ng01-001L06.g
ACCDH839946DH839947
length1,0391,147
definitionDH839946|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001L06, 5' end.DH839947|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001L06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,959,294 - 99,960,334)(99,811,356 - 99,812,493)
sequence
gaattctctccctctccttctctctggccctttcattgtctctctctccc
tcttccccccctctctctctccctccctctttcttacctctcccccctct
ctctttatttttagatgtctttttctgtgctggaaattaaacccaactat
attttttaattggttctcagactgctgtaaaggcagaactcctttttaga
gtatcgtgtccccagactgtcaccactgctcggcctttgggtttcttctt
cctgggttgctggcttgggcaaccagcagaaccctttgctgccccacccc
gactcctgctgtcttccagaactagggctctgccctgagtgactttgatc
ttggcacctaaaacacactagaaagcaacaccctggactggagctctctg
agggttgggatctttgggaaggagtctgtttgctcgttgattccacaaca
tgcacgtcaaatattgctctgagctgagcagaagagagactgatctagca
atgctgctgttaatggacagtcctattgtcttagacagggtcacagctaa
cagatggttttgtaatgctgaaacagggccctgcatcaccccgtgtgcag
gaagtgaaccctctacactggtgctgcctggattagaacatgtagcagaa
tcatatggaacagtgattttggggtttaatggatagaagagaccagcagg
tctgggatagggcctgaggtttcattttcctgacaggttttttaggtgat
gtcctgctgaagatctttgggtcacacttgtggtgtcctgcctgaaagag
tgtgccaatgtttaaggtctgccagctacagatgcccttcctgtcttagt
gaggaagctgaatccaagtgacatcatcttgggggaaactcttcaggtag
aagatgaaagagcaagacccctgtcacctacatcagatgcttctgaggca
cgtggagcattggagcagttcccaaacctggtcagactctgcacaatata
tctctggtttcatcagtccctgactggtaccaacacaca
gaattcaattacaccttgtatgactgtggtgaacccctgccctcttccag
ctgtcatggggtcatgggtgaatggcgatgtcaggagcagcggcacatag
actcctcacggtgaaaagtcacagtagatggtggcccacaacgacatctc
tgtgtgagctatgatcatgttccatctggcatctggggtatgtgcatgcg
ccttctcctgccactcacaatagtctgtcccctcttccaccttctcgctg
ctgtgggttgaacctagagtcttgtgcgtgtcaggcaagtgctctgtcat
cagtattcagcacttttaaatcgattccttctattaagttgttcagctgg
acttggacttgctctgtagcctgggtaggccttgaacttgggatcctctt
gctgaagaagctcaagtagctgaagttacaggcagacactgcaaggcttt
ctccttcctgagccttgtttaaaaggcagggtcttgtcatagagcccagg
ttggcttagaacttgtgatcttcccacatcagccttctgagtgctgggac
tatggacatgccatactatacccggctagaccctcctggagcaaaggagt
ggtattcatctatttctaaggaggcatcacagtgaagagacagagacccc
ggacttggtatgctctagagcctgcctctgttatctttcgggctgtgagc
ttagtgtacttgctccccctccttggtcctcagatcccaccctgggtgag
aaggaggcaagatctgctttatagctgtgctgtgggattagtacgttcag
ccataccagcccttccactgggttctagagtggtacaaactattagcagt
ggtgactcacagtctagggaggacctactggtgcctctcatcaacttgtc
actcagcagagacgcttagcagagagtctctctttgataccgtcctattt
tggttctcctcctgtagatgtgagatgtagggagaatataacagaaacag
actggtggccaagtggcctttattggtccgcatctggagagtccgtatga
tgattacaagtccttatgacttgtaatgttgatgtcaggacagttctttg
gcaaatcaccccacattttccattggctcttctctcccaacttaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_99959294_99960334
seq2: B6Ng01-001L06.b_46_1084 (reverse)

seq1  TGTGTGTGGGTACCAAGTCAGGGACTGATGAAACCAGAGATTATATGTGT  50
      ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  TGTGTGTTGGTACC-AGTCAGGGACTGATGAAACCAGAGA-TATAT-TGT  47

seq1  GGCAGAGTTCTGACCAGGTTTGGGACCTGCT-CAATGCTCCACGTGCCTC  99
       |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  -GCAGAG-TCTGACCAGGTTTGGGAACTGCTCCAATGCTCCACGTGCCTC  95

seq1  AG-AGCATCCTGATGTAGGTGACAGGGGTCTTGCTCTTTCATCTTCTACC  148
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAT-CTGATGTAGGTGACAGGGGTCTTGCTCTTTCATCTTCTACC  144

seq1  TG-AGAGTTTCCCCCAAGATGATGTCACTTGGATTCAGCTTCCTCACTAA  197
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGTTTCCCCCAAGATGATGTCACTTGGATTCAGCTTCCTCACTAA  194

seq1  GACAGGAAGGGCATCTGTAGCTGGCAGACCTTAAACATTGGCACACTCTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAAGGGCATCTGTAGCTGGCAGACCTTAAACATTGGCACACTCTT  244

seq1  TCAGGCAGGACACCACAAGTGTGACCCAAAGATCTTCAGCAGGACATCAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAGGACACCACAAGTGTGACCCAAAGATCTTCAGCAGGACATCAC  294

seq1  CTAAAAAACCTGTCAGGAAAATGAAACCTCAGGCCCTATCCCAGACCTGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAAACCTGTCAGGAAAATGAAACCTCAGGCCCTATCCCAGACCTGC  344

seq1  TGGTCTCTTCTATCCATTAAACCCC-AAATCACTGTTCCATATGATTCTG  396
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCTTCTATCCATTAAACCCCAAAATCACTGTTCCATATGATTCTG  394

seq1  CTACATGTTCTAATCCAGGCAGCACCAGTGTAGAGGGTTCACTTCCTGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGTTCTAATCCAGGCAGCACCAGTGTAGAGGGTTCACTTCCTGCA  444

seq1  CACGGGGTGATGCAGGGCCCTGTTTCAGCATTACAAAACCATCTGTTAGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGGGTGATGCAGGGCCCTGTTTCAGCATTACAAAACCATCTGTTAGC  494

seq1  TGTGACCCTGTCTAAGACAATAGGACTGTCCATTAACAGCAGCATTGCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCCTGTCTAAGACAATAGGACTGTCCATTAACAGCAGCATTGCTA  544

seq1  GATCAGTCTCTCTTCTGCTCAGCTCAGAGCAATATTTGACGTGCATGTTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTCTCTCTTCTGCTCAGCTCAGAGCAATATTTGACGTGCATGTTG  594

seq1  TGGAATCAACGAGCAAACAGACTCCTTCCCAAAGATCCCAACCCTCAGAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATCAACGAGCAAACAGACTCCTTCCCAAAGATCCCAACCCTCAGAG  644

seq1  AGCTCCAGTCCAGGGTGTTGCTTTCTAGTGTGTTTTAGGTGCCAAGATCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCAGTCCAGGGTGTTGCTTTCTAGTGTGTTTTAGGTGCCAAGATCA  694

seq1  AAGTCACTCAGGGCAGAGCCCTAGTTCTGGAAGACAGCAGGAGTCGGGGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACTCAGGGCAGAGCCCTAGTTCTGGAAGACAGCAGGAGTCGGGGT  744

seq1  GGGGCAGCAAAGGGTTCTGCTGGTTGCCCAAGCCAGCAACCCAGGAAGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGCAAAGGGTTCTGCTGGTTGCCCAAGCCAGCAACCCAGGAAGAA  794

seq1  GAAACCCAAAGGCCGAGCAGTGGTGACAGTCTGGGGACACGATACTCTAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCAAAGGCCGAGCAGTGGTGACAGTCTGGGGACACGATACTCTAA  844

seq1  AAAGGAGTTCTGCCTTTACAGCAGTCTGAGAACCAATTAAAAAATATAGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTTCTGCCTTTACAGCAGTCTGAGAACCAATTAAAAAATATAGT  894

seq1  TGGGTTTAATTTCCAGCACAGAAAAAGACATCTAAAAATAAAGAGAGAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTAATTTCCAGCACAGAAAAAGACATCTAAAAATAAAGAGAGAGG  944

seq1  GGGGAGAGGTAAGAAAGAGGGAGGGAGAGAGAGAGGGGGGGAAGAGGGAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAGGTAAGAAAGAGGGAGGGAGAGAGAGAGGGGGGGAAGAGGGAG  994

seq1  AGAGAGACAATGAAAGGGCCAGAGAGAAGGAGAGGGAGAGAATTC  1041
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGACAATGAAAGGGCCAGAGAGAAGGAGAGGGAGAGAATTC  1039

seq1: chr13_99811356_99812493
seq2: B6Ng01-001L06.g_68_1214

seq1  GAATTCAATTACACCTTGTATGACTGTGGTGAACCCCTGCCCTCTTCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTACACCTTGTATGACTGTGGTGAACCCCTGCCCTCTTCCAG  50

seq1  CTGTCATGGGGTCATGGGTGAATGGCGATGTCAGGAGCAGCGGCACATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATGGGGTCATGGGTGAATGGCGATGTCAGGAGCAGCGGCACATAG  100

seq1  ACTCCTCACGGTGAAAAGTCACAGTAGATGGTGGCCCACAACGACATCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCACGGTGAAAAGTCACAGTAGATGGTGGCCCACAACGACATCTC  150

seq1  TGTGTGAGCTATGATCATGTTCCATCTGGCATCTGGGGTATGTGCATGCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGCTATGATCATGTTCCATCTGGCATCTGGGGTATGTGCATGCG  200

seq1  CCTTCTCCTGCCACTCACAATAGTCTGTCCCCTCTTCCACCTTCTCGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCCTGCCACTCACAATAGTCTGTCCCCTCTTCCACCTTCTCGCTG  250

seq1  CTGTGGGTTGAACCTAGAGTCTTGTGCGTGTCAGGCAAGTGCTCTGTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGTTGAACCTAGAGTCTTGTGCGTGTCAGGCAAGTGCTCTGTCAT  300

seq1  CAGTATTCAGCACTTTTAAATCGATTCCTTCTATTAAGTTGTTCAGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTCAGCACTTTTAAATCGATTCCTTCTATTAAGTTGTTCAGCTGG  350

seq1  ACTTGGACTTGCTCTGTAGCCTGGGTAGGCCTTGAACTTGGGATCCTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGACTTGCTCTGTAGCCTGGGTAGGCCTTGAACTTGGGATCCTCTT  400

seq1  GCTGAAGAAGCTCAAGTAGCTGAAGTTACAGGCAGACACTGCAAGGCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGAAGCTCAAGTAGCTGAAGTTACAGGCAGACACTGCAAGGCTTT  450

seq1  CTCCTTCCTGAGCCTTGTTTAAAAGGCAGGGTCTTGTCATAGAGCCCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCTGAGCCTTGTTTAAAAGGCAGGGTCTTGTCATAGAGCCCAGG  500

seq1  TTGGCTTAGAACTTGTGATCTTCCCACATCAGCCTTCTGAGTGCTGGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTAGAACTTGTGATCTTCCCACATCAGCCTTCTGAGTGCTGGGAC  550

seq1  TATGGACATGCCATACTATACCCGGCTAGACCCTCCTGGAGCAAAGGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACATGCCATACTATACCCGGCTAGACCCTCCTGGAGCAAAGGAGT  600

seq1  GGTATTCATCTATTTCTAAGGAGGCATCACAGTGAAGAGACAGAGACCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTCATCTATTTCTAAGGAGGCATCACAGTGAAGAGACAGAGACCCC  650

seq1  GGACTTGGTATGCTCTAGAGCCTGCCTCTGTTATCTTTCGGGCTGTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGGTATGCTCTAGAGCCTGCCTCTGTTATCTTTCGGGCTGTGAGC  700

seq1  TTAGTGTACTTGCTCCCCCTCCTTGGTCCTCAGATCCCACCCTGGGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTACTTGCTCCCCCTCCTTGGTCCTCAGATCCCACCCTGGGTGAG  750

seq1  AAGGAGGCAAGATCTGCTTTATAGCTGTGCTGTGGGATTAGTACGTTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGCAAGATCTGCTTTATAGCTGTGCTGTGGGATTAGTACGTTCAG  800

seq1  CCATACCAGCCCTTCCACT-GGTTCTAGAGTGGTACAAACTATTAGCAGT  849
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCAGCCCTTCCACTGGGTTCTAGAGTGGTACAAACTATTAGCAGT  850

seq1  GGTGACTCACAGTCTAGGGAGGACCTACTGGTGCCTCTCATCAACTTGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACTCACAGTCTAGGGAGGACCTACTGGTGCCTCTCATCAACTTGTC  900

seq1  ACTCAGCAGAGACGCTTAGCAGAGAGTCTCTCTTTGATACCGTCCTA-TT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTCAGCAGAGACGCTTAGCAGAGAGTCTCTCTTTGATACCGTCCTATTT  950

seq1  TGGTTCTCCTCCTGTAGATGTGAGATGTA-GGAGAA-ATAACAGAAACAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TGGTTCTCCTCCTGTAGATGTGAGATGTAGGGAGAATATAACAGAAACAG  1000

seq1  ACTGGTGGCCAAGTGG-CTTTA-TGGTCCGCATCTGAGGAAGTCCGTATG  1044
      |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||
seq2  ACTGGTGGCCAAGTGGCCTTTATTGGTCCGCATCTG-GAGAGTCCGTATG  1049

seq1  ATGATTACAAGTCCTTATGACTTGTAATGATGATGTCAGGACAGTCCTAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |
seq2  ATGATTACAAGTCCTTATGACTTGTAATGTTGATGTCAGGACAGTTCTTT  1099

seq1  -GCAAATCA-CCCACAATTTCCATTG---CTACATCTCCCAACCTAGGG  1138
       |||||||| |||||| |||||||||   || | ||||||||| |||||
seq2  GGCAAATCACCCCACATTTTCCATTGGCTCTTC-TCTCCCAACTTAGGG  1147