BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009C23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 70,108,125 - 70,228,692
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG620143, LOC100042291
Upstream geneAdcy2, LOC218332, Pols, A530095I07Rik, Srd5a1, Nsun2, LOC100042260, 3110006E14Rik, 4930547H16Rik, Med10
Downstream gene4930520P13Rik, EG633042, BC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009C23.bB6Ng01-009C23.g
ACCDH845196DH845197
length1,1171,058
definitionDH845196|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009C23, 5' end.DH845197|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,108,125 - 70,109,246)(70,227,641 - 70,228,692)
sequence
gaattcacattctcaggagccaggtcttactgggatgacatgtcagcaat
gtgtcaggaaatgtgctaaatggtgcctgtggtaaatgcaaaggaatgtc
tcttagataaaatacgcaccactcactcactttgaaagcatagtttgcta
agctaaaacttcaaattgggtttttatataaacctttcgtaaaagtgcca
atttctctatctaccaacccaaacctttaaaactatttctgttgtatatg
gtgccggacatttgataaatgattcctcctacccgagtgtgtgctggcat
ctgggcttcatcatttcaatttatcatgtgtctcttcggcatcacagccg
acttattctttgctgtggtgtcattttccctctgtgatacttggaatggc
ttgcaggcagcaggctgctgaggctgctccagtcataagtgcaagcagaa
aaacataaaggagccaggtatgttgtctgctggcctagaccagcagagcc
tcctgccatacacagccaggcttccacaggcaataagatgctgatctaga
atggtgtgctctgaagcttttccacctcattcgccaccaagctatcccga
gccttgagaaagttggtttctcacagccccagcagtgccagttccttgag
gaagtcagcagggctgtgtagcattggatgatggaagacatgctgggaat
cagaccaaaagggccatggaagcaagcacacagtgttgatgcttaggtct
agggatagaagtctcgcaggtacatgtgttacctatgagaagtctttagc
acatggcctcagcccctctgccagtgagccaccagcagctgggtgggaac
gagcgaacagggcatgctgatacacacagaagacaagacactgatagaac
ctggaatctctttttctgttggtgacgtttccctgattctagatgtcctg
attcatgttagaagctcagagtctctgagttaggcaactcctgtctggtt
gacccagtccatcagctgtggcttttctttccctttcagcttgtgggctt
gggtataatctgactcacctcttacagccataagttgactctatgcatat
gcttgggtatgtctctg
gaattcaggaaagtacaacttaaggtcaagagtggtaaatccctatggag
acatgtacaaatgagcttcaacttgaaagaatataaagaattaaagtaaa
acaaacaaacaaacaaaccctggggctgttggctgtcttcttgctcctgc
tcctcatgctccatagacctaagcattccttgaggtgttctgtgactctg
gaaaatgatcctgactccagggtcccatgttcagcacagagatgctgtct
gtgctatgcatgcaggagtgacggaaacctgagggcagctgtgaagatag
gtgattagccaaccaaggctaaccaggtcatgtggaaatgctgagacaga
gccatttgctttctgctcattagggttaataagctttacagttgttggcc
atgatctcgggggaaagggaaagtcttatgaagaaatgatcatagaagaa
agagagtgttgtgcccccatggggctacagatcgggctgagtgcagctcc
attctccttctgaattgctcagctactcaagccaggtaaggcaacctttc
caataaaagccaatactaaatggttgggaatttcttatcaaattctgtgt
gtattataattactcaacccagtcattatctagataaagctaccacagaa
aacacatgaaagaatttaaactggctattgtttcaataaaactttataga
tgaacactggagtctgtgttacttgggattttcatgagccaggaaacatt
gtctctctttgccttatttcagtttttaaaaaaatgtaaagttaggttta
ggtcattgactttacaaaagtggacatgagttaaatttgtcttgtaagtc
tcagtccactgtcctttgacctaaggcaatgtattcctgcttcttttctg
cactagaaaggggtttgtcttctaaattaacaacttaaatgttgtaatga
tatttaagggtcttataaaacagaaaatatttaaatggggctttcagggg
tctgctggttttttgaatatataaatacgaatgaatattatatagtagga
aatgataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_70108125_70109246
seq2: B6Ng01-009C23.b_43_1159

seq1  GAATTCACATTCTCAGGAGCCAGGTCTTACTGGGATGACATGTCAGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATTCTCAGGAGCCAGGTCTTACTGGGATGACATGTCAGCAAT  50

seq1  GTGTCAGGAAATGTGCTAAATGGTGCCTGTGGTAAATGCAAAGGAATGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGGAAATGTGCTAAATGGTGCCTGTGGTAAATGCAAAGGAATGTC  100

seq1  TCTTAGATAAAATACGCACCACTCACTCACTTTGAAAGCATAGTTTGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATAAAATACGCACCACTCACTCACTTTGAAAGCATAGTTTGCTA  150

seq1  AGCTAAAACTTCAAATTGGGTTTTTATATAAACCTTTCGTAAAAGTGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAACTTCAAATTGGGTTTTTATATAAACCTTTCGTAAAAGTGCCA  200

seq1  ATTTCTCTATCTACCAACCCAAACCTTTAAAACTATTTCTGTTGTATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTATCTACCAACCCAAACCTTTAAAACTATTTCTGTTGTATATG  250

seq1  GTGCCGGACATTTGATAAATGATTCCTCCTACCCGAGTGTGTGCTGGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCGGACATTTGATAAATGATTCCTCCTACCCGAGTGTGTGCTGGCAT  300

seq1  CTGGGCTTCATCATTTCAATTTATCATGTGTCTCTTCGGCATCACAGCCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTTCATCATTTCAATTTATCATGTGTCTCTTCGGCATCACAGCCG  350

seq1  ACTTATTCTTTGCTGTGGTGTCATTTTCCCTCTGTGATACTTGGAATGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTCTTTGCTGTGGTGTCATTTTCCCTCTGTGATACTTGGAATGGC  400

seq1  TTGCAGGCAGCAGGCTGCTGAGGCTGCTCCAGTCATAAGTGCAAGCAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGCAGCAGGCTGCTGAGGCTGCTCCAGTCATAAGTGCAAGCAGAA  450

seq1  AAACATAAAGGAGCCAGGTATGTTGTCTGCTGGCCTAGACCAGCAGAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAAAGGAGCCAGGTATGTTGTCTGCTGGCCTAGACCAGCAGAGCC  500

seq1  TCCTGCCATACACAGCCAGGCTTCCACAGGCAATAAGATGCTGATCTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCATACACAGCCAGGCTTCCACAGGCAATAAGATGCTGATCTAGA  550

seq1  ATGGTGTGCTCTGAAGCTTTTCCACCTCATTCGCCACCAAGCTATCCCGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTGCTCTGAAGCTTTTCCACCTCATTCGCCACCAAGCTATCCCGA  600

seq1  GCCTTGAGAAAGTTGGTTTCTCACAGCCCCAGCAGTGCCAGTTCCTTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAGAAAGTTGGTTTCTCACAGCCCCAGCAGTGCCAGTTCCTTGAG  650

seq1  GAAGTCAGCAGGGCTGTGTAGCATTGGATGATGGAAGACATGCTGGGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAGCAGGGCTGTGTAGCATTGGATGATGGAAGACATGCTGGGAAT  700

seq1  CAGACCAAAAGGGCCATGGAAGCAAGCACACAGTGTTGATGCTTAGGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCAAAAGGGCCATGGAAGCAAGCACACAGTGTTGATGCTTAGGTCT  750

seq1  AGGGATAGAAGTCTCGCAGGTACATGTGTTACCTATGAGAAGTCTTTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATAGAAGTCTCGCAGGTACATGTGTTACCTATGAGAAGTCTTTAGC  800

seq1  ACATGGCCTCAGCCCCTCTGCCAGTGAGCCACCAGCAGCTGGGTGGGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCCTCAGCCCCTCTGCCAGTGAGCCACCAGCAGCTGGGTGGGAAC  850

seq1  GAGCGAACAGGGCATGCTGATACACACAGAAGACAAGACACTGATAGAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGAACAGGGCATGCTGATACACACAGAAGACAAGACACTGATAGAAC  900

seq1  CTGGAATCTCTTTTTCTGTTGGTGACGTTTCCCTGATTCTAAGATGTCCC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  CTGGAATCTCTTTTTCTGTTGGTGACGTTTCCCTGATTCT-AGATGT-CC  948

seq1  TGATTCATGTTAGAAGCTCAGGAGTCTCTGAGTTAGGCAACTCCTGTCTG  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCATGTTAGAAGCTCA-GAGTCTCTGAGTTAGGCAACTCCTGTCTG  997

seq1  GTTGACCCCAGTCCATCCAGCTGT-GCTTTTC-TTCCCTTCCAGCTTGTG  1048
      ||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GTTGA-CCCAGTCCAT-CAGCTGTGGCTTTTCTTTCCCTTTCAGCTTGTG  1045

seq1  GGCTTGGGTATAATCTGACTCAACTCTTACAGCCCATAGAGTTGACTCTA  1098
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  GGCTTGGGTATAATCTGACTCACCTCTTACAG-CCATA-AGTTGACTCTA  1093

seq1  TGCATATGCTGTGGTATGTCTCTG  1122
      ||||||||||  ||||||||||||
seq2  TGCATATGCTTGGGTATGTCTCTG  1117

seq1: chr13_70227641_70228692
seq2: B6Ng01-009C23.g_67_1124 (reverse)

seq1  TTATCATCTC--TCTATATATATTTCATTCGTATTTATATATTCAAAAA-  47
      ||||||| ||   |||||||   |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTATCATTTCCTACTATATAATATTCATTCGTATTTATATATTCAAAAAA  50

seq1  -CAGCAGACCCCTGAAAGCCCCATTTAAATATTTTCTGTTTTAT-AGACC  95
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCAGCAGACCCCTGAAAGCCCCATTTAAATATTTTCTGTTTTATAAGACC  100

seq1  CTTAATTATCATTACAACATTTAAGTTGTTAATATTAGAAGACAAACCCC  145
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTAAATATCATTACAACATTTAAGTTGTTAAT-TTAGAAGACAAACCCC  149

seq1  -TTCTAGTGCAG-AAAGAAGCAGGAATACATTGCCTTAGGTCAAAGGACA  193
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGTGCAGAAAAGAAGCAGGAATACATTGCCTTAGGTCAAAGGACA  199

seq1  GTGGACTGAGGCTTACAAGACAAATTTAACTCATGTCCACTTTTGTAAAG  243
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACTGAGACTTACAAGACAAATTTAACTCATGTCCACTTTTGTAAAG  249

seq1  TCAATGACCTAAACCTAACTTTACATTTTTTTAAAAACTGAAATAAGGCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGACCTAAACCTAACTTTACATTTTTTTAAAAACTGAAATAAGGCA  299

seq1  AAGAGAGACAATGTTTCCTGGCTCATGAAAATCCCAAGTAACACAGACTC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGACAATGTTTCCTGGCTCATGAAAATCCCAAGTAACACAGACTC  349

seq1  CAGTGTTCATCTATAAAGTTTTATTGAAACAATAGCCAGTTTAAATTCTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTCATCTATAAAGTTTTATTGAAACAATAGCCAGTTTAAATTCTT  399

seq1  TCATGTGTTTTCTGTGGTAGCTTTATCTAGATAATGACTGGGTTGAGTAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGTTTTCTGTGGTAGCTTTATCTAGATAATGACTGGGTTGAGTAA  449

seq1  TTATAATACACACAGAATTTGATAAGAAATTCCCAACCATTTAGTATTGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATACACACAGAATTTGATAAGAAATTCCCAACCATTTAGTATTGG  499

seq1  CTTTTATTGGAAAGGTTGCCTTACCTGGCTTGAGTAGCTGAGCAATTCAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTGGAAAGGTTGCCTTACCTGGCTTGAGTAGCTGAGCAATTCAG  549

seq1  AAGGAGAATGGAGCTGCACTCAGCCCGATCTGTAGCCCCATGGGGGCACA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAATGGAGCTGCACTCAGCCCGATCTGTAGCCCCATGGGGGCACA  599

seq1  ACACTCTCTTTCTTCTATGATCATTTCTTCATAAGACTTTCCCTTTCCCC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTCTTTCTTCTATGATCATTTCTTCATAAGACTTTCCCTTTCCCC  649

seq1  CGAGATCATGGCCAACAACTGTAAAGCTTATTAACCCTAATGAGCAGAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGATCATGGCCAACAACTGTAAAGCTTATTAACCCTAATGAGCAGAAA  699

seq1  GCAAATGGCTCTGTCTCAGCATTTCCACATGACCTGGTTAGCCTTGGTTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGGCTCTGTCTCAGCATTTCCACATGACCTGGTTAGCCTTGGTTG  749

seq1  GCTAATCACCTATCTTCACAGCTGCCCTCAGGTTTCCGTCACTCCTGCAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATCACCTATCTTCACAGCTGCCCTCAGGTTTCCGTCACTCCTGCAT  799

seq1  GCATAGCACAGACAGCATCTCTGTGCTGAACATGGGACCCTGGAGTCAGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCACAGACAGCATCTCTGTGCTGAACATGGGACCCTGGAGTCAGG  849

seq1  ATCATTTTCCAGAGTCACAGAACACCTCAAGGAATGCTTAGGTCTATGGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTTCCAGAGTCACAGAACACCTCAAGGAATGCTTAGGTCTATGGA  899

seq1  GCATGAGGAGCAGGAGCAAGAAGACAGCCAACAGCCCCAGGGTTTGTTTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGGAGCAGGAGCAAGAAGACAGCCAACAGCCCCAGGGTTTGTTTG  949

seq1  TTTGTTTGTTTTACTTTAATTCTTTATATTCTTTCAAGTTGAAGCTCATT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTTACTTTAATTCTTTATATTCTTTCAAGTTGAAGCTCATT  999

seq1  TGTACATGTCTCCATAGGGATTTACCACTCTTGACCTTAAGTTGTACTTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATGTCTCCATAGGGATTTACCACTCTTGACCTTAAGTTGTACTTT  1049

seq1  CCTGAATTC  1052
      |||||||||
seq2  CCTGAATTC  1058