BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021M04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 56,314,103 - 56,478,184
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNeurog1, Cxcl14
Upstream geneNsd1, Rab24, Prelid1, Mxd3, Lman2, Rgs14, Slc34a1, Pfn3, F12, Gprk6, Prr7, Dbn1, Pdlim7, Dok3, Ddx41, BC021381, Tmed9, B4galt7, Caml, Ddx46, B230219D22Rik, 2310047H23Rik, Pcbd2, Catsper3, Pitx1, H2afy, BC027057
Downstream geneLOC100040926, AU042651, Il9, Fbxl21, Lect2, Tgfbi, Smad5, EG627415, Trpc7, LOC100040995
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021M04.bB6Ng01-021M04.g
ACCDH854175DH854176
length1,1121,072
definitionDH854175|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021M04, 5' end.DH854176|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021M04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,314,103 - 56,315,240)(56,477,092 - 56,478,184)
sequence
gaattctcatccttacatcagtctcacatttctgtaatgagatctgatgt
cctcttctggtgtgcatgaagacaaagcactcatatacacaaacaaacaa
acaaacaaaaaacaagcaagcaaataagaatcatggcctctctgcttcat
gagacccataggaccaagtttcccccatccctagtctgtgcctttctcac
atcatctaagctggtggtactactccaatggcagggtgaaagaagagact
aagacaaggcagagagcaggctatagttctttgaagggttttctggaagt
aactacaagtagcagtttatactgctactttgtttataaagcactggtca
gaacagagccacaatagagacccgacaatgtagctcttctcttgacaatt
tacccagctagaaattcggctacttttagagaggagataaccagaggcct
ctgccatagacatgtaacacactaacacaaggtggtgatggtaatggggg
actctcctggaggatacggcatcctagaagtgttgtggatggtggcagtg
gtttcatgggcagtttgttgttgtttgttttgagacagggtctcactgtg
taactatgactgactggccctggagcttactgtgcaaaccaggttggttg
gcctcaaactcataaagatctgtctactattgcctcctgagtgctgagac
taaaggcatgcatctgaatatccaactaccctagatatcttcaaagataa
atgggtggggctatagagatagttcaatggttgaagaatacttgttgctc
ttgcagaaaatccagatttgcttctcagcacccacatagtggttcacaga
cattcttaactccagttccagagatccactgtctgactttccaaagcacc
aaccatgcatgttgtgcacatacacatatgcaggcaaacagtcacacata
aataaatgataaatctcaaaaaggagagaggatatggggcttgaagatgg
ctcagaggtaatagcattgttctctgcagagaccaagtttggttccttgc
accacatggtgcttgcaatatcatagcaatagaccaggcattgtacctct
tttgactcttgg
gaattccaggtggtgctggatgtgacctgaccaggggaaaggaaatctaa
ccaggctactagctacatgatatttcctggcagggcaaaggtgggagtgc
aggactatctaacatgcaggtccagagcaggagagggagtgggcccactc
ctacctctcccaagatgagatttctggggttggacatgactctaccatgt
tcccactgtggacctgctcctcctggttccacagtttcctgggcccacaa
gccataaaacggctaactagttatcacaactaatcatgttagcaacctag
acaggttgcacctcactatgagatcatgggtagaattatatgtttcatat
gaaagactgtgtcaaggcaaatgttgcttagatgctgtccatagtcccat
tcttcagactgagtaacttctgtttatctcagaaagaggcagtcactagt
ccattctgaggaccacaaaatgtttttaattgtggtaaattataattggg
atccacattttatctctccatggttggtaagtggaaattgtaggttactg
gggtctttttgttcatacacagatgtgcacacaaacacagtcatcatact
tgtatatgctagagaagcacacatccaagtcctttgccttatcctggacc
aagttggaaagaaccaagaaactgtcttgacaatgagtaaggccagaaat
gatggagtaacagattcagatctctttagctgagagccgattactatgtg
cctgaagcaactctctggggccaggaagaacctgctgtcggtgaggaaca
ctcaccagagatggatcacccagagttagcaggagcttatcttgccacga
tccagagtcgagaagtcttttgaagctatggggcaacatatttcaagtgg
gaatctagacttttcactagaggctgttctggctctaggacgatcttaga
aagagtcatagaggataaactggtctaagtaggtaagcgagttcagatta
agattagatgaggaatacaagacccaactccactagtctgcatctctgcc
gcttacatcaagacgaaaagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_56314103_56315240
seq2: B6Ng01-021M04.b_48_1159

seq1  GAATTCTCATCCTTACATCAGTCTCACATTTCTGTAATGAGATCTGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCCTTACATCAGTCTCACATTTCTGTAATGAGATCTGATGT  50

seq1  CCTCTTCTGGTGTGCATGAAGACAAAGCACTCATATACACAAACAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTGGTGTGCATGAAGACAAAGCACTCATATACACAAACAAACAA  100

seq1  ACAAACAAAAAACAAGCAAGCAAATAAGAATCATGGCCTCTCTGCTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAAAAACAAGCAAGCAAATAAGAATCATGGCCTCTCTGCTTCAT  150

seq1  GAGACCCATAGGACCAAGTTTCCCCCATCCCTAGTCTGTGCCTTTCTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCATAGGACCAAGTTTCCCCCATCCCTAGTCTGTGCCTTTCTCAC  200

seq1  ATCATCTAAGCTGGTGGTACTACTCCAATGGCAGGGTGAAAGAAGAGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTAAGCTGGTGGTACTACTCCAATGGCAGGGTGAAAGAAGAGACT  250

seq1  AAGACAAGGCAGAGAGCAGGCTATAGTTCTTTGAAGGGTTTTCTGGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAGGCAGAGAGCAGGCTATAGTTCTTTGAAGGGTTTTCTGGAAGT  300

seq1  AACTACAAGTAGCAGTTTATACTGCTACTTTGTTTATAAAGCACTGGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAAGTAGCAGTTTATACTGCTACTTTGTTTATAAAGCACTGGTCA  350

seq1  GAACAGAGCCACAATAGAGACCCGACAATGTAGCTCTTCTCTTGACAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGAGCCACAATAGAGACCCGACAATGTAGCTCTTCTCTTGACAATT  400

seq1  TACCCAGCTAGAAATTCGGCTACTTTTAGAGAGGAGATAACCAGAGGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGCTAGAAATTCGGCTACTTTTAGAGAGGAGATAACCAGAGGCCT  450

seq1  CTGCCATAGACATGTAACACACTAACACAAGGTGGTGATGGTAATGGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATAGACATGTAACACACTAACACAAGGTGGTGATGGTAATGGGGG  500

seq1  ACTCTCCTGGAGGATACGGCATCCTAGAAGTGTTGTGGATGGTGGCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCTGGAGGATACGGCATCCTAGAAGTGTTGTGGATGGTGGCAGTG  550

seq1  GTTTCATGGGCAGTTTGTTGTTGTTTGTTTTGAGACAGGGTCTCACTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATGGGCAGTTTGTTGTTGTTTGTTTTGAGACAGGGTCTCACTGTG  600

seq1  TAACTATGACTGACTGGCCCTGGAGCTTACTGTGCAAACCAGGTTGGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATGACTGACTGGCCCTGGAGCTTACTGTGCAAACCAGGTTGGTTG  650

seq1  GCCTCAAACTCATAAAGATCTGTCTACTATTGCCTCCTGAGTGCTGAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAACTCATAAAGATCTGTCTACTATTGCCTCCTGAGTGCTGAGAC  700

seq1  TAAAGGCATGCATCTGAATATCCAACTACCCTAGATATCTTCAAAGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCATGCATCTGAATATCCAACTACCCTAGATATCTTCAAAGATAA  750

seq1  ATGGGTGGGGCTATAGAGATAGTTCAATGGTTGAAGAATACTTGTTGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGGGGCTATAGAGATAGTTCAATGGTTGAAGAATACTTGTTGCTC  800

seq1  TTGCAGAAAATCCAGATTTGCTTCTCAGCACCCACATAGTGGTTCACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAAAATCCAGATTTGCTTCTCAGCACCCACATAGTGGTTCACAGA  850

seq1  CATTCTTAACTCCAGTTCCAAGAGATCCACTGTCTGACTTTCCAAAGCAC  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTAACTCCAGTTCC-AGAGATCCACTGTCTGACTTTCCAAAGCAC  899

seq1  CAACCATGCATGTTGTGCACATACACATATGCAGGCAAAACAGTCACACA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAACCATGCATGTTGTGCACATACACATATGCAGGC-AAACAGTCACACA  948

seq1  TAAAATAAAATGAATAAATCTCAAAAAAGGAGGAGGAGGATATGGGGCCT  1000
      ||||   ||||| ||||||||| |||||||||   |||||||||||| ||
seq2  TAAA--TAAATG-ATAAATCTC-AAAAAGGAG--AGAGGATATGGGG-CT  991

seq1  TGAGAGATGGCTCAGAGGTTAATAGCATTTGTTGCTCTTGCAGAGGACCC  1050
      ||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||   ||
seq2  TGA-AGATGGCTCAGAGG-TAATAGCA-TTGTT-CTC-TGCAGAG--ACC  1034

seq1  AGGTTTGGTTCCTAGCACCACATGGTGGCTTGCAATTATCCATAGCTATA  1100
      | ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||
seq2  AAGTTTGGTTCCTTGCACCACATGGT-GCTTGCAA-TAT-CATAGCAATA  1081

seq1  GTCCCAGGGCATTTGTCACCCTCTTTTGACCTTCTTGG  1138
      | ||   |||| ||||   |||||||||||  ||||||
seq2  GACC--AGGCA-TTGT--ACCTCTTTTGAC--TCTTGG  1112

seq1: chr13_56477092_56478184
seq2: B6Ng01-021M04.g_68_1139 (reverse)

seq1  GACTTTTCCGTCTTGATGTTATGCAGACAGAGAATGCCAGACTAGTGGGG  50
      ||||||| |||||||||| || || | ||||| ||| ||||||||||| |
seq2  GACTTTT-CGTCTTGATG-TAAGC-GGCAGAG-ATG-CAGACTAGTGGAG  45

seq1  TTGGGTCTTGTACTCCTCTATCCTTAATCTTTATTCTGGAACTCGCTTAC  100
      |||||||||||| ||||| |||  ||||| ||| ||| ||||||||||| 
seq2  TTGGGTCTTGTATTCCTC-ATC--TAATC-TTAATCT-GAACTCGCTTA-  89

seq1  CCTACTTAGAACCAGTTTAATCCTCTAATGACTTCTTTCTAAGATTCGTT  150
      ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||| |
seq2  CCTACTTAG-ACCAGTTT-ATCCTCT-ATGAC-TCTTTCTAAGA-TCG-T  133

seq1  CCTAGAGGCCAGAACAGCCTCTAGTTGAAAATGTCTAGATTCCCACCTTG  200
      |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |  
seq2  CCTAGA-GCCAGAACAGCCTCTAG-TGAAAA-GTCTAGATTCCCACTTGA  180

seq1  AATATGTTGCCCCATAGCCTACAAAAGGCTTCTCGACTCTGGATCGTGGC  250
      ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTTGCCCCATAG-CTTCAAAAGACTTCTCGACTCTGGATCGTGGC  229

seq1  AAGATAAGCTCCTGCTAACTCTGGGTGATCCATCTCTGGTGAGTGTTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAAGCTCCTGCTAACTCTGGGTGATCCATCTCTGGTGAGTGTTCCT  279

seq1  CACCGACAGCAGGTTCTTCCTGGCCCCAGGGAGTTGCTTCAGGCACATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CACCGACAGCAGGTTCTTCCTGGCCCCAGAGAGTTGCTTCAGGCACATAG  329

seq1  TAATCGGCTCTCAGCTAAAGAGATCTGAATCTGTTACTCCATCATTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCGGCTCTCAGCTAAAGAGATCTGAATCTGTTACTCCATCATTTCTG  379

seq1  GCCTTACTCATTGTCAAGACAGTTTCTTGGTTCTTTCCAACTTGGTCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTACTCATTGTCAAGACAGTTTCTTGGTTCTTTCCAACTTGGTCCAG  429

seq1  GATAAGGCAAAGGACTTGGATGTGTGCTTCTCTAGCATATACAAGTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGGCAAAGGACTTGGATGTGTGCTTCTCTAGCATATACAAGTATGA  479

seq1  TGACTGTGTTTGTGTGCACATCTGTGTATGAACAAAAAGACCCCAGTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGTTTGTGTGCACATCTGTGTATGAACAAAAAGACCCCAGTAAC  529

seq1  CTACAATTTCCACTTACCAACCATGGAGAGATAAAATGTGGATCCCAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATTTCCACTTACCAACCATGGAGAGATAAAATGTGGATCCCAATT  579

seq1  ATAATTTACCACAATTAAAAACATTTTGTGGTCCTCAGAATGGACTAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTACCACAATTAAAAACATTTTGTGGTCCTCAGAATGGACTAGTG  629

seq1  ACTGCCTCTTTCTGAGATAAACAGAAGTTACTCAGTCTGAAGAATGGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTCTTTCTGAGATAAACAGAAGTTACTCAGTCTGAAGAATGGGAC  679

seq1  TATGGACAGCATCTAAGCAACATTTGCCTTGACACAGTCTTTCATATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACAGCATCTAAGCAACATTTGCCTTGACACAGTCTTTCATATGAA  729

seq1  ACATATAATTCTACCCATGATCTCATAGTGAGGTGCAACCTGTCTAGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAATTCTACCCATGATCTCATAGTGAGGTGCAACCTGTCTAGGTT  779

seq1  GCTAACATGATTAGTTGTGATAACTAGTTAGCCGTTTTATGGCTTGTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACATGATTAGTTGTGATAACTAGTTAGCCGTTTTATGGCTTGTGGG  829

seq1  CCCAGGAAACTGTGGAACCAGGAGGAGCAGGTCCACAGTGGGAACATGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAAACTGTGGAACCAGGAGGAGCAGGTCCACAGTGGGAACATGGT  879

seq1  AGAGTCATGTCCAACCCCAGAAATCTCATCTTGGGAGAGGTAGGAGTGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCATGTCCAACCCCAGAAATCTCATCTTGGGAGAGGTAGGAGTGGG  929

seq1  CCCACTCCCTCTCCTGCTCTGGACCTGCATGTTAGATAGTCCTGCACTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCCCTCTCCTGCTCTGGACCTGCATGTTAGATAGTCCTGCACTCC  979

seq1  CACCTTTGCCCTGCCAGGAAATATCATGTAGCTAGTAGCCTGGTTAGATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTGCCCTGCCAGGAAATATCATGTAGCTAGTAGCCTGGTTAGATT  1029

seq1  TCCTTTCCCCTGGTCAGGTCACATCCAGCACCACCTGGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCCCCTGGTCAGGTCACATCCAGCACCACCTGGAATTC  1072