BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027A17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,611,110 - 5,684,656
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG432721, EG432723
Downstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027A17.bB6Ng01-027A17.g
ACCDH857901DH857902
length983690
definitionDH857901|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027A17, 5' end.DH857902|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027A17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,611,110 - 5,612,101)(5,684,092 - 5,684,656)
sequence
gaattcccttgtttgtatagcaggaattgccactgcaaagtcttttcttc
cccagcagctgattactcggtataaaacattgaggagaagccttaaagtc
ttgtgcctttctgagctttatgggtcttgtaaatttcatgacgttcctga
gccttatgagctttcctttgtcttccaggaagaagtgttcagttcagaga
aaatttatctacaacagaatacagtcattatgtcaattatctttcccttt
taggactgaacgtatttatagcttagcatttttcagtgatgtttgcgatg
gtgccaagaaatggagatgaaagttatttccataaaaccccacatgtttt
ccttacaaatagatggtctaaatcagcttgctctttgtttgtacagtact
tgtaattgtttatacaatacttgtaacttcttccagttttaaaatatgat
gtgctgtcagggggagaggagaacagattctaagggatgcagagaatgaa
taagtcactaacagtaatctaagcagctcatattaggaacactcgactca
agaacttccaccatagaatttttctgcactggtcgtttcttggtgtcagt
ttctgggcattgaatggaaatacacatttagcacagcaagctccaactgc
tatcctttcagcttctgctctaaccacaccctttgagctctatagataca
gccatgatgtcaggaaaacatgcccaatagttaatctgtgaatataatga
tggtcaagacaccagccatcagctcatccaggaaaagttctaactgctgt
gttggcagagaatggatgatcacctttaacaacgttcccaggttcacaga
ctttgatgccagtgcctagattattctttgcatagaaacactgttatgtt
tatcagcttcaacagaatccaccatttgaaacacaaggacatgccactag
aacccataatgactaaaaacaagtgaccaagtt

gaattcctttgagcttgatttgatgttggctgtcgaattaatgcaaattg
tctttattatgtttaagtatggtctttgtattcttaacctctctaggact
tttatcacaaaagggtgttggattttctttaagccattttctgcacccag
tgagatgatcatgtgcttctttttctttcagtttgtttgtaaggtggatt
acacttactgattttcatatattgaaccacttctgcatcttaaggatgac
tcctacttggtcatgctggatgatcctttcgacgtattcttggattcagt
ttgcaatattttattgagtatttttgcatctatgttcataagggaaattg
gtatgtaattccctttgtttgttaagtattcacaggatcgctatcattat
aacaaataaggacaccagaagtttcttcttcccttatacatccacagcca
tgtgatcaccttatcaaaagtggaacacacagatacctggtccttgtgtt
tctgtagcctaaattgtgagaaaatatgtttactgtatggttaattaagt
ttagtatatattgttataacagcaaaattagaggttttataccatcttag
aagaacacatacataactttctttagaataattttatttttcaaattaag
tatgtctgtgtttgtatatgtatgtgtgagtgtgtgtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5611110_5612101
seq2: B6Ng01-027A17.b_42_1024

seq1  GAATTCCCTTGTTTGTATAGCAGGAATTGCCACTGCAAAGTCTTTTCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTGTTTGTATAGCAGGAATTGCCACTGCAAAGTCTTTTCTTC  50

seq1  CCCAGCAGCTGATTACTCGGTATAAAACATTGAGGAGAAGCCTTAAAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAGCTGATTACTCGGTATAAAACATTGAGGAGAAGCCTTAAAGTC  100

seq1  TTGTGCCTTTCTGAGCTTTATGGGTCTTGTAAATTTCATGACGTTCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCTTTCTGAGCTTTATGGGTCTTGTAAATTTCATGACGTTCCTGA  150

seq1  GCCTTATGAGCTTTCCTTTGTCTTCCAGGAAGAAGTGTTCAGTTCAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATGAGCTTTCCTTTGTCTTCCAGGAAGAAGTGTTCAGTTCAGAGA  200

seq1  AAATTTATCTACAACAGAATACAGTCATTATGTCAATTATCTTTCCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTATCTACAACAGAATACAGTCATTATGTCAATTATCTTTCCCTTT  250

seq1  TAGGACTGAACGTATTTATAGCTTAGCATTTTTCAGTGATGTTTGCGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACTGAACGTATTTATAGCTTAGCATTTTTCAGTGATGTTTGCGATG  300

seq1  GTGCCAAGAAATGGAGATGAAAGTTATTTCCATAAAACCCCACATGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAAGAAATGGAGATGAAAGTTATTTCCATAAAACCCCACATGTTTT  350

seq1  CCTTACAAATAGATGGTCTAAATCAGCTTGCTCTTTGTTTGTACAGTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACAAATAGATGGTCTAAATCAGCTTGCTCTTTGTTTGTACAGTACT  400

seq1  TGTAATTGTTTATACAATACTTGTAACTTCTTCCAGTTTTAAAATATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTGTTTATACAATACTTGTAACTTCTTCCAGTTTTAAAATATGAT  450

seq1  GTGCTGTCAGGGGGAGAGGAGAACAGATTCTAAGGGATGCAGAGAATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTCAGGGGGAGAGGAGAACAGATTCTAAGGGATGCAGAGAATGAA  500

seq1  TAAGTCACTAACAGTAATCTAAGCAGCTCATATTAGGAACACTCGACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCACTAACAGTAATCTAAGCAGCTCATATTAGGAACACTCGACTCA  550

seq1  AGAACTTCCACCATAGAATTTTTCTGCACTGGTCGTTTCTTGGTGTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTCCACCATAGAATTTTTCTGCACTGGTCGTTTCTTGGTGTCAGT  600

seq1  TTCTGGGCATTGAATGGAAATACACATTTAGCACAGCAAGCTCCAACTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCATTGAATGGAAATACACATTTAGCACAGCAAGCTCCAACTGC  650

seq1  TATCCTTTCAGCTTCTGCTCTAACCACACCCTTTGAGCTCTATAGATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTTCAGCTTCTGCTCTAACCACACCCTTTGAGCTCTATAGATACA  700

seq1  GCCATGATGTCAGGAAAACATGCCCAATAGTTAATCTGTGAATATAATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGATGTCAGGAAAACATGCCCAATAGTTAATCTGTGAATATAATGA  750

seq1  TGGTCAAGACACCAGCCATCAGCTCATCCAGGAAAAGTTCTAACTGCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAAGACACCAGCCATCAGCTCATCCAGGAAAAGTTCTAACTGCTGT  800

seq1  GTTGGCAGAGAATGGATGATCACCTTTAACAACGTTCCCAGGTTCACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCAGAGAATGGATGATCACCTTTAACAACGTTCCCAGGTTCACAGA  850

seq1  CTTTGATGCCAGTGCCTAGATTATTCTTTGCATAGAAACACTGTTATGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATGCCAGTGCCTAGATTATTCTTTGCATAGAAACACTGTTATGTT  900

seq1  TATCAGCTTCAAACAAGAATCCAACCATTTGAAACACAAAGGACAATGCC  950
      ||||||||||||   ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TATCAGCTTCAA--CAGAATCC-ACCATTTGAAACAC-AAGGAC-ATGCC  945

seq1  AACTAGAACCCAATAATGACTTAAAAACCAAGTGACCAAGTT  992
       |||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||
seq2  -ACTAGAACCC-ATAATGACT--AAAAACAAGTGACCAAGTT  983


seq1: chr13_5684092_5684656
seq2: B6Ng01-027A17.g_193_757 (reverse)

seq1  TACACACACACTCACACATACATATACAAACACAGACATACTTAATTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACACTCACACATACATATACAAACACAGACATACTTAATTTGA  50

seq1  AAAATAAAATTATTCTAAAGAAAGTTATGTATGTGTTCTTCTAAGATGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAATTATTCTAAAGAAAGTTATGTATGTGTTCTTCTAAGATGGT  100

seq1  ATAAAACCTCTAATTTTGCTGTTATAACAATATATACTAAACTTAATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACCTCTAATTTTGCTGTTATAACAATATATACTAAACTTAATTAA  150

seq1  CCATACAGTAAACATATTTTCTCACAATTTAGGCTACAGAAACACAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACAGTAAACATATTTTCTCACAATTTAGGCTACAGAAACACAAGGA  200

seq1  CCAGGTATCTGTGTGTTCCACTTTTGATAAGGTGATCACATGGCTGTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTATCTGTGTGTTCCACTTTTGATAAGGTGATCACATGGCTGTGGA  250

seq1  TGTATAAGGGAAGAAGAAACTTCTGGTGTCCTTATTTGTTATAATGATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAGGGAAGAAGAAACTTCTGGTGTCCTTATTTGTTATAATGATAG  300

seq1  CGATCCTGTGAATACTTAACAAACAAAGGGAATTACATACCAATTTCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCCTGTGAATACTTAACAAACAAAGGGAATTACATACCAATTTCCCT  350

seq1  TATGAACATAGATGCAAAAATACTCAATAAAATATTGCAAACTGAATCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACATAGATGCAAAAATACTCAATAAAATATTGCAAACTGAATCCA  400

seq1  AGAATACGTCGAAAGGATCATCCAGCATGACCAAGTAGGAGTCATCCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACGTCGAAAGGATCATCCAGCATGACCAAGTAGGAGTCATCCTTA  450

seq1  AGATGCAGAAGTGGTTCAATATATGAAAATCAGTAAGTGTAATCCACCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGAAGTGGTTCAATATATGAAAATCAGTAAGTGTAATCCACCTT  500

seq1  ACAAACAAACTGAAAGAAAAAGAAGCACATGATCATCTCACTGGGTGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACTGAAAGAAAAAGAAGCACATGATCATCTCACTGGGTGCAG  550

seq1  AAAATGGCTTAAAGA  565
      |||||||||||||||
seq2  AAAATGGCTTAAAGA  565


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |