BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021H22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 51,676,926 - 51,828,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCks2, Secisbp2, Sema4d
Upstream geneGm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717, Spin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3
Downstream geneGadd45g, LOC100040321, Diras2, LOC100040572, Syk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021H22.bB6Ng01-021H22.g
ACCDH853983DH853984
length1,1261,014
definitionDH853983|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021H22, 5' end.DH853984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021H22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,676,926 - 51,678,062)(51,827,653 - 51,828,671)
sequence
gaattctccctgagcaaagtacttgctgtacaacaacaaaagtacctgag
tttacatccccagcatccacataaaaatctgctattggcagtgcaggtac
ccataaccttagcatggggagaaacacggatagacagacctcctaaaact
catcctacacaggctcatcacagcccaagtgggggagggtgctgtctatc
ttggaagcacatgaccctcaacatcatattggccctgccctcaaatgtcg
ggccactccctcatcgacaggtgactacagtgtccagcacctgagcccac
agccctataaagccagcttggtgcaacttgagaaggcatatatgaccaga
agagatagccatacataggcaagcccagccccccaaggggatgtcaaggt
aaatgccaagattggcccttatttggcccagagtgaacactggctcctag
ggacacactcttcccatctcctctgttgcttggagacctgttatttcacc
ccaagtccaccaggactctggaaagtgtaatatagagcagaaatctaaca
tgacaggaccttctttcttggagacaccaagtacccagtgatcttcaaac
tcttcactccagggtcccagatatctgaaaactcatttgatattcatggg
caccacacagccacaaactgaagaactgggtggaaagaactacccagagg
ctctcttttaatcacattgctcttccttgtttgcagagggagaacattct
cactgtgccactgtaggaaccctgtcccatgtgactgccctgcatcatgc
actatgtgtggtcacttcagtgctcagcactggatgccagccctcgagct
catgccaacactgctgaccttgagggaggacagtgacacttcccagggaa
agatcaaaagaatgacacttccccaggacagggtggtgcctggccatgtc
ctacagagtgtgaagcctggatagtacagagtttcatggttagccctatg
tcaaacctgagggtttagagcccacttccttcacgaccttgtaccaaccc
ttaataaacctaagaaaatggaaacttaaaggttctttgaagtcagtggt
gtcgattaatgtttgtctggaacaaa
aagtacaggcagtttcgagcactcagagccacactaaataggaagaaccc
agctgggcagtagtggcgcatgcctttaatctcagcacttgggaggagga
gaaatcaaacagatttctgagttcgaggccagcctgctctacagagtgag
tttcaggacagccagggctacacagagaaactctgtcttgaaaaaagaaa
aaaagccctgtccatctgaattgtagcccctctccctcccaccccacaga
gagtctctgtgtagatcaactcttgctctctatggtgtgggccatagctc
ccatgctctataccttccgtccagtactgtggagggatgtgacaggtaca
agaaggcccaggcccacccaccctggttgctgactgggtgcacctgctgg
cctgctctcgtgagggagtcagtggcaaacactgtggagagtccttgttc
tcacagttcatagagctgagtcccaaaaccaccagggagccagggagtgt
ctctggcttatttctatcgtgccttccccccagactcctttgtcctccaa
cagcaccagcatggcactgactgttagagacttgggatattatgtggtgt
ttgattttaaatttctttagaggagttaggcaccacccacagagcctatt
gtgcagctaggaaacattttataataaaggaacattaagaattcaaatga
ggtgcgctgtagcttctgtagcggaaatttccttattctcttgggcacta
aagcaccactgccagtgaccccctgggtaagctgtctcctggtgtataca
gtgctggcttcctgggctgggtttcgatataattggctctctggttagag
gcagctgcctctgttctgcaggtcgaagcttagggctgagccatgcaggt
tccgtgtctggggaaggccctcttggctgctcgtgtggctttattgtgtc
catctggtgagaaaggaaagggagaatgttctgtggagcatctcataaac
ctcctgacctcgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_51676926_51678062
seq2: B6Ng01-021H22.b_46_1171

seq1  GAATTCTCCCTGAGCAAAGTACTTGCTGTACAACAACAAAAGTACCTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTGAGCAAAGTACTTGCTGTACAACAACAAAAGTACCTGAG  50

seq1  TTTACATCCCCAGCATCCACATAAAAATCTGCTATTGGCAGTGCAGGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATCCCCAGCATCCACATAAAAATCTGCTATTGGCAGTGCAGGTAC  100

seq1  CCATAACCTTAGCATGGGGAGAAACACGGATAGACAGACCTCCTAAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACCTTAGCATGGGGAGAAACACGGATAGACAGACCTCCTAAAACT  150

seq1  CATCCTACACAGGCTCATCACAGCCCAAGTGGGGGAGGGTGCTGTCTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTACACAGGCTCATCACAGCCCAAGTGGGGGAGGGTGCTGTCTATC  200

seq1  TTGGAAGCACATGACCCTCAACATCATATTGGCCCTGCCCTCAAATGTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGCACATGACCCTCAACATCATATTGGCCCTGCCCTCAAATGTCG  250

seq1  GGCCACTCCCTCATCGACAGGTGACTACAGTGTCCAGCACCTGAGCCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACTCCCTCATCGACAGGTGACTACAGTGTCCAGCACCTGAGCCCAC  300

seq1  AGCCCTATAAAGCCAGCTTGGTGCAACTTGAGAAGGCATATATGACCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTATAAAGCCAGCTTGGTGCAACTTGAGAAGGCATATATGACCAGA  350

seq1  AGAGATAGCCATACATAGGCAAGCCCAGCCCCCCAAGGGGATGTCAAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGCCATACATAGGCAAGCCCAGCCCCCCAAGGGGATGTCAAGGT  400

seq1  AAATGCCAAGATTGGCCCTTATTTGGCCCAGAGTGAACACTGGCTCCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCAAGATTGGCCCTTATTTGGCCCAGAGTGAACACTGGCTCCTAG  450

seq1  GGACACACTCTTCCCATCTCCTCTGTTGCTTGGAGACCTGTTATTTCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACACTCTTCCCATCTCCTCTGTTGCTTGGAGACCTGTTATTTCACC  500

seq1  CCAAGTCCACCAGGACTCTGGAAAGTGTAATATAGAGCAGAAATCTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCACCAGGACTCTGGAAAGTGTAATATAGAGCAGAAATCTAACA  550

seq1  TGACAGGACCTTCTTTCTTGGAGACACCAAGTACCCAGTGATCTTCAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGACCTTCTTTCTTGGAGACACCAAGTACCCAGTGATCTTCAAAC  600

seq1  TCTTCACTCCAGGGTCCCAGATATCTGAAAACTCATTTGATATTCATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACTCCAGGGTCCCAGATATCTGAAAACTCATTTGATATTCATGGG  650

seq1  CACCACACAGCCACAAACTGAAGAACTGGGTGGAAAGAACTACCCAGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACACAGCCACAAACTGAAGAACTGGGTGGAAAGAACTACCCAGAGG  700

seq1  CTCTCTTTTAATCACATTGCTCTTCCTTGTTTGCAGAGGGAGAACATTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTTAATCACATTGCTCTTCCTTGTTTGCAGAGGGAGAACATTCT  750

seq1  CACTGTGCCACTGTAGGAACCCTGTCCCATGTGACTGCCCTGCATCATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCCACTGTAGGAACCCTGTCCCATGTGACTGCCCTGCATCATGC  800

seq1  ACTATGTGTGGTCACTTCAGTGCTCAGCACTGGATGCCAGCCCTCGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTGTGGTCACTTCAGTGCTCAGCACTGGATGCCAGCCCTCGAGCT  850

seq1  CAGGCCAACACTGCTGACCTTGAGGGAGGACAGTGACACTTCCCAGGGAA  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCAACACTGCTGACCTTGAGGGAGGACAGTGACACTTCCCAGGGAA  900

seq1  AGATCAAAAGAATGACACTTCCCCAGGACAGGGTGGTGCCTGGCCATGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAAAGAATGACACTTCCCCAGGACAGGGTGGTGCCTGGCCATGTC  950

seq1  CTAACAGAGTGTGAAGCCTGGATAAGTACAGAAGTATCATGGTAAGCCCT  1000
      || |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||
seq2  CT-ACAGAGTGTGAAGCCTGGAT-AGTACAG-AGTTTCATGGTTAGCCCT  997

seq1  ATGTCAAACCTGAGTGGGTTTAGGAGCCCACTTCCTTCACGACCTTGTAA  1050
      |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATGTCAAACCTGA--GGGTTTA-GAGCCCACTTCCTTCACGACCTTGT-A  1043

seq1  CCAACCCTAAATAAAACTAAGAAAAAGTGGAAACTTAAGGGTTCTTTGAA  1100
      |||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||  
seq2  CCAACCCTTAATAAACCTAAGAAAA--TGGAAACTTAAAGGTTCTTTG--  1089

seq1  AAGTCAGTTGTGTCAGATGATGTTTTGCTGGAACAAA  1137
      |||||||| |||||   | ||||||  ||||||||||
seq2  AAGTCAGTGGTGTCGATTAATGTTTGTCTGGAACAAA  1126

seq1: chr13_51827653_51828671
seq2: B6Ng01-021H22.g_75_1088 (reverse)

seq1  CACGAGGTCAGGAAGGCTCTTGAGGATGCTCCACAGAACAGTCTCCCTTT  50
      |||||||||||| ||| |  ||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  CACGAGGTCAGG-AGGTTTATGA-GATGCTCCACAGAACATTCTCCCTTT  48

seq1  CCCTTCTCACCAGATGGGACACAATAAAGCACCACGAGCAGCCAAGAGGG  100
      || |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||
seq2  CCTTTCTCACCAGAT-GGACACAATAAAGCCACACGAGCAGCCAAGA-GG  96

seq1  GCCTTCCCCAGACACGGAACCTGCATGGCTCAGCCCTAAGCTTCGACCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCCCAGACACGGAACCTGCATGGCTCAGCCCTAAGCTTCGACCTG  146

seq1  CAGAACAGAGGCAGCTGCCTCTAACCAGAGAGCCAATTAATATCGAAACC  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGAACAGAGGCAGCTGCCTCTAACCAGAGAGCCAATT-ATATCGAAACC  195

seq1  CAGCCCAGGAAGCCAGCACTGTATACACCAGGAGACAGCTTACCCAGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGGAAGCCAGCACTGTATACACCAGGAGACAGCTTACCCAGGGG  245

seq1  GTCACTGGCAGTGGTGCTTTAGTGCCCAAGAGAATAAGGAAATTTCCGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGGCAGTGGTGCTTTAGTGCCCAAGAGAATAAGGAAATTTCCGCT  295

seq1  ACAGAAGCTACAGCGCACCTCATTTGAATTCTTAATGTTCCTTTATTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCTACAGCGCACCTCATTTGAATTCTTAATGTTCCTTTATTATA  345

seq1  AAATGTTTCCTAGCTGCACAATAGGCTCTGTGGGTGGTGCCTAACTCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTCCTAGCTGCACAATAGGCTCTGTGGGTGGTGCCTAACTCCTC  395

seq1  TAAAGAAATTTAAAATCAAACACCACATAATATCCCAAGTCTCTAACAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAATTTAAAATCAAACACCACATAATATCCCAAGTCTCTAACAGT  445

seq1  CAGTGCCATGCTGGTGCTGTTGGAGGACAAAGGAGTCTGGGGGGAAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCATGCTGGTGCTGTTGGAGGACAAAGGAGTCTGGGGGGAAGGCA  495

seq1  CGATAGAAATAAGCCAGAGACACTCCCTGGCTCCCTGGTGGTTTTGGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAGAAATAAGCCAGAGACACTCCCTGGCTCCCTGGTGGTTTTGGGAC  545

seq1  TCAGCTCTATGAACTGTGAGAACAAGGACTCTCCACAGTGTTTGCCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCTATGAACTGTGAGAACAAGGACTCTCCACAGTGTTTGCCACTG  595

seq1  ACTCCCTCACGAGAGCAGGCCAGCAGGTGCACCCAGTCAGCAACCAGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTCACGAGAGCAGGCCAGCAGGTGCACCCAGTCAGCAACCAGGGT  645

seq1  GGGTGGGCCTGGGCCTTCTTGTACCTGTCACATCCCTCCACAGTACTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGCCTGGGCCTTCTTGTACCTGTCACATCCCTCCACAGTACTGGA  695

seq1  CGGAAGGTATAGAGCATGGGAGCTATGGCCCACACCATAGAGAGCAAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAGGTATAGAGCATGGGAGCTATGGCCCACACCATAGAGAGCAAGAG  745

seq1  TTGATCTACACAGAGACTCTCTGTGGGGTGGGAGGGAGAGGGGCTACAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTACACAGAGACTCTCTGTGGGGTGGGAGGGAGAGGGGCTACAAT  795

seq1  TCAGATGGACAGGGCTTTTTTTCTTTTTTCAAGACAGAGTTTCTCTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGGACAGGGCTTTTTTTCTTTTTTCAAGACAGAGTTTCTCTGTGT  845

seq1  AGCCCTGGCTGTCCTGAAACTCACTCTGTAGAGCAGGCTGGCCTCGAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGCTGTCCTGAAACTCACTCTGTAGAGCAGGCTGGCCTCGAACT  895

seq1  CAGAAATCTGTTTGATTTCTCCTCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGGCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCTGTTTGATTTCTCCTCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGGCAT  945

seq1  GCGCCACTACTGCCCAGCTGGGTTCTTCCTATTTAGTGTGGCTCTGAGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCACTACTGCCCAGCTGGGTTCTTCCTATTTAGTGTGGCTCTGAGTG  995

seq1  CTCGAAACTGCCTGTACTT  1019
      |||||||||||||||||||
seq2  CTCGAAACTGCCTGTACTT  1014