BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-014E18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 56,265,091 - 56,416,582
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC027057, Neurog1, Cxcl14
Upstream geneFgfr4, Nsd1, Rab24, Prelid1, Mxd3, Lman2, Rgs14, Slc34a1, Pfn3, F12, Gprk6, Prr7, Dbn1, Pdlim7, Dok3, Ddx41, BC021381, Tmed9, B4galt7, Caml, Ddx46, B230219D22Rik, 2310047H23Rik, Pcbd2, Catsper3, Pitx1, H2afy
Downstream geneLOC100040926, AU042651, Il9, Fbxl21, Lect2, Tgfbi, Smad5, EG627415, Trpc7, LOC100040995
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-014E18.bB6Ng01-014E18.g
ACCDH848883DH848884
length1,124934
definitionDH848883|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014E18, 5' end.DH848884|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,265,091 - 56,266,210)(56,415,636 - 56,416,582)
sequence
gaattctagaaagtgttggctctgtttcaccaagcagggtctgatgcaag
gtccctgggtgtttccctgttgtccccgaggcaaaccttgggtgtgcaga
gcattgtagcaggcatccaagatgtctagaacaagctggccccatgccct
ggacatggaaatgctgtttgcagtcagtgctgaagttggagttgtgtctt
tcggtgcagtgagtcaagggaccacatggaaacactttagctggccctaa
gaggtcctggctggaagccatgagtggcggcaggtccaataatttggaga
ggcaggtatggttgttgccaagaatctcggggagttgtttggagtctgat
cagccattcctactcatgggaaaagccgtcatcagatgggcccccagccc
tgcaagtggaacacgtcagtgaaaagatgctctatgctgttaggctgtgt
tgggcagtggctgtagcccctgaggttatgagcaactttatctgtgatct
tgtctgcagagaggaggtgtaactttctcctcactttccaatgatctgtc
aatggtcagagatcccaccatccaagaggtggtgacatggacaagggaca
acggcaacatgtctggaaaggcagtctggactttaacagctgactatggg
agatgggcccttggggtacaaacctgtgaacataggacatgatgcccagg
cccggctgggtctctgagcacatggaggacccctctgccttcccttctca
gcctggccacacaggctgcaaggcacaggccctccctagggcctcaaggg
aagatgggcttccccccaacctcatctgcaaatctcatcctccaggccca
gaagcttcctcccaggtggggctggcccccttttggagctcaatttccca
tcaagcccagggccatattatcttgcctgctttctcctgaatgctttata
gcttgctggaaacacttgctccttagccacttcgaagggtacccacttgg
aaagcactctaggctagcccatacgattccttttaatttgagcaaggctt
atttcttcgatgctttcctggatttcaggaggcatgctccttaatttaaa
cttttttttcctttaaaagagcgc
gaattccttaaagggacatgacatcagaagacccaggcaggggccaaggc
gaggtatgggccactgaggcccatggttgtatttcttccccgttttcctt
gaagcccatttgacttaatcggtagagacccaaggagactgatcacatgc
aagatcccacccgggtcgggtccttctgctcagctgtgtctctgttaccc
acagcccccgactgtaagacctgaataaacacagtggtatttaagattgt
atgactgaccaacaaaaggaccagtatgtgtctgggggcctggctcttta
cccagaacactgcctgtcagggtgtgatggttgcaaagctcagactagag
ggaacagggaagggcactttccaacatcaataaagcaaacattctacaga
gtaaccacacatacccccggggactcaagggtgtcccagagtgctccaag
aaaaaaaaaaaaaaaaaaagagatgaccaagccatcacatatagctctct
atggggacaagagacaaagctctttggaaacgggtctcttccccagaact
tcagaggcacaaatcctaccctcatagtcaaacccaccaaaggatgtgaa
acatgtgggtttcccctttgtctgctgttgaacacatggggtgggaaatg
atggaccgcattgaattttctcagcttttcccatcagcacatagcagcag
ctctggcttggtaccgcctactatgaggataataggagctgtaggagatc
ggtgccatccatgtgctaagtggcagcacagcacaaggtagctgacgtga
taacatccctcaaagtcaacctatggggtggggcattgtacctgtgcttt
gtaaacttgagaatcaaagctagaaacattaaactaggccatgaacaggt
gagtaatgacttttttcttattaggttactactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_56265091_56266210
seq2: B6Ng01-014E18.b_44_1167

seq1  GAATTCTAGAAAGTGTTGGCTCTGTTTCACCAAGCAGGGTCTGATGCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGAAAGTGTTGGCTCTGTTTCACCAAGCAGGGTCTGATGCAAG  50

seq1  GTCCCTGGGTGTTTCCCTGTTGTCCCCGAGGCAAACCTTGGGTGTGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGGGTGTTTCCCTGTTGTCCCCGAGGCAAACCTTGGGTGTGCAGA  100

seq1  GCATTGTAGCAGGCATCCAAGATGTCTAGAACAAGCTGGCCCCATGCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGTAGCAGGCATCCAAGATGTCTAGAACAAGCTGGCCCCATGCCCT  150

seq1  GGACATGGAAATGCTGTTTGCAGTCAGTGCTGAAGTTGGAGTTGTGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGGAAATGCTGTTTGCAGTCAGTGCTGAAGTTGGAGTTGTGTCTT  200

seq1  TCGGTGCAGTGAGTCAAGGGACCACATGGAAACACTTTAGCTGGCCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGCAGTGAGTCAAGGGACCACATGGAAACACTTTAGCTGGCCCTAA  250

seq1  GAGGTCCTGGCTGGAAGCCATGAGTGGCGGCAGGTCCAATAATTTGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCTGGCTGGAAGCCATGAGTGGCGGCAGGTCCAATAATTTGGAGA  300

seq1  GGCAGGTATGGTTGTTGCCAAGAATCTCGGGGAGTTGTTTGGAGTCTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTATGGTTGTTGCCAAGAATCTCGGGGAGTTGTTTGGAGTCTGAT  350

seq1  CAGCCATTCCTACTCATGGGAAAAGCCGTCATCAGATGGGCCCCCAGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATTCCTACTCATGGGAAAAGCCGTCATCAGATGGGCCCCCAGCCC  400

seq1  TGCAAGTGGAACACGTCAGTGAAAAGATGCTCTATGCTGTTAGGCTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTGGAACACGTCAGTGAAAAGATGCTCTATGCTGTTAGGCTGTGT  450

seq1  TGGGCAGTGGCTGTAGCCCCTGAGGTTATGAGCAACTTTATCTGTGATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGTGGCTGTAGCCCCTGAGGTTATGAGCAACTTTATCTGTGATCT  500

seq1  TGTCTGCAGAGAGGAGGTGTAACTTTCTCCTCACTTTCCAATGATCTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCAGAGAGGAGGTGTAACTTTCTCCTCACTTTCCAATGATCTGTC  550

seq1  AATGGTCAGAGATCCCACCATCCAAGAGGTGGTGACATGGACAAGGGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCAGAGATCCCACCATCCAAGAGGTGGTGACATGGACAAGGGACA  600

seq1  ACGGCAACATGTCTGGAAAGGCAGTCTGGACTTTAACAGCTGACTATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCAACATGTCTGGAAAGGCAGTCTGGACTTTAACAGCTGACTATGGG  650

seq1  AGATGGGCCCTTGGGGTACAAACCTGTGAACATAGGACATGATGCCCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGCCCTTGGGGTACAAACCTGTGAACATAGGACATGATGCCCAGG  700

seq1  CCCGGCTGGGTCTCTGAGCACATGGAGGACCCCTCTGCCTT-CCTTCTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCGGCTGGGTCTCTGAGCACATGGAGGACCCCTCTGCCTTCCCTTCTCA  750

seq1  GCCTGGCCACACAGGCTGCAAGGCACAGGCCCTCCCTAGGGCCTCAGGGG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCCTGGCCACACAGGCTGCAAGGCACAGGCCCTCCCTAGGGCCTCAAGGG  800

seq1  AAGAT-GGCCTCCCCCCAACCTCATCTGCAAATCTCAT-CTCCAGGCCCA  847
      ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGATGGGCTTCCCCCCAACCTCATCTGCAAATCTCATCCTCCAGGCCCA  850

seq1  G-AGCTTCCTCCCAGGTGGGGCT-GCCCCCTTTTGGAGCTCAATTTCCCC  895
      | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAAGCTTCCTCCCAGGTGGGGCTGGCCCCCTTTTGGAGCTCAATTT-CCC  899

seq1  ATC-AGCCCCAGGCCATA-TATCTTGCCCTGCTTTCTCCTG-ATGCTTTA  942
      ||| |||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCAAGCCCAGGGCCATATTATCTTG-CCTGCTTTCTCCTGAATGCTTTA  948

seq1  TAGCTTGCTGGAAACAC-TGCTCCTTAG-CACTTCGAAGGGTA-CCACTT  989
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TAGCTTGCTGGAAACACTTGCTCCTTAGCCACTTCGAAGGGTACCCACTT  998

seq1  -GAAAGCATCTC-AAGCTAACCCAATACGATTCCTTTTTAATTTGAGC-A  1036
       ||||||| ||| | |||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |
seq2  GGAAAGCA-CTCTAGGCTAGCCC-ATACGATTCC-TTTTAATTTGAGCAA  1045

seq1  GGCTTATTTCTCCGAATGGCTTTCCT-GATCTCAGGAGGGCATGCTCCCT  1085
      ||||||||||| |||   |||||||| ||| |||||| |||||||||| |
seq2  GGCTTATTTCTTCGA--TGCTTTCCTGGATTTCAGGA-GGCATGCTCCTT  1092

seq1  AATATTAAACTTTTTTTTTTCTTTAAAAAGAGCGC  1120
      ||| ||||||  ||||||||| || ||||||||||
seq2  AAT-TTAAAC--TTTTTTTTCCTTTAAAAGAGCGC  1124

seq1: chr13_56415636_56416582
seq2: B6Ng01-014E18.g_72_1005 (reverse)

seq1  CAGTAGTAAAACCCTAACTAAGACAAAAGTCAATATACTCACCTGCTCAT  50
      |||||||||   ||||| ||||| ||||||||   |||||||||| ||||
seq2  CAGTAGTAA---CCTAA-TAAGAAAAAAGTCA--TTACTCACCTGTTCAT  44

seq1  GGCCCTAGGTTTTAATGTTTCTTGGCTTTGGTTTCTCCAGTTTTACAAAG  100
      || |||||  ||||||||||| | ||||| | ||||| || |||||||||
seq2  GG-CCTAG--TTTAATGTTTC-TAGCTTT-GATTCTCAAG-TTTACAAAG  88

seq1  CACAGGTAACAATG-CCCACCCCATAGGTTGACTTTGAGGGATGTTATCA  149
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACAGGT-ACAATGCCCCACCCCATAGGTTGACTTTGAGGGATGTTATC-  136

seq1  ACGTCAGCTCCCTTGTGCTGTGCCTGCCACTTAGCACATGGATGGCACCG  199
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCAGCTACCTTGTGCTGTG-CTGCCACTTAGCACATGGATGGCACCG  185

seq1  ATCCTCCTACAAGCTCCTA-TATCCTCATAGTAGGCGGTACCAAGCCAGA  248
      || ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT-CTCCTAC-AGCTCCTATTATCCTCATAGTAGGCGGTACCAAGCCAGA  233

seq1  GCCTGCTGCTATGTGCTGAT-GGAAAAGCTGAGAAAATTCAATGCGGTCC  297
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CTGCTGCTATGTGCTGATGGGAAAAGCTGAGAAAATTCAATGCGGTCC  282

seq1  ATCATTTCCCA-CCCATGTGTTCAACAGCAGACAAAGGGGAAA-CCACAT  345
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCATTTCCCACCCCATGTGTTCAACAGCAGACAAAGGGGAAACCCACAT  332

seq1  GTTTCACATCCTTTGGTGGGTTTGACTATGAGGGTAGGATTTGTGCCTCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACATCCTTTGGTGGGTTTGACTATGAGGGTAGGATTTGTGCCTCT  382

seq1  GAAGTTCTGGGGAAGAGACCCGTTTCCAAAGAGCTTTGTCTCTTGTCCCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCTGGGGAAGAGACCCGTTTCCAAAGAGCTTTGTCTCTTGTCCCC  432

seq1  ATAGAGAGCTATATGTGATGGCTTGGTCATCTCTTTTTTTTTTTTTTTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAGCTATATGTGATGGCTTGGTCATCTCTTTTTTTTTTTTTTTTT  482

seq1  TTCTTGGAGCACTCTGGGACACCCTTGAGTCCCCGGGGGTATGTGTGGTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGAGCACTCTGGGACACCCTTGAGTCCCCGGGGGTATGTGTGGTT  532

seq1  ACTCTGTAGAATGTTTGCTTTATTGATGTTGGAAAGTGCCCTTCCCTGTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTAGAATGTTTGCTTTATTGATGTTGGAAAGTGCCCTTCCCTGTT  582

seq1  CCCTCTAGTCTGAGCTTTGCAACCATCACACCCTGACAGGCAGTGTTCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTAGTCTGAGCTTTGCAACCATCACACCCTGACAGGCAGTGTTCTG  632

seq1  GGTAAAGAGCCAGGCCCCCAGACACATACTGGTCCTTTTGTTGGTCAGTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGAGCCAGGCCCCCAGACACATACTGGTCCTTTTGTTGGTCAGTC  682

seq1  ATACAATCTTAAATACCACTGTGTTTATTCAGGTCTTACAGTCGGGGGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATCTTAAATACCACTGTGTTTATTCAGGTCTTACAGTCGGGGGCT  732

seq1  GTGGGTAACAGAGACACAGCTGAGCAGAAGGACCCGACCCGGGTGGGATC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAACAGAGACACAGCTGAGCAGAAGGACCCGACCCGGGTGGGATC  782

seq1  TTGCATGTGATCAGTCTCCTTGGGTCTCTACCGATTAAGTCAAATGGGCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGTGATCAGTCTCCTTGGGTCTCTACCGATTAAGTCAAATGGGCT  832

seq1  TCAAGGAAAACGGGGAAGAAATACAACCATGGGCCTCAGTGGCCCATACC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAAAACGGGGAAGAAATACAACCATGGGCCTCAGTGGCCCATACC  882

seq1  TCGCCTTGGCCCCTGCCTGGGTCTTCTGATGTCATGTCCCTTTAAGGAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCTTGGCCCCTGCCTGGGTCTTCTGATGTCATGTCCCTTTAAGGAAT  932

seq1  TC  947
      ||
seq2  TC  934