BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015P18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 25,311,598 - 25,460,873
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrsn1
Upstream geneLrrc16, LOC100042017, Cmah, 5830431A10Rik, 6330500D04Rik, LOC666145, Gmnn, LOC100040800, BC005537, Them2, Ttrap, D130043K22Rik, Aldh5a1, Gpld1, Mrs2l, LOC675430, Dcdc2a
Downstream geneTpi-rs8, LOC214973, LOC666221
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015P18.bB6Ng01-015P18.g
ACCDH850094DH850095
length5911,148
definitionDH850094|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015P18, 5' end.DH850095|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015P18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,460,280 - 25,460,873)(25,311,598 - 25,312,757)
sequence
taggaagtgaggctacatttccctgtagtagcaaagatctaattgtacat
tagacccggagctagtccatagagcatgcctaacttctaaaatgctactg
atcagctacaaattagcagtggataatggaatcttgtcacacagcgaggg
gataaatgacagaaaatactgagtgagaggtgatttatgttggatggcac
tgtgcagggagagtcaaacactagaaagatgtcacaggagggatggttta
aagtggttttcctggaaactcttagaaacagtggtagagaatggagagac
tgaatgagtggcttctctttcctgcttctcacacagtccctgtatagatt
tgttccagttgtggaatcgtctgtggttaaagatggctgacctaaagttc
ttcctaagtttgtgagagcattaggagcttaagcagggtataggaagagt
gggtgtgggaggtgtagcgagagctagttcagtgatactcaaaggcgaca
tgcatgaaaattgttttggactcatggaaaccctttgctggggcctcctg
cactatgctctgtttatgtaggactgggatgaaaatgaaac
gaattctattgaatatcaatctctgcttggcactataagtgaccagcagg
cccctccctgcttcgcaggtgcttggaacaacaatgtcaaggttggtgac
aatgagcttgaaggatgacagacagctgcaaccacactaatggcagcatt
gatgtgattccttgactgtctgatagatattatcttttaaacccatttct
tttaaatgtcttacaaaagccctatgaagaagggctgtcattatgtccaa
gtctattttattcaagaagtgtgtgagacatggagtaaataatttgcttc
aagtcctatgactagtaacttaatgattgacgtttctcagctcctgtggt
tggccattgtgctatcctggttctgatctatccagaaaacaccataaaga
ctggagaccaaactatgaatgagatgcctcaattggtaagagcacttgct
tctaaacctgatggcccgggactcacatgatgggaaggagagagttaact
cctctaagttgctgctcagctcccttggccaactccacttcaaagaaaga
agaagcaggataaagtgtgagccttctatggctccccgttgcacactggc
aaaccttctgcatggttcctgaaccaggacagtgtacattacttccctta
cttgttgattcactttatcctaatgttgaatcaacatggtgtgaccatgc
agactccagtctgggaagtcaataaagtcagattctatttcagatctttt
ctgggataagtagctggctgggagacgcagtcattctgagcagctgaaaa
taactaacaagacattttaatgagttaataagtctttctccctgaactac
acggaaagacataaagcatcacacttaagctacttgccagccttaattaa
acttgatgctgaaaaggtcagtgccctgtctggcagttccaaatcactcc
agcctctgacagcatgggcggactgtagggtgaggcagttgtgtgccaca
ggcaaatggaaacctctattctcactgaaattataaacaggtgcatttta
ggaggcctcattccagctaataacactggcatttatctgtcctttgctca
gtgcatctgctgttatgacttactcgtcacaacttggaaactcatggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_25460280_25460873
seq2: B6Ng01-015P18.b_45_641 (reverse)

seq1  GTCTCATCTTCATCCCAGTCCTACAT-AGCAGAGCATAGTGCAGGAGG-C  48
      || |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |
seq2  GTTTCATTTTCATCCCAGTCCTACATAAACAGAGCATAGTGCAGGAGGCC  50

seq1  CCAGCAATGGGTTTCCATGAGTCC-AAACAATTTTCATGCATGTCGCCTT  97
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAAGGGTTTCCATGAGTCCAAAACAATTTTCATGCATGTCGCCTT  100

seq1  TGAGTATCACTGAACTAGCTCTCGCTACACCTCCCACACCCACTCTTCCT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATCACTGAACTAGCTCTCGCTACACCTCCCACACCCACTCTTCCT  150

seq1  ATACCCTGCTTAAGCTCCTAATGCTCTCACAAACTTAGGAAGAACTTTAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTGCTTAAGCTCCTAATGCTCTCACAAACTTAGGAAGAACTTTAG  200

seq1  GTCAGCCATCTTTAACCACAGACGATTCCACAACTGGAACAAATCTATAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCATCTTTAACCACAGACGATTCCACAACTGGAACAAATCTATAC  250

seq1  AGGGACTGTGTGAGAAGCAGGAAAGAGAAGCCACTCATTCAGTCTCTCCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGTGTGAGAAGCAGGAAAGAGAAGCCACTCATTCAGTCTCTCCA  300

seq1  TTCTCTACCACTGTTTCTAAGAGTTTCCAGGAAAACCACTTTAAACCATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTACCACTGTTTCTAAGAGTTTCCAGGAAAACCACTTTAAACCATC  350

seq1  CCTCCTGTGACATCTTTCTAGTGTTTGACTCTCCCTGCACAGTGCCATCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGTGACATCTTTCTAGTGTTTGACTCTCCCTGCACAGTGCCATCC  400

seq1  AACATAAATCACCTCTCACTCAGTATTTTCTGTCATTTATCCCCTCGCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAATCACCTCTCACTCAGTATTTTCTGTCATTTATCCCCTCGCTG  450

seq1  TGTGACAAGATTCCATTATCCACTGCTAATTTGTAGCTGATCAGTAGCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAAGATTCCATTATCCACTGCTAATTTGTAGCTGATCAGTAGCAT  500

seq1  TTTAGAAGTTAGGCATGCTCTATGGACTAGCTCCGGGTCTAATGTACAAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAGTTAGGCATGCTCTATGGACTAGCTCCGGGTCTAATGTACAAT  550

seq1  TAGATCTTTGCTACTACAGGGAAATGTAGCCTCACTTCCTAGAATTC  594
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTTTGCTACTACAGGGAAATGTAGCCTCACTTCCTAGAATTC  597

seq1: chr13_25311598_25312757
seq2: B6Ng01-015P18.g_68_1215

seq1  GAATTCTATTGAATATCAATCTCTGCTTGGCACTATAAGTGACCAGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGAATATCAATCTCTGCTTGGCACTATAAGTGACCAGCAGG  50

seq1  CCCCTCCCTGCTTCGCAGGTGCTTGGAACAACAATGTCAAGGTTGGTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCTGCTTCGCAGGTGCTTGGAACAACAATGTCAAGGTTGGTGAC  100

seq1  AATGAGCTTGAAGGATGACAGACAGCTGCAACCACACTAATGGCAGCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTTGAAGGATGACAGACAGCTGCAACCACACTAATGGCAGCATT  150

seq1  GATGTGATTCCTTGACTGTCTGATAGATATTATCTTTTAAACCCATTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGATTCCTTGACTGTCTGATAGATATTATCTTTTAAACCCATTTCT  200

seq1  TTTAAATGTCTTACAAAAGCCCTATGAAGAAGGGCTGTCATTATGTCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGTCTTACAAAAGCCCTATGAAGAAGGGCTGTCATTATGTCCAA  250

seq1  GTCTATTTTATTCAAGAAGTGTGTGAGACATGGAGTAAATAATTTGCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTTTATTCAAGAAGTGTGTGAGACATGGAGTAAATAATTTGCTTC  300

seq1  AAGTCCTATGACTAGTAACTTAATGATTGACGTTTCTCAGCTCCTGTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTATGACTAGTAACTTAATGATTGACGTTTCTCAGCTCCTGTGGT  350

seq1  TGGCCATTGTGCTATCCTGGTTCTGATCTATCCAGAAAACACCATAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATTGTGCTATCCTGGTTCTGATCTATCCAGAAAACACCATAAAGA  400

seq1  CTGGAGACCAAACTATGAATGAGATGCCTCAATTGGTAAGAGCACTTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGACCAAACTATGAATGAGATGCCTCAATTGGTAAGAGCACTTGCT  450

seq1  TCTAAACCTGATGGCCCGGGACTCACATGATGGGAAGGAGAGAGTTAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACCTGATGGCCCGGGACTCACATGATGGGAAGGAGAGAGTTAACT  500

seq1  CCTCTAAGTTGCTGCTCAGCTCCCTTGGCCAACTCCACTTCAAAGAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGTTGCTGCTCAGCTCCCTTGGCCAACTCCACTTCAAAGAAAGA  550

seq1  AGAAGCAGGATAAAGTGTGAGCCTTCTATGGCTCCCCGTTGCACACTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGGATAAAGTGTGAGCCTTCTATGGCTCCCCGTTGCACACTGGC  600

seq1  AAACCTTCTGCATGGTTCCTGAACCAGGACAGTGTACATTACTTCCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTCTGCATGGTTCCTGAACCAGGACAGTGTACATTACTTCCCTTA  650

seq1  CTTGTTGATTCACTTTATCCTAATGTTGAATCAACATGGTGTGACCATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGATTCACTTTATCCTAATGTTGAATCAACATGGTGTGACCATGC  700

seq1  AGACTCCAGTCTGGGAAGTCAATAAAGTCAGATTCTATTTCAGATCTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCAGTCTGGGAAGTCAATAAAGTCAGATTCTATTTCAGATCTTTT  750

seq1  CTGGGATAAGTAGCTGGCTGGGAGACGCAGTCATTCTGAGCAGCTGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATAAGTAGCTGGCTGGGAGACGCAGTCATTCTGAGCAGCTGAAAA  800

seq1  TAACTAACAAGACATTTTAATGAGTTAATAAGTCTTTCTCCCTGAACTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAACAAGACATTTTAATGAGTTAATAAGTCTTTCTCCCTGAACTAC  850

seq1  ACGGAAAGACATAAAGCATCACACTTAAGCTACTTGCCAGCCTTAATTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAAAGACATAAAGCATCACACTTAAGCTACTTGCCAGCCTTAATTAA  900

seq1  ACTTGATGCTGAAAAGGTCAGTGCCCTGTCTGGCAGGTTCCAAATCACTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACTTGATGCTGAAAAGGTCAGTGCCCTGTCTGGCA-GTTCCAAATCACTC  949

seq1  CAGCCTCTGACAGCAGGGGC-GACTGTAGGGGTGAAGGCAGTTGTGTG-C  998
      ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |
seq2  CAGCCTCTGACAGCATGGGCGGACTGTA-GGGTG-AGGCAGTTGTGTGCC  997

seq1  ACAGGCAAATGGAAACCTTCTATCTCCACTGAAATTATAAACAGGTGCAT  1048
      ||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAAATGGAAACC-TCTATTCTCACTGAAATTATAAACAGGTGCAT  1046

seq1  TTTAAGAGGGCCTCATCCCAGCTAATAACAACTGGCATTTATCTTGTCTT  1098
      |||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   |||
seq2  TTTAGGA-GGCCTCATTCCAGCTAATAAC-ACTGGCATTTATCTGTCCTT  1094

seq1  TGCTCCAAGTGCATCTGCTGTTATGTACTTACTCCTTTCTACAACTCTGG  1148
      |||||  |||||||||||||||||| |||||||| |    |||||| |||
seq2  TGCTC--AGTGCATCTGCTGTTATG-ACTTACTCGT---CACAACT-TGG  1137

seq1  AAACTCCATGGT  1160
      ||||| ||||||
seq2  AAACT-CATGGT  1148