BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039J14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 57,004,758 - 57,187,566
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneH2afy, BC027057, Neurog1, Cxcl14, LOC100040926, AU042651, Il9, Fbxl21, Lect2, Tgfbi, Smad5, EG627415, Trpc7
Downstream geneLOC100040995, Spock1, Klhl3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039J14.bB6Ng01-039J14.g
ACCDH866826DH866827
length1,088183
definitionDH866826|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039J14, 5' end.DH866827|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039J14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,004,758 - 57,005,848)(57,187,384 - 57,187,566)
sequence
gaattctcctgagagccattgcctgcaagtgagtctgaagttcttggcat
ttgtacctcaacatggagtccgagtcacagcaaagataaccaagtggttc
tcacatgccctgcaccatgatggtaaaattaaaaacttcatagcaccaaa
gagaaagagagtgttggagaccagtgaatgagtgagtccttcattggtct
gtggtctaagcatttcatgcacaaagaggtgatgcctcctaacatgtctt
catttaactggccagcctgccatgtttggagccaatggacttagattggt
aactagtgagggctacaagttagtaggtctgatcacagtcatgttaggta
gttaggtgtgatatctttggataggtgaacaggcctgaggtacattgtca
ttattttgaaaagtgtctttgtatcgtaaattataaaagagactcagata
taatccacatctagttgaaatcaagtgcaatatggtcttgccaaagggct
atgctcacttccttccttctgtcacaagagagtataaccagatgtgtgtt
atctgagcatactgcagaatgccccagtagtttatacattgatgatatta
taatacctcaagtggccaggtgagcaagaggtggttggcacgtcagaagt
cacagtgagatactcttgcaccaaaagctgggggtaaaaaggacacattt
ctgtgtcttttaatctccaagccagagaaaggaacaaagactggtaatcc
tctatgggtcatagaggcagcaaatcctacctctgggaattctgctccag
ctcatttgggaagcatgataagctgactgcagcccataacaggaagtgac
tctacagcagatccaaattcaagtgagccacatgagtcatataatctagc
gaatccaaaccaactcaaggtcattggtgatagacatgttagacatcacc
aatagtgtacactgttcagctacctcagtggctgctccaccctcccctcc
ccttggtagcatccttgggggaggatggcttggtttggtgacagcaactt
atcactgtaatggacatggattactccaggatggccct
actccagtgtggagctagatgttgggggaggggcagtgtgcaatggccag
tgaaacttttgtgcttaagatcaatcgtctcttgcccataattttgaaat
gtagttctgaaaaggagcccactcatgtaggcctgtgcatacttgtatgc
atatgcctctgtgtgtgtgtgtatatgagtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_57004758_57005848
seq2: B6Ng01-039J14.b_46_1133

seq1  GAATTCTCCTGAGAGCCATTGCCTGCAAGTGAGTCTGAAGTTCTTGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGAGAGCCATTGCCTGCAAGTGAGTCTGAAGTTCTTGGCAT  50

seq1  TTGTACCTCAACATGGAGTCCGAGTCACAGCAAAGATAACCAAGTGGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACCTCAACATGGAGTCCGAGTCACAGCAAAGATAACCAAGTGGTTC  100

seq1  TCACATGCCCTGCACCATGATGGTAAAATTAAAAACTTCATAGCACCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGCCCTGCACCATGATGGTAAAATTAAAAACTTCATAGCACCAAA  150

seq1  GAGAAAGAGAGTGTTGGAGACCAGTGAATGAGTGAGTCCTTCATTGGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGAGAGTGTTGGAGACCAGTGAATGAGTGAGTCCTTCATTGGTCT  200

seq1  GTGGTCTAAGCATTTCATGCACAAAGAGGTGATGCCTCCTAACATGTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTAAGCATTTCATGCACAAAGAGGTGATGCCTCCTAACATGTCTT  250

seq1  CATTTAACTGGCCAGCCTGCCATGTTTGGAGCCAATGGACTTAGATTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAACTGGCCAGCCTGCCATGTTTGGAGCCAATGGACTTAGATTGGT  300

seq1  AACTAGTGAGGGCTACAAGTTAGTAGGTCTGATCACAGTCATGTTAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTGAGGGCTACAAGTTAGTAGGTCTGATCACAGTCATGTTAGGTA  350

seq1  GTTAGGTGTGATATCTTTGGATAGGTGAACAGGCCTGAGGTACATTGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTGTGATATCTTTGGATAGGTGAACAGGCCTGAGGTACATTGTCA  400

seq1  TTATTTTGAAAAGTGTCTTTGTATCGTAAATTATAAAAGAGACTCAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGAAAAGTGTCTTTGTATCGTAAATTATAAAAGAGACTCAGATA  450

seq1  TAATCCACATCTAGTTGAAATCAAGTGCAATATGGTCTTGCCAAAGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCACATCTAGTTGAAATCAAGTGCAATATGGTCTTGCCAAAGGGCT  500

seq1  ATGCTCACTTCCTTCCTTCTGTCACAAGAGAGTATAACCAGATGTGTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCACTTCCTTCCTTCTGTCACAAGAGAGTATAACCAGATGTGTGTT  550

seq1  ATCTGAGCATACTGCAGAATGCCCCAGTAGTTTATACATTGATGATATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGCATACTGCAGAATGCCCCAGTAGTTTATACATTGATGATATTA  600

seq1  TAATACCTCAAGTGGCCAGGTGAGCAAGAGGTGGTTGGCACGTCAGAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCTCAAGTGGCCAGGTGAGCAAGAGGTGGTTGGCACGTCAGAAGT  650

seq1  CACAGTGAGATACTCTTGCACCAAAAGCTGGGGGTAAAAAGGACACATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGAGATACTCTTGCACCAAAAGCTGGGGGTAAAAAGGACACATTT  700

seq1  CTGTGTCTTTTAATCTCCAAGCCAGAGAAAGGAACAAAGACTGGTAATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTTTTAATCTCCAAGCCAGAGAAAGGAACAAAGACTGGTAATCC  750

seq1  TCTATGGGTCATAGAGGCAGCAAATCCTACCTCTGGGAATTCTGCTCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGGTCATAGAGGCAGCAAATCCTACCTCTGGGAATTCTGCTCCAG  800

seq1  CTCATTTGGGAAGCATGATAAGCTGACTGCAGCCCATAACAGGAAGTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTGGGAAGCATGATAAGCTGACTGCAGCCCATAACAGGAAGTGAC  850

seq1  TCTACAGCAGATCCAAATTCAAGTGAGCCACATGAGTCATATAATCTAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGCAGATCCAAATTCAAGTGAGCCACATGAGTCATATAATCTAGC  900

seq1  GAATCCAAACCAACTCAAGGTCATTGGTGATAGACATGTTAGACATCACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAAACCAACTCAAGGTCATTGGTGATAGACATGTTAGACATCACC  950

seq1  AATAGTGTACACTGTTCAGCTACCTCAGTGGCTGCTCCACCCTCCCCTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AATAGTGTACACTGTTCAGCTACCTCAGTGGCTGCTCCACCCTCCCCTCC  1000

seq1  CCTTGGTAGCATCCTTGGGGGAGGGATGGCTTGGGTCTGGTGACAGGCAT  1050
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||| ||| 
seq2  CCTTGGTAGCATCCTTGGGGGA-GGATGGCTT-GGTTTGGTGACA-GCAA  1047

seq1  CTTATCACTGTTAATGACAGTGATTACTCCAGAATGGCCCT  1091
      ||||||||||| |  ||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  CTTATCACTGTAATGGACATGGATTACTCCAGGATGGCCCT  1088

seq1: chr13_57187384_57187566
seq2: B6Ng01-039J14.g_72_254 (reverse)

seq1  CACACTCATATACACACACACACAGAGGCATATGCATACAAGTATGCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCATATACACACACACACAGAGGCATATGCATACAAGTATGCACA  50

seq1  GGCCTACATGAGTGGGCTCCTTTTCAGAACTACATTTCAAAATTATGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTACATGAGTGGGCTCCTTTTCAGAACTACATTTCAAAATTATGGGC  100

seq1  AAGAGACGATTGATCTTAAGCACAAAAGTTTCACTGGCCATTGCACACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACGATTGATCTTAAGCACAAAAGTTTCACTGGCCATTGCACACTG  150

seq1  CCCCTCCCCCAACATCTAGCTCCACACTGGAGT  183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCCCAACATCTAGCTCCACACTGGAGT  183