BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-033I06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 31,246,611 - 31,372,030
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041266
Upstream geneMboat1, Agtr1a, Uqcrfs1, Dusp22, LOC666443, Irf4, Exoc2, Hus1b, EG432743, LOC100041257
Downstream geneG630018N14Rik, LOC100042491, Foxq1, LOC100041312, Foxf2, Foxc1, 4930548F15Rik, Gmds, LOC666212
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-033I06.bB6Ng01-033I06.g
ACCDH862543DH862544
length1,050974
definitionDH862543|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033I06, 5' end.DH862544|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033I06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,246,611 - 31,247,574)(31,371,052 - 31,372,030)
sequence
gaattcaaagaattaaaacccccaaaccaaatcatctgaaaagacagttc
tcaaaagaagagatacaaatcatgagttaaacatgaagaatgttcatctg
ctgccatcagggaaatgcaaatcaaaactttattgatcttctctctcccc
atagtcagagcagccatcatcaggaaaacaaagcccaacaaatgctggct
gggatatgggagaaaggagtgcttatgcattgctatagggaatggaacct
tgttttcttctattggcaaccttctactggaaagttttgagcacactaaa
aaattaccactatatgatgtagctttttaacttttgtgtatagtccagaa
agagtatcagtcaacatgacacagggatatttttattgcagtacaattca
ggatagaagaagaggcagcaaccagcctaggtgccttccaactgatgaag
aatgtggcacacacacacacacagtggagttatattcagccacatggaag
aataaactcatatcattgcaggaaaacaaatggagctatagagcaccaca
ttaagtgaaagaaaacagactcacaaaggcacatgacatatgataccttt
cctgaaatattatctatctatctatctatctatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctgacatgagataagtggcagactatgatagggga
ggatgggacccaaagagagagggaaacaagagactcaggaaaataattca
tgttttctttcaattataggatgtagacataatgataaacataaacacag
taagacagataactccttttgaaagcattttcctttggggatggcaagat
ggcttagcaggtaaaggtgcttgtttgccaggtttgatctgagttcattc
ctcagaatccatgtggcaaaaggagactaattcttgatgtcgtcctctga
ctccgatatgtttcccatgtggatgggtgcacgaatgtgtgcactctcac
aatgtctggtttgacactttatattaatatatgcattaatcacactgttt

gaattcacagactttcctcaggcgtggcagcctggtggactatatatagt
aatgagagccagcagaggttcctgtcaaccccacctagctgacataatca
gagaaggtagtcaacgagtaacagtataagggcatggctgggtcccattg
tcccgtactggaaggcacagagaacaatgggaatcccactcaccatgtgc
cagttccttctgagttcttagttattatgttaggattttctaaaggaatg
gaacttacagaatgaatatacatatatatgaccatacacatatatgtatg
tatgtacatatgtatgtatgtattcatacatatttgtgaggaatacaaga
gggagcaggcaagagcaagtttccatctttaatgtcctttatataggctg
tcagcaaaaggtgtggctcagattaaagttggatcttctcatttcaaaat
atctgaattgaagtcgtatattcccatctcaaaagattcagattaaaagt
gggtcttcccatgtcaaatgatttaattaagaaaaaacaactctcaccag
cgttttagttaattccaaatgtagtcaacttgacaaccaagcatagccac
acacagttgcattgcctcatagcattcaccacagtctcaggctaccagta
tccttcttttcaaagatgaggaagaggaggtgcagagagaggaagcaatg
tgttccagtcccatctggtaaagctccaggagctgggattccaatccagg
ctactggttcaaatagcttttctgttctcacctttcagtgtcagtgccta
aagcagtggtctaacattgagggaaagtgggtaattctctcattcaatgt
taactaaccaatactaccgcgtaaagacagatcaggtcactgaacatgtg
caagtctccttcctggtcagtactgaaagctgaggtctatggatcactca
tgggtttgttcaacactgatgccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_31246611_31247574
seq2: B6Ng01-033I06.b_140_1095

seq1  CATCTGCTGCCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACTTTATTGATCTTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCTGCCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACTTTATTGATCTTCTCT  50

seq1  CTCCCCATAGTCAGAGCAGCCATCATCAGGAAAACAAAGCCCAACAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCATAGTCAGAGCAGCCATCATCAGGAAAACAAAGCCCAACAAATG  100

seq1  CTGGCTGGGATATGGGAGAAAGGAGTGCTTATGCATTGCTATAGGGAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGGATATGGGAGAAAGGAGTGCTTATGCATTGCTATAGGGAATG  150

seq1  GAACCTTGTTTTCTTCTATTGGCAACCTTCTACTGGAAAGTTTTGAGCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTGTTTTCTTCTATTGGCAACCTTCTACTGGAAAGTTTTGAGCAC  200

seq1  ACTAAAAAATTACCACTATATGATGTAGCTTTTTAACTTTTGTGTATAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAAATTACCACTATATGATGTAGCTTTTTAACTTTTGTGTATAGT  250

seq1  CCAGAAAGAGTATCAGTCAACATGACACAGGGATATTTTTATTGCAGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAGAGTATCAGTCAACATGACACAGGGATATTTTTATTGCAGTAC  300

seq1  AATTCAGGATAGAAGAAGAGGCAGCAACCAGCCTAGGTGCCTTCCAACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGGATAGAAGAAGAGGCAGCAACCAGCCTAGGTGCCTTCCAACTG  350

seq1  ATGAAGAATGTGGCACACACACACACACAGTGGAGTTATATTCAGCCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAATGTGGCACACACACACACACAGTGGAGTTATATTCAGCCACA  400

seq1  TGGAAGAATAAACTCATATCATTGCAGGAAAACAAATGGAGCTATAGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAATAAACTCATATCATTGCAGGAAAACAAATGGAGCTATAGAGC  450

seq1  ACCACATTAAGTGAAAGAAAACAGACTCACAAAGGCACATGACATATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATTAAGTGAAAGAAAACAGACTCACAAAGGCACATGACATATGAT  500

seq1  ACCTTTCCTGAAATATTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  550
      ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCCTGAAATAT----TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  546

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGACATGAGATAAGTGGCAGACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGACATGAGATAAGTGGCAGACTA  596

seq1  TGATAGGGGAGGATGGGACCCAAAGAGAGAGGGAAACAAGAGACTCAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGGGAGGATGGGACCCAAAGAGAGAGGGAAACAAGAGACTCAGGA  646

seq1  AAATAATTCATGTTTTCTTTCAATTATAGGATGTAGACATAATGATAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTCATGTTTTCTTTCAATTATAGGATGTAGACATAATGATAAAC  696

seq1  ATAAACACAGTAAGACAGATAACTCCTTTTGAAAGCATTTTCCTTTGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACAGTAAGACAGATAACTCCTTTTGAAAGCATTTTCCTTTGGGG  746

seq1  ATGGCAAGATGGCTTAGCAGGTAAAGGTGCTTG-TTGCCAGGTTTGATCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGGCAAGATGGCTTAGCAGGTAAAGGTGCTTGTTTGCCAGGTTTGATCT  796

seq1  GAGTTCATTCCTCAGAATCCATGTGGCAAAAGGAGACTAATTCCTGAATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
seq2  GAGTTCATTCCTCAGAATCCATGTGGCAAAAGGAGACTAATTCTTG-ATG  845

seq1  TCGTCCTCTGACTTCGATATGTTTCCCATGGTGAATGGGTGCACGAATGT  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  TCGTCCTCTGACTCCGATATGTTTCCCAT-GTGGATGGGTGCACGAATGT  894

seq1  GTGCACTCTCCAACACATGTCTGTATTGACAC-TTATATTAATATATGCA  948
      ||||||||||  ||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GTGCACTCTC--ACA-ATGTCTGGTTTGACACTTTATATTAATATATGC-  940

seq1  ATTATCCACACTGTTT  964
      ||||  ||||||||||
seq2  ATTAATCACACTGTTT  956

seq1: chr13_31371052_31372030
seq2: B6Ng01-033I06.g_68_1041 (reverse)

seq1  GGGCATCAGTGTCTGAAACAAACCCATGAGTGACTCCATTAGACCTCAGC  50
      |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  GGGCATCAGTGT-TG-AACAAACCCATGAGTGA-TCCA-TAGACCTCAGC  46

seq1  TCTCAGTTACTGAGCCAGGGAGGAGACTTGCACATGTTCAGTGACCTGAT  100
      | |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAG-TACTGA-CCAGGAAGGAGACTTGCACATGTTCAGTGACCTGAT  94

seq1  CTGTACTTTACGCTGCTAGTATTGGTTAGTTAACATTGAATGAGAGAATT  150
      |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGT-CTTTACGC-GGTAGTATTGGTTAGTTAACATTGAATGAGAGAATT  142

seq1  ACCCACTTTCCCTCAATGTTAGACCACTGCTTTAGGCACTGACACTG-AA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACCCACTTTCCCTCAATGTTAGACCACTGCTTTAGGCACTGACACTGAAA  192

seq1  GGTGAGAACAG-AAAGCTATTTGAACCAGTAGCCTGGATTGGAATCCCAG  248
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGAACAGAAAAGCTATTTGAACCAGTAGCCTGGATTGGAATCCCAG  242

seq1  CTCCTGGAGCTTTACCAGATGGGACTGGAACACATTGCTTCCTCTCTCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGAGCTTTACCAGATGGGACTGGAACACATTGCTTCCTCTCTCTG  292

seq1  CACCTCCTCTTCCTCATCTTTG-AAAGAAGGATACTGGTAGCCTGAGACT  347
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTCTTCCTCATCTTTGAAAAGAAGGATACTGGTAGCCTGAGACT  342

seq1  GTGGTGAATGCTATGAGGCAATGCAACTGTGTGTGGCTATGCTTGGTTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAATGCTATGAGGCAATGCAACTGTGTGTGGCTATGCTTGGTTGT  392

seq1  CAAGTTGACTACATTTGGAATTAACTAAAACGCTGGTGAGAGTTGTTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGACTACATTTGGAATTAACTAAAACGCTGGTGAGAGTTGTTTTT  442

seq1  TCTTAATTAAATCATTTGACATGGGAAGACCCACTTTTAATCTGAATCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATTAAATCATTTGACATGGGAAGACCCACTTTTAATCTGAATCTT  492

seq1  TTGAGATGGGAATATACGACTTCAATTCAGATATTTTGAAATGAGAAGAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATGGGAATATACGACTTCAATTCAGATATTTTGAAATGAGAAGAT  542

seq1  CCAACTTTAATCTGAGCCACACCTTTTGCTGACAGCCTATATAAAGGACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTTAATCTGAGCCACACCTTTTGCTGACAGCCTATATAAAGGACA  592

seq1  TTAAAGATGGAAACTTGCTCTTGCCTGCTCCCTCTTGTATTCCTCACAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATGGAAACTTGCTCTTGCCTGCTCCCTCTTGTATTCCTCACAAA  642

seq1  TATGTATGAATACATACATACATATGTACATACATACATATATGTGTATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGAATACATACATACATATGTACATACATACATATATGTGTATG  692

seq1  GTCATATATATGTATATTCATTCTGTAAGTTCCATTCCTTTAGAAAATCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATATATGTATATTCATTCTGTAAGTTCCATTCCTTTAGAAAATCC  742

seq1  TAACATAATAACTAAGAACTCAGAAGGAACTGGCACATGGTGAGTGGGAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATAATAACTAAGAACTCAGAAGGAACTGGCACATGGTGAGTGGGAT  792

seq1  TCCCATTGTTCTCTGTGCCTTCCAGTACGGGACAATGGGACCCAGCCATG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTGTTCTCTGTGCCTTCCAGTACGGGACAATGGGACCCAGCCATG  842

seq1  CCCTTATACTGTTACTCGTTGACTACCTTCTCTGATTATGTCAGCTAGGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATACTGTTACTCGTTGACTACCTTCTCTGATTATGTCAGCTAGGT  892

seq1  GGGGTTGACAGGAACCTCTGCTGGCTCTCATTACTATATATAGTCCACCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTGACAGGAACCTCTGCTGGCTCTCATTACTATATATAGTCCACCA  942

seq1  GGCTGCCACGCCTGAGGAAAGTCTGTGAATTC  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCACGCCTGAGGAAAGTCTGTGAATTC  974