BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017A24
Chromosome13 (Build37)
Map Location 66,364,297 - 66,521,189
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665974, LOC100041915, 2410141K09Rik
Upstream geneZfp369, LOC100042347, LOC100042341, LOC665738, EG665742, LOC665750, LOC665753, EG544944, EG665767, LOC665777, EG628648, LOC665809, LOC100042404, LOC628722, LOC665851, Vmn2r-ps99, LOC628794, EG665897, LOC100041855, EG628746, LOC100042434, LOC100041892
Downstream geneC330014B19Rik, Mzf6d, Vmn2r-ps106, LOC666027, LOC100042492, LOC100041947, EG382769, LOC666052, EG432768, LOC666061, Uqcrb, Mterfd1, Ptdss1, Zfp712, Zfp708, Zfp759, Rsl1, LOC674699, Zfp455, Zfp458, Zfp457, A230042K10Rik, E130120F12Rik, Zfp456, 2810487A22Rik, Zfp459
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017A24.bB6Ng01-017A24.g
ACCDH850849DH850850
length8541,075
definitionDH850849|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017A24, 5' end.DH850850|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,520,337 - 66,521,189)(66,364,297 - 66,365,384)
sequence
gaattctatggacatataaatcactctagatgaagggtctcttcataaat
tttatcaaaatatgagactaaagattatttcagtttaatatcacacacac
aaacatgcacataaaacacacacattgttctttacgtcaggtgttgaagg
tcagtgtcatttttctctcaaaatactgtttgctgctttattttttaaat
attatttggtagtttatttttgacattgtcattgaattgctccttttttt
atatttgctgtctcgaaaacaccctttgtcccactccctgcactcctaaa
atgcacatggcctcttatttcattaattcttactgaatgtgcacaaattt
gcatatacatttatatttttaaacaaaattgtaaagactgtgtaaaattg
catatatttatgttttgaaaggccacatagcagtaaaatcactcttaatg
atattctgctattgataaaaatcagggtcttgatcagccaccatcagata
tctttccttctgtaatagatagaaacaaatacaaatacccttagccagtc
agttttgggtcttgtcagggttataggacagtgtcatcctggtcacagag
ctatatagaggtcatgatggggtcaaaggttggggtttacatatgatgtc
agggtcaggtctaaagttggggtccaagtataggtaagggatcacatagg
tggctattggttacagctgccagggaccgggatcaccatgccatccagga
aaccttgggtgaactctggccaccctccagccctgccccctcgccccgcc
cctaagacagctgtgtgacccaagccccagggggaagagagaggtgggga
gggt
gaattctgagggccaggtgcttatccaagtcagcagaacatctggttaac
ttttaaccaaggtagacagggtgggagatagggaggcgcctggccaatcc
ccacattcttgtatatcttctctatctttgtggctagccagttcctagga
tgactttacagcctttgttctttgctctaggcccaaaaagccttcctaac
tagcaagctgcttgagtcatggatcttgaattttaattttctttcatcta
gaagtagagataaggatttgtttaattccctaccaaaagctccttcctct
ttctacacaggtaacctagcaacgttttacatgacaaagccttgcctgcc
tagctgccctcagatcagcctggaaatcaacccctcaggagcctttatca
gatttaaacacacaaataccactcctggtgtcctgacttttggaatgtca
gccttgattcccttgggcaggcttcatgctcactgtgatttatgcctagc
cctgacctgggagaactttcacagatgggatgctgtgtttctctcatgag
tttagaacacccagggcttgaaatcagacaatgccctggcttagatttaa
aagccttttaaaaaatggagtctgactctcagttcctcctgttccactga
aatgccctgtcattcacacagacagctgtggtggactgcgcttctcagac
ccttggtgggtgaaaaacagtcaatgttgcctgctcctgtaagaccccaa
ctcattgtgtttcttagacccctagaaatgaagcccagcatggagttctt
agttttttcaccttcagcctgaaagaagcccagcatggagttctttgttc
ttttgccttcagcctgaaaggtgagatgggtgacccacctaggcatctga
cccattgtgtagggaccagaacatttacacacttcccagtctttgtgatc
catccttcccctcacttcggggaggagatgagctgaatcacatccccact
ttaggatgctatccatcctacctcacttatggatcattcttaaaaactcc
actgcaactgctgggaggttaatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_66520337_66521189
seq2: B6Ng01-017A24.b_48_901 (reverse)

seq1  ACCCT-CCCACCTCTCTCTTCCCCCTGGGGCTTGGGTCACACAGCTGTCT  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCCCACCTCTCTCTTCCCCCTGGGGCTTGGGTCACACAGCTGTCT  50

seq1  TAGGGGCGGGGCGAGGGGGCAGGGCTGGAGGGTGGCCAGAGTTCACCCAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCGGGGCGAGGGGGCAGGGCTGGAGGGTGGCCAGAGTTCACCCAA  100

seq1  GGTTTCCTGGATGGCATGGTGATCCCGGTCCCTGGCAGCTGTAACCAATA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCTGGATGGCATGGTGATCCCGGTCCCTGGCAGCTGTAACCAATA  150

seq1  GCCACCTATGTGATCCCTTACCTATACTTGGACCCCAACTTTAGACCTGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTATGTGATCCCTTACCTATACTTGGACCCCAACTTTAGACCTGA  200

seq1  CCCTGACATCATATGTAAACCCCAACCTTTGACCCCATCATGACCTCTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGACATCATATGTAAACCCCAACCTTTGACCCCATCATGACCTCTAT  250

seq1  ATAGCTCTGTGACCAGGATGACACTGTCCTATAACCCTGACAAGACCCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCTGTGACCAGGATGACACTGTCCTATAACCCTGACAAGACCCAA  300

seq1  AACTGACTGGCTAAGGGTATTTGTATTTGTTTCTATCTATTACAGAAGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACTGGCTAAGGGTATTTGTATTTGTTTCTATCTATTACAGAAGGA  350

seq1  AAGATATCTGATGGTGGCTGATCAAGACCCTGATTTTTATCAATAGCAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATCTGATGGTGGCTGATCAAGACCCTGATTTTTATCAATAGCAGA  400

seq1  ATATCATTAAGAGTGATTTTACTGCTATGTGGCCTTTCAAAACATAAATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATTAAGAGTGATTTTACTGCTATGTGGCCTTTCAAAACATAAATA  450

seq1  TATGCAATTTTACACAGTCTTTACAATTTTGTTTAAAAATATAAATGTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAATTTTACACAGTCTTTACAATTTTGTTTAAAAATATAAATGTAT  500

seq1  ATGCAAATTTGTGCACATTCAGTAAGAATTAATGAAATAAGAGGCCATGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAATTTGTGCACATTCAGTAAGAATTAATGAAATAAGAGGCCATGT  550

seq1  GCATTTTAGGAGTGCAGGGAGTGGGACAAAGGGTGTTTTCGAGACAGCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTAGGAGTGCAGGGAGTGGGACAAAGGGTGTTTTCGAGACAGCAA  600

seq1  ATATAAAAAAAGGAGCAATTCAATGACAATGTCAAAAATAAACTACCAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAAAAAGGAGCAATTCAATGACAATGTCAAAAATAAACTACCAAA  650

seq1  TAATATTTAAAAAATAAAGCAGCAAACAGTATTTTGAGAGAAAAATGACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTAAAAAATAAAGCAGCAAACAGTATTTTGAGAGAAAAATGACA  700

seq1  CTGACCTTCAACACCTGACGTAAAGAACAATGTGTGTGTTTTATGTGCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTTCAACACCTGACGTAAAGAACAATGTGTGTGTTTTATGTGCAT  750

seq1  GTTTGTGTGTGTGATATTAAACTGAAATAATCTTTAGTCTCATATTTTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTGTGTGATATTAAACTGAAATAATCTTTAGTCTCATATTTTGA  800

seq1  TAAAATTTATGAAGAGACCCTTCATCTAGAGTGATTTATATGTCCATAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTATGAAGAGACCCTTCATCTAGAGTGATTTATATGTCCATAGA  850

seq1  ATTC  853
      ||||
seq2  ATTC  854

seq1: chr13_66364297_66365384
seq2: B6Ng01-017A24.g_65_1139

seq1  GAATTCTGAGGGCCAGGTGCTTATCCAAGTCAGCAGAACATCTGGTTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGGGCCAGGTGCTTATCCAAGTCAGCAGAACATCTGGTTAAC  50

seq1  TTTTAACCAAGGTAGACAGGGTGGGAGATAGGGAGGCGCCTGGCCAATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACCAAGGTAGACAGGGTGGGAGATAGGGAGGCGCCTGGCCAATCC  100

seq1  CCACATTCTTGTATATCTTCTCTATCTTTGTGGCTAGCCAGTTCCTAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTCTTGTATATCTTCTCTATCTTTGTGGCTAGCCAGTTCCTAGGA  150

seq1  TGACTTTACAGCCTTTGTTCTTTGCTCTAGGCCCAAAAAGCCTTCCTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTACAGCCTTTGTTCTTTGCTCTAGGCCCAAAAAGCCTTCCTAAC  200

seq1  TAGCAAGCTGCTTGAGTCATGGATCTTGAATTTTAATTTTCTTTCATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGCTGCTTGAGTCATGGATCTTGAATTTTAATTTTCTTTCATCTA  250

seq1  GAAGTAGAGATAAGGATTTGTTTAATTCCCTACCAAAAGCTCCTTCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGAGATAAGGATTTGTTTAATTCCCTACCAAAAGCTCCTTCCTCT  300

seq1  TTCTACACAGGTAACCTAGCAACGTTTTACATGACAAAGCCTTGCCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACACAGGTAACCTAGCAACGTTTTACATGACAAAGCCTTGCCTGCC  350

seq1  TAGCTGCCCTCAGATCAGCCTGGAAATCAACCCCTCAGGAGCCTTTATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCCCTCAGATCAGCCTGGAAATCAACCCCTCAGGAGCCTTTATCA  400

seq1  GATTTAAACACACAAATACCACTCCTGGTGTCCTGACTTTTGGAATGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAAACACACAAATACCACTCCTGGTGTCCTGACTTTTGGAATGTCA  450

seq1  GCCTTGATTCCCTTGGGCAGGCTTCATGCTCACTGTGATTTATGCCTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGATTCCCTTGGGCAGGCTTCATGCTCACTGTGATTTATGCCTAGC  500

seq1  CCTGACCTGGGAGAACTTTCACAGATGGGATGCTGTGTTTCTCTCATGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCTGGGAGAACTTTCACAGATGGGATGCTGTGTTTCTCTCATGAG  550

seq1  TTTAGAACACCCAGGGCTTGAAATCAGACAATGCCCTGGCTTAGATTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAACACCCAGGGCTTGAAATCAGACAATGCCCTGGCTTAGATTTAA  600

seq1  AAGCCTTTTAAAAAATGGAGTCTGACTCTCAGTTCCTCCTGTTCCACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTTTAAAAAATGGAGTCTGACTCTCAGTTCCTCCTGTTCCACTGA  650

seq1  AATGCCCTGTCATTCACACAGACAGCTGTGGTGGACTGCGCTTCTCAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCCTGTCATTCACACAGACAGCTGTGGTGGACTGCGCTTCTCAGAC  700

seq1  CCTTGGTGGGTGAAAAACAGTCAATGTTGCCTGCTCCTGTAAGACCCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTGGGTGAAAAACAGTCAATGTTGCCTGCTCCTGTAAGACCCCAA  750

seq1  CTCATTGTGTTTCTTAGACCCCTAGAAATGAAGCCCAGCATGGAGTTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGTGTTTCTTAGACCCCTAGAAATGAAGCCCAGCATGGAGTTCTT  800

seq1  AGTTTTTTCACCTTCAGCCTGAAAGAAGCCCAGCATGGAGTTCTTTGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTTCACCTTCAGCCTGAAAGAAGCCCAGCATGGAGTTCTTTGTTC  850

seq1  TTTTGCCTTCAGCCTGAAAGGTGAGATGGGTGACCCACCTAGGCATCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTTCAGCCTGAAAGGTGAGATGGGTGACCCACCTAGGCATCTGA  900

seq1  CCCATTGTGTAAGGGACCAAGAACATTTACACAACTTCCCCAGTCTTTGT  950
      |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  CCCATTGTGT-AGGGACC-AGAACATTTACAC-ACTT-CCCAGTCTTTGT  946

seq1  GATCCATCCTTCCCCTCACTTTCGGGGA-GAGATGAGCTGTAATTCACCA  999
      ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  | ||| ||
seq2  GATCCATCCTTCCCCTCAC-TTCGGGGAGGAGATGAGCTG--AATCA-CA  992

seq1  TCCCCACTTTTATGATGCTTATCCTATCCTTCCCTCACTTTATGGTTCAT  1049
      ||||||| |||| ||||| ||||| |||| | |||||| |||||| ||||
seq2  TCCCCAC-TTTAGGATGC-TATCC-ATCC-TACCTCAC-TTATGGATCAT  1037

seq1  TCTTTAAAAACCTCCACTGCAACTGCT-GGAGGTCTATCT  1088
      ||||  |||| |||||||||||||||| ||||||  ||||
seq2  TCTT--AAAAACTCCACTGCAACTGCTGGGAGGTTAATCT  1075