BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018D04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 83,260,001 - 83,412,067
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC238756, LOC667018
Downstream geneMef2c, LOC100043111, LOC623241, LOC432789, 2810049E08Rik, LOC100043119, LOC667081, LOC667101, Tmem161b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018D04.bB6Ng01-018D04.g
ACCDH851667DH851668
length8381,075
definitionDH851667|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018D04, 5' end.DH851668|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018D04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,260,001 - 83,260,836)(83,410,981 - 83,412,067)
sequence
gaattcacactggcactcataactagccagagaatatacttacttgttcc
gttctctgccctctgaaacattaatctaaggaaattcaagtaggtttagc
taaaaacatggcaaaatgttaaaaaatggtaggcagtgttagacttgcca
ccaggccactagcttacctatgtgggatcactctaattttaataacattc
agactgtggatactatttatgtgatgtaaaatcaacacacaaaagtagaa
catggatatagatggggtgctcatttatttatttttaaaaacaagggaaa
tactgtaatgaagaaaagaggcttaattgaactctgaagcaggtggaatt
ttgatctgaatcttttaggtaagatagtaacagtaaaggcagtgttcagt
aaccatttgcaaggtatttatagttcaacatcattaaaggaccatctgaa
gacctgtgcctgtggctgattctactacaatttctcatgaaccaaaacta
aatttcaaaattgtaaaccagatcctataactataaagataaaatgtttt
aatttttttaattctatgtatatgtgtacatgtgtgtgtgtgagggagag
atgggcagagacagagagacaaagacagagagtttgtgaaagttgagtgc
tgtctctttggagttcatgagaaggtattggattccctaaagcttgagtc
acaggtgatactcgggtgtccgaggatgtcctccttgtttgcttctagat
caaagtctgatttataagctcagaatttagagtggctcctattttcccag
cctgatcttcccagtccttctatggggcattgacttta
gaattctcttcttcaagtgtccgtaagtctttggagcagcagatatggca
caggtatgtcattacagctgagaattttacagtctcttgttctcttcact
ttgaccaggtgtgagtctcttaactaccatctagtacaaagagaagcttc
tctgatgagagttgaaagattaattaatgaatggatgtaagggtaagtca
tgaagttatcttaatactgtgttcatttagcagaataatagcaatgggtt
cttcctgagggcctgtgacctgtctcattccaggttcttggaccaacaac
attggcatgtgtttaagtcctgctcagcaagatgaaactccttcctggtt
ttgtggtttttaattaattaattaatttacattacttgctgcctccttca
aggtaccccagcagagaccctcctcccatccccccgttgtcttaacctta
cctttcccatatacactttagctctaaccttcaaataatttaacttgaaa
ctctttacacctgccaaatgcttagaaatatcctgtgactactcagagaa
catctaagttcttcactttttgtcctaccaagcagaggacaaggaaaact
tataaaatttatttcagtgatattacagaaatttcagggtagaaagtaga
cactaaaaatcctgaatatttgttgaaacccatataaaatatctaacaag
taaatcaaataaccatagtaaatttaaacatctaagagatcaccatggag
actttgttcattttattgcagctttgctgtataatgaaaccatcagtgtg
tagcatgcgctctattttgaacattattttactttaagacataaaattct
gatacttattttttaaagtgtaatagtaaaagcattagaaagacttgaaa
ttaattaattcagctaaatggtttaggatgcatgtcctttggaaggatca
ggctgaaaactagtaacgtggctgttttatactcaaaggtagatgactga
taacacaagtgtctggaggcttttgcaattaagacatactatcaaattct
aaattacaccatcagggggttgata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_83260001_83260836
seq2: B6Ng01-018D04.b_45_882

seq1  GAATTCACACTGGCACTCATAACTAGCCAGAGAATATACTTACTTGTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTGGCACTCATAACTAGCCAGAGAATATACTTACTTGTTCC  50

seq1  GTTCTCTGCCCTCTGAAACATTAATCTAAGGAAATTCAAGTAGGTTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTGCCCTCTGAAACATTAATCTAAGGAAATTCAAGTAGGTTTAGC  100

seq1  TAAAAACATGGCAAAATGTTAAAAAATGGTAGGCAGTGTTAGACTTGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACATGGCAAAATGTTAAAAAATGGTAGGCAGTGTTAGACTTGCCA  150

seq1  CCAGGCCACTAGCTTACCTATGTGGGATCACTCTAATTTTAATAACATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCACTAGCTTACCTATGTGGGATCACTCTAATTTTAATAACATTC  200

seq1  AGACTGTGGATACTATTTATGTGATGTAAAATCAACACACAAAAGTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTGGATACTATTTATGTGATGTAAAATCAACACACAAAAGTAGAA  250

seq1  CATGGATATAGATGGGGTGCTCATTTATTTATTTTTAAAAACAAGGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATATAGATGGGGTGCTCATTTATTTATTTTTAAAAACAAGGGAAA  300

seq1  TACTGTAATGAAGAAAAGAGGCTTAATTGAACTCTGAAGCAGGTGGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAATGAAGAAAAGAGGCTTAATTGAACTCTGAAGCAGGTGGAATT  350

seq1  TTGATCTGAATCTTTTAGGTAAGATAGTAACAGTAAAGGCAGTGTTCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTGAATCTTTTAGGTAAGATAGTAACAGTAAAGGCAGTGTTCAGT  400

seq1  AACCATTTGCAAGGTATTTATAGTTCAACATCATTAAAGGACCATCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTTGCAAGGTATTTATAGTTCAACATCATTAAAGGACCATCTGAA  450

seq1  GACCTGTGCCTGTGGCTGATTCTACTACAATTTCTCATGAACCAAAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGTGCCTGTGGCTGATTCTACTACAATTTCTCATGAACCAAAACTA  500

seq1  AATTTCAAAATTGTAAACCAGATCCTATAACTATAAAGATAAAATGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCAAAATTGTAAACCAGATCCTATAACTATAAAGATAAAATGTTTT  550

seq1  AATTTTTTTAATTCTATGTATATGTGTACATGTGTGTGTGTGAGGGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTTAATTCTATGTATATGTGTACATGTGTGTGTGTGAGGGAGAG  600

seq1  ATGGGCAGAGACAGAGAGACAAAGACAGAGAGATTGTGAAAGTTGAGTGC  650
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAGAGACAGAGAGACAAAGACAGAGAGTTTGTGAAAGTTGAGTGC  650

seq1  TGTCTCTTTGGAGTTCATGAGAAGGTATTGGATTCCCTAAAGCTTGAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTTGGAGTTCATGAGAAGGTATTGGATTCCCTAAAGCTTGAGTC  700

seq1  ACAGGTGATACTCGGGTGTCCGAGGATGTCCTCCTTG-TTGCTTCTAGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACAGGTGATACTCGGGTGTCCGAGGATGTCCTCCTTGTTTGCTTCTAGAT  750

seq1  CAAAGTCTGATTTATAAGCTCAGAATTTAGAGTGGCTCCTATTTTCCCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTGATTTATAAGCTCAGAATTTAGAGTGGCTCCTATTTTCCCAG  800

seq1  CCTGATCTTCCCAGTCCTTCTAT-GGGCATTGACTTTA  836
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTGATCTTCCCAGTCCTTCTATGGGGCATTGACTTTA  838

seq1: chr13_83410981_83412067
seq2: B6Ng01-018D04.g_69_1143 (reverse)

seq1  TATCAA-CCCCTGATTGGTGTAATTTAGAAATTTTGATAGTATGGTCCTT  49
      |||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||   |||
seq2  TATCAACCCCCTGA-TGGTGTAATTTAGAA--TTTGATAGTATG--TCTT  45

seq1  AATTGCAAAAGCCTCCAGACAACATGTTGTTATCAGTCATCTAACCTTTG  99
      |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||
seq2  AATTGCAAAAGCCTCCAGAC-ACTTG-TGTTATCAGTCATCT-ACCTTTG  92

seq1  AGTAT-AAACAGCCACGTTAACTAGGTTTTCAGCCCTGATCCTTCCAAAG  148
      ||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTATAAAACAGCCACGTT-ACTA-GTTTTCAG-CCTGATCCTTCCAAAG  139

seq1  GACATGGCATTCCTAAACCATTTAGCTGAATTTATTAATTTCAAGTCTTT  198
      ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GACAT-GCA-TCCTAAACCATTTAGCTGAATTAATTAATTTCAAGTCTTT  187

seq1  CTAATGCTTTTAACTATTACACTTTAAAAAATAAGTATCAGAATTTTATG  248
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCTTTT-ACTATTACACTTTAAAAAATAAGTATCAGAATTTTATG  236

seq1  TCTTAAAGTAAAATAATGTTCAAAATAGAGCGCATGCTACACACTGATGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAGTAAAATAATGTTCAAAATAGAGCGCATGCTACACACTGATGG  286

seq1  TTTCATTATACAGCAAAGCTGCAATAAAATGAACAAAGTCTCCATGGTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTATACAGCAAAGCTGCAATAAAATGAACAAAGTCTCCATGGTGA  336

seq1  TCTCTTAGATGTTTAAATTTACTATGGTTATTTGATTTACTTGTTAGATA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTAGATGTTTAAATTTACTATGGTTATTTGATTTACTTGTTAGATA  386

seq1  TTTTATATGGGTTTCAACAAATATTCAGGATTTTTAGTGTCTACTTTCTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATGGGTTTCAACAAATATTCAGGATTTTTAGTGTCTACTTTCTA  436

seq1  CCCTGAAATTTCTGTAATATCACTGAAATAAATTTTATAAGTTTTCCTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAATTTCTGTAATATCACTGAAATAAATTTTATAAGTTTTCCTTG  486

seq1  TCCTCTGCTTGGTAGGACAAAAAGTGAAGAACTTAGATGTTCTCTGAGTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGCTTGGTAGGACAAAAAGTGAAGAACTTAGATGTTCTCTGAGTA  536

seq1  GTCACAGGATATTTCTAAGCATTTGGCAGGTGTAAAGAGTTTCAAGTTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGGATATTTCTAAGCATTTGGCAGGTGTAAAGAGTTTCAAGTTAA  586

seq1  ATTATTTGAAGGTTAGAGCTAAAGTGTATATGGGAAAGGTAAGGTTAAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTGAAGGTTAGAGCTAAAGTGTATATGGGAAAGGTAAGGTTAAGA  636

seq1  CAACGGGGGGATGGGAGGAGGGTCTCTGCTGGGGTACCTTGAAGGAGGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGGGGGATGGGAGGAGGGTCTCTGCTGGGGTACCTTGAAGGAGGCA  686

seq1  GCAAGTAATGTAAATTAATTAATTAATTAAAAACCACAAAACCAGGAAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTAATGTAAATTAATTAATTAATTAAAAACCACAAAACCAGGAAGG  736

seq1  AGTTTCATCTTGCTGAGCAGGACTTAAACACATGCCAATGTTGTTGGTCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCATCTTGCTGAGCAGGACTTAAACACATGCCAATGTTGTTGGTCC  786

seq1  AAGAACCTGGAATGAGACAGGTCACAGGCCCTCAGGAAGAACCCATTGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCTGGAATGAGACAGGTCACAGGCCCTCAGGAAGAACCCATTGCT  836

seq1  ATTATTCTGCTAAATGAACACAGTATTAAGATAACTTCATGACTTACCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCTGCTAAATGAACACAGTATTAAGATAACTTCATGACTTACCCT  886

seq1  TACATCCATTCATTAATTAATCTTTCAACTCTCATCAGAGAAGCTTCTCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCATTCATTAATTAATCTTTCAACTCTCATCAGAGAAGCTTCTCT  936

seq1  TTGTACTAGATGGTAGTTAAGAGACTCACACCTGGTCAAAGTGAAGAGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTAGATGGTAGTTAAGAGACTCACACCTGGTCAAAGTGAAGAGAA  986

seq1  CAAGAGACTGTAAAATTCTCAGCTGTAATGACATACCTGTGCCATATCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGACTGTAAAATTCTCAGCTGTAATGACATACCTGTGCCATATCTG  1036

seq1  CTGCTCCAAAGACTTACGGACACTTGAAGAAGAGAATTC  1087
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCAAAGACTTACGGACACTTGAAGAAGAGAATTC  1075