BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002H02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 73,419,450 - 73,573,966
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042864, Ndufs6, Mrpl36
Upstream geneLOC100042828, LOC100042832, LOC100042836, Irx2, LOC621486, Irx4
Downstream geneAytl2, Slc6a3, Clptm1l, Tert, Slc6a18, Slc6a19, Slc12a7, Nkd2, EG666360, Trip13, Brd9, Zdhhc11, LOC100042909, 2900041A09Rik, LOC621824, Cep72, Slc9a3, Exoc3, Ahrr, Pdcd6, Sdha, Ccdc127, AI595366, Zfp72, LOC666670, LOC634386, LOC100042547
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002H02.bB6Ng01-002H02.g
ACCDH840466DH840467
length1,0831,072
definitionDH840466|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002H02, 5' end.DH840467|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002H02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,572,883 - 73,573,966)(73,419,450 - 73,420,513)
sequence
gaattcatttttccagttcaccccacaaggacacttacaaaacccaggca
ctcccatataactgagccttggatgactcttcaagagggagcagtgaacc
tgcttttggtctcactatgggccactctgaaagacaacctggacaggatt
gggagttcagatagatgacaaagccatcagagttggctgacctgagtcta
gagggcacagagagtgttatgtccttcagggtcacatcacaggatggaca
tacatggcccatgctacatgtcctcagcaaacagaaaattgaagggcagg
attttctagaagagacctcctatggcctagtagctgaccttggttactac
agacacacgtgagaattcaccagagtactctggtcttcagagactctctg
acctccatcttggttgtcactagatgaccaagacctcactagtggccatt
gggctggacctagctccaatggaccttttggaatgacaggtcaggcctcc
acacagtctttagataccagataagagccctgcctgtcccaacacatgat
tttgggagttcctgagcaataaaatacttcaggcaggagtccctagtctt
cctatctagacgccttcagggccactggtttatctgctaagagtgcccgg
ccccagctcacatcaattctgtttcacactggcctcccagtccgtggcta
gcactcacttgcactgatgtcctcggcctactcaatcactccaataacgt
tggacctgtgaattgtagccactgtggccgctcacacattagaacttgga
tgaagcagctaacctgcttatgtcttacctcgagttgggtgggacaaaaa
gtcagacaacaacctccacatcatctagtcatccacactggtgtatgtat
gccatgcatcttatccagaatgcactgcccaccaagaaggccaaagagct
tccttccagggagcctccgtgtttgtctctggctttctttttttagtgac
agggacagatgactctgaagtggactgcagcacaatttttctcagcacat
accatcctcgatgagcagcatgtgtgtactgcc
gaattcctggagtgatgtgcccaaagaaacagatagggttgcccaaagaa
acacataggtttgccccccaggcaaagaagcagtaggctactgggttttg
gccattctcactagaaatccatttatggttacaatcactacactgtggcc
ttgtttcttgttcttgactaaaggctctgcttaactacactttggtacaa
tgtgaagaacatcactcagatccagccatgtggccaatggcactcttaga
aagctgtgagcttctgaccagtgaacccaccaaaccgctgtttggagcta
tggacagagcaggacagaagactagactggaccacagaggtctagctaca
ggacgatctgttccctccctggctggcagagggcaggtccaatgaaacct
caaatgtctcagcaaagatgaaggccacacagaactctggaagcctgtgg
aaaagcatggcagtgtagactaatagatgcaactgagtatctaaataaat
agtgctttacaccacagaaagctgccttcccagggacatggccttagctt
cctgtgggtccctgattaggactgaccgcctatccacaggatatcaggtg
acattccactcaaggattcctgaggccaagccagcatagcacagcctgct
tactagaaatggtagcttactgacggggtttcatgtagctctgacttcct
atagttcctgaccatagcagctgcattccaggaggctatagcacaacaca
agctttgcttctgagttgaaacaggtgagaggcagggtgctatcttgaga
accacaagagcaagccttaggcttcctcgaggcaggtagacgtgcatcac
ccaagcctgccttagtgggacctcttccagggccttaggagcccttccta
gctgagacatcctgactttccccttcctggtgcaggtgggatcctatcat
taatgtgcccaccctttcgcttttctgttcatgtagccaacttgtcagcc
tggggaatcacccttggagcagctcaagctggtccctggacttggcccag
gagattcctcgatcacttgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_73572883_73573966
seq2: B6Ng01-002H02.b_44_1126 (reverse)

seq1  GGCAGTACACACATGCTGCCTCATCGAGGATGGTATGTGCTGGGGAAAAT  50
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||
seq2  GGCAGTACACACATGCTG-CTCATCGAGGATGGTATGTGCTGAGAAAAAT  49

seq1  TGTGCCTGCAGTCCACCTTCAGAGTCATCTGTCCCTGTCACT-AAAAAAG  99
      |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTG-CTGCAGTCCA-CTTCAGAGTCATCTGTCCCTGTCACTAAAAAAAG  97

seq1  AAAGCCAGAGACAAACACGGAGGCTCCCTGGAAGG-AGCTCTTTGGCC-T  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  AAAGCCAGAGACAAACACGGAGGCTCCCTGGAAGGAAGCTCTTTGGCCTT  147

seq1  CTTGGTGGGCAGTGCCTTCTGGGTAGGATGCTTGGCATACATACACCAGT  197
      ||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGGGCAGTGCATTCTGGATAAGATGCATGGCATACATACACCAGT  197

seq1  GTGGATGACTAGATGATGTGGAGGTTGTTGTCTGGCTTTTTGTTCCCACC  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  GTGGATGACTAGATGATGTGGAGGTTGTTGTCTGACTTTTTG-TCCCACC  246

seq1  CAACTCGAGGTAAGACATAAGCAGGTTAGCTGCTTCATCCAAGTTCTAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCGAGGTAAGACATAAGCAGGTTAGCTGCTTCATCCAAGTTCTAAT  296

seq1  GTGTGAGCGGCCACAGTGGCTACAATTCACAGGTCCAACGTTATTGGAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGCGGCCACAGTGGCTACAATTCACAGGTCCAACGTTATTGGAGT  346

seq1  GATTGAGTAGGCCGAGGACATCAGTGCAAGTGAGTGCTAGCCACGGACTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAGTAGGCCGAGGACATCAGTGCAAGTGAGTGCTAGCCACGGACTG  396

seq1  GGAGGCCAGTGTGAAACAGAATTGATGTGAGCTGGGGCCGGGCACTCTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCAGTGTGAAACAGAATTGATGTGAGCTGGGGCCGGGCACTCTTA  446

seq1  GCAGATAAACCAGTGGCCCTGAAGGCGTCTAGATAGGAAGACTAGGGACT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATAAACCAGTGGCCCTGAAGGCGTCTAGATAGGAAGACTAGGGACT  496

seq1  CCTGCCTGAAGTATTTTATTGCTCAGGAACTCCCAAAATCATGTGTTGGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGAAGTATTTTATTGCTCAGGAACTCCCAAAATCATGTGTTGGG  546

seq1  ACAGGCAGGGCTCTTATCTGGTATCTAAAGACTGTGTGGAGGCCTGACCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGGGCTCTTATCTGGTATCTAAAGACTGTGTGGAGGCCTGACCT  596

seq1  GTCATTCCAAAAGGTCCATTGGAGCTAGGTCCAGCCCAATGGCCACTAGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCCAAAAGGTCCATTGGAGCTAGGTCCAGCCCAATGGCCACTAGT  646

seq1  GAGGTCTTGGTCATCTAGTGACAACCAAGATGGAGGTCAGAGAGTCTCTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTTGGTCATCTAGTGACAACCAAGATGGAGGTCAGAGAGTCTCTG  696

seq1  AAGACCAGAGTACTCTGGTGAATTCTCACGTGTGTCTGTAGTAACCAAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAGAGTACTCTGGTGAATTCTCACGTGTGTCTGTAGTAACCAAGG  746

seq1  TCAGCTACTAGGCCATAGGAGGTCTCTTCTAGAAAATCCTGCCCTTCAAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTACTAGGCCATAGGAGGTCTCTTCTAGAAAATCCTGCCCTTCAAT  796

seq1  TTTCTGTTTGCTGAGGACATGTAGCATGGGCCATGTATGTCCATCCTGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTTGCTGAGGACATGTAGCATGGGCCATGTATGTCCATCCTGTG  846

seq1  ATGTGACCCTGAAGGACATAACACTCTCTGTGCCCTCTAGACTCAGGTCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACCCTGAAGGACATAACACTCTCTGTGCCCTCTAGACTCAGGTCA  896

seq1  GCCAACTCTGATGGCTTTGTCATCTATCTGAACTCCCAATCCTGTCCAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACTCTGATGGCTTTGTCATCTATCTGAACTCCCAATCCTGTCCAGG  946

seq1  TTGTCTTTCAGAGTGGCCCATAGTGAGACCAAAAGCAGGTTCACTGCTCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTTCAGAGTGGCCCATAGTGAGACCAAAAGCAGGTTCACTGCTCC  996

seq1  CTCTTGAAGAGTCATCCAAGGCTCAGTTATATGGGAGTGCCTGGGTTTTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAAGAGTCATCCAAGGCTCAGTTATATGGGAGTGCCTGGGTTTTG  1046

seq1  TAAGTGTCCTTGTGGGGTGAACTGGAAAAATGAATTC  1084
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTCCTTGTGGGGTGAACTGGAAAAATGAATTC  1083

seq1: chr13_73419450_73420513
seq2: B6Ng01-002H02.g_71_1142

seq1  GAATTCCTGGAGTGATGTGCCCAAAGAAACAGATAGGGTTGCCCAAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAGTGATGTGCCCAAAGAAACAGATAGGGTTGCCCAAAGAA  50

seq1  ACACATAGGTTTGCCCCCCAGGCAAAGAAGCAGTAGGCTACTGGGTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGGTTTGCCCCCCAGGCAAAGAAGCAGTAGGCTACTGGGTTTTG  100

seq1  GCCATTCTCACTAGAAATCCATTTATGGTTACAATCACTACACTGTGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCTCACTAGAAATCCATTTATGGTTACAATCACTACACTGTGGCC  150

seq1  TTGTTTCTTGTTCTTGACTAAAGGCTCTGCTTAACTACACTTTGGTACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTTGTTCTTGACTAAAGGCTCTGCTTAACTACACTTTGGTACAA  200

seq1  TGTGAAGAACATCACTCAGATCCAGCCATGTGGCCAATGGCACTCTTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGAACATCACTCAGATCCAGCCATGTGGCCAATGGCACTCTTAGA  250

seq1  AAGCTGTGAGCTTCTGACCAGTGAACCCACCAAACCGCTGTTTGGAGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTGAGCTTCTGACCAGTGAACCCACCAAACCGCTGTTTGGAGCTA  300

seq1  TGGACAGAGCAGGACAGAAGACTAGACTGGACCACAGAGGTCTAGCTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGAGCAGGACAGAAGACTAGACTGGACCACAGAGGTCTAGCTACA  350

seq1  GGACGATCTGTTCCCTCCCTGGCTGGCAGAGGGCAGGTCCAATGAAACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGATCTGTTCCCTCCCTGGCTGGCAGAGGGCAGGTCCAATGAAACCT  400

seq1  CAAATGTCTCAGCAAAGATGAAGGCCACACAGAACTCTGGAAGCCTGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTCTCAGCAAAGATGAAGGCCACACAGAACTCTGGAAGCCTGTGG  450

seq1  AAAAGCATGGCAGTGTAGACTAATAGATGCAACTGAGTATCTAAATAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCATGGCAGTGTAGACTAATAGATGCAACTGAGTATCTAAATAAAT  500

seq1  AGTGCTTTACACCACAGAAAGCTGCCTTCCCAGGGACATGGCCTTAGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTTACACCACAGAAAGCTGCCTTCCCAGGGACATGGCCTTAGCTT  550

seq1  CCCATGGGTCCCTGATTAGGACTGACCGCCTATCCACAGGATATCAGGTG  600
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGGTCCCTGATTAGGACTGACCGCCTATCCACAGGATATCAGGTG  600

seq1  ACATTCCACTCAAGGATTCCTGAGGCCAAGCCAGCATAGCACAGCCTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCACTCAAGGATTCCTGAGGCCAAGCCAGCATAGCACAGCCTGCT  650

seq1  TACTAGAAATGGTAGCTTACTGACGGGGTTTCATGTAGCTCTGACTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGAAATGGTAGCTTACTGACGGGGTTTCATGTAGCTCTGACTTCCT  700

seq1  ATAGTTCCTGACCATAGCAGCTGCATTCCAGGAGGCTATAGCACAACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTCCTGACCATAGCAGCTGCATTCCAGGAGGCTATAGCACAACACA  750

seq1  AGCTTTGCTTCTGAGTTGAAACAGGTGAGAGGCAGGGTGCTATCTTGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGCTTCTGAGTTGAAACAGGTGAGAGGCAGGGTGCTATCTTGAGA  800

seq1  ACCACAAGAGCAAGCCTTAGGCTTCCTCGAGGCAGGTAGACGTGCATCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAGAGCAAGCCTTAGGCTTCCTCGAGGCAGGTAGACGTGCATCAC  850

seq1  CCAAGCCTGCCTTAGT-GGACCTCTTCCA-GGCCTTAGGAGCCCCTCCTA  898
      |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  CCAAGCCTGCCTTAGTGGGACCTCTTCCAGGGCCTTAGGAGCCCTTCCTA  900

seq1  GCTGAGACATCCTGACCTTCCCCCTCCTGGTGCAGGTGGGAATCTATCAG  948
      |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||| 
seq2  GCTGAGACATCCTGACTTTCCCCTTCCTGGTGCAGGTGGGATCCTATCAT  950

seq1  TAATGTGCCCACCC-TTCGC-TTTCTGTTCATGTAGCCAACTTGTCAGCC  996
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGCCCACCCTTTCGCTTTTCTGTTCATGTAGCCAACTTGTCAGCC  1000

seq1  TGGGGAATCACCCT--GAGCAGCTCAAGCTGTCCCCTGAACTT-GCCCAG  1043
      ||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||| |||| ||||||
seq2  TGGGGAATCACCCTTGGAGCAGCTCAAGCTGGTCCCTGGACTTGGCCCAG  1050

seq1  GAGATT-CTCGATCACTTGCTT  1064
      |||||| |||||||||||||||
seq2  GAGATTCCTCGATCACTTGCTT  1072