BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017K06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 83,346,025 - 83,486,307
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC238756, LOC667018
Downstream geneMef2c, LOC100043111, LOC623241, LOC432789, 2810049E08Rik, LOC100043119, LOC667081, LOC667101, Tmem161b, LOC666795, LOC667111
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017K06.bB6Ng01-017K06.g
ACCDH851266DH851267
length1,1271,127
definitionDH851266|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017K06, 5' end.DH851267|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017K06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,485,164 - 83,486,307)(83,346,025 - 83,347,164)
sequence
gaattcatcaaaacaaatcctacccatatgggaattcacagcatatcaga
agtgaaggcagtatttggttaatgttaagaaggtgtaacaggaagaacac
agacatgaaaggatactcagtcagctgtaagtacctatcaataatggact
agtcctttgctttcaaatatctcctaatttactttgtatattcagtttta
aagaaaaggataagagtggcttttaaaacaagatgtagttttatctacta
atattcaatacttcattctgaatatggagttatacattaattctggaata
ggtcatatattaacttataaattcagaaacatggtccaaattactcatga
ctctttattatcagagtatgcactaaaatatttctgtgcctgagtcacac
tgattgggaaaaaaaggctttatatgataatttcacatctttatcttaag
taatttgcttaattagttgagaatatttaacctacatgcagacacataat
aaaaactgtaaataaggctggaagataaaaagtaaagcatgtccattatt
aatatttagattttcctagagtttctgaatttttaactttaggcaaatag
gcactgatccaattgcttggctttaaattgtatctggcaggttattttta
tctgtttggccttcaatgatcacatccatatttgtgctttctgaagtctt
cttaaaaatgattcacagatactctgtactcaaagctaatatcaggcttg
ccttttttaaacattgcaaattttacctcaagtgctacaccataaattta
caaggaaaattttttattaaattataactgagaggagttgagtttttaac
ctagcaaacaaaaaattccttcatgtaaggctataaaacccatattattt
accaaagagacctttcctgtctcccaggtaaacacttacagtgtgtagac
ttatgtaaatacatatttagagtgctaaatatggcaggtattttaaagca
tatttacaagctgaatacatatactgcatttgatctgtagaaactgtcac
actgcctgctgtcttatcaaatcccagcagaactgtggtagcatatgctg
acacagggtggattaaacattattcta
gaattcctcaggtagacaaggctagcctcaaactcagtgctgggattaag
ggcatgcaccatcacacttggcatttaattatatatagttttaatgcagt
tactcgacatggcaagataggttccctcgggacctatagactgcctaaga
gtaccccaatatcatccaggagatacctcacttcatgttattaataatgt
gtatcgtagtcagcttcatttagcaattaccacatttgtatatcaaattt
tcaaacaacttgttatcattaatagataaatgtattttgacaattaaata
aaaaatacaacgtatttaaatcaagggttttcaatttatattgcaccgtt
ttacattaatactgggttttaagcagtgaaatatttaaagatcttgaact
ttggaaacagttcttagattaaggtaaataatgaactactagatcaatag
aagataataagggaaattagcggccatcataagaggccagtgcaaatagt
gaagtggttagagtctacaaatgctgatcaaatggatcctctattgccaa
ctgcattctaaggtgaatttgacatggtgtccacttctttaaatggctgc
tgtcggtaaaatccaagtagtagccaccctgcggaagaatgcctgagatg
ggacagctgcaagggttcacatgcccctgtcaatctcttttgtcattttt
catcaaagccatcttagtccaacaggcagccctgggatattcttagttca
ggctacttagctggctgattcacagtgacctttctttttatggcaaccta
cgcacactgcttccctcgccagggtcttcctctccacactgcctttctcc
aacctcagtcaggtgtctcaagagaagacatttcctaaataatgtcttat
ataaatgtagttttctcttacttttagagattgcttatacgtactttata
tttgtatatgcatgttcttatgtgtgttcatttataaaagtagcctgttg
ttgaataatttcagaatcctgaatgtgatgcctggccatgactgaattgg
gctgtttttcgattttgtagccagccgagcacagtgagttattaacctac
cctcgctgtaagtgtatttgtaccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_83485164_83486307
seq2: B6Ng01-017K06.b_41_1167 (reverse)

seq1  TAGAAATTAATGTTTAAATCCAACCCCTGTGTCCAGCATATGCTACCACA  50
      |||||  |||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TAGAA--TAATGTTT-AATCCA--CCCTGTGT-CAGCATATGCTACCACA  44

seq1  GTTCTGCTGGGATTTTGAATAGACAGCAGGGCAGTGTGAACAGTTTCTAC  100
      |||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  GTTCTGCTGGGA-TTTGATAAGACAGCA-GGCAGTGTG-ACAGTTTCTAC  91

seq1  AGATCCAAATGCCAGTATATGTATTCAGCTTTGTAAATATGCCTTTAAAA  150
      |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  || |||
seq2  AGAT-CAAATG-CAGTATATGTATTCAGC-TTGTAAATATGC--TTTAAA  136

seq1  ATACCTTGCCATATTTAGCCACTCCTAAATATGTATTTACATAAGTCTAC  200
      ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACC-TGCCATATTTAG-CACT-CTAAATATGTATTTACATAAGTCTAC  183

seq1  ACACTGTAAGTGTTTACCTGGGAGACAGGAAAGGTCTCTTTGGTAAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTAAGTGTTTACCTGGGAGACAGGAAAGGTCTCTTTGGTAAATAA  233

seq1  TATGGGTTTTATAGCCTTACATGAAGGAATTTTTTGTTTGCTAGGTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTTTTATAGCCTTACATGAAGGAATTTTTTGTTTGCTAGGTTAAA  283

seq1  AACTCAACTCCTCTCAGTTATAATTTAATAAAAAATTTTCCTTGTAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAACTCCTCTCAGTTATAATTTAATAAAAAATTTTCCTTGTAAATT  333

seq1  TATGGTGTAGCACTTGAGGTAAAATTTGCAATGTTTAAAAAAGGCAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTGTAGCACTTGAGGTAAAATTTGCAATGTTTAAAAAAGGCAAGCC  383

seq1  TGATATTAGCTTTGAGTACAGAGTATCTGTGAATCATTTTTAAGAAGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTAGCTTTGAGTACAGAGTATCTGTGAATCATTTTTAAGAAGACT  433

seq1  TCAGAAAGCACAAATATGGATGTGATCATTGAAGGCCAAACAGATAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGCACAAATATGGATGTGATCATTGAAGGCCAAACAGATAAAAA  483

seq1  TAACCTGCCAGATACAATTTAAAGCCAAGCAATTGGATCAGTGCCTATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGCCAGATACAATTTAAAGCCAAGCAATTGGATCAGTGCCTATTT  533

seq1  GCCTAAAGTTAAAAATTCAGAAACTCTAGGAAAATCTAAATATTAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAAGTTAAAAATTCAGAAACTCTAGGAAAATCTAAATATTAATAAT  583

seq1  GGACATGCTTTACTTTTTATCTTCCAGCCTTATTTACAGTTTTTATTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGCTTTACTTTTTATCTTCCAGCCTTATTTACAGTTTTTATTATG  633

seq1  TGTCTGCATGTAGGTTAAATATTCTCAACTAATTAAGCAAATTACTTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCATGTAGGTTAAATATTCTCAACTAATTAAGCAAATTACTTAAG  683

seq1  ATAAAGATGTGAAATTATCATATAAAGCCTTTTTTTCCCAATCAGTGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGATGTGAAATTATCATATAAAGCCTTTTTTTCCCAATCAGTGTGA  733

seq1  CTCAGGCACAGAAATATTTTAGTGCATACTCTGATAATAAAGAGTCATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCACAGAAATATTTTAGTGCATACTCTGATAATAAAGAGTCATGA  783

seq1  GTAATTTGGACCATGTTTCTGAATTTATAAGTTAATATATGACCTATTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTGGACCATGTTTCTGAATTTATAAGTTAATATATGACCTATTCC  833

seq1  AGAATTAATGTATAACTCCATATTCAGAATGAAGTATTGAATATTAGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAATGTATAACTCCATATTCAGAATGAAGTATTGAATATTAGTAG  883

seq1  ATAAAACTACATCTTGTTTTAAAAGCCACTCTTATCCTTTTCTTTAAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTACATCTTGTTTTAAAAGCCACTCTTATCCTTTTCTTTAAAAC  933

seq1  TGAATATACAAAGTAAATTAGGAGATATTTGAAAGCAAAGGACTAGTCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATACAAAGTAAATTAGGAGATATTTGAAAGCAAAGGACTAGTCCA  983

seq1  TTATTGATAGGTACTTACAGCTGACTGAGTATCCTTTCATGTCTGTGTTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATAGGTACTTACAGCTGACTGAGTATCCTTTCATGTCTGTGTTC  1033

seq1  TTCCTGTTACACCTTCTTAACATTAACCAAATACTGCCTTCACTTCTGAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTACACCTTCTTAACATTAACCAAATACTGCCTTCACTTCTGAT  1083

seq1  ATGCTGTGAATTCCCATATGGGTAGGATTTGTTTTGATGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGAATTCCCATATGGGTAGGATTTGTTTTGATGAATTC  1127

seq1: chr13_83346025_83347164
seq2: B6Ng01-017K06.g_65_1191

seq1  GAATTCCTCAGGTAGACAAGGCTAGCCTCAAACTCAGTGCTGGGATTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGGTAGACAAGGCTAGCCTCAAACTCAGTGCTGGGATTAAG  50

seq1  GGCATGCACCATCACACTTGGCATTTAATTATATATAGTTTTAATGCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCACCATCACACTTGGCATTTAATTATATATAGTTTTAATGCAGT  100

seq1  TACTCGACATGGCAAGATAGGTTCCCTCGGGACCTATAGACTGCCTAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCGACATGGCAAGATAGGTTCCCTCGGGACCTATAGACTGCCTAAGA  150

seq1  GTACCCCAATATCATCCAGGAGATACCTCACTTCATGTTATTAATAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCCAATATCATCCAGGAGATACCTCACTTCATGTTATTAATAATGT  200

seq1  GTATCGTAGTCAGCTTCATTTAGCAATTACCACATTTGTATATCAAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCGTAGTCAGCTTCATTTAGCAATTACCACATTTGTATATCAAATTT  250

seq1  TCAAACAACTTGTTATCATTAATAGATAAATGTATTTTGACAATTAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAACTTGTTATCATTAATAGATAAATGTATTTTGACAATTAAATA  300

seq1  AAAAATACAACGTATTTAAATCAAGGGTTTTCAATTTATATTGCACCGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATACAACGTATTTAAATCAAGGGTTTTCAATTTATATTGCACCGTT  350

seq1  TTACATTAATACTGGGTTTTAAGCAGTGAAATATTTAAAGATCTTGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTAATACTGGGTTTTAAGCAGTGAAATATTTAAAGATCTTGAACT  400

seq1  TTGGAAACAGTTCTTAGATTAAGGTAAATAATGAACTACTAGATCAATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAACAGTTCTTAGATTAAGGTAAATAATGAACTACTAGATCAATAG  450

seq1  AAGATAATAAGGGAAATTAGCGGCCATCATAAGAGGCCAGTGCAAATAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAATAAGGGAAATTAGCGGCCATCATAAGAGGCCAGTGCAAATAGT  500

seq1  GAAGTGGTTAGAGTCTACAAATGCTGATCAAATGGATCCTCTATTGCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGTTAGAGTCTACAAATGCTGATCAAATGGATCCTCTATTGCCAA  550

seq1  CTGCATTCTAAGGTGAATTTGACATGGTGTCCACTTCTTTAAATGGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATTCTAAGGTGAATTTGACATGGTGTCCACTTCTTTAAATGGCTGC  600

seq1  TGTCGGTAAAATCCAAGTAGTAGCCACCCTGCGGAAGAATGCCTGAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGGTAAAATCCAAGTAGTAGCCACCCTGCGGAAGAATGCCTGAGATG  650

seq1  GGACAGCTGCAAGGGTTCACATGCCCCTGTCAATCTCTTTTGTCATTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCTGCAAGGGTTCACATGCCCCTGTCAATCTCTTTTGTCATTTTT  700

seq1  CATCAAAGCCATCTTAGTCCAACAGGCAGCCCTGGGATATTCTTAGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAAGCCATCTTAGTCCAACAGGCAGCCCTGGGATATTCTTAGTTCA  750

seq1  GGCTACTTAGCTGGCTGATTCACAGTGACCTTTCTTTTTATGGCAACCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACTTAGCTGGCTGATTCACAGTGACCTTTCTTTTTATGGCAACCTA  800

seq1  CGCACACTGCTTCCCTCGCCAGGGTCTTCCTCTCCACACTGCCTTTCTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACTGCTTCCCTCGCCAGGGTCTTCCTCTCCACACTGCCTTTCTCC  850

seq1  AACCTCAGTCAGGGTGTCTCAAGAGAAGACATTTCCTAAATAATGTCTTA  900
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCAGTCA-GGTGTCTCAAGAGAAGACATTTCCTAAATAATGTCTTA  899

seq1  TAATAAATGTAGTTTTCTCTTACTTTTAAGAGAATTGCTTATACGTACTT  950
      | ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  T-ATAAATGTAGTTTTCTCTTACTTTT-AGAG-ATTGCTTATACGTACTT  946

seq1  TATAATTTGTATATGCATGTTCTTATGTGTGTTCATTTATAAAAGTAGGC  1000
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAT-ATTTGTATATGCATGTTCTTATGTGTGTTCATTTATAAAAGTA-GC  994

seq1  CTGGTTGTTGAATAATTTTCAAGGAAT-CTGAATGGTTGATGCCTGGCAA  1049
      || |||||||||||| |||||  |||| |||||||  ||||||||||| |
seq2  CT-GTTGTTGAATAA-TTTCA--GAATCCTGAATG--TGATGCCTGGCCA  1038

seq1  TGACTGAATTGGGCTGTTTTTCGA-TATGTAGCCAGCCGAAGCACAGTGA  1098
      |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
seq2  TGACTGAATTGGGCTGTTTTTCGATTTTGTAGCCAGCCG-AGCACAGTGA  1087

seq1  GTTTATGACCTACCTTCGCTGGTAAAGTGTATTTGTACCATT  1140
      |||  | ||||||| ||||||   ||||||||||||||||||
seq2  GTTATTAACCTACCCTCGCTG--TAAGTGTATTTGTACCATT  1127