BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025J08
Chromosome13 (Build37)
Map Location 115,765,244 - 115,939,353
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItga1, Pelo
Upstream geneArl15, A430090L17Rik, Ndufs4, LOC100040958, Fst, 4930467J12Rik, Mocs2, Itga2, LOC100040975
Downstream geneLOC100041023, LOC547402, LOC100041045
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025J08.bB6Ng01-025J08.g
ACCDH856888DH856889
length1,0961,075
definitionDH856888|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025J08, 5' end.DH856889|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025J08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,938,246 - 115,939,353)(115,765,244 - 115,766,334)
sequence
gaattctctgctaaaataaaaggcaacaacaacaacaacaaactctccaa
ggaacttgcacagaagtggatgcaactgtaacccagataatagaatttgg
tagcaccaaacacatgtacaggttttagaaacacaaatatccaggagaaa
atggaccacagaacatcaagtcttgcacaaagattacaaagagccttgaa
gcctgataatataaaataaagatatcatatatcttaccaggaaaccttga
gataccactgtgcacaactgtaaggatgcagcctaaattacgaaggagac
ctctatattgtgcagctattttatctggattgagaaatcccattctaggg
agagaagtttgactctttaagaatcaggaactaagcgagatttataaggt
tagggaagtaaacaaacttcacaattttcaggaaacccctgaaacttacc
tcccacattttctggaaagtggactctccagccagccatgttgcagcctg
tggctaatacagggagttccaaggataaactttcccaagttaccatccat
actgaagtgggactgtcaagtgatataactgaattggagacatctgcagt
gttgtatagcaatttcctctgaattgaaccagtccctctttgaggacact
tattaagactcatgacataatggaactttgaggattcaggaagtaaacaa
aaactaagaagttttagggagctccttaagtttacaagacctaatagccc
atccccaaggtatacagacactaacaagtgcagaggtgagaaaaccttct
gattggctaagcttaaagccatggaagaaactccagggatgcagcttgtg
taataaactaccattaagagtcagattttggtgatgcaactgtaatgaat
atttgcaggacgtgtattgataaatagtcctattacacaatgatatctga
taatgagtaattggacaaagatgtagttatagaggagtggtgcatggttt
cttcaagggtgttagacatgaaacccaggcttatcaatgtgaagttccat
gggtacacactcaatatgccactttcatgggaatggttcaactgaa
gaattcatgagcaagggactttgtggagtggaagtttacaaacaggactg
gtacttgaatggaaaataaggtctgaatggaaagaatggtttttggatag
tagaaactaacggctgaccagcgagaaaagctttagctgtgtgtgacaga
gtgggcaggtggaccccagcccacacgatgaggaagaacagtgaccagaa
atatgctgctgacctgtcagaaaacactgcagtttgtcaaggatttggct
tgctaagctcctactaaataggagctaagccctgtcattcgtacattgta
tttcaatatttagtgcacacgggtactcaaatgttggggtgcatgtggat
tatatgggagatatttgatatggatgctgggctccacacaagaattctat
gcttggcaggtctgaaggggcactggattgcctgctcctttcagcatcca
agtatctgctcctttcagcattcgagaggtgatgctgtcagccctggacc
acgctagcggaaccatttggtgatcagaaagctggcaatgagtaaaggtg
gattcagcctacctgtaaaactgcagtccgacttcatattttacggggat
ggaaatatttacttcattatcgtaaagagattccaggggctcttcactgt
cactggaaaacagcacaatcacaccaaccgttacatttgctcactcaccc
accatctccatgcacttggaaaagattatcttggcaacttaatagaatac
aaaatcgtagatttcttggtttgtttttactgagaggagaggggagactg
gagctgggcattgctaacgttcccaagctgttggtttagaatggaaatca
cactcatttaaactacgtttatctaaattgtctgaaataataagagctgc
aggcttaatcattaaatgctaaactgctggaatctgtggcataaaggttt
ggacacaattacctagttattattattatatatgagcccttgtacagaga
ctcacaaggctcaacagctattgtgaatcaacatctctatggtggcctta
atagtctttccaaatgagtactcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_115938246_115939353
seq2: B6Ng01-025J08.b_44_1139 (reverse)

seq1  TTCAGTAGGAACCATTACACATGGAAAAGTAGGCATATGGAGTGTGTACC  50
      ||||||  |||||||| | ||||  ||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TTCAGT-TGAACCATT-CCCATG--AAAGT-GGCATATTGAGTGTGTACC  45

seq1  CATGGATACCTTCACATAGATTAGCCTGGGTTTCATGTCTAAACACCCTT  100
      |||||  | |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  CATGG--AACTTCACATTGATAAGCCTGGGTTTCATGTCT-AACACCC-T  91

seq1  TGAAGGAACCATGCAACCACTCCTCTATAACT-CATCTTTGGTCCAATTA  149
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TGAAGAAACCATGC-ACCACTCCTCTATAACTACATCTTT-GTCCAATTA  139

seq1  CTCATTATTCAGATATCAATTGTGTTATAGGACTATTTATCAATACACGT  199
      ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTA-TCAGATATC-ATTGTGTAATAGGACTATTTATCAATACACGT  187

seq1  CCTGCAAATATTCATTACAGTTGCATCACCAAAATCTGACTCTTAATGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAAATATTCATTACAGTTGCATCACCAAAATCTGACTCTTAATGGT  237

seq1  AGTTTATTACACAAGCTGCATCCCTGGAGTTTCTTCCATGGCTTTAAGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATTACACAAGCTGCATCCCTGGAGTTTCTTCCATGGCTTTAAGCT  287

seq1  TAGCCAATCAGAAGGTTTTCTCACCTCTGCACTTGTTAGTGTCTGTATAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAATCAGAAGGTTTTCTCACCTCTGCACTTGTTAGTGTCTGTATAC  337

seq1  CTTGGGGATGGGCTATTAGGTCTTGTAAACTTAAGGAGCTCCCTAAAACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGATGGGCTATTAGGTCTTGTAAACTTAAGGAGCTCCCTAAAACT  387

seq1  TCTTAGTTTTTGTTTACTTCCTGAATCCTCAAAGTTCCATTATGTCATGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTTTTGTTTACTTCCTGAATCCTCAAAGTTCCATTATGTCATGA  437

seq1  GTCTTAATAAGTGTCCTCAAAGAGGGACTGGTTCAATTCAGAGGAAATTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAATAAGTGTCCTCAAAGAGGGACTGGTTCAATTCAGAGGAAATTG  487

seq1  CTATACAACACTGCAGATGTCTCCAATTCAGTTATATCACTTGACAGTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACAACACTGCAGATGTCTCCAATTCAGTTATATCACTTGACAGTCC  537

seq1  CACTTCAGTATGGATGGTAACTTGGGAAAGTTTATCCTTGGAACTCCCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGTATGGATGGTAACTTGGGAAAGTTTATCCTTGGAACTCCCTG  587

seq1  TATTAGCCACAGGCTGCAACATGGCTGGCTGGAGAGTCCACTTTCCAGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCCACAGGCTGCAACATGGCTGGCTGGAGAGTCCACTTTCCAGAA  637

seq1  AATGTGGGAGGTAAGTTTCAGGGGTTTCCTGAAAATTGTGAAGTTTGTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGGAGGTAAGTTTCAGGGGTTTCCTGAAAATTGTGAAGTTTGTTT  687

seq1  ACTTCCCTAACCTTATAAATCTCGCTTAGTTCCTGATTCTTAAAGAGTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCTAACCTTATAAATCTCGCTTAGTTCCTGATTCTTAAAGAGTCA  737

seq1  AACTTCTCTCCCTAGAATGGGATTTCTCAATCCAGATAAAATAGCTGCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTCTCCCTAGAATGGGATTTCTCAATCCAGATAAAATAGCTGCAC  787

seq1  AATATAGAGGTCTCCTTCGTAATTTAGGCTGCATCCTTACAGTTGTGCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGAGGTCTCCTTCGTAATTTAGGCTGCATCCTTACAGTTGTGCAC  837

seq1  AGTGGTATCTCAAGGTTTCCTGGTAAGATATATGATATCTTTATTTTATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTATCTCAAGGTTTCCTGGTAAGATATATGATATCTTTATTTTATA  887

seq1  TTATCAGGCTTCAAGGCTCTTTGTAATCTTTGTGCAAGACTTGATGTTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGGCTTCAAGGCTCTTTGTAATCTTTGTGCAAGACTTGATGTTCT  937

seq1  GTGGTCCATTTTCTCCTGGATATTTGTGTTTCTAAAACCTGTACATGTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCATTTTCTCCTGGATATTTGTGTTTCTAAAACCTGTACATGTGT  987

seq1  TTGGTGCTACCAAATTCTATTATCTGGGTTACAGTTGCATCCACTTCTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGCTACCAAATTCTATTATCTGGGTTACAGTTGCATCCACTTCTGT  1037

seq1  GCAAGTTCCTTGGAGAGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGCCTTTTATTTTAGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCCTTGGAGAGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGCCTTTTATTTTAGC  1087

seq1  AGAGAATTC  1108
      |||||||||
seq2  AGAGAATTC  1096

seq1: chr13_115765244_115766334
seq2: B6Ng01-025J08.g_65_1139

seq1  GAATTCATGAGCAAGGGACTTTGTGGAGTGGAAGTTTACAAACAGGACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAGCAAGGGACTTTGTGGAGTGGAAGTTTACAAACAGGACTG  50

seq1  GTACTTGAATGGAAAATAAGGTCTGAATGGAAAGAATGGTTTTTGGATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTGAATGGAAAATAAGGTCTGAATGGAAAGAATGGTTTTTGGATAG  100

seq1  TAGAAACTAACGGCTGACCAGCGAGAAAAGCTTTAGCTGTGTGTGACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACTAACGGCTGACCAGCGAGAAAAGCTTTAGCTGTGTGTGACAGA  150

seq1  GTGGGCAGGTGGACCCCAGCCCACACGATGAGGAAGAACAGTGACCAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCAGGTGGACCCCAGCCCACACGATGAGGAAGAACAGTGACCAGAA  200

seq1  ATATGCTGCTGACCTGTCAGAAAACACTGCAGTTTGTCAAGGATTTGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTGCTGACCTGTCAGAAAACACTGCAGTTTGTCAAGGATTTGGCT  250

seq1  TGCTAAGCTCCTACTAAATAGGAGCTAAGCCCTGTCATTCGTACATTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGCTCCTACTAAATAGGAGCTAAGCCCTGTCATTCGTACATTGTA  300

seq1  TTTCAATATTTAGTGCACACGGGTACTCAAATGTTGGGGTGCATGTGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATATTTAGTGCACACGGGTACTCAAATGTTGGGGTGCATGTGGAT  350

seq1  TATATGGGAGATATTTGATATGGATGCTGGGCTCCACACAAGAATTCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGGAGATATTTGATATGGATGCTGGGCTCCACACAAGAATTCTAT  400

seq1  GCTTGGCAGGTCTGAAGGGGCACTGGATTGCCTGCTCCTTTCAGCATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCAGGTCTGAAGGGGCACTGGATTGCCTGCTCCTTTCAGCATCCA  450

seq1  AGTATCTGCTCCTTTCAGCATTCGAGAGGTGATGCTGTCAGCCCTGGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTGCTCCTTTCAGCATTCGAGAGGTGATGCTGTCAGCCCTGGACC  500

seq1  ACGCTAGCGGAACCATTTGGTGATCAGAAAGCTGGCAATGAGTAAAGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTAGCGGAACCATTTGGTGATCAGAAAGCTGGCAATGAGTAAAGGTG  550

seq1  GATTCAGCCTACCTGTAAAACTGCAGTCCGACTTCATATTTTACGGGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGCCTACCTGTAAAACTGCAGTCCGACTTCATATTTTACGGGGAT  600

seq1  GGAAATATTTACTTCATTATCGTAAAGAGATTCCAGGGGCTCTTCACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATATTTACTTCATTATCGTAAAGAGATTCCAGGGGCTCTTCACTGT  650

seq1  CACTGGAAAACAGCACAATCACACCAACCGTTACATTTGCTCACTCACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAAAACAGCACAATCACACCAACCGTTACATTTGCTCACTCACCC  700

seq1  ACCATCTCCATGCACTTGGAAAAGATTATCTTGGCAACTTAATAGAATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTCCATGCACTTGGAAAAGATTATCTTGGCAACTTAATAGAATAC  750

seq1  AAAATCGTAGAATTCTTGGTTTGTTTTTACTGAGAGGAGAGGGGAGACTG  800
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCGTAGATTTCTTGGTTTGTTTTTACTGAGAGGAGAGGGGAGACTG  800

seq1  GAGCTGGGCATTGCTAACGTTCCCAAGCTGTTGGTTTAGAATGGAAAATC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGCTGGGCATTGCTAACGTTCCCAAGCTGTTGGTTTAGAATGG-AAATC  849

seq1  ACACTCATTTAAACTACGTTTATCTAAATTGTCTGAAATAATAAGAGCTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACACTCATTTAAACTACGTTTATCTAAATTGTCTGAAATAATAAGAGC-T  898

seq1  GCAGGCTTAATCATTAAAATGCTAAAACTGCTGGAATTCTGTGGCATAAA  950
      ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCAGGCTTAATCATT-AAATGCT-AAACTGCTGGAA-TCTGTGGCATAAA  945

seq1  GGTTTGGACACAAATTACCTTAGTTTATCTATATCATATATGAAGCCCTT  1000
      ||||||||||| ||||||| ||| ||||   ||| ||||||| |||||||
seq2  GGTTTGGACAC-AATTACC-TAG-TTATTATTATTATATATG-AGCCCTT  991

seq1  GTACAGAGACTCAACAAGGCTCAAACAGCTAATTGTGAATCTAACATCTT  1050
      |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| 
seq2  GTACAGAGACTC-ACAAGGCTC-AACAGCT-ATTGTGAATC-AACATCT-  1036

seq1  CTTATGTTGCCTTTAATAGTCTTTCCCAATTGAGTACTCAA  1091
        |||| || | |||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  -CTATGGTGGCCTTAATAGTCTTT-CCAAATGAGTACTCAA  1075