BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015E05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 81,302,689 - 81,466,816
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr98
Upstream geneArrdc3, LOC666964, LOC100043074, LOC218368, LOC666979, EG666984
Downstream geneLysmd3, Polr3g, 2900024O10Rik, Cetn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015E05.bB6Ng01-015E05.g
ACCDH849571DH849572
length3901,024
definitionDH849571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015E05, 5' end.DH849572|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015E05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,302,689 - 81,303,084)(81,465,792 - 81,466,816)
sequence
tcagttacaaatgaggcacacacatatatagtatatacacacatacacat
atatatactattgtatacacacacacacacacacacacacacatatatat
atatataccccatttgtaactgagaattccacatatacatatattcatat
atataccacatataaacacacacacacaaacacacacacacacacacaca
cacacacacatatatattctaccccaaggctcacggtccttagtggtagg
gggaggcaaaaatattctaatagcctgaggtcagggaagaatggagcaac
cattctgcccatgacctgcacaagatgtgcacaatatcaagctagtccac
atttctctctctctctctctctctctctctctctctctct
gaattcaatgtagaaacataggtgcgttctcctgagagttataagtgtag
ttatcacaactcctgcatctttttccacggctaagtgatttttaaaaata
taatcagaaagcactcaagcttcctttcgtgaaacttcattctaaaatga
gcatcatgagtgtccacaggggaacacaaggcaggggactttcaaggtac
atacatgtgtttattttatcaaaaacatactacttttattgttgctatgt
gatacctgtgctctacctcagcaacaggaatccctgtaggtagatcacta
tgtagagtttcatcatggggagtttgagatgcctggtaagaccttctcac
cacacttaacttgactgtgataatcaaatcactgtgtctgagtttagctg
aataaaaactatgttttaaaactcagggtaaaatgtttacttacttgctt
atttatttctgcactatgtaggggttacagggctgcttatagggggaatt
ggctctcattccacaatatacgtccctggagtccaagtcaagtcctccag
ctttatggcaagctccttttacccttgagccacattgaaggccccaaact
cttcttaagggaggttatgttctgtgtcagtcactttgctaactcctcca
tgggggcattcccatataaaccttcaacagagagttgaatgatagaatcc
tgtgcctgtttttaaacagttaaactgattttatttgaatctgaaagggc
cttttttggtaatttgactaagattatttatgtgttaaataggaataaac
tactttggcctaattccagagtaagattttatgcagattgagatataact
ataagcccacatgtgatgacatatgggctgtagacagttccctcatgaga
atgaggcacaaagatcaaatttgaggccagccttgcttagatactgaaat
tagaggccagccgagctaatctacccctctgtcatcgataaacaaatgga
taaagagttcaatttttttaaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_81302689_81303084
seq2: B6Ng01-015E05.b_46_441

seq1  GAATTCTCAGTTACAAATGAGGCACACACATATATAGTATATACACACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGTTACAAATGAGGCACACACATATATAGTATATACACACAT  50

seq1  ACACATATATATACTATTGTATACACACACACACACACACACACACACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATATATACTATTGTATACACACACACACACACACACACACACAT  100

seq1  ATATATATATATACCCCATTTGTAACTGAGAATTCCACATATACATATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATACCCCATTTGTAACTGAGAATTCCACATATACATATAT  150

seq1  TCATATATATACCACATATAAACACACACACACAAACACACACACACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATATATACCACATATAAACACACACACACAAACACACACACACACA  200

seq1  CACACACACACACACATATATATTCTACCCCAAGGCTCACGGTCCTTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACATATATATTCTACCCCAAGGCTCACGGTCCTTAGT  250

seq1  GGTAGGGGGAGGCAAAAATATTCTAATAGCCTGAGGTCAGGGAAGAATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGGGAGGCAAAAATATTCTAATAGCCTGAGGTCAGGGAAGAATGG  300

seq1  AGCAACCATTCTGCCCATGACCTGCACAAGATGTGCACAATATCAAGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCATTCTGCCCATGACCTGCACAAGATGTGCACAATATCAAGCTA  350

seq1  GTCCACATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  396

seq1: chr13_81465792_81466816
seq2: B6Ng01-015E05.g_70_1093 (reverse)

seq1  TATTTATAAAAATTTGAACTACTTTTACATTTGTTTATCGATGACAGAGT  50
      |||||| ||||| |||||||  || | |||||||||||||||||||||| 
seq2  TATTTA-AAAAAATTGAACTCTTTATCCATTTGTTTATCGATGACAGAGG  49

seq1  GGTAGATTAGCTCAGGCTGGCCTCT-ATTTCAGTATCTAGCCAAGGCTGG  99
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||
seq2  GGTAGATTAGCTC-GGCTGGCCTCTAATTTCAGTATCTAAGCAAGGCTGG  98

seq1  CCTCAAATTTGATCTTTGTGCCTCATTCTCCTGAGGGAACTGTCTTACAG  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  CCTCAAATTTGATCTTTGTGCCTCATTCTCATGAGGGAACTGTC-TACAG  147

seq1  -CCATATGTCATCACATGTGGGCTTATAGTTATATCTCAATCTGCATAAA  198
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATGTCATCACATGTGGGCTTATAGTTATATCTCAATCTGCATAAA  197

seq1  ATCTTACTCTGGAATTAGGCCTAAGTAGTTTATTCCTATTTAACACATAA  248
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACTCTGGAATTAGGCCAAAGTAGTTTATTCCTATTTAACACATAA  247

seq1  ATAATCTTAGTCAAATTACCAAAAAAGGCCCTTTCAGATTCAAATAAAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTAGTCAAATTACCAAAAAAGGCCCTTTCAGATTCAAATAAAAT  297

seq1  CAGTTTAACTGTTTAAAAACAGGCACAGGATTCTATCATTCAACTCTCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAACTGTTTAAAAACAGGCACAGGATTCTATCATTCAACTCTCTG  347

seq1  TTGAAGGTTTATATGGGAATGCCCCCATGGAGGAGTTAGCAAAGTGACTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGTTTATATGGGAATGCCCCCATGGAGGAGTTAGCAAAGTGACTG  397

seq1  ACACAGAACATAACCTCCCTTAAGAAGAGTTTGGGGCCTTCAATGTGGCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAACATAACCTCCCTTAAGAAGAGTTTGGGGCCTTCAATGTGGCT  447

seq1  CAAGGGTAAAAGGAGCTTGCCATAAAGCTGGAGGACTTGACTTGGACTCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGTAAAAGGAGCTTGCCATAAAGCTGGAGGACTTGACTTGGACTCC  497

seq1  AGGGACGTATATTGTGGAATGAGAGCCAATTCCCCCTATAAGCAGCCCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACGTATATTGTGGAATGAGAGCCAATTCCCCCTATAAGCAGCCCTG  547

seq1  TAACCCCTACATAGTGCAGAAATAAATAAGCAAGTAAGTAAACATTTTAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCTACATAGTGCAGAAATAAATAAGCAAGTAAGTAAACATTTTAC  597

seq1  CCTGAGTTTTAAAACATAGTTTTTATTCAGCTAAACTCAGACACAGTGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTTTTAAAACATAGTTTTTATTCAGCTAAACTCAGACACAGTGAT  647

seq1  TTGATTATCACAGTCAAGTTAAGTGTGGTGAGAAGGTCTTACCAGGCATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTATCACAGTCAAGTTAAGTGTGGTGAGAAGGTCTTACCAGGCATC  697

seq1  TCAAACTCCCCATGATGAAACTCTACATAGTGATCTACCTACAGGGATTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTCCCCATGATGAAACTCTACATAGTGATCTACCTACAGGGATTC  747

seq1  CTGTTGCTGAGGTAGAGCACAGGTATCACATAGCAACAATAAAAGTAGTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTGAGGTAGAGCACAGGTATCACATAGCAACAATAAAAGTAGTA  797

seq1  TGTTTTTGATAAAATAAACACATGTATGTACCTTGAAAGTCCCCTGCCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGATAAAATAAACACATGTATGTACCTTGAAAGTCCCCTGCCTT  847

seq1  GTGTTCCCCTGTGGACACTCATGATGCTCATTTTAGAATGAAGTTTCACG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCCCTGTGGACACTCATGATGCTCATTTTAGAATGAAGTTTCACG  897

seq1  AAAGGAAGCTTGAGTGCTTTCTGATTATATTTTTAAAAATCACTTAGCCG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAGCTTGAGTGCTTTCTGATTATATTTTTAAAAATCACTTAGCCG  947

seq1  TGGAAAAAGATGCAGGAGTTGTGATAACTACACTTATAACTCTCAGGAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAAGATGCAGGAGTTGTGATAACTACACTTATAACTCTCAGGAGA  997

seq1  ACGCACCTATGTTTCTACATTGAATTC  1025
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCACCTATGTTTCTACATTGAATTC  1024