BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002M02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 107,049,324 - 107,140,204
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRnf180, Htr1a, EG668025, Olfr717-ps1
Downstream geneLOC631097, EG620949, Ipo11, Dimt1, Kif2a, LOC100040322, LOC100040350, LOC100040366
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002M02.bB6Ng01-002M02.g
ACCDH840680DH840681
length1,1301,159
definitionDH840680|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002M02, 5' end.DH840681|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,049,324 - 107,050,506)(107,139,042 - 107,140,204)
sequence
gaattcattcacattaatcattaattacaaaattattgcatgggcttgcc
tacaactaatcttatggagatattttctcaattgtgtttcctttttctca
gataaccctaacgtatgtcaagtggacaaaaaaacaaaaagcaaaactca
aaaataacatcatatggtggtagatatgaaaacagggtagtcaaacccgt
aattctctctcatttgcgtgaaaatagaaacttgtatgggactttgtgag
ctgttagtgttctcagacataatggaggtaagagaaaccacaagagagat
gctctagacttcctgatggataaggatgttggttcccaaactgattaatt
gaaaaattaaagagatgtgaccaaattggtcttctgaggtagtagagcat
ttcatgtcaattacctactttttgttcaattacctgtggttagttggctc
attggctagactgaaaagctaagaaaaactgaagagatttaatttagcac
ttggaaagctagtttggtggtgatcacagactgtagattctttctaaaca
ctgaccagtagtttcacaaaagagtggtggtaacagaaactctatacgtg
aagacattacagctgatgagcacaaagtcattatcatagctgaagtacac
agccctaaacatgtgtctgatgcgagtggggagttgtaccaacttgatat
tacaattgcagcactatttctaaaagagcagaatccaaaatttactaaaa
aatatagcacttttcctcttacagagagccttaaaatccattcatcaaat
tgactgagcatctgacagcatactatagtagtactttacaatatcataca
tttaaatcttaaaccagcctatgtgacaagtatgatcttccaattacatg
tgtagggagccatggtttaagagattttgcaattaattttgattgcattt
gaacatttttctaaaaaaaggttctgagtcattagaatcatactatcaaa
acaagctgtttcatctacttaagtatggccttctacttcgttccattcag
taaaggcataataccaaggtcgagtttttataaaactgacttccctctgg
gatttataatacatttgcctatgaaatttc
gaattctttggaaagtactagggaaatctttatagttatcataggaaaat
caatcaccagggacatagagtgaattatttgaataacaagactgtaatat
gcaaatttaagattttttgctctctctgcttgctaagctttctcagtcac
tgtgtgagaattcattacctactatgagtatctgtaccctcatgagtaat
agatattttcttggtctcctagatcataatcatcttcagctcagtatgat
ttctagtctcatacatggctaaagtcgcctttccatcttgctgttctgcc
tacatgaatctgaaaattcatggagatcacagagagtgcaatagtaaaca
gtgatgggaaaatacattagcacttatttcttgaagagctgatcatctgg
ttggtaggattgacaaatgtttgattggattatagtatggcacatgctat
gatagagagatgctttgggacccaccaatggagaggaaaggtaccaaagg
ccagtgtggagaagaggactgtaggttcagagataagacatggaacataa
aaattgttctaataaaataatgcaatatgctataataaaattccagtata
ataaaaaacagagagatctaaacataaggttgagagctgtatggaaggaa
gttgtgtttcaggctagaggaagtagtgtcgaagactagcaaagatggaa
atccaagtagcacgtggtgaaagggacaacttggttgtagatcagaagag
aatctcttgggcttgtttgaataaccagtgtgcagcttagtcaggtatct
attgtgaggaaaataacttagaaggaagaaaggttttatctcatagtttt
aaaggtttaatccgtgatcactagtttttagctcaaacagagatagtgca
tttatggtgggtgagtgtacaagagaaagactgtttcccttcatagaatt
cataaggagtagaagaaaggaaggagttgatattttcataaccccttcag
ttcacacttcaagtgactttacttacttctactagattcccaccttacag
agtcacaaagtagtgacaaatcatatggcaatggtggacattagagttca
gtcatctcttgcgtgttgcagctaatattaggaataggagagactagcat
gtatgtgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_107049324_107050506
seq2: B6Ng01-002M02.b_42_1171

seq1  GAATTCATTCACATTAATCATTAATTACAAAATTATTGCATGGGCTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCACATTAATCATTAATTACAAAATTATTGCATGGGCTTGCC  50

seq1  TACAACTAATCTTATGGAGATATTTTCTCAATTGTGTTTCCTTTTTCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTAATCTTATGGAGATATTTTCTCAATTGTGTTTCCTTTTTCTCA  100

seq1  GATAACCCTAACGTATGTCAAGTGGACAAAAAAACAAAAAGCAAAACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCCTAACGTATGTCAAGTGGACAAAAAAACAAAAAGCAAAACTCA  150

seq1  AAAATAACATCATATGGTGGTAGATATGAAAACAGGGTAGTCAAACCCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACATCATATGGTGGTAGATATGAAAACAGGGTAGTCAAACCCGT  200

seq1  AATTCTCTCTCATTTGCGTGAAAATAGAAACTTGTATGGGACTTTGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTCTCTCATTTGCGTGAAAATAGAAACTTGTATGGGACTTTGTGAG  250

seq1  CTGTTAGTGTTCTCAGACATAATGGAGGTAAGAGAAACCACAAGAGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGTGTTCTCAGACATAATGGAGGTAAGAGAAACCACAAGAGAGAT  300

seq1  GCTCTAGACTTCCTGATGGATAAGGATGTTGGTTCCCAAACTGATTAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGACTTCCTGATGGATAAGGATGTTGGTTCCCAAACTGATTAATT  350

seq1  GAAAAATTAAAGAGATGTGACCAAATTGGTCTTCTGAGGTAGTAGAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATTAAAGAGATGTGACCAAATTGGTCTTCTGAGGTAGTAGAGCAT  400

seq1  TTCATGTCAATTACCTACTTTTTGTTCAATTACCTGTGGTTAGTTGGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTCAATTACCTACTTTTTGTTCAATTACCTGTGGTTAGTTGGCTC  450

seq1  ATTGGCTAGACTGAAAAGCTAAGAAAAACTGAAGAGATTTAATTTAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTAGACTGAAAAGCTAAGAAAAACTGAAGAGATTTAATTTAGCAC  500

seq1  TTGGAAAGCTAGTTTGGTGGTGATCACAGACTGTAGATTCTTTCTAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAGCTAGTTTGGTGGTGATCACAGACTGTAGATTCTTTCTAAACA  550

seq1  CTGACCAGTAGTTTCACAAAAGAGTGGTGGTAACAGAAACTCTATACGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCAGTAGTTTCACAAAAGAGTGGTGGTAACAGAAACTCTATACGTG  600

seq1  AAGACATTACAGCTGATGAGCACAAAGTCATTATCATAGCTGAAGTACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATTACAGCTGATGAGCACAAAGTCATTATCATAGCTGAAGTACAC  650

seq1  AGCCCTAAACATGTGTCTGATGCGAGTGGGGAGTTGTACCAACTTGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTAAACATGTGTCTGATGCGAGTGGGGAGTTGTACCAACTTGATAT  700

seq1  TACAATTGCAGCACTA-TTCTAAAAGAGCAGAATCCAAAATTTACTAAAA  749
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTGCAGCACTATTTCTAAAAGAGCAGAATCCAAAATTTACTAAAA  750

seq1  AATATAGCACTTTTCCTCTTACAGAGAGCCTTAAAATCCATTCATCAAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGCACTTTTCCTCTTACAGAGAGCCTTAAAATCCATTCATCAAAT  800

seq1  TGACTGAGCATCTGACAGCATACTATAGTAAGTACTTTACAATATCATAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAGCATCTGACAGCATACTATAGT-AGTACTTTACAATATCATAC  849

seq1  ATTTAAATCTTAAACCAGCCATATGTGACAAGTATGATCTTCCAATTACA  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATCTTAAACCAGCC-TATGTGACAAGTATGATCTTCCAATTACA  898

seq1  TGTGTA-GGAGCCATGGTTTAAAGAGATTTTGCAATTTAATTTGATTGCA  948
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| 
seq2  TGTGTAGGGAGCCATGGTTT-AAGAGATTTTGCAATTAATTTTGATTGC-  946

seq1  ATTTGAACAATTTTCTAAAAAAAGGTTCTGAGTCATTAG-ATCATACTAT  997
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATTTGAACATTTTTCTAAAAAAAGGTTCTGAGTCATTAGAATCATACTAT  996

seq1  CAAAACAAGCTGTTTCATCTACTT-AGTATGG-CTTCTAC-TCAGTCCAA  1044
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||  |||| 
seq2  CAAAACAAGCTGTTTCATCTACTTAAGTATGGCCTTCTACTTCGTTCCAT  1046

seq1  TCAGTAAAGGCATAAATAACCAAGGTCGAGTTTTTATAAAAACTGACTTT  1094
      |||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TCAGTAAAGGCATAA--TACCAAGGTCGAGTTTTTAT-AAAACTGAC-TT  1092

seq1  CACTCATGTGATTATAAATTAACATTTTGCCTAATGAATATCTCTGGGAT  1144
      | ||| || ||||   |||  ||| ||||||||   ||| ||        
seq2  CCCTC-TGGGATTTATAAT--ACA-TTTGCCTATGAAATTTC--------  1130

seq1  TTTTGAGTAGCTCAGAAACCTGTCTGCCTATGAAATTTC  1183
                                             
seq2  ---------------------------------------  1130

seq1: chr13_107139042_107140204
seq2: B6Ng01-002M02.g_67_1225 (reverse)

seq1  TTCACATACATCTAAATCTCATCCTATTCCTAATATTATGCTGCCACACG  50
      |||||||||||   | |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  TTCACATACATGCTAGTCTC-TCCTATTCCTAATATTA-GCTGCAACACG  48

seq1  C-AGAGTATGACTGGACTCTTAAATGTCCCACCATGGCCCATATGATTTG  99
      | |||| ||||||| |||||  ||||| ||||||| | ||||||||||| 
seq2  CAAGAG-ATGACTGAACTCT--AATGT-CCACCATTG-CCATATGATTT-  92

seq1  GTCACTAACTTGTTGACTCTGT-AGGTGGG-ATCTAGTAGAAGTAAGTAA  147
      |||||| ||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTCACT-ACTTTGTGACTCTGTAAGGTGGGAATCTAGTAGAAGTAAGTAA  141

seq1  AGTCACTTG-AGTGTGACCTTGAAGGGGTTATTGAAATATC-ACTCCTTC  195
      ||||||||| ||||||| | ||||||||||||  ||||||| ||||||||
seq2  AGTCACTTGAAGTGTGAAC-TGAAGGGGTTATGAAAATATCAACTCCTTC  190

seq1  CTTTCTTCTACTCCTTATTGAATTCTATGAAGTG-AACAGTCTTTCTCTT  244
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||
seq2  CTTTCTTCTACTCCTTA-TGAATTCTATGAAGGGAAACAGTCTTTCTCTT  239

seq1  GTACACTCACCCACCAT-AATGCACTATCCCTGTTTGAGCTAAAAACTAG  293
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTCACCCACCATAAATGCACTATCTCTGTTTGAGCTAAAAACTAG  289

seq1  TGATCACGGATTAAACCTTTAAAACTATGAGATAAAACCTTTCTTCCTTC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACGGATTAAACCTTTAAAACTATGAGATAAAACCTTTCTTCCTTC  339

seq1  TAAGTTATTTTCCTCACAATAGATACCTGACTAAGCTGCACACTGGTTAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTATTTTCCTCACAATAGATACCTGACTAAGCTGCACACTGGTTAT  389

seq1  TCAAACAAGCCCAAGAGATTCTCTTCTGATCTACAACCAAGTTGTCCCTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAAGCCCAAGAGATTCTCTTCTGATCTACAACCAAGTTGTCCCTT  439

seq1  TCACCACGTGCTACTTGGATTTCCATCTTTGCTAGTCTTCGACACTACTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACGTGCTACTTGGATTTCCATCTTTGCTAGTCTTCGACACTACTT  489

seq1  CCTCTAGCCTGAAACACAACTTCCTTCCATACAGCTCTCAACCTTATGTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGCCTGAAACACAACTTCCTTCCATACAGCTCTCAACCTTATGTT  539

seq1  TAGATCTCTCTGTTTTTTATTATACTGGAATTTTATTATAGCATATTGCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTCTCTGTTTTTTATTATACTGGAATTTTATTATAGCATATTGCA  589

seq1  TTATTTTATTAGAACAATTTTTATGTTCCATGTCTTATCTCTGAACCTAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTATTAGAACAATTTTTATGTTCCATGTCTTATCTCTGAACCTAC  639

seq1  AGTCCTCTTCTCCACACTGGCCTTTGGTACCTTTCCTCTCCATTGGTGGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCTTCTCCACACTGGCCTTTGGTACCTTTCCTCTCCATTGGTGGG  689

seq1  TCCCAAAGCATCTCTCTATCATAGCATGTGCCATACTATAATCCAATCAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAAGCATCTCTCTATCATAGCATGTGCCATACTATAATCCAATCAA  739

seq1  ACATTTGTCAATCCTACCAACCAGATGATCAGCTCTTCAAGAAATAAGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGTCAATCCTACCAACCAGATGATCAGCTCTTCAAGAAATAAGTG  789

seq1  CTAATGTATTTTCCCATCACTGTTTACTATTGCACTCTCTGTGATCTCCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTATTTTCCCATCACTGTTTACTATTGCACTCTCTGTGATCTCCA  839

seq1  TGAATTTTCAGATTCATGTAGGCAGAACAGCAAGATGGAAAGGCGACTTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTCAGATTCATGTAGGCAGAACAGCAAGATGGAAAGGCGACTTT  889

seq1  AGCCATGTATGAGACTAGAAATCATACTGAGCTGAAGATGATTATGATCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGTATGAGACTAGAAATCATACTGAGCTGAAGATGATTATGATCT  939

seq1  AGGAGACCAAGAAAATATCTATTACTCATGAGGGTACAGATACTCATAGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACCAAGAAAATATCTATTACTCATGAGGGTACAGATACTCATAGT  989

seq1  AGGTAATGAATTCTCACACAGTGACTGAGAAAGCTTAGCAAGCAGAGAGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAATGAATTCTCACACAGTGACTGAGAAAGCTTAGCAAGCAGAGAGA  1039

seq1  GCAAAAAATCTTAAATTTGCATATTACAGTCTTGTTATTCAAATAATTCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAATCTTAAATTTGCATATTACAGTCTTGTTATTCAAATAATTCA  1089

seq1  CTCTATGTCCCTGGTGATTGATTTTCCTATGATAACTATAAAGATTTCCC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGTCCCTGGTGATTGATTTTCCTATGATAACTATAAAGATTTCCC  1139

seq1  TAGTACTTTCCAAAGAATTC  1163
      ||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACTTTCCAAAGAATTC  1159