BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021G08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 120,126,642 - 120,249,009
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNnt, Paip1
Upstream geneMrps30, LOC668309, LOC100041278, Fgf10, LOC100041298, LOC100041757
Downstream geneLOC100041802, 4833420G17Rik, 3110070M22Rik, EG633640
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021G08.bB6Ng01-021G08.g
ACCDH853913DH853914
length1,0921,023
definitionDH853913|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021G08, 5' end.DH853914|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021G08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,247,902 - 120,249,009)(120,126,642 - 120,127,686)
sequence
gaattcatgaaagaggaggcaggaaaatctactcaggatgcttcctgtag
aggagagaagataaagaagatacaattgtgtacatttgactgctaatgct
tttccctaaaacaaatgagataatgaaaagattaaaggaggcaagagcca
attaaaactggacggagggagcacaatgatcaccagcagtacaaagtggc
atcgggatgctgaacttacaatggcacacatctaccagaaccaaacccaa
ggcaaacggatgcggctctgctgcgttcacggggttcagtcttgctaaac
caacacagcagggccgaggcatacacaagcttacattctttccatctgct
aaaatctagtcaaagaccaccaggctcaagcctgttaattcccaagagga
agggttcctgatcaaagtctctgaggatgtcctaagggaagggggccagg
tctggggaagatgctgcctctgaagaagcagagtttgacccagtaatagt
tgaacaacggcaatgcatgggcagagctgctggtaacaagtcaatagttc
cacaaggtgcgcacactatggcattttagagctgctcttaagactggata
aatacatgttctgttaactttgcagctagctctgtgtgcgtctgccctca
ggacctgataggaaatggacttttgtatgagctttcagccatcaacagga
ttttttatctatcaaacatcctcctctcattaaatgacaaaactttttct
aattgggaaaaaacaaaaaaaaaaaacaaaaaaacctacactcatctgtc
ctccttgcaggtaagatttaatgggatacttacagaattacccaaagact
gtctgattttaaattctagcaacctcttgcagatgaactctctggtcctc
ccaaagtctacattctccatcactgggacaaaccagtctaggagatagag
taggttttgcctctagctagactgagtcggagtgataacctgattgctga
atagatcagtatttcttttgttacagctcagctgacagtactggccacag
tgcagtgctcatggagagcactgtatacatttctacacacat
gaattctccagaatctagcagctagctttaacacaggagtcatatgcatg
agtgaagcttcctttcttgtgccatgttattgttttaagttttgaaatcg
cctcttcattaaacagtctgtaacaacatacaaataccccataaaaaata
aataaattggaaaaaaaatgtgctcatcttggtatatgaaggcgatgata
ctgactcactgtcccagagggaagccatctgcttcactggacttaacctg
gaacttggccagactcactccaattgctctcagcccctttattcagctgc
agttacagattctgttaatccagccacataatctcatctggttctgctcg
cacggtcactcaggatctgtggtgtccagggagcggaaggaagcccaaca
cagggacaggtccctaggctatgtttgtactcccgagcctcctaaaaggc
atcacccgttcccattaagtgaccagagaaagttctgcgcgcgcacattt
caagtgactatgagaacggacggttaagtctaaccgtgtacctgtttgga
cttccagacctcaaggaccggcatgcctgcaattatagaattggggtctt
cttgagccgctgaattcacagtgtcgtttgctccaatgacaagaaccaag
tcggtgtctatgtttgaaaacaggggggagggacagagaatatggaacag
gtcactcgcacttctttttaggcaaactatagggatatgtttaacaataa
taaaaccaaattcttataagaggctaacctgtgccaggtgctacatacaa
ctctaccagaaaatgtcagagaactagaatccagcagtgggccgtgcgca
ggcggggctttgctgtcctgaccgaagcctgctttatggtgctatcctac
cagtggatctactcatctgacttataatgctttatgtccctggaatactg
catcacatgatttatagatctgatcatttcgactctcaatgaccatagat
gcatctaagtcaaaaaaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_120247902_120249009
seq2: B6Ng01-021G08.b_48_1139 (reverse)

seq1  ATGTGTTGTAGAAATAGTAATACAGTGCTCTTCAATGAGCACTGGCACTG  50
      ||||| ||||||||| || ||||||||||| || ||||||||| ||||||
seq2  ATGTG-TGTAGAAAT-GT-ATACAGTGCTC-TCCATGAGCACT-GCACTG  45

seq1  TGGCCAGTAACTGTCAGCCTTGAGCTGTAACAAAAGAAATACTGATCTTA  100
      |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGCCAGT-ACTGTCAGC--TGAGCTGTAACAAAAGAAATACTGATC-TA  91

seq1  TTCAAGCAATCAGGTTATCAACTCCGACTCAGTCTTAGCTAGAAGGCAAA  150
      ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||
seq2  TTC-AGCAATCAGGTTATC-ACTCCGACTCAGTC-TAGCTAG-AGGC-AA  136

seq1  AACCTACTCTATCTTCCTAGACTGGTTTTGTCACAGTGATGGAGAATGTA  200
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  AACCTACTCTATC-TCCTAGACTGG-TTTGTCCCAGTGATGGAGAATGTA  184

seq1  GACTTTGGGAGGACCAGAGAGTTCATCTGCAAGAGGTTGCTAGAATTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGGGAGGACCAGAGAGTTCATCTGCAAGAGGTTGCTAGAATTTAA  234

seq1  AATCAGACAGTCTTTGGGTAATTCTGTAAGTATCCCATTAAATCTTACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGACAGTCTTTGGGTAATTCTGTAAGTATCCCATTAAATCTTACCT  284

seq1  GCAAGGAGGACAGATGAGTGTAGGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTGTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGAGGACAGATGAGTGTAGGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTGTTTTT  334

seq1  TCCCAATTAGAAAAAGTTTTGTCATTTAATGAGAGGAGGATGTTTGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATTAGAAAAAGTTTTGTCATTTAATGAGAGGAGGATGTTTGATAG  384

seq1  ATAAAAAATCCTGTTGATGGCTGAAAGCTCATACAAAAGTCCATTTCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAATCCTGTTGATGGCTGAAAGCTCATACAAAAGTCCATTTCCTA  434

seq1  TCAGGTCCTGAGGGCAGACGCACACAGAGCTAGCTGCAAAGTTAACAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCCTGAGGGCAGACGCACACAGAGCTAGCTGCAAAGTTAACAGAA  484

seq1  CATGTATTTATCCAGTCTTAAGAGCAGCTCTAAAATGCCATAGTGTGCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATTTATCCAGTCTTAAGAGCAGCTCTAAAATGCCATAGTGTGCGC  534

seq1  ACCTTGTGGAACTATTGACTTGTTACCAGCAGCTCTGCCCATGCATTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTGGAACTATTGACTTGTTACCAGCAGCTCTGCCCATGCATTGCC  584

seq1  GTTGTTCAACTATTACTGGGTCAAACTCTGCTTCTTCAGAGGCAGCATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCAACTATTACTGGGTCAAACTCTGCTTCTTCAGAGGCAGCATCT  634

seq1  TCCCCAGACCTGGCCCCCTTCCCTTAGGACATCCTCAGAGACTTTGATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGACCTGGCCCCCTTCCCTTAGGACATCCTCAGAGACTTTGATCA  684

seq1  GGAACCCTTCCTCTTGGGAATTAACAGGCTTGAGCCTGGTGGTCTTTGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCTTCCTCTTGGGAATTAACAGGCTTGAGCCTGGTGGTCTTTGAC  734

seq1  TAGATTTTAGCAGATGGAAAGAATGTAAGCTTGTGTATGCCTCGGCCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTTAGCAGATGGAAAGAATGTAAGCTTGTGTATGCCTCGGCCCTG  784

seq1  CTGTGTTGGTTTAGCAAGACTGAACCCCGTGAACGCAGCAGAGCCGCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTGGTTTAGCAAGACTGAACCCCGTGAACGCAGCAGAGCCGCATC  834

seq1  CGTTTGCCTTGGGTTTGGTTCTGGTAGATGTGTGCCATTGTAAGTTCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGCCTTGGGTTTGGTTCTGGTAGATGTGTGCCATTGTAAGTTCAGC  884

seq1  ATCCCGATGCCACTTTGTACTGCTGGTGATCATTGTGCTCCCTCCGTCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGATGCCACTTTGTACTGCTGGTGATCATTGTGCTCCCTCCGTCCA  934

seq1  GTTTTAATTGGCTCTTGCCTCCTTTAATCTTTTCATTATCTCATTTGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATTGGCTCTTGCCTCCTTTAATCTTTTCATTATCTCATTTGTTT  984

seq1  TAGGGAAAAGCATTAGCAGTCAAATGTACACAATTGTATCTTCTTTATCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAAAGCATTAGCAGTCAAATGTACACAATTGTATCTTCTTTATCT  1034

seq1  TCTCTCCTCTACAGGAAGCATCCTGAGTAGATTTTCCTGCCTCCTCTTTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTCTACAGGAAGCATCCTGAGTAGATTTTCCTGCCTCCTCTTTC  1084

seq1  ATGAATTC  1108
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1092

seq1: chr13_120126642_120127686
seq2: B6Ng01-021G08.g_68_1090

seq1  GAATTCTCCAGAATCTAGCAGCTAGCTTTAACACAGGAGTCATATGCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAGAATCTAGCAGCTAGCTTTAACACAGGAGTCATATGCATG  50

seq1  AGTGAAGCTTCCTTTCTTGTGCCATGTTATTGTTTTAAGTTTTGAAATCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGCTTCCTTTCTTGTGCCATGTTATTGTTTTAAGTTTTGAAATCG  100

seq1  CCTCTTCATTAAACAGTCTGTAACAACATACAAATACCCCATAAAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCATTAAACAGTCTGTAACAACATACAAATACCCCATAAAAAATA  150

seq1  AATAAATTGGAAAAAAAATGTGCTCATCTTGGTATATGAAGGCGATGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTGGAAAAAAAATGTGCTCATCTTGGTATATGAAGGCGATGATA  200

seq1  CTGACTCACTGTCCCAGAGGGAAGCCATCTGCTTCACTGGACTTAACCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCACTGTCCCAGAGGGAAGCCATCTGCTTCACTGGACTTAACCTG  250

seq1  GAACTTGGCCAGACTCACTCCAATTGCTCTCAGCCCCTTTATTCAGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGGCCAGACTCACTCCAATTGCTCTCAGCCCCTTTATTCAGCTGC  300

seq1  AGTTACAGATTCTGTTAATCCAGCCACATAATCTCATCTGGTTCTGCTCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGATTCTGTTAATCCAGCCACATAATCTCATCTGGTTCTGCTCG  350

seq1  CACGGTCACTCAGGATCTGTGGTGTCCAGGGAGCGGAAGGAAGCCCAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGTCACTCAGGATCTGTGGTGTCCAGGGAGCGGAAGGAAGCCCAACA  400

seq1  CAGGGACAGGTCCCTAGGCTATGTTTGTACTCCCGAGCCTCCTAAAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACAGGTCCCTAGGCTATGTTTGTACTCCCGAGCCTCCTAAAAGGC  450

seq1  ATCACCCGTTCCCATTAAGTGACCAGAGAAAGTTCTGCGCGCGCACATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCGTTCCCATTAAGTGACCAGAGAAAGTTCTGCGCGCGCACATTT  500

seq1  CAAGTGACTATGAGAACGGACGGTTAAGTCTAACCGTGTACCTGTTTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGACTATGAGAACGGACGGTTAAGTCTAACCGTGTACCTGTTTGGA  550

seq1  CTTCCAGACCTCAAGGACCGGCATGCCTGCAATTATAGAATTGGGGTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGACCTCAAGGACCGGCATGCCTGCAATTATAGAATTGGGGTCTT  600

seq1  CTTGAGCCGCTGAATTCACAGTGTCGTTTGCTCCAATGACAAGAACCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCCGCTGAATTCACAGTGTCGTTTGCTCCAATGACAAGAACCAAG  650

seq1  TCGGTGTCTATGTTTGAAAACAGGGGGGAGGGACAGAGAATATGGAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGTCTATGTTTGAAAACAGGGGGGAGGGACAGAGAATATGGAACAG  700

seq1  GTCACTCGCACTTCTTTTTAGGCAAACTATAGGGATATGTTTAACAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCGCACTTCTTTTTAGGCAAACTATAGGGATATGTTTAACAATAA  750

seq1  TAAAACCAAATTCTTATAAGAGGCTAACCTGTGCCAGGTGCTACATACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCAAATTCTTATAAGAGGCTAACCTGTGCCAGGTGCTACATACAA  800

seq1  CTCTACCAGAAAATGTCAGAGAACTAGAATCCAGCAGTGGGCCGTGCGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCAGAAAATGTCAGAGAACTAGAATCCAGCAGTGGGCCGTGCGCA  850

seq1  GGCGGGGCTTTGCTGTCCTGACCGAAGCCTGCTTTATGGTGCTTATCCTA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGCGGGGCTTTGCTGTCCTGACCGAAGCCTGCTTTATGGTGC-TATCCTA  899

seq1  CCAGTGGATCTACCTCATCTGACTTTATAATGCTTTTATTGTCCCTGGAA  950
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||   |||||||||||
seq2  CCAGTGGATCTA-CTCATCTGAC-TTATAATGCTTT--ATGTCCCTGGAA  945

seq1  TTAACTTGCCATTCACATGATTTTATAAGATCTGAATCCATTTTCGACTC  1000
      |  || |||   |||||||| ||||| ||||||| |||   |||||||||
seq2  T--AC-TGC--ATCACATGA-TTTAT-AGATCTG-ATC--ATTTCGACTC  985

seq1  TCAAAATGACCCATTAAGATGCAATCTAAAGTCAAAAAAAAAAAA  1045
      ||  ||||| ||||  |||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  TC--AATGA-CCAT--AGATGC-ATCT-AAGTCAAAAAAAAAAAA  1023