BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019H21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,137,839 - 5,271,703
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAkr1c18, LOC100039262, Akr1c13, Akr1c19, Akr1c12, Akr1c6, Akr1c20, Akr1c21, Akr1e1, EG432721, EG432723
Downstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019H21.bB6Ng01-019H21.g
ACCDH852562DH852563
length1,0771,129
definitionDH852562|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019H21, 5' end.DH852563|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019H21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,137,839 - 5,138,923)(5,270,567 - 5,271,703)
sequence
gaattcctatgaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtaaataaaagcgaatttataaatacataagtaaatat
gattaaattatcaaatatttctttaacatacatattctattcttgtttag
aaatatgtaacactagccctaaatacctgtaatcgtattctgctttgagc
tcaggggatgaagacaatcaccagcaagcctggcaaccgggtatgatgct
tgagaacaacatggtgtaaggagagaatcaactcccaaaagtaatccttg
cgactgccacacaaatcctatagcacacggacactctgacttgtatacga
ctaacacacacgtgtgcaagcccttggcattcatgtgcatacaacacata
catgctaacaatatacacaaccaaatgcatacaatacatatatgcaagta
atacgcacacaaatgcatgcatacaatacacacatagaacacatacatgc
ggacaatatacacacacaaatgcatatgacacatacatccaaacaataca
catacacaaatgcatgcatacaacatacacacatgtattcagcacacatg
caaacaacacacacacaaatgtatgcagatttgcacacatgcataaaata
cacacacatgcatacagcagacacatacatgcacacaacacatattaaaa
catgtaaaacatttaaaataaaatatcttaaagaatctgcaatatatttt
ccatcttcaaatcaccctgtgtctttgtgtctcaattcccaaaactgtta
tccccaaaatactctaaatgtacaagaatatttctaatttttagaatttt
agaaaacataaaataaatatcttaaagatctgcaatatattttccatctt
aaatcaccctgtgtctctgtgtctcaatccccaaactgttatccccaaac
tactctaatgtacaagatattccaatttagaattttagtttatgtttggg
gggctaagatcaacccaggcttcaattattccactattagtaggtatcca
ggataccttaggattgggttgaagtaa

gaattcagatctctggcttgacagggaggagctggagagaaagcctattg
gtcagccaatttaggcatatcaatgtgctttagattcagtgagaaattct
gtctgaaacaaacaaacaaaaaaaaaacaaaaacgaaccaaataactagt
catagatgaagaaaccaaacgcacatgcacacatgcacgcacatacatac
acacactctactcttttacttctgtcttgcttctggtatccttgaaacac
tcccataaaacacttagcatatcaaattcttttaaaatgtcttttcttcc
ataaggcatttttatttctctattaacaatataatacaacctttatccca
ggacacacattttcccaggacattataacattggttcatgaaaatgaact
agccttagacacccttgaactgaacccagtcatcctctctgtattttgct
tctttccaagggaaacacagttaactgcatttatctggctgagcatttgc
ctagcatacaattttgtttttaaaggagtgagagttgcaagataccactt
gagaattcattgtgttcctcaattaggataataatggttttctgttatta
gaaagaacacataattggctgcattaaaagatatgagtttcaaccccatg
ttgaactcaaaatcagttccatatataagatatgacttttccctagaggc
ttttagggggatgatgaagaggagaatgtcatgtaaaaaacatgcttttg
acaaatgttgtgaaaacatacttttagcccatagtttactgttactgatt
gtaaagtagtaagtgtattttctctaacaagttgagttaagcaaaaattc
tttttaaaaagttaaaaaacaaaacaaaaaagagatgaataaagttggta
cccatccacaacaccagaaagattcacgtctctatgtaagccatctctag
agagcagacattggagctgaccactgcagaactactggttgagatcatag
gtcatgctgagcaaccatcctggtgcagcattcaaggatagaaatgcata
ggtgcttctgacaaaagaaaagataaaagcttggacctagctatctgaga
gctaaaatggaacaggaatcgaaaaatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5137839_5138923
seq2: B6Ng01-019H21.b_42_1118

seq1  GAATTCCTATGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATGAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  50

seq1  GTGTGTGTGTGTGTAAATAAAAGCGAATTTATAAATACATAAGTAAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTAAATAAAAGCGAATTTATAAATACATAAGTAAATAT  100

seq1  GATTAAATTATCAAATATTTCTTTAACATACATATTCTATTCTTGTTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAATTATCAAATATTTCTTTAACATACATATTCTATTCTTGTTTAG  150

seq1  AAATATGTAACACTAGCCCTAAATACCTGTAATCGTATTCTGCTTTGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGTAACACTAGCCCTAAATACCTGTAATCGTATTCTGCTTTGAGC  200

seq1  TCAGGGGATGAAGACAATCACCAGCAAGCCTGGCAACCGGGTATGATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGATGAAGACAATCACCAGCAAGCCTGGCAACCGGGTATGATGCT  250

seq1  TGAGAACAACATGGTGTAAGGAGAGAATCAACTCCCAAAAGTAATCCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACAACATGGTGTAAGGAGAGAATCAACTCCCAAAAGTAATCCTTG  300

seq1  CGACTGCCACACAAATCCTATAGCACACGGACACTCTGACTTGTATACGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTGCCACACAAATCCTATAGCACACGGACACTCTGACTTGTATACGA  350

seq1  CTAACACACACGTGTGCAAGCCCTTGGCATTCATGTGCATACAACACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACACACGTGTGCAAGCCCTTGGCATTCATGTGCATACAACACATA  400

seq1  CATGCTAACAATATACACAACCAAATGCATACAATACATATATGCAAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTAACAATATACACAACCAAATGCATACAATACATATATGCAAGTA  450

seq1  ATACGCACACAAATGCATGCATACAATACACACATAGAACACATACATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGCACACAAATGCATGCATACAATACACACATAGAACACATACATGC  500

seq1  GGACAATATACACACACAAATGCATATGACACATACATCCAAACAATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATATACACACACAAATGCATATGACACATACATCCAAACAATACA  550

seq1  CATACACAAATGCATGCATACAACATACACACATGTATTCAGCACACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACAAATGCATGCATACAACATACACACATGTATTCAGCACACATG  600

seq1  CAAACAACACACACACAAATGTATGCAGA-TTGCACACATGCATAAAATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAACACACACACAAATGTATGCAGATTTGCACACATGCATAAAATA  650

seq1  CACACACATGCATACAGCAGACACATACATGCACACAACACATATTAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATGCATACAGCAGACACATACATGCACACAACACATATTAAAA  700

seq1  CATGTAAAACA-TTAAAATAAAATATCTTAAAGAATCTGCAATATATTTT  748
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAAACATTTAAAATAAAATATCTTAAAGAATCTGCAATATATTTT  750

seq1  CCATCTTCAAATCACCCTGTGTCTTTGTGTCTCAATTCCCAAAACTGTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTCAAATCACCCTGTGTCTTTGTGTCTCAATTCCCAAAACTGTTA  800

seq1  TCCCCAAACTACTCTAAATGTACAAGAATATTTCTAA-TTTTAGAATTTT  847
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCCCAAAATACTCTAAATGTACAAGAATATTTCTAATTTTTAGAATTTT  850

seq1  AGAAAACATTAAAATAAAATATCTTAAAGAATCTGCAATATATTTTCCAT  897
      |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACA-TAAAAT-AAATATCTTAAAG-ATCTGCAATATATTTTCCAT  897

seq1  CTTCAAATCACCCTGTGTCTCTGTGTCTCAATTCCCAAAACTGTTATCCC  947
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  CTT-AAATCACCCTGTGTCTCTGTGTCTCAA-TCCCCAAACTGTTATCCC  945

seq1  CAAACTACTCTAAATGTACAAGAATATTTCTAATTTTAGAATTTTAGTTT  997
      ||||||||||| |||||||||| ||||| |  | ||||||||||||||||
seq2  CAAACTACTCT-AATGTACAAG-ATATTCC--AATTTAGAATTTTAGTTT  991

seq1  ATGTTTGGGGTGCTAAGATCAAACCCAGGCTACAAATCATTCCACTATTA  1047
      |||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||
seq2  ATGTTTGGGGGGCTAAGATC-AACCCAGGCTTC-AATTATTCCACTATTA  1039

seq1  GTAGGTATCCAGGATACTTTAGGATTTGGTTGAAGTAA  1085
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
seq2  GTAGGTATCCAGGATACCTTAGGATTGGGTTGAAGTAA  1077


seq1: chr13_5270567_5271703
seq2: B6Ng01-019H21.g_66_1194 (reverse)

seq1  TGATTTTTCTGATTCCTGTTCATTTTTAGCCTCTCAGTATAGCTA-GTCC  49
      ||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||| ||||||| ||||
seq2  TGATTTTTC-GATTCCTGTTCCATTTTAG-CTCTCAG-ATAGCTAGGTCC  47

seq1  ATAGCTTTTATCTATTCTATTGTCAGAAGCAACTATGCATTTCTATCCTT  99
      | ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  A-AGCTTTTATCTTTTCTTTTGTCAGAAGCACCTATGCATTTCTATCCTT  96

seq1  GAATGCTGCA-CAGGATGGTATGCTCAGCATGAACCTATGATGCTCAAAC  148
      |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |
seq2  GAATGCTGCACCAGGATGGT-TGCTCAGCATG-ACCTATGAT-CTCAACC  143

seq1  AGTAG-TCTGCAGTGGTCAGCTCCAATGTCTGCTCTCTAAGAGATGGCTT  197
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGTAGTTCTGCAGTGGTCAGCTCCAATGTCTGCTCTCT-AGAGATGGCTT  192

seq1  ACATAGAGACGTGAATTCTTTCTGGTGTTGTGGATGGGTACCAACTTTAT  247
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAGACGTGAA-TCTTTCTGGTGTTGTGGATGGGTACCAACTTTAT  241

seq1  TCATTCTCTTTTTTGTTTTGTTTTTTAACTTTTTAAAAAAGAATTTTTGC  297
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCA-TCTCTTTTTTGTTTTGTTTTTTAACTTTTT-AAAAAGAATTTTTGC  289

seq1  TTAACTCAACTTGTTAGAGAAAATACACTTACTACTTTACAATCAGTAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCAACTTGTTAGAGAAAATACACTTACTACTTTACAATCAGTAAC  339

seq1  AGTAAACTATGGGCTAAAAGTATGTTTTCACAACATTTGTCAAAAGCATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACTATGGGCTAAAAGTATGTTTTCACAACATTTGTCAAAAGCATG  389

seq1  TTTTTTACATGACATTCTCCTCTTCATCATCCCCCTAAAAGCCTCTAGGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTACATGACATTCTCCTCTTCATCATCCCCCTAAAAGCCTCTAGGG  439

seq1  AAAAGTCATATCTTATATATGGAACTGATTTTGAGTTCAACATGGGGTTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCATATCTTATATATGGAACTGATTTTGAGTTCAACATGGGGTTG  489

seq1  AAACTCATATCTTTTAATGCAGCCAATTATGTGTTCTTTCTAATAACAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCATATCTTTTAATGCAGCCAATTATGTGTTCTTTCTAATAACAGA  539

seq1  AAACCATTATTATCCTAATTGAGGAACACAATGAATTCTCAAGTGGTATC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATTATTATCCTAATTGAGGAACACAATGAATTCTCAAGTGGTATC  589

seq1  TTGCAACTCTCACTCCTTTAAAAACAAAATTGTATGCTAGGCAAATGCTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACTCTCACTCCTTTAAAAACAAAATTGTATGCTAGGCAAATGCTC  639

seq1  AGCCAGATAAATGCAGTTAACTGTGTTTCCCTTGGAAAGAAGCAAAATAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGATAAATGCAGTTAACTGTGTTTCCCTTGGAAAGAAGCAAAATAC  689

seq1  AGAGAGGATGACTGGGTTCAGTTCAAGGGTGTCTAAGGCTAGTTCATTTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGATGACTGGGTTCAGTTCAAGGGTGTCTAAGGCTAGTTCATTTT  739

seq1  CATGAACCAATGTTATAATGTCCTGGGAAAATGTGTGTCCTGGGATAAAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACCAATGTTATAATGTCCTGGGAAAATGTGTGTCCTGGGATAAAG  789

seq1  GTTGTATTATATTGTTAATAGAGAAATAAAAATGCCTTATGGAAGAAAAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATTATATTGTTAATAGAGAAATAAAAATGCCTTATGGAAGAAAAG  839

seq1  ACATTTTAAAAGAATTTGATATGCTAAGTGTTTTATGGGAGTGTTTCAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTAAAAGAATTTGATATGCTAAGTGTTTTATGGGAGTGTTTCAAG  889

seq1  GATACCAGAAGCAAGACAGAAGTAAAAGAGTAGAGTGTGTGTATGTATGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCAGAAGCAAGACAGAAGTAAAAGAGTAGAGTGTGTGTATGTATGT  939

seq1  GCGTGCATGTGTGCATGTGCGTTTGGTTTCTTCATCTATGACTAGTTATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCATGTGTGCATGTGCGTTTGGTTTCTTCATCTATGACTAGTTATT  989

seq1  TGGTTCGTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTCAGACAGAATTTCTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCGTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTCAGACAGAATTTCTC  1039

seq1  ACTGAATCTAAAGCACATTGATATGCCTAAATTGGCTGACCAATAGGCTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATCTAAAGCACATTGATATGCCTAAATTGGCTGACCAATAGGCTT  1089

seq1  TCTCTCCAGCTCCTCCCTGTCAAGCCAGAGATCTGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGCTCCTCCCTGTCAAGCCAGAGATCTGAATTC  1129


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |